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1. Mathematical modelling of a pest in an age-structured crop model: The coffee berry borer case

Author: Yves Fotso Fotso, Suzanne Touzeau, Berge Tsanou, Frédéric Grognard, Samuel Bowong, Faculté des Sciences - Université de Dschang [Cameroun], Université de Dschang, Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire International de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées (LIRIMA), Université de Yaoundé I-Université Badji Mokhtar Annaba (UBMA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Joseph Ki-Zerbo [Ouagadougou] (UJZK)-Université d'Antananarivo-Université Gaston Bergé Sénégal-Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (CNRST), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Department of Mathematics and Applied Mathematics [Pretoria], University of Pretoria [South Africa], Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université Côte d'Azur (UCA), Dpt of Mathematics and Computer Science [Douala], Université de Douala, EPITAG, LIRIMA, College doctoral regional de Afrique Centrale et des Grands Lacs, EPITAG, Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (CNRST)-Université Gaston Bergé Sénégal-Université d'Antananarivo-Université Joseph Ki-Zerbo [Ouagadougou] (UJZK)-Université Badji Mokhtar - Annaba [Annaba] (UBMA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Yaoundé I, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Applied Mathematics, [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Semigroup theory, Hypothenemus, Epidemiological model, MSC: 92D30, 35Q92, 35A01, 35B40, [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, Modeling and Simulation, Hypothenemus hampei, Numerical simulations, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], Plant-pest interaction, Stability
Abstract: International audience; Coffee production is an important agriculture activity which contributes significantly to the economic growth of many countries in the world. One of the major constraints to coffee production throughout the world is the damage caused by the coffee berry borer (CBB), Hypothenemus hampei (Coleoptera: Scolytidae). It is the most damaging insect pest to coffee production in the world. These insects infest coffee berries, preferably mature berries, and spend most of their life cycle inside the berries, which make them quite difficult to control. In this work, we introduce and analyse a berry age-structured model describing the infestation dynamics of coffee berries by CBB. Using the semigroup theory in the case of Lipschitz perturbation, we show that the model has a unique nonnegative and bounded solution. We derive an explicit formula of the basic reproduction number, R0, using the next generation approach and the biological interpretation of this threshold in a specific case. Numerical simulations are carried out to illustrate the theoretical results.
Published: 2022
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2. Les Observatoires Hommes-Milieux et le LabEx DRIIHM

Author: Corinne Pardo, Anne-Lise Boyer, Dominique Badariotti, Carole Barthélémy, Jean-Philippe Bedell, Najat Birhy, Eduardo Ferreira da Silva, Damien Davy, Armelle Decaulne, Priscilla Duboz, Larry Fisher, Didier Galop, Fabien Hein, Pascal-Jean Lopez, Patrick Monfort, Y. Noack, Papa Ibnou Ndiaye, François-Michel Le Tourneau, Alejandro Salazar-Burrows, Ecosystèmes continentaux et risques environnementaux (ECCOREV), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LabEx DRIIHM - ANR-11-LABX-0010, Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Image, Ville, Environnement (LIVE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OHM Fessenheim, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), OHM vallée du Rhône, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OHMi Estarreja, Université de Laval, Département de Géographie, OHMi Nunavik, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Laval, Quebec, QC, Canada, Université d'Aveiro, Portugal, Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens (LEEISA), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OHM Oyapock, Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Nantes ), Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes Université (Nantes Univ)-Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (Nantes Univ - IGARUN), Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (Nantes Univ - IGARUN), Nantes Université (Nantes Univ), Unité Mixte Internationale 'Environnement Santé Sociétés' (ESS), OHMi Tessekere, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Interdisciplinary and Global Environmental Studies (iGLOBES), University of Arizona-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire Homme-Milieu International Pima County Labex DRIIM (OHMI Pima County), Géographie de l'environnement (GEODE), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OHM Pyrénées - haut Vicdessos, Laboratoire Lorrain de Sciences Sociales (2L2S), Université de Lorraine (UL), OHM Pays de Bitche, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), OHM Littoral Caraïbe, Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), OHM Littoral méditerranéen, Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire Hommes-Milieux du Bassin Minier de Provence (OHM-BMP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Pôle de recherche pour l'organisation et la diffusion de l'information géographique (PRODIG (UMR_8586 / UMR_D_215 / UM_115)), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-AgroParisTech-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), Observatoire Hommes Milieux international Patagonia - Bahia Exploradores (OHMi Patagonia), Institut d'écologie et environnement, CNRS-INEE, INRAe, BRGM, ANR-11-LABX-0010,DRIIHM / IRDHEI,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), and Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)
