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O Queijo Artesanal Serrano é um produto nativo do sul do Brasil, produzido por mão de obra familiar a partir do leite cru, e que vem buscando a obtenção da sua indicação geográfica. Muitas das características que particularizam os tipos de queijo são dadas pela sua micobiota natural. O objetivo deste estudo foi determinar as espécies fúngicas presentes em 20 amostras de Queijo Artesanal Serrano de quatro períodos de maturação (14, 21, 28 e 35 dias), produzidos em outubro de 2017, em Santa Catarina. A identificação dos bolores foi feita por chaves de identificação e das leveduras por MALDI-TOF. Os bolores foram isolados em 28 das 80 amostras e com espécies variáveis, sendo algumas contaminantes. Por outro lado, as leveduras foram detectadas em todas as amostras, com alguns gêneros mais frequentes, principalmente o Kluyveromyces lactis, presente em 27 amostras, e algumas espécies de Candida spp. As espécies identificadas já foram isoladas em outros queijos artesanais brasileiros, produzido em locais com características de clima e relevo semelhantes ao do Queijo Artesanal Serrano.