Search

Amaç: Bu çalışmanın amacı, alem düzeyinden tür düzeyine kadar farklı taksonomik seviyelerde yüksek verimli yeni nesil dizileme ve metagenomik yaklaşım kullanarak 38 Türk kadınının vajinal bakteriyel mikrobiyotasını belirlemektir. Gereç ve Yöntem: Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniği’nde Haziran 2021’de DNA/RNA koruma toplama tüplerine vajinal sürüntü örnekleri (n=38) alındı ve ZymoBIOMICS DNA miniprep kiti ile DNA ekstraksiyonu yapıldı. Hastaların yaşı, medeni durumu, ön tanı ve anamnez durumu ile ilgili bilgiler toplandı. Vajinal mikrobiyotayı belirlemek için 16S rRNA amplikon DNA dizilimi kullanılarak metagenomik bir yaklaşım uygulandı. Bulgular: Vajinal örneklerde baskın filum Firmicutes’i Proteobacteria, Actinobacteria, Tenericutes, Fusobacteria ve Synergistetes izledi. Lactobacillus en fazla bulunan “cins düzeyinde bakteri” olup onu Prevotella, Enterobacter, Gardnerella ve Dialister izledi. Vajinal sürüntü örneklerinde tür düzeyinde Lactobacillus iners baskın bulundu, bunu Gardnerella vaginalis, Enterobacter tabaci, Prevotella timonensis, Prevotella bivia ve Lactobacillus jensenii izledi. Kanonik uyum analizi (CCA), filum düzeyinde Proteobacteria ve Fusobacteria’nın en yüksek yüzdelerle evli/bekar değişkeni ile ilişkili olduğunu, ancak Actinobacteria ve Tenericutes’in yaş değişkeni ile ilişkili olduğunu gösterdi. Campylobacter, Atopobium, Enterobacter ve Lactococcus en yüksek yüzdelerle evli/bekar değişkeni ile ilişkili bulunurken, Anaerococcus, Streptococcus, Sutterella ve Veillonella en yüksek yüzdelerle yaşla ilişkili bulundu. Ayrıca, CCA, Campylobacter ureolyticus, Lb. jensenii ve Atopobium vajinae türlerinin evli/bekar değişkeni ile en yüksek yüzdelerle ilişkilendirirken, Lactobacillus johnsonii ve G. vaginalis en yüksek yüzdelerle yaş değişkeninde ilişkili bulundu. Sonuç: Vajinal hastalıklar hala önemli bir halk sağlığı sorunudur. Son yıllarda teknolojik gelişmeler sayesinde daha derinlemesine çalışılan vajinal mikrobiyotanın sanıldığından daha karmaşık olduğu keşfedilmiştir. Bu bulguları doğrulamak ve geliştirmek için daha fazla hasta araştırmasına ihtiyaç vardır.

Ozalp, Veli Cengiz/0000-0002-7659-5990; Yilmaz, Deniz Uzunoglu/0000-0002-0933-7983; ACAR, Tayfun/0000-0001-5006-8167; UCAK, SAMET/0000-0002-3461-2481 WOS:000574835400037 PubMed: 32922498 Quercetin (QU) is an important flavonoid compound presenting lots of biological activities, but its application has been limited due to its low aqueous solubility and instability. In this study, conducted to improve these properties of the quercetin, quercetin-encapsulated PLGA nanoparticles were prepared, characterized, and evaluated for antioxidant and hemolytic activity. Nanoparticles were produced by single emulsion solvent evaporation method. Four different process parameters initial QU amount, PVA concentration, PVA volume, and initial PLGA amount were investigated to obtain the nanoparticles which have minimum particle size and maximum entrapment efficiency. Synthesized nanoparticles were evaluated for particle size, entrapment efficiency, and reaction yield. Additionally, antioxidant properties and in-vitro hemolytic activity of quercetin loaded nanoparticles with different particle size were also evaluated for the first time in the literature. The antioxidant activity results showed that nanoparticles have different antioxidant activity, depending on the amount of quercetin release from nanoparticles at different particle sizes. The hemolytic activity results show that all nanoparticles exhibited favorable compatibility to red blood cells and no significant hemolytic effect was observed. Yildiz Technical University Scienti.c Research Projects Coordination DepartmentYildiz Technical University [2014-07-04-GEP03] This research has been supported by Yildiz Technical University Scienti.c Research Projects Coordination Department, project numbers 2014-07-04-GEP03.