Subjects: Sciences de l'environnement, Observatoire Hommes Milieux, [SDE]Environmental Sciences, Environmental Sciences, domain_sde, OHM
Abstract: International audience
Published: 2023
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3. Influence of combined temperature and food availability on Peruvian anchovy (Engraulis ringens) early life stages in the northern Humboldt Current system: A modelling approach

Author: Jorge Flores-Valiente, Christophe Lett, François Colas, Laure Pecquerie, Arturo Aguirre-Velarde, Fanny Rioual, Jorge Tam, Arnaud Bertrand, Patricia Ayón, Saidou Sall, Nicolas Barrier, Timothée Brochier, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Processus et interactions de fine échelle océanique (PROTEO), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Instituto del Mar del Peru (IMARPE), Laboratoire de Physique de l'Atmosphère et de l'Océan Siméon Fongang (LPAO-SF), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), and ANR-18-CE32-0009,SOLAB,Interactions planctoniques, facteurs environnementaux et conséquences biologique/géochimiques dans le laboratoire côtier sud-Sénégalais(2018)
Subjects: Larval growth, Early life stages survival, [SDV.SA.STP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, Geology, Peruvian anchovy, Aquatic Science, Ichthyop-DEB model, Larval drift
Abstract: International audience; In the northern Humboldt Current system (NHCS), the Peruvian anchovy (Engraulis ringens) constitutes the bulk of landings and has a significant socioeconomic contribution. Understanding the impact of environment on the early-life stages of anchovy and further population dynamics remains challenging. Climate variability at a variety of scales modulates currents velocity, temperature and food availability, impacting early-life stages drift, growth and survival. In order to investigate these impacts, we developed Ichthyop-DEB, an individual-based model including larval retention processes and a Dynamic Energy Budget (DEB) bioenergetic module for larval growth. First, we assessed the effect of hydrodynamic simulations horizontal resolution on simulated larval retention patterns using a recruitment age-criterion of 30 days. Then, we evaluated the impact of the following biological processes on simulated larval recruitment patterns: (i) a minimum size-criterion (2 cm), as opposed to a minimum age-criterion (30 days), to be considered as recruited, (ii) the upper larval thermal limit tolerance of the species, for which lab experiments are lacking, and (iii) a constant larval mortality rate. We found that using different resolutions of the hydrodynamic model (10 and 2 km) led to similar simulated larval retention patterns. Retention was highest when spawning occurred in the superficial layer (0–15 m) in austral winter and in the deepest considered layer (30–45 m) in summer. Coupling with the DEB model produced contrasted growth patterns on the continental shelf with a strong month-latitude interaction. Larval recruitment was strongest from 6° to 10° S in austral summer, largely contributing to the average seasonal pattern. Depending on the temperature correction function tested with the bioenergetic module, simulated larval recruitment could also be strong in the northernmost zone (2°–4°S), an area not known for abundant anchovy populations, which suggests a possible thermal growth limitation. Finally, sensitivity tests performed on larval growth limitation by food suggested a deficiency in food supply in the southernmost zone (18°–20°S).
Published: 2023
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4. Interdecadal changes in SST variability drivers in the Senegalese-upwelling: the impact of ENSO

Author: Malick Wade, Belén Rodríguez-Fonseca, Marta Martín-Rey, Alban Lazar, Jorge López-Parages, Amadou Thierno Gaye, Laboratoire de Physique de l'Atmosphère et de l'Océan Siméon Fongang (LPAO-SF), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Instituto de Geociencias [Madrid] (IGEO), Universidad Complutense de Madrid = Complutense University of Madrid [Madrid] (UCM)-Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Universidad Complutense de Madrid = Complutense University of Madrid [Madrid] (UCM), Instituto de Ciencias del Mar de Barcelona (ICM), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Océan et variabilité du climat (VARCLIM), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique (CERFACS), Universidad de Málaga [Málaga] = University of Málaga [Málaga], Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (España), European Commission, and Agencia Estatal de Investigación (España)
