5 results on '"Simone Eliza Facione Guimarães"'
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2. Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos
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Camila Ferreira Azevedo, Fabyano Fonseca e Silva, Marcos Deon Vilela de Rezende, Luiz Alexandre Peternelli, Simone Eliza Facione Guimarães, and Paulo Sávio Lopes
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seleção genômica ,redução de dimensionalidade ,análise multivariada ,Agriculture ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
A principal contribuição da genética molecular é a utilização direta das informações de DNA no processo de identificação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection - GWS), a qual consiste na análise de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma. Devido a esse grande número de SNPs, geralmente maior que o número de indivíduos genotipados, e à alta colinearidade entre eles, métodos de redução de dimensionalidade são requeridos. Dentre estes, destaca-se o método de regressão via Quadrados Mínimos Parciais (Partial Least Squares - PLS), que além de solucionar tais problemas, permite uma abordagem multivariada, considerando múltiplos fenótipos. Diante do exposto, objetivou-se aplicar e comparar a regressão PLS univariada (UPLS) e multivariada (MPLS) na GWS para características de carcaça em uma população F2 de suínos Piau×Comercial. Os resultados evidenciaram a superioridade do método MPLS, uma vez que este proporcionou maiores valores de acurácia em relação à abordagem univariada.
- Published
- 2013
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3. Genetic diversity of captive spotted paca (Agouti paca) from south east Brazil assessed by the RAPD-PCR technique Diversidade genética da paca de cativeiro no Sudeste brasileiro avaliada por meio de marcadores RAPD-PCR
- Author
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Karine Vieira Antunes, Théa Mírian Medeiros Machado, Nicola Vergara Lopes Serão, Simone Eliza Facione Guimarães, and Samuel Rezende Paiva
- Subjects
animais silvestres ,biodiversidade ,conservação animal ,distância genética ,recursos genéticos animais ,animal conservation ,animal genetic resources ,biodiversity ,genetic distance ,wild animals ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
The genetic diversity was analyzed among spotted paca (Agouti paca) from three commercial flocks located in Brazil. As the genome of this species is unknown, the RAPD-PCR technique was used. Ten primers generated sixty polymorphic bands. The among and within population genetic variability estimated by analysis of molecular variance (AMOVA) was 12.55 and 87.45%, respectively. The shortest Nei distance value was 11.76% among the Carangola (CG) and São Francisco do Glória (SF) populations. This value can be explained by the exchange of reproduction males and females between the two geographically close breeding sites. The analysis of principal components showed well defined and structured groups aggregating animals according their population of origin, with some exceptions. Lower diversity was found in the São Francisco population than in the Carangola and Castelo (CS) populations. This result suggested the variability is better conserved in breeding farms with fifty or sixty animals (CG and CS) than in the breeding farm with a dozen animals (SF). The RADP-PCR technique proved to be informative for the quantification of among and within population genetic variability of the spotted paca. The phenogram generated by UPGMA using the NTSYS-PC software from the Nei Distance, grouped CG and SF on a single branch connected to the CS, with 76 and 100% accuracy, respectively, to the bootstrap. This result was not only consistent with the historical and geographical information on flocks, but also shows the need for periodic reproductive male replacement. Future studies should be developed with co-dominant markers and include spotted paca from more distant places.Estudou-se a diversidade genética de pacas (Agouti paca) de três plantéis comerciais no Brasil. Como o genoma desta espécie é desconhecido, utilizaram-se o polimorfismo de DNA amplificado ao acaso e reação em cadeia da polimerase (RAPD-PCR). Dez primers selecionados geraram 60 bandas polimórficas. A variabilidade genética inter e intrapopulações estimada pela análise de variância molecular (AMOVA) foi de 12,55 e 87,45%, respectivamente. A menor distância de Nei encontrada foi de 11,76% entre as populações de Carangola (CG) e São Francisco do Glória (SF). Este valor pode ser explicado pelo intercâmbio de matrizes e reprodutores que já ocorre entre esses dois criatórios geograficamente próximos entre si. Na análise dos componentes principais, foram observados grupos bem estruturados e definidos, agregando indivíduos à sua população de origem, com algumas exceções. A diversidade foi menor na população São Francisco que em Carangola e Castelo (CS). Esse resultado sugere que, em criatórios com 5 a 6 dezenas de animais (CG e CS), a variabilidade se mantém melhor que naquele com cerca de uma dúzia de animais (SF). A técnica de RAPD-PCR mostrou-se informativa para quantificar a variabilidade genética entre e intrapopulações de pacas. O fenograma gerado pelo método UPGMA por meio do programa NTSYS-PC a partir da distância de Nei agrupou CG e SF num mesmo ramo e este ligado ao CS, com acurácia de 76 e 100%, respectivamente, ao bootstrap. Esse resultado condiz com as informações geográficas e o histórico dos rebanhos e mostra a necessidade de substituição periódica de machos reprodutores. Mais estudos devem ser desenvolvidos com marcadores codominantes e com pacas de localidades mais distintas.
