Objective In 2007, Lesotho launched new national antiretroviral treatment (ART) guidelines, prioritising tenofovir and zidovudine over stavudine as a backbone together with lamivudine. We compared the rate of adoption of these new guidelines and substitution of first-line drugs by health centers (HC) and hospitals in two catchment areas in rural Lesotho. Methods Retrospective cohort analysis. Patients aged ≥16 years were stratified into a HC- and a hospital-group. Main outcome variables: Type of backbone at ART-initiation (i), substitutions within first line (ii) and type of backbone among patients retained by December 2010 (iii). A multiple logistic regression model including HC vs. hospital, patient characteristics (sex, age, WHO-stage, baseline CD4-count, concurrent pregnancy, concurrent tuberculosis treatment) and year of ART-start, was used. Results Of 3936 adult patients initiated on ART between 2007 and 2010, 1971 started at hospitals and 1965 at HCs. Hospitals were more likely to follow the new guidelines as measured by prescription of backbones without stavudine (Odds-ratio 1.55; 95%CI: 1.32–1.81) and had a higher rate of drug substitutions while on first-line ART (2.39; 1.83–3.13). By December 2010, patients followed at health centres were more likely to still receive stavudine (2.28; 1.83–2.84). Conclusions Health centers took longer to adopt the new guidelines and substituted drugs less frequently. Decentralised ART-programmes need close support, supervision and mentoring to absorb new guidelines and to adhere to them. Objectif: En 2007, le Lesotho a lance de nouvelles directives nationales sur le traitement antiretroviral (ART), mettant en priorite le tenofovir et la zidovudine par rapport a la stavudine comme base de combinaison avec la lamivudine. Nous avons compare le taux d’adoption de ces nouvelles directives et la substitution des medicaments de premiere ligne par les centres de sante (CS) et les hopitaux dans deux circonscriptions rurales du Lesotho. Methodes: Analyse retrospective de cohorte. Les patients âges de ≥ 16 ans ont ete stratifies en groupe CS et groupe ‘hopital’. Principales variables de resultat: Type de combinaison de base a l’initiation de l’ART (1), substitutions au sein de la premiere ligne (2) et type de combinaison de base chez les patients retenus jusqu’en decembre 2010 (3). Un modele de regression logistique multiple, tenant compte de CS versus ‘hopital’, caracteristiques des patients (sexe, âge, stade de l’OMS, taux de CD4 de base, grossesse simultanee, traitement concomitant de la tuberculose) et l’annee de l’initiation de l’ART, a ete utilise. Resultats: Sur 3.936 patients adultes inities a l’ART entre 2007 et 2010, 1.971 ont commence dans les hopitaux et 1.965 dans les CS. Les hopitaux etaient plus susceptibles a suivre les nouvelles directives telles que mesurees par les prescriptions de combinaisons de base sans stavudine (odds-ratio 1,55, IC95%: 1,32 a 1,81) et avaient un taux plus eleve de substitutions de medicaments durant le traitement ART de premiere ligne (2,39; 1,83 - 3.13). En decembre 2010, les patients retenus dans les CS etaient plus susceptibles de continuer a recevoir la stavudine (2,28: 1,83 a 2,84). Conclusions: Les centres de sante ont pris plus de retard a adopter les nouvelles directives et ont substitue moins frequemment les medicaments. Les programmes ART decentralises ont besoin de soutien de proximite, la supervision et le guidage pour adopter les nouvelles directives et pour y adherer. Objetivo: En el 2007, Lesoto lanzo unas nuevas guias para el tratamiento antirretroviral (TAR), priorizando el tenofovir y la zidovudina sobre la estavudina como medicamento principal junto con la lamivudina. Hemos comparado la tasa de adopcion de estas nuevas guias y la sustitucion de los medicamentos de primera linea en los centros sanitarios (CS) y los hospitales de dos areas rurales de Lesoto. Metodos: Analisis retrospectivo de cohortes. Los pacientes, con edades ≥ 16 anos, fueron estratificados en dos grupos: CS u hospital. Las principales variables fueron: tipo de medicamento principal en el momento de iniciar el TAR (1), sustituciones dentro de la primera linea de tratamiento (2) y tipo de medicamento principal entre los pacientes retenidos a Diciembre 2010 (3). Se utilizo un modelo de regresion multiple que incluia CS vs.hospital, las caracteristicas del paciente (sexo, edad, estadio OMS, conteo CD4 de base, embarazo concurrente, tratamiento concurrente para la TB) y el ano en que comenzo a recibir TAR. Resultados: De 3,936 pacientes adultos que iniciaron TAR entre el 2007 y 2010, 1,971 lo hicieron en hospitales y 1,965 en CSs. Los hospitales tenian una mayor tendencia a seguir las nuevas guias, medido como prescripcion de medicamentos principales sin estavudina (Odds-ratio 1.55; IC 95%: 1.32 - 1.81) y tenian una mayor tasa de sustitucion del medicamento mientras que estaban en primera linea de TAR (2.39; 1.83 - 3.13). A Diciembre 2010, los pacientes retenidos en los CS tenian una mayor probabilidad de estar aun recibiendo estavudina (2.28; 1.83 - 2.84). Conclusiones: Los centros sanitarios necesitaron mas tiempo para adoptar las nuevas guias, y sustituyeron los medicamentos con menos frecuencia. Los programas descentralizados de TAR requieren de un apoyo cercano, supervision y tutelaje para poder integrar las nuevas guias y adherirse a ellas.