Subjects: Interannual teleconnection, Atmospheric Science, Eastern North Tropical Atlantic, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], Senegalese upwelling, ENSO
Abstract: 19 pages, 11 figures, 1 table, supplementary information https://doi.org/10.1007/s00382-022-06311-3.-- Data availability: Enquiries about data availability should be directed to the authors, Sea surface temperature (SST) variability in the North Eastern Tropical Atlantic has its center of action in the Senegalese–Mauritanian upwelling system, where its drivers are wind-induced ocean dynamics and air–sea thermodynamic processes. Thus, a better understanding of the local wind variations, together with their predictability, contributes to a more comprehensive assessment of the SST variability in that region. In this study, we use monthly data from two ocean reanalyses, SODA and ORAS-5, and a regional forced-ocean simulation to characterize the interannual SST variability off the Senegalese Coast in the common period 1960–2008. Local indices of the mixed layer heat budget during the major upwelling season (February–March–April) exhibit pronounced interannual to decadal variability. We demonstrate that the local interannual SST variability undergoes inter-decadal fluctuation and concomitant changes in its local and remote drivers. Off-Senegal SST variability was largely controlled by wind-induced Ekman transport during the 1960s–1970s, acting under favorable thermocline and mixed layer conditions. However, from 1980s onwards, the drastically reduced Ekman impact observed on local SSTs is associated with a deeper thermocline. This shift in the effectiveness of the dynamic mechanisms coincides with a more active ENSO teleconnection with upwelling before the 1980s. An extended SODA record reveals that the multidecadal modulator of the ENSO impact on the North-eastern Tropical Atlantic resembles the negative phase of the Atlantic Multidecadal Variability. Our results bring to light the fundamental role played by the global decadal background state in the activation of the drivers and air-sea mechanisms responsible for generating the interannual off-Senegal SST variability, With the institutional support of the ‘Severo Ochoa Centre of Excellence’ accreditation (CEX2019-000928-S), The research leading to these results has received funding from the CSIC ICOOP projects: ICOOPB20204, ICOOPB20358 (the UCM Cooperation Project from XIV and XVII calls); the Spanish Project CGL2017-86415-R; the EU/FP7 PREFACE (Grant Agreement 603521). [...] MMR received funding from the MSCA-IF-EF-ST FESTIVAL (H2020-EU project 797236) and from a Juan de la Cierva Incorporation (IJC2019-041150-I) research contract of MICINN (Spain). This work was also supported by the TRIATLAS project, which has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under Grant agreement No 817578
Published: 2022
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5. Protein supplementation during an energy-restricted diet induces visceral fat loss and gut microbiota amino acid metabolism activation: a randomized trial

Author: Bel Lassen, Pierre, Belda, Eugeni, Prifti, Edi, Dao, Maria Carlota, Specque, Florian, Henegar, Corneliu, Rinaldi, Laure, Wang, Xuedan, Kennedy, Sean, Zucker, Jean-Daniel, Calame, Wim, Lamarche, Benoît, Claus, Sandrine, Clément, Karine, Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Service de nutrition [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Integrative Phenomics [Paris], Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), YSOPIA Bioscience [Bordeaux], University of Reading (UOR), Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Laval [Québec] (ULaval), This study was supported by several sources: YSOPIA Bioscience sponsored the clinical investigation study. Funding for the detailed microbiota study (sequencing and analysis) were obtained from the French National Agency of Research ANR ('Investissement d’Avenir' FORCE, the Metagenopolis Grant ANR-11-DPBS-0001 and ICAN, reference ANR-10-IAHU-05) as well as European Union, FP7-sponsored program METACARDIS (HEALTH-F4-2012-30531). Grants were also obtained by JPI (A healthy diet for a healthy life, 2017-01996_3) and the Leducq Foundation (Transatlantic Networks of Excellence Award 17CVD01)., ANR-11-DPBS-0001,MGP,MetaGenoPolis(2011), ANR-10-IAHU-0005,ICAN,Institut de Cardiologie-Métabolisme-Nutrition(2010), European Project: 305312,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2012-INNOVATION-1,METACARDIS(2012), Service de Nutrition [CHU Pitié-Salpétrière], Institut E3M [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), HAL-SU, Gestionnaire, Démonstrateurs - MetaGenoPolis - - MGP2011 - ANR-11-DPBS-0001 - DPBS - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut de Cardiologie-Métabolisme-Nutrition - - ICAN2010 - ANR-10-IAHU-0005 - IAHU - VALID, and Metagenomics in Cardiometabolic Diseases - METACARDIS - - EC:FP7:HEALTH2012-11-01 - 2017-10-31 - 305312 - VALID