Amaç: Staphylococcus aureus insanlarda deri ve yara enfeksiyonlarına neden olan en önemli patojen bakterilerdendir. Metisiline dirençli S. aureus (MRSA) suşlarının yaralarda varlığı hastaların tedavisini zorlaştırmaktadır. Çalışmamızda yara sürüntülerinden izole edilen ve MRSA olarak tanımlanan suşların antibiyotik duyarlılıkları, virulans gen içerikleri ve izolatlar arasındaki genetiksel ilişki araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Yara örneklerinden izole edilen suşlar biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanmıştır. Suşların 12 antibiyotiğe karşı duyarlılıkları agar disk difüzyon yöntemi uygulanarak, indüklenebilir klindamisin direnci D-testi ile ve virulans gen içerikleri PZR ile belirlenmiştir. Suşlar arasındaki genetiksel ilişkinin belirlenmesinde PFGE analizi uygulanmış, SmaI enzimi ile elde edilen band profillerinden dendrogram oluşturularak filogenetik analiz yapılmıştır.Bulgular: Çalışmada 18 MRSA suşu tanımlanmış ve tümünün penisilin, tetrasiklin, rifampin ve gentamisin'e karşı dirençli oldukları bulunmuştur. Buna karşın tüm suşların linezolid, trimetoprim-sülfametoksazol, kloramfenikol ve quinupristin/dalfopristin'e karşı ise duyarlı oldukları tespit edilmiştir. Ayrıca 4 MRSA suşu indüklenebilir klindamisin direnci göstermiştir. PZR çalışmalarında tüm suşların ermA ve spc-ermA genlerini taşıdığı bulunmuştur. Diğer yandan tetK, tetL, ermB, dfrK, vgaC, ermT, msrA ve msrB genleri suşlarda tespit edilememiştir. ileS, mrm ve spc genleri suşların %94’ünde (17/18) ve ermC geni ise suşların %17’sinde (3/18) pozitif bulunmuştur. Sadece MRSA 50B suşu PVL geni taşıdığı tespit edilmiştir. PFGE analizinde izole edilen MRSA suşları arasında %100 ila %69.4 arasında genetiksel benzerlik olduğu filogenetik analiz ile ortaya konmuştur. Sonuç: Yara sürüntülerinden izole edilen MRSA suşlarının farklı kökenlerden geldiği ve farklı antibiyotik direnci ve gen içeriklerine sahip olduğu tespit edilmiş ve yara enfeksiyonlarının tedavisinde suşların virulans özelliklerinin de değerlendirilmesinin son derece önemli olduğu sonucuna varılmıştır., Objective: Staphylococcus aureus is one of the most important pathogenic bacteria that cause skin and wound infections in humans. The presence of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains in wounds makes the treatment of patients difficult. In this study, the antibiotic susceptibilities, virulence gene contents and genetic relationships among MRSA strains isolated from wounds were investigated. Materials and Methods: The strains isolated from wound samples were identified by biochemical and molecular methods. The susceptibility of the strains against 12 antibiotics was determined using agar disk diffusion method, inducible clindamycin resistance by D-test and virulence gene contents by PCR. PFGE analysis was applied to determine the genetic relationships among the strains, phylogenetic analysis was performed by creating a dendrogram from the band patterns obtained with SmaI enzyme.Results: The results showed that 18 MRSA strains were identified and all strains were found to be resistant to penicillin, tetracycline, rifampin and gentamicin. On the other hand, all strains were found to be susceptible to linezolid, trimethoprim-sulfamethoxazole, chloramphenicol and quinupristin/dalfopristin. In addition, 4 MRSA strains showed inducible clindamycin resistance. In PCR experiments, it was found that all strains carry ermA and spc-ermA genes. Whereas, tetK, tetL, ermB, dfrK, vgaC, ermT, msrA and msrB genes were not detected. ileS, mrm and spc genes were found positive in 94% (17/18) of the strains and the ermC gene in 17% (3/18) of the strains. Only MRSA 50B strain was found to carry the PVL gene. Phylogenetic analysis revealed that there was 100% to 69.4% genetic similarity between the MRSA strains in the PFGE analysis. Conclusion: MRSA strains isolated from wound swabs came from different origins and had different antibiotic resistance and gene contents, and it was concluded that it is extremely important to evaluate the virulence properties of the strains in the treatment of wound infections.

