Os pinguins são aves marinhas com comportamento pelágico que atualmente possuem um total de 18 espécies reconhecidas. Dentre essas espécies, o pinguim-de-Magalhães (Spheniscus magellanicus) é a que ocorre com maior frequência no litoral brasileiro. Essas aves comumente são indivíduos jovens em seu primeiro ano de vida. Este estudo teve como objetivo descrever as causas de mortalidade e os achados patológicos em pinguins-de-Magalhães no sul do Brasil. Entre janeiro de 2011 a dezembro de 2021 foram analisados os registros de 164 pinguins-de-Magalhães recebidos para necropsia no Setor de Patologia Veterinária da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, dos quais 41,5% (68/164) eram de vida livre, 38,4% (63/164) em reabilitação, 14,6% (24/164) cativos, 4,9% (8/164) em reabilitação por tempo indeterminado e 0,6% (1/164) de origem desconhecida. Cento e vinte e sete (77,4%) dos casos analisados tiveram diagnósticos conclusivos e 37 (22,6%) casos foram inconclusivos. Dos casos conclusivos, doenças não-infecciosas foram a causa de morte mais frequente (104/164; 63,4%), seguido de doenças infeciosas/inflamatórias (23/164; 14,0%). Dentro das causas não-infeciosas, o diagnóstico mais frequente foi inanição (49/104; 47,1%), seguido de suspeita de afogamento (27/104; 26,0%), hipotermia (25/104; 24,0%), trauma (2/104; 1,9%) e obstrução intestinal (1/104; 1,0%). Para as causas infecciosas/inflamatórias, os diagnósticos mais frequentes foram malária aviária (9/23; 39,1%), aspergilose (6/23; 26,0%), outras infecções fúngicas (4/23; 17,4%), infecção bacteriana (2/23; 8,7%), meningoencefalite protozoária (1/23; 4,4%) e aerossaculite granulomatosa de origem desconhecida (1/23; 4,4%). Grande parte dos pinguins apresentavam lesões secundárias não relacionadas à causa da morte, incluindo parasitose gastrointestinal [nematodíase (133/164; 81,1%), cestodíase (47/164; 28,7%) e trematodíase (25/164; 15,2%)], lesões cutâneas [abrasão, eritema, ulceração e laceração (19/164; 11,6%) e pododermatite (9/164; 5,5%)] e edema pulmonar (13/164; 7.9%). Os resultados obtidos são importantes para a avaliação da mortalidade de pinguins-de-Magalhães em vida livre e mantidos sob cuidados humanos, uma vez que auxiliam na compreensão dos processos patológicos que afetam a espécie. Penguins are seabirds with pelagic behavior that currently have a total of 18 recognized species. Among these species, the Magellanic penguin (Spheniscus magellanicus) is the one that occurs most frequently on the Brazilian coast. These birds are usually young individuals in their first year of life. This study aimed to describe the causes of death and the pathological findings in Magellanic penguins in Southern Brazil. From January 2011 to December 2021, the records of 164 Magellanic penguins, of which 41.5% (68/164) were free-ranging, 38.4% (63/164) in rehabilitation, 14.6% (24/164) captive, 4.9% (8/164) of unknown time rehabilitation, and 0.6% (1/164) of undetermined origin, received for necropsy at the Department of Veterinary Pathology of the Universidade Federal do Rio Grande do Sul were analyzed. One hundred twenty-seven (77.4%) of the cases had conclusive diagnoses and 37 (22.6%) cases were undetermined diagnoses. Of conclusive cases, non-infectious diseases were the most frequent cause of death (104/164; 63.4%), followed by infectious/inflammatory diseases (23/164; 14.0%). Among non-infectious causes, the most frequent diagnosis was starvation (49/104; 47.1%), followed by suspected drowning (27/104; 26.0%), hypothermia (25/104; 24.0%), trauma (2/104; 1.9%) and intestinal obstruction (1/104; 1.0%). For infectious/inflammatory causes, the diagnosis of avian malaria was the most frequent (9/23; 39.1%), followed by aspergillosis (6/23; 26.0%), other mycotic infections (4/23; 17.4%), bacterial infection (2/23; 8.7%), protozoal meningoencephalitis (1/23; 4.4%) and granulomatous air sacculitis of unknown origin (1/23; 4.4%). In addition, most penguins had secondary pathological findings unrelated with the cause of death, mainly gastrointestinal parasitosis (nematodiasis [133/164; 81.1%], cestodiasis [47/164; 28.7%] and trematodiasis [25/164; 15.2%]), cutaneous lesions (abrasion, erythema, ulceration and laceration [19/164; 11.6%] and bumble foot [9/164; 5.5%]) and pulmonary edema (13/164; 7.9%). These results are important to evaluate mortality in Magellanic penguins’ populations in the wild and under human care, as they help to understand the diseases that affect the species.