Subjects: [SDV.MHEP.EM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Adult, Male, Microbiota, Science, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Intra-Abdominal Fat, Metabolic syndrome, Article, Gastrointestinal Microbiome, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Double-Blind Method, Weight Loss, Randomized controlled trials, Humans, Medicine, Metagenomics, Obesity, Microbiome, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Caloric Restriction
Abstract: Interactions between diet and gut microbiota are critical regulators of energy metabolism. The effects of fibre intake have been deeply studied but little is known about the impact of proteins. Here, we investigated the effects of high protein supplementation (Investigational Product, IP) in a double blind, randomised placebo-controled intervention study (NCT01755104) where 107 participants received the IP or an isocaloric normoproteic comparator (CP) alongside a mild caloric restriction. Gut microbiota profiles were explored in a patient subset (n = 53) using shotgun metagenomic sequencing. Visceral fat decreased in both groups (IP group: − 20.8 ± 23.2 cm2; CP group: − 14.5 ± 24.3 cm2) with a greater reduction (p
Published: 2021
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6. HIV pre-exposure prophylaxis for men who have sex with men in west Africa: a multicountry demonstration study

Author: Christian Laurent, Bintou Dembélé Keita, Issifou Yaya, Gwenvael Le Guicher, Luis Sagaon-Teyssier, Mawuényégan K Agboyibor, Alou Coulibaly, Issa Traoré, Jean-Baptiste Malan, Irith De Baetselier, August Eubanks, Lucas Riegel, Daniela Rojas Castro, Hortense Fayé-Ketté, Amadou Koné, Souba Diandé, Claver A Dagnra, Laetitia Serrano, Fodié Diallo, Ephrem Mensah, Ter Tiero E Dah, Camille Anoma, Bea Vuylsteke, Bruno Spire, Sayouba Ouedraogo, Bruno Granouillac, Martine Peeters, Clotilde Couderc, Marion Mora, Gwenaëlle Maradan, Michel Bourrelly, Mohamed Mimi, Cyril Berenger, Sylvie Boyer, Paméla Palvadeau, Thijs Reyniers, Alassane Kader Maïga, Drissa Camara, Mahamadou Diarra, Aly Ouologuem, Naboh Sangaré, Abdoul Aziz Keita, Oumar Cissé, Fodé Traoré, Bréhima Abdrahamane Ouary, Ibrahima Kanta, Rachelle Kotchi, Niamkey Thomas Aka, Kpassou Julien Lokrou, Noufo Hamed Coulibaly, Ekissi Jean Armel Koffi, Dibi Frédéric N'guessan, Stéphane-Alain Babo Yoro, Adama Cissé, Ter Tiero Elias Dah, Camille Rajaonarivelo, Fayçal Rodrique Ouedraogo, Joseph Ouedraogo, Christian Coulibaly, Mamadou Ouedraogo, Ousseni Ilboudo, Abdoulazziz Traoré, Honoré Comsiambo, Mawuényégan Kouamivi Agboyibor, Anani Attisso, Anouwarsadat Kokouba, Aléda Mawuli Badjassim, Kouakou Kokouvi Selom Agbomadji, Messan Attiogbe, Kossi Jeff Yaka, Agbégnigan Lorette Ekon, Julien Bimba, Claver Anoumou Dagnra, Kokou Dominique Tegueni, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), ARCAD Santé PLUS [Bamako, Mali], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Espoir Vie Togo [Lomé, Togo], Association African Solidarité [Ouagadougou, Burkina Faso], Espace Confiance [Abidjan, Côte d’Ivoire], Institute of Tropical Medicine [Antwerp] (ITM), Coalition PLUS [Pantin, France], Institut Pasteur de Côte d'Ivoire, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université des sciences, des techniques et des technologies de Bamako (USTTB), Laboratoire National de Référence de la Tuberculose [Ouagadougou, Burkina Faso] (LNRT), Laboratoire National de Référence de la tuberculose [Lomé, Togo] (LNRT/CHU Lomé), CohMSM-PrEP Study Group: Christian Laurent, Issifou Yaya, Sayouba Ouedraogo, Bruno Granouillac, Gwenvael Le Guicher, Laetitia Serrano, Martine Peeters, Clotilde Couderc, Bruno Spire, Luis Sagaon-Teyssier, Marion Mora, Gwenaëlle Maradan, Michel Bourrelly, Mohamed Mimi, Cyril Berenger, Sylvie Boyer, Daniela Rojas Castro, Lucas Riegel, Paméla Palvadeau, Bea Vuylsteke, Irith De Baetselier, Thijs Reyniers, Bintou Dembélé Keita, Fodié Diallo, Alou Coulibaly, Alassane Kader Maïga, Drissa Camara, Mahamadou Diarra, Aly Ouologuem, Naboh Sangaré, Abdoul Aziz Keita, Oumar Cissé, Fodé Traoré, Bréhima Abdrahamane Ouary, Ibrahima Kanta, Camille Anoma, Jean-Baptiste Malan, Rachelle Kotchi, Niamkey Thomas Aka, Kpassou Julien Lokrou, Noufo Hamed Coulibaly, Ekissi Jean Armel Koffi, Dibi Frédéric N'guessan, Stéphane-Alain Babo Yoro, Adama Cissé, Ter Tiero Elias Dah, Issa Traoré, Camille Rajaonarivelo, Fayçal Rodrique Ouedraogo, Joseph Ouedraogo, Christian Coulibaly, Mamadou Ouedraogo, Ousseni Ilboudo, Abdoulazziz Traoré, Honoré Comsiambo, Ephrem Mensah, Mawuényégan Kouamivi Agboyibor, Anani Attisso, Anouwarsadat Kokouba, Aléda Mawuli Badjassim, Kouakou Kokouvi Selom Agbomadji, Messan Attiogbe, Kossi Jeff Yaka, Agbégnigan Lorette Ekon, Julien Bimba, Claver Anoumou Dagnra, Kokou Dominique Tegueni, Malbec, Odile, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université des Sciences, des Techniques et des Technologies de Bamako (USTTB), and Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI)
