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The objective of this thesis was to analyze taxonomic and functional dynamics of soft bottom benthic assemblages in the bay of Saint-Brieuc (Western English Channel, France) during the last decades, and to track spatio-temporal patterns in the intertidal benthic food web. To this end, considering that evolution and functioning of intertidal and subtidal benthic assemblages in the bay of Saint-Brieuc did resonate into broader ecological questions relative to the stability and variability of ecosystems, methodological developments in the field of trajectory analyses have been proposed to quantify, qualify and visualize ecological dynamics in different fields of ecology. These developments, resulting from cross-pollination between marine and terrestrial ecology fields, served local analysis in marine habitats and underlined contrasted results in intertidal and subtidal areas. In the intertidal zone, observed changes mainly reflect random population changes of structuring species in habitat under strong natural pressures, rather than specific changes of the community. Dynamics of only few species look under influence of green tides in some assemblages. On the opposite, in subtidal habitats, trajectory analyses indicate changes in the structure and distribution of benthic assemblages, with a homogenization of assemblages, and significant functional shifts. As in many comparable ecosystems, phytoplankton and microphytobenthos support the food webs within the different habitats. Results are discussed regarding their potential determinism and implications in conservative management and governance processes. Some potential directions are proposed, as the use of trajectory analysis for the reporting of ecological quality status, which imply implies to deal with the double challenge of the theoretical and practical definition of reference conditions and of conservation targets., L'objectif de cette thèse était d'analyser la dynamique taxonomique, fonctionnelle et trophique des assemblages benthiques des fonds meubles de la baie de Saint-Brieuc (Manche occidentale, France) au cours des dernières décennies, et de caractériser les patrons spatio-temporels du réseau trophique benthique intertidal. L'évolution et le fonctionnement des assemblages benthiques intertidaux et subtidaux de la baie de Saint-Brieuc intégraient des questions écologiques plus larges relatives à la stabilité et à la variabilité des écosystèmes. Des développements méthodologiques dans le domaine des analyses de trajectoires ont été proposés pour quantifier, qualifier et visualiser les dynamiques écologiques dans différents domaines de l'écologie. Ces développements, issus d'une pollinisation croisée entre les domaines de l'écologie marine et terrestre, ont servi l'analyse locale des habitats marins révélant des résultats contrastés dans les zones intertidales et subtidales. Dans la zone intertidale, les changements observés reflètent principalement des changements aléatoires de populations d'espèces structurantes de l'habitat soumis à de fortes pressions naturelles, plutôt que des changements spécifiques de la communauté. Seules les dynamiques de quelques espèces semblent sous l'influence des marées vertes dans certains assemblages. A l'inverse, dans les habitats subtidaux, les analyses de trajectoires indiquent des changements dans la structure et la distribution des assemblages benthiques, avec une homogénéisation des assemblages, et des changements fonctionnels significatifs. Comme dans de nombreux écosystèmes comparables, le phytoplancton et le microphytobenthos soutiennent les réseaux trophiques dans les différents habitats. Les résultats sont discutés quant à leur déterminisme potentiel et leurs implications dans les processus de conservation, de gestion et de gouvernance. Certaines perspectives sont proposées, comme l'utilisation de l'analyse de trajectoire pour le rapport de la qualité des états écologiques, ce qui implique de traiter le double défi de la définition théorique et pratique des conditions de référence et des objectifs de conservation.

Rock Samphire (Crithmum maritimum L.), is an halophyte which phytochemical composition and the associated features lead to a growing interest of private companies for food, cosmetic and medication uses. Harvest of rock Samphire can be reglemented in a few départements, therefore, the amount of available resource and the environmental impact of this activity are unknown. In order to answer to these questions, an interregional study was realised on the seashores of Brittany and Corsica, from february 2008 to february 2009. In Britany, the complexity of the sector is linked to the number and diversity of professionnals and uses (food, cosmetic, essential oil). Harvest is reglemented in two départements. The wild available resource estimation is 176 tons per year, while some companies develop cultivation. In 2007, 50 tons were harvested in natural stations of Finistère. The corsican filière gather two distilleries which are sharing the sites. Harvest is submitted to a chart and two départemental reglementations. From 8 to 10,5 tons are harvested annually and distilled for essential oil. The wild available resource estimation is 22,4 tons. If rock Samphire is a common species which does’nt seem to be threatened on short term by harvest, it can be locally rare or threatened. Actions are proposed in both regions ; reinforcement of the filière organisation and harmonization of the reglementation in Bretagne ; reduction of threats on natural stations and cultivation expriments in Corsica. Some outcomes of this study could be transposable to other plant species., La Criste marine (Crithmum maritimum L.), est une plante halophile dont la composition phytochimique et les propriétés associées intéressent certains professionnels dans les domaines de l’alimentaire, la cosmétologie et la pharmacologie. Si la cueillette de la Criste peut être réglementée, en revanche la ressource disponible et les impacts environnementaux de cette activité sont méconnus. Dans le but d’apporter une réponse à ces questions, une étude interrégionale portant sur les littoraux de Bretagne et de Corse, s’est déroulée de février 2008 à février 2009. En Bretagne, la complexité de la filière est liée au nombre et à la diversité des professionnels et des usages (alimentaire, cosmétique, huile essentielle). La cueillette de la Criste est réglementée par deux arrêtés préfectoraux. La ressource sauvage disponible annuellement est estimée à 176 tonnes, et certaines entreprises développent des techniques de culture. En 2007, le seul département du Finistère totalise 50 tonnes récoltées sur les stations sauvages. La filière Corse regroupe deux distilleries qui se partagent les stations. L’activité est encadrée par une charte de cueillette et deux arrêtés préfectoraux. Les volumes récoltés annuellement varient entre 8 et 10,5 tonnes dont la majorité est distillée pour la fabrication d’huile essentielle. La ressource sauvage disponible est estimée à 22,4 tonnes. Si la Criste marine est une espèce commune et non menacée à court terme par l’activité de récolte, elle peut localement être plus rare ou menacée. Des actions sont proposées pour les deux régions : renforcement de l’organisation de la filière et harmonisation de la réglementation pour la Bretagne ; lutte contre les menaces sur les stations naturelles et expérimentations de mise en culture en Corse. Certains résultats de cette étude pourraient être transposables à d’autres espèces végétales., Sturbois Anthony,Bioret Frédéric. Réflexions sur la gestion durable d’une ressource végétale terrestre sauvage exploitée à des fins économiques : l’exemple de la Criste marine (Crithmum maritimum L.) sur les littoraux de Bretagne et de Corse. In: Le Journal de botanique, n°54, 2011. Juin. pp. 27-43.