Bu çalışma Ankara iline bağlı 17 ilçeden rastgele seçilen 173 farklı sucul ortamdan 22 Haziran ? 3 Temmuz 2011 tarihleri arasında toplanan örneklerin analizini içerir. Toplam 31 ostrakot türü tespit edilmiştir. Bunlardan iki tür (Eucypris elliptica ve Cavernocypris subterranea) Türkiye ostrakot faunası için yeni kayıt olarak bulunurken, 19 takson Ankara için yeni kayıttır. Ostrakot türleri ve çevresel değişkenler arasındaki ekolojik ilişki çok değişkenli istatistiksel analizler kullanılarak değerlendirilmiştir. Çok Yönlü Bağlantılı Uyum Analizi (CCA), türler ve çevresel değişkenler arasındaki ilişkiyi %58.9 olarak vermiştir. Beş değişken (su sıcaklığı, nemlilik, çözünmüş oksijen, yükseklik ve atmosfer basıncı) türler üzerinde en etkili çevresel faktörler olarak bulunmuştur. Ağırlıksız Basit Çift Grup Ortalama Analizi (UPGMA) ostrakotların bulundukları ekolojik koşullardaki dört ana grubugöstermiştir. Genel olarak sonuçlar kozmopolitan özellikleri taşıyan türlerin farklı değişkenlere karşı ekolojik toleranslarının geniş olduğunu göstermektedir. Tür-Alan ilişkilerine göre sekiz çeşitlilik hipotezi (pasif örnekleme hipotezi (rastgele yerleştirme hipotezi), ada biyocoğrafyası teorisi, habitat çeşitliliği hipotezi, örnekleme etkisi hipotezi, ara karışıklık hipotezi, küçük ada habitatı hipotezi, hedef alan hipotezi ve tür-enerji teorisi) incelenmiş ve birbirleri ile karşılaştırılmıştır. Bu doğrultuda, sonuçlar farklı yükseklik aralıklarında ostrakotların dağılımını açıklayan en uygun hipotezin habitat çeşitliliği hipotezi olduğunu göstermiştir. Ancak, yalak örneklemesindeki ağırlık nedeniyle, şimdilik sonuçlarda genelleme yapılmaz. Durumun açıklığa kavuşturtulması için gelecekte çalışmaların yapılması önerilmektedir. This study includes samples collected randomly from 173 different aquatic bodies from 17 counties of Ankara between 22 June and 03 July 2011. Total of 31 ostracod species were identified. When two of which (Eucypris elliptica and Cavernocypris subterranea) are new reports for the Turkish ostracod fauna, 19 taxa are new reports for Ankara region. Ecological correlation was evaluated by means of using multi-variable analyses between ostracod species and environmental variables. Canonical Correspondence Analyses (CCA) outlined 58.9 % of the correlation between species and environmental variables. Five variables (water temperature, humidity, dissolved oxygen, altitude, and atmospheric pressure) were found to be the most effective factors on species. Unweighted Paired Group Mean Analyses (UPGMA) illustrated four main clustering groups of ostracods attained in theirecological conditions. Generally, results showed that species with cosmopolitan characteristics had wide ecological tolerances for different variables. According to the Species-Area relationships, eight diversity hypotheses (passive sampling hypothesis (random placement hypothesis), island biogeography theory (area per se effect), habitat diversity hypotesis, sampling effect hypothesis, intermediate disturbance hypothesis, small island habitat hypothesis, target area hypothesis and species-energy hypothesis) were examined and compared with each other. Accordingly, results imply that habitat diversity hypothesis seems to be the most suitable hypothesis explaining ostracod distribution at different altitudinal ranges. However, results should not be generalized at the moment because of dominancy of sampling from troughs. Thus, future studies are urged to be clarify the situation. 118

Ozalp, Veli Cengiz/0000-0002-7659-5990; Mansuroglu, Banu/0000-0001-8440-9118; UCAK, SAMET/0000-0002-3461-2481 WOS:000528380700001 PubMed: 32333113 Emergence of resistance to traditional antibiotic treatments necessitates alternative delivery systems. Teicoplanin is a glycopeptide antibiotic used in the treatments of serious infections caused by Gram-positive bacteria, including Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). One strategy to keep up with antibiotic resistance development is to limit dose and amount during treatments. Targeted delivery systems of antibiotics have been suggested as a mechanism to slow-down the evolution of resistance and to increase efficiency of the antimicrobials on already resistant pathogens. In this study, we report teicoplanin delivery nanoparticles of Poly Lactic-co-Glycolic Acid (PLGA), which are functionalized with S. aureus specific aptamers. A 32-fold decrease in minimum inhibitory concentration (MIC) values of teicoplanin for S. aureus was demonstrated for susceptible strains and about 64-fold decline in MIC value was achieved for moderately resistant clinical isolates of MRSA upon teicoplanin treatment with aptamer-PLGA nanoparticles. Although teicoplanin delivery in PLGA nanoparticles without targeting demonstrated eightfold decrease in MIC of susceptible strains of S. aureus and S. epidermidis and twofold in MIC of resistant strains, the aptamer targeting specifically decreased MIC for S. aureus, but not for S. epidermidis. Therefore, aptamer-targeted PLGA delivery of antibiotic can be an attractive alternative to combat with some of the multi-drug resistant bacterial pathogens. Research Fund of the Yildiz Technical UniversityYildiz Technical University [FDK-2018-3244] This work was supported by Research Fund of the Yildiz Technical University. Project Number: FDK-2018-3244.

Ozalp, Veli Cengiz/0000-0002-7659-5990; Kavruk, Murat/0000-0001-5331-7253; UCAK, SAMET/0000-0002-3461-2481 WOS:000518177200009 PubMed: 31557463 Lateral flow assay (LFA) type of biosensors have been popular due to cost-effectiveness and easy-interpretation for instant results, most common examples of applications being pregnancy tests, food safety or medical diagnostics. There are several examples of reports with high sensitivity, including pre-concentration of the sample by magnetic pull-down. However, sensitivity and direct detection designs with aptamers has been a limiting factor for developing aptamers-based LFA assays. In this study, we report a lateral flow design based on aptamer-gated silica nanoparticles to develop high sensitivity and direct bacterial assay by shifting aptamers-target interaction to conjugation pad. Aptamer-gated silica nanoparticles-based biosensors were reported for their high sensitivity, specificity and label-free detection for small molecules and whole cells. This label-free strategy for LFA can determine L. monocytogenes in minced chicken matrix at less than 5 min with a limit of detection (LOD) of 53 cells in one mL samples.