Subjects: Adult, Male, 0301 basic medicine, Anti-HIV Agents, Epidemiology, Sexual Behavior, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, HIV Infections, Pilot Projects, Emtricitabine, Men who have sex with men, West africa, Young Adult, 03 medical and health sciences, Pre-exposure prophylaxis, 0302 clinical medicine, Virology, parasitic diseases, Humans, Medicine, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, Dosing, Homosexuality, Male, Tenofovir, Prospective cohort study, business.industry, 1. No poverty, 030112 virology, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Africa, Western, Regimen, Infectious Diseases, Cohort, Pre-Exposure Prophylaxis, business, Demography, medicine.drug
Abstract: International audience; Background HIV pre-exposure prophylaxis (PrEP) data in men who have sex with men (MSM) in west Africa are essential to guide its large-scale implementation. We assessed the uptake of event-driven and daily PrEP, HIV incidence, and changes over time in sexual behaviours and prevalence of bacterial sexually transmitted infections (STIs) in MSM in Burkina Faso, Côte d'Ivoire, Mali, and Togo. Methods We did a prospective cohort study from Nov 20, 2017, to April 14, 2020, in four community-based clinics in Abidjan (Côte d'Ivoire), Bamako (Mali), Lomé (Togo), and Ouagadougou (Burkina Faso). Participants were MSM aged 18 years or older at substantial risk of HIV infection. Participants could choose between event-driven (2+1+1 dosing) and daily oral PrEP (tenofovir disoproxil fumarate 300 mg plus emtricitabine 200 mg), switch regimen, and discontinue or restart PrEP. We compared HIV incidence in this study with that of the same cohort before the availability of PrEP (CohMSM). Statistical analysis included the Kaplan-Meier method and mixed-effects regression models. This study is registered with ClinicalTrials.gov, NCT03459157. Findings We followed up 598 participants for a total of 743•6 person-years. At enrolment, 445 (74%) of 598 participants chose event-driven PrEP and 153 (26%) of 598 chose daily PrEP. 60 (13%) of 445 and 65 (42%) of 153 partici pants switched PrEP regimen at least once (p
Published: 2021
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7. Distribution Shift nested in Web Scraping : Adapting MS COCO for Inclusive Data

Author: Bayet, Theophile, Denis, Christophe, Bah, Alassane, Zucker, Jean-Daniel, Agents Cognitifs et Apprentissage Symbolique Automatique (ACASA), LIP6, Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU), and Bayet, Theophile
Subjects: [INFO.INFO-LG]Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], [INFO.INFO-LG] Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG]
Abstract: International audience; Popular benchmarks in Computer Vision suffer from a Western-centric bias that leads to a distribution shift problem when trying to deploy Machine Learning systems in developing countries. Palliating this problem using the same data generation methods in poorly represented countries will likely bring the same bias that were initially observed. In this paper, we propose an adaptation of the MS COCO data generation methodology that address this issue, and show how the web scraping methods nests geographical distribution shifts.
Published: 2022

8. On the detection of externally-forced decadal modulations of the Sahel rainfall over the whole 20th century in the CMIP6 ensemble

Author: Ndiaye, Cassien, Mohino, Elsa, Mignot, Juliette, Sall, Saidou, Laboratoire de Physique de l'Atmosphère et de l'Océan Siméon Fongang (LPAO-SF), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Océan et variabilité du climat (VARCLIM), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: [PHYS.PHYS.PHYS-AO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Atmospheric and Oceanic Physics [physics.ao-ph]
Abstract: International audience; Abstract The Sahel semiarid region was marked during the 20th century by significant modulations of its rainfall regime at the decadal timescale. Part of these modulations have been associated with the internal variability of the climate system, linked to changes in oceanic sea surface temperature. More recently, several studies have highlighted the influence of external forcings during the dry period in the 1980s and the recovery around the 2000s. In this work we evaluate the internally and externally driven decadal modulations of Sahel rainfall during the entire 20th Century using a set of twelve (12) models from the sixth Coupled Model Intercomparison Exercise (CMIP6). We begin by proposing a physically-based definition of Sahel rainfall that takes into account the southward hias in the location of the Sahelian ITCZ simulated by all the models. Our results show that the amplitude of the decadal variability, which is underestimated by most models, is mainly produced by the internally-driven component. Conversely, the external forcing tends to enhance the synchrony of the simulated and observed decadal modulations in most models, providing statistically significant correlations of the historical ensemble mean with observations in 1/3 of the models, namely IPSL-CM6A-LR, INM-CM5-0, MRI-ESM2-0 and GISS-E2-1-G. Further analysis of the Detection and Attribution runs of the IPSL-CM6A-LR show that anthropogenic aerosol dominate the decadal modulations of Sahel rainfall simulated by this model, and suggest that at least a part of the impact is ocean-mediated and operated through shifts in the ITCZ and the Saharan Heat Low.