Le macrobenthos est un élément clef du fonctionnement des écosystèmes estuariens ou intertidaux. Sa contribution aux cycles trophique et biogéochimique est essentielle au fonctionnement des écosystèmes littoraux. De nombreux auteurs ont mis en évidence le rôle prépondérant du macrobenthos dans les réseaux trophiques benthiques et pélagiques et en particulier son importance nutritionnelle pour l'avifaune. En regard de la part occupée par le macrobenthos dans l'alimentation des limicoles, ce chapitre du manuel des d'étude et de gestion des oiseaux et de leurs habitats en zones côtières est consacré à l'étude de ce compartiment biologique

The diversity and abundance of birds present in intertidal coastal ecosystems are closely related to the biomass of benthic invertebrates. The assessment of energy consumed compared with the available resource is one of the fundamental aspects of intertidal foodweb studies. The feeding of birds on benthic invertebrates was studied in the bay of Saint-Brieuc, a 2900ha tidal bay located on the Côtes d'Armor coast (Brittany). The consumption of the nine most numerous wader and duck species present on the site was valued at 1,9gAFDW/m²/yr. This is comparable with results observed in the Mont Saint-Michel bay but much lower than results from the Wadden sea. In order to further the understanding of the predator-prey system, the taking into account of local hypsometric singularities is relevant. Thus it is possible to determine an "average available foraging area" which takes into account the foreshore exposure frequency according to tidal conditions, which represents the real usage of the foreshore by birds. In the Bay of Saint-Brieuc foreshore, the available average surface is about 1115ha, i.e. a consumption of 4,9g/m²/yr. The use of this space by birds depends on the type, density and the accessibility of prey, the sediment characteristics, and the presence of events which can cause a disturbance. The distribution of the benthic macrofauna and spatial distribution of four wader species were studied to map the main feeding areas and the benthos they host. This data set will allow the study of potential feeding habitat compared with currently exploited habitat, and to analyse the compatibility of a complex benthic resources/birds/human activities system.

La diversité et l'abondance d'oiseaux présents sur les zones intertidales sont étroitement liées à la biomasse en invertébrés benthique. L'évaluation de l'énergie qu'ils prélèvent par rapport à la ressource disponible est un des aspects fondamentaux de l'étude des réseaux trophiques intertidaux. La consommation de la macrofaune invertébrée benthique par les oiseaux d'eau a été estimée en fond de Baie de Saint-Brieuc, un estran de 2900 ha situé sur le littoral des Côtes-d'Armor. La consommation des neuf principales espèces de limicoles et de canards a ainsi été estimée à 1,9 g de poids sec libre de cendres (PSLC) par mètre carré et par an, résultat similaire à celui obtenu en Baie du Mont Saint-Michel, mais très inférieur à ceux observés en Mer des Wadden depuis les années 50. Afin d'améliorer la compréhension du fonctionnement du système prédateur-proie, il est plus pertinent de prendre en compte les particularités hypsométriques locales. Il est ainsi possible de mettre en évidence une " surface moyennement exploitable " qui intègre la fréquence d'exondation de l'estran en fonction des conditions de marée et qui traduit donc in fine les réelles possibilités d'utilisation de l'estran par les oiseaux. En fond de Baie Saint-Brieuc, la surface moyenne accessible est de 1115 ha, soit une consommation par les oiseaux de 4,9g/m²/an. L'utilisation de cet espace par l'avifaune est fonction du type et de la densité de proies, de leur accessibilité, de la nature du sédiment, et de la présence ou non d'événements susceptibles d'occasionner un dérangement de leur activité. La répartition de la macrofaune benthique et la répartition spatiale de quatre espèces de limicoles ont été étudiées afin de cartographier les principales zones d'alimentation et le benthos qu'elles hébergent. Le jeu de données disponible permettra dans un second temps d'étudier les habitats d'alimentation potentiels, de les comparer avec les habitats réalisés, et d'analyser la compatibilité d'un système complexe ressource benthique/avifaune/activités humaines.