- Published
- 2010
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4. Semen quality and concentration of soluble proteins in the seminal plasma of Alpine bucks Semen quality and concentration of soluble proteins in the seminal plasma of Alpine bucks
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Simone Eliza Facione Guimarães, José Domingos Guimarães, Maria Cristina Baracat-Pereira, Leonardo Franco Martins, and Rogério Oliveira Pinho
- Subjects
Aquaculture. Fisheries. Angling ,SH1-691 ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
It was aimed to study the in vitro seminal quality analyzed by complementary tests and to compare them with physical, morphological and biochemical aspects of male goat semen of the Alpine breed. This experiment took place at the Federal University of Viçosa, situated at 20º45’ S latitude and 42º51’ W longitude, Southwest of Brazil. It was done during the summer months of January and February, and three adult male goats of the Alpine breed were used in intensive conditions. The semen was collected by artificial vagina method. In all semen samples (45 ejaculates), after the physical and morphological analysis, the hiposmotic test was done. In 24 ejaculates, it were done thermo-resistance test, and in 21 ejaculates it were determined the concentration of total soluble proteins in seminal plasma. The male goats presented difference in the semen physical and morphological aspects, in the hiposmotic test and thermo-resistance test, but they did not presented difference in total soluble proteins concentration in seminal plasma. Results of the slow thermo-resistance test and hiposmotic test were positively correlated (r = 0.60). It was concluded, according to our results, that the concentration of total soluble proteins in seminal plasma can not be used as a parameter to predict the seminal quality of Alpine bucks.It was aimed to study the in vitro seminal quality analyzed by complementary tests and to compare them with physical, morphological and biochemical aspects of male goat semen of the Alpine breed. This experiment took place at the Federal University of Viçosa, situated at 20º45’ S latitude and 42º51’ W longitude, Southwest of Brazil. It was done during the summer months of January and February, and three adult male goats of the Alpine breed were used in intensive conditions. The semen was collected by artificial vagina method. In all semen samples (45 ejaculates), after the physical and morphological analysis, the hiposmotic test was done. In 24 ejaculates, it were done thermo-resistance test, and in 21 ejaculates it were determined the concentration of total soluble proteins in seminal plasma. The male goats presented difference in the semen physical and morphological aspects, in the hiposmotic test and thermo-resistance test, but they did not presented difference in total soluble proteins concentration in seminal plasma. Results of the slow thermo-resistance test and hiposmotic test were positively correlated (r = 0.60). It was concluded, according to our results, that the concentration of total soluble proteins in seminal plasma can not be used as a parameter to predict the seminal quality of Alpine bucks.
- Published
- 2010
5. Diversidade genética da paca de cativeiro no Sudeste brasileiro avaliada por meio de marcadores RAPD-PCR
- Author
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Karine Vieira Antunes, Samuel Rezende Paiva, Simone Eliza Facione Guimarães, Nicola Vergara Lopes Serão, and Théa Mírian Medeiros Machado
- Subjects
Genetics ,education.field_of_study ,Genetic diversity ,genetic distance ,biology ,Population ,Zoology ,animal genetic resources ,conservação animal ,biology.organism_classification ,Analysis of molecular variance ,animal conservation ,Agouti paca ,animais silvestres ,distância genética ,Genetic distance ,Genetic variation ,wild animals ,recursos genéticos animais ,Animal Science and Zoology ,Genetic variability ,Paca ,education ,biodiversidade ,biodiversity - Abstract
Estudou-se a diversidade genética de pacas (Agouti paca) de três plantéis comerciais no Brasil. Como o genoma desta espécie é desconhecido, utilizaram-se o polimorfismo de DNA amplificado ao acaso e reação em cadeia da polimerase (RAPD-PCR). Dez primers selecionados geraram 60 bandas polimórficas. A variabilidade genética inter e intrapopulações estimada pela análise de variância molecular (AMOVA) foi de 12,55 e 87,45%, respectivamente. A menor distância de Nei encontrada foi de 11,76% entre as populações de Carangola (CG) e São Francisco do Glória (SF). Este valor pode ser explicado pelo intercâmbio de matrizes e reprodutores que já ocorre entre esses dois criatórios geograficamente próximos entre si. Na análise dos componentes principais, foram observados grupos bem estruturados e definidos, agregando indivíduos à sua população de origem, com algumas exceções. A diversidade foi menor na população São Francisco que em Carangola e Castelo (CS). Esse resultado sugere que, em criatórios com 5 a 6 dezenas de animais (CG e CS), a variabilidade se mantém melhor que naquele com cerca de uma dúzia de animais (SF). A técnica de RAPD-PCR mostrou-se informativa para quantificar a variabilidade genética entre e intrapopulações de pacas. O fenograma gerado pelo método UPGMA por meio do programa NTSYS-PC a partir da distância de Nei agrupou CG e SF num mesmo ramo e este ligado ao CS, com acurácia de 76 e 100%, respectivamente, ao bootstrap. Esse resultado condiz com as informações geográficas e o histórico dos rebanhos e mostra a necessidade de substituição periódica de machos reprodutores. Mais estudos devem ser desenvolvidos com marcadores codominantes e com pacas de localidades mais distintas. The genetic diversity was analyzed among spotted paca (Agouti paca) from three commercial flocks located in Brazil. As the genome of this species is unknown, the RAPD-PCR technique was used. Ten primers generated sixty polymorphic bands. The among and within population genetic variability estimated by analysis of molecular variance (AMOVA) was 12.55 and 87.45%, respectively. The shortest Nei distance value was 11.76% among the Carangola (CG) and São Francisco do Glória (SF) populations. This value can be explained by the exchange of reproduction males and females between the two geographically close breeding sites. The analysis of principal components showed well defined and structured groups aggregating animals according their population of origin, with some exceptions. Lower diversity was found in the São Francisco population than in the Carangola and Castelo (CS) populations. This result suggested the variability is better conserved in breeding farms with fifty or sixty animals (CG and CS) than in the breeding farm with a dozen animals (SF). The RADP-PCR technique proved to be informative for the quantification of among and within population genetic variability of the spotted paca. The phenogram generated by UPGMA using the NTSYS-PC software from the Nei Distance, grouped CG and SF on a single branch connected to the CS, with 76 and 100% accuracy, respectively, to the bootstrap. This result was not only consistent with the historical and geographical information on flocks, but also shows the need for periodic reproductive male replacement. Future studies should be developed with co-dominant markers and include spotted paca from more distant places.
- Published
- 2010
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