Published: 2022
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9. Gut microbiota changes after metabolic surgery in adult diabetic patients with mild obesity: a randomised controlled trial

Author: Isaac Barroso, Isabel M. Miranda, Davide Carvalho, Paula Freitas, Maria Manuel Silva, Paul Picq, Eva Lau, Adelino Barbosa, Flora Correia, Joël Doré, Edi Prifti, Karine Clément, Cidália Pina Vaz, Eugeni Belda, Manuel Ferreira-Magalhães, Universidade do Porto = University of Porto, Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (I3S), Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), MetaGenoPolis (MGP (US 1367)), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Faculdade de Ciências da Nutrição e Alimentação, Faculdade de Medicina, Universidade do Porto, Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU)
Subjects: 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, Weight loss, RC620-627, Roux-en-Y gastric bypass, [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Gut flora, Gastroenterology, law.invention, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Insulin resistance, Diabetes mellitus, Randomized controlled trial, law, Internal medicine, Internal Medicine, Medicine, Microbiome, Nutritional diseases. Deficiency diseases, 2. Zero hunger, biology, business.industry, Research, Health sciences, Medical and Health sciences, Ciências médicas e da saúde, nutritional and metabolic diseases, medicine.disease, biology.organism_classification, Obesity, 3. Good health, Clinical trial, 030104 developmental biology, 030220 oncology & carcinogenesis, Medical and Health sciences, Ciências da Saúde, Ciências médicas e da saúde, medicine.symptom, business
Abstract: Background Roux-en-Y gastric bypass (RYGB) surgery is one of the most efficient procedures for the treatment of obesity, also improving metabolic and inflammatory status, in patients with mild obesity. The underlying mechanisms have not been fully understood, but gut microbiota is hypothesized to play a key role. Our aim was to evaluate the association between gut microbiota changes and anthropometric, metabolic and inflammatory profiles after metabolic surgery compared with medical therapy, in type 2 diabetic (T2DM) adults with mild obesity (BMI 30–35 kg/m2). Methods DM2 was an open-label, randomised controlled clinical trial (RCT: ISRCTN53984585) with 2 arms: (i) surgical, and (ii) medical. The main outcome was gut microbiota changes after: metabolic surgery (Roux-en-Y gastric bypass—RYGB) versus standard medical therapy. Secondary outcomes included anthropometric, metabolic and inflammatory profiles. Clinical visits, blood workup, and stool samples were collected at baseline and months (M)1, 3, 6, 12. Gut microbiota was profiled using 16S rRNA targeted sequencing. Results Twenty patients were included: 10 in surgical and 10 in medical arm. Anthropometric and metabolic comparative analysis favoured RYGB over medical arm. At M12, the percentage of weight loss was 25.5 vs. 4.9% (p p p = 0.004, [R2 = 0.17]) during the follow-up period after RYGB. There was a strong association between improvement of anthropometric/metabolic/inflammatory biomarkers and increase in microbial richness and Proteobacterial lineages. Conclusions This was the first RCT studying composite clinical, analytic, and microbiome changes in T2DM patients with class 1 obesity after RYGB versus standard medical therapy. The remarkable phenotypic improvement after surgery occurred concomitantly with changes in the gut microbiome, but at a lower level. Trial registration: ISRCTN53984585
Published: 2021
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10. Integration of genomic sequencing into the response to the Ebola virus outbreak in Nord Kivu, Democratic Republic of the Congo

Author: Francois Edidi-Atani, Moussa Moïse Diagne, Meris Matondo-Kuamfumu, Junior Bulabula, Kristian G. Andersen, Bibiche Nsunda, Eric Delaporte, Bailey White, Amadou A. Sall, Trevor Bedford, Matthias Pauthner, Martine Peeters, Nella Bisento, Jean Jacques Muyembe Tamfum, Marceline Akonga, James Hadfield, Daniel Mukadi, Michael R. Wiley, Gustavo Palacios, Fabrice Mambu-Mbika, Amuri Aziza, Nicholas Di Paola, Steve Ahuka-Mundeke, Eddy Kinganda-Lusamaki, Catherine Pratt, Ousmane Faye, Martin Faye, Allison Black, Placide Mbala-Kingebeni, University of Kinshasa (UNIKIN), Institut National de Recherche Biomédicale [Kinshasa] (INRB), University of Washington [Seattle], Fred Hutchinson Cancer Research Center [Seattle] (FHCRC), University of Nebraska Medical Center, University of Nebraska System, Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), The Scripps Research Institute [La Jolla, San Diego], Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), and Retiveau, Nolwenn
Subjects: 0301 basic medicine, MESH: Sequence Analysis, DNA, medicine.medical_specialty, Genomic data, MESH: Reinfection, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Genome, Viral, Disease, medicine.disease_cause, Genome, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Disease Outbreaks, 03 medical and health sciences, MESH: Spatio-Temporal Analysis, Spatio-Temporal Analysis, 0302 clinical medicine, Recurrence, Environmental health, MESH: Congo, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, medicine, MESH: Ebola Vaccines, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, MESH: Disease Outbreaks, MESH: Ebolavirus, Ebola Vaccines, MESH: Phylogeny, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Phylogeny, Ebola virus, Transmission (medicine), MESH: Genomics, Genomic sequencing, Public health, Outbreak, Genomics, Sequence Analysis, DNA, General Medicine, Hemorrhagic Fever, Ebola, Ebolavirus, MESH: Recurrence, 030104 developmental biology, Geography, Congo, Reinfection, 030220 oncology & carcinogenesis, MESH: Hemorrhagic Fever, Ebola, MESH: Genome, Viral
Abstract: On 1 August 2018, the Democratic Republic of the Congo (DRC) declared its tenth Ebola virus disease (EVD) outbreak. To aid the epidemiologic response, the Institut National de Recherche Biomedicale (INRB) implemented an end-to-end genomic surveillance system, including sequencing, bioinformatic analysis and dissemination of genomic epidemiologic results to frontline public health workers. We report 744 new genomes sampled between 27 July 2018 and 27 April 2020 generated by this surveillance effort. Together with previously available sequence data (n = 48 genomes), these data represent almost 24% of all laboratory-confirmed Ebola virus (EBOV) infections in DRC in the period analyzed. We inferred spatiotemporal transmission dynamics from the genomic data as new sequences were generated, and disseminated the results to support epidemiologic response efforts. Here we provide an overview of how this genomic surveillance system functioned, present a full phylodynamic analysis of 792 Ebola genomes from the Nord Kivu outbreak and discuss how the genomic surveillance data informed response efforts and public health decision making. Phylogeographic analysis of 792 Ebola virus genomes from the 2018 oubreak in the Democratic Republic of the Congo integrated into an end-to-end surveillance program demonstrates the feasibility of using genomic sequencing data to inform the public health epidemic response in near-real time.
Published: 2021
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11. Renal impairment assessment on adults living nearby a landfill: Early kidney dysfunction biomarkers linked to the environmental exposure to heavy metals

Author: Fabrice Cazier, Fatoumata Bah, Saâd Bouhsina, Guillaume Garçon, Anthony Verdin, Mathilde Cabral, Aminata Toure, Mamadou Fall, Dorothée Dewaele, Adama Faye, Dominique Courcot, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille, Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant [UCEIV], IMPact de l'Environnement Chimique sur la Santé humaine (IMPECS) - ULR 4483, Université du Littoral Côte d'Opale [ULCO], Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] [UCAD], Impact de l'environnement chimique sur la santé humaine - ULR 4483 [IMPECS], Centre commun de mesures [CCM-ULCO], Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Impact de l'environnement chimique sur la santé humaine - ULR 4483 (IMPECS), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), and Centre commun de mesures (CCM-ULCO)
Subjects: medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Health, Toxicology and Mutagenesis, Urinary system, Population, 010501 environmental sciences, Lipocalin, Toxicology, 01 natural sciences, Nephrotoxicity, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, RA1190-1270, Internal medicine, medicine, Biomarkers, Cadmium, Landfill, Lead, education, ComputingMethodologies_COMPUTERGRAPHICS, 0105 earth and related environmental sciences, Kidney, education.field_of_study, Beta-2 microglobulin, business.industry, Regular Article, Environmental exposure, Retinol binding protein, medicine.anatomical_structure, Endocrinology, Toxicology. Poisons, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Graphical abstract, Highlights • Health risk of the neighboring population of the Mbeubeuss landfill (Senegal). • Assessment of the impact of Cd/Pb exposure through dysfunction renal biomarkers. • Specific increases of a set of early dysfunction renal biomarkers in exposed subjects. • Glomerular and tubular dysfunction in exposed subjects., The aim of this study was to assess the integrity and kidney overall functional capacity of subjects exposed to landfill emissions. Urine and blood levels of Pb and Cd, and several of the newly biomarkers of nephrotoxicity (Kim Injury Molecule 1 (KIM-1), alpha-1 Microglobulin (α1 M), beta-2 Microglobulin (β2 M), Cystatin-C (Cyst C), Clusterin, alpha-glutathione S-transferase (GSTα), pi-glutathione S-transferase (GSTπ), Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1 (TIMP1), Calbindin, Neutrophil Gelatinase-Associated Lipocalin (NGAL), Osteopontin (OPN), (Retinol Binding Protein(RBP), Liver-type Fatty Acid-Binding Protein (FABP-1), Trefoil Factor 3 (TFF3), Collagen VI) were measured in order to assess glomerular and tubule damage in adults living near a landfill. Our results indicate glomerular dysfunction in exposed subjects, and supported evidence of necrosis of proximal and distal tubule epithelial cells as specific biomarkers began to appear in the urine. Positive correlation by Pearson test were obtained between : blood Pb and B-OPN, B-Cyst C, Calbindin, U-KIM-1, TIMP1, U-OPN, and U-Clusterin; and also, between urinary Cd and TIMP1, B-Clusterin, U-OPN, FABP-1, Albumin, and U-Clusterin. The relation between biomarkers of Cd/Pb exposure and early effect biomarkers in this study clearly predicts the future risk of severe kidney injury in subjects living close to the landfill.
Published: 2021
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12. Recommender system taking into account the availability forecast of product categories

Author: Armel Jacques NZEKON NZEKO’O, Hamza Adamou, Maurice Tchuente, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université de Yaoundé I, Département d’informatique, Université de Yaoundé I, Cameroun, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Recommandation Top-N, [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], Recommender systems, Top-N Recommendation, Prédiction de disponibilité des ressources, [INFO]Computer Science [cs], General Medicine, Availability Prediction, Système de recommandation
Abstract: Recommending suitable products to users is crucial in e-commerce and streaming platforms. In some situations, a customer has a preference for a product based on the product features and the current temporal context. It is therefore wise to take these aspects into account in order to improve the quality of the recommendations. In this paper, we propose recommender systems based on the availability prediction of product categories according to the temporal context. Indeed, the classification of the Top-N recommendations proposed by the initial recommender system is updated in such a way as to favor products with categories predicted available. Furthermore, we propose an algorithm for the choice of the appropriate temporal context to consider for the availability prediction of categories. Experiments are carried out on four datasets and comparisons are made on the results of three basic recommender systems with and without integration of availability forecasts, according to the Hit-ratio, MAP and F1-score evaluation metrics. We note that in 75% of cases, to have the best performance, it is necessary to integrate the availabilities prediction of the categories. This gain can even go to more than 12% regardless of the dataset. All this confirms the relevance of our contribution., Recommander des articles appropriés aux utilisateurs est crucial dans les plateformes de commerce électronique et de streaming. Dans certaines situations, un client a une préférence pour un produit en fonction des caractéristiques du produit et du contexte temporel courant. Il est donc judicieux de prendre en compte ces aspects afin d'améliorer la qualité des recommandations. Dans cet article, nous proposons des systèmes de recommandation basés sur la prédiction de disponibilité des catégories des produits en fonction du contexte temporel. En effet, le classement des recommandations Top-N proposées par le système de recommandation initial est mis à jour de manière à favoriser les produits aux catégories prédites disponibles. Par ailleurs, nous proposons un algorithme pour le choix du contexte temporel adéquat à la considération de la prédiction de disponibilité des catégories. Des expérimentations sont menées sur quatre jeux de données et des comparaisons sont effectuées sur les résultats de trois systèmes de recommandation de base avec et sans intégration des prédictions de disponibilité, suivant les métriques d'évaluation Hit-ratio, MAP et F1-score. On constate que dans 75% des cas, pour avoir la meilleure performance, il est nécessaire d'intégrer les prédictions de disponibilité des catégories. Ce gain peut même aller à plus de 12% quel que soit le jeu de données. Tout ceci confirme la pertinence de notre contribution.
Published: 2022
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13. Accurate comparison of tree sets using HMM-based descriptor vectors

Author: Iloga, Sylvain, Higher Teachers' Training College, University of Maroua, (HTTC-UMA), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Equipes Traitement de l'Information et Systèmes (ETIS - UMR 8051), Ecole Nationale Supérieure de l'Electronique et de ses Applications (ENSEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CY Cergy Paris Université (CY), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), CNRS, ETIS UMR 8051 (ETIS UMR 8051), and CY Cergy Paris University
Subjects: General Medicine, Distance between trees, Classification, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Clustering, Arbres, Comparaison d'ensembles d'arbres, Trees, Comparison of tree sets, Tree Edit distance, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], [INFO.INFO-LG]Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], Distance entre arbres, Modèles de Markov cachés, Hidden Markov Models
Abstract: Trees are among the most studied data structures and several techniques have consequently been developed for comparing two trees belonging to the same category. Until the end of year 2020, there was a serious lack of suitable metrics for comparing two weighted trees or two trees from different categories. The problem of comparing two tree sets was not also specifically addressed. These limitations have been overcome in a paper published in 2021 where a customizable metric based on hidden Markov models have been proposed for comparing two tree sets, each containing a mixture of trees belonging to various categories. Unfortunately, that metric does not allow the use of non metric-dependent classifiers which take descriptor vectors as inputs. This paper addresses this drawback by deriving a descriptor vector for each tree set from the behavior of its associated models after a sufficiently long time. The comparison between two tree sets is then realized by comparing their associated descriptor vectors. Classification experiments carried out on the databases FirstLast-L (FL), FirstLast-LW (FLW) and Stanford Sentiment Treebank (SSTB) respectively showed best accuracies of 99.75%, 99.75% and 87.22%. These performances are respectively 40.75% and 20.52% better than the tree Edit distance respectively for FLW and SSTB. Additional clustering experiments exhibited 54.25%, 98.75% and 75.53% of correctly clustered instances respectively for FL, FLW and SSTB. No clustering was performed in existing work.; Les arbres font partie des structures de données les plus étudiées et plusieurs techniques ont par conséquent été développées pour comparer deux arbres appartenant à la même catégorie. Jusqu'à la fin de l'année 2020, il y avait un sérieux manque de métriques appropriées pour comparer deux arbres pondérés ou deux arbres de catégories différentes. Le problème de la comparaison de deux ensembles d'arbres n'a pas non plus été spécifiquement abordé. Ces limites ont été surmontées dans un article publié en 2021 dans lequel une métrique paramétrable basée sur des modèles de Markov cachés a été proposée pour comparer deux ensembles d'arbres, chacun contenant un mélange d'arbres appartenant à différentes catégories. Malheureusement, cette métrique ne permet pas l'utilisation de classificateurs ne dépendant pas d'une mesure de distance qui prennent généralement des vecteurs en entrées. Le présent article s'attaque à cette limite en proposant un descripteur vectoriel pour chaque ensemble d'arbres à partir du comportement sur une longue période des modèles qui lui sont associés. La comparaison entre deux ensembles d'arbres est alors réalisée en comparant leurs descripteurs vectoriels respectifs. Des expériences en classification menées sur les bases de données FirstLast-L (FL), FirstLast-LW (FLW) et Stanford Sentiment Treebank (SSTB) ont respectivement permis d'obtenir les meilleures performances de 99,75 %, 99,75 % et 87,22 %. Ces performances sont respectivement 40,75% et 20,52% meilleures que la 'Tree Edit distance' respectivement pour FLW et SSTB. Des expériences supplémentaires en clustering ont permis d'avoir respectivement 54,25 %, 98,75 % et 75,53 % instances correctement groupées pour FL, FLW et SSTB. Aucun clustering n'avait été effectué dans les travaux existants.
Published: 2022
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14. Impact of increased resolution on the representation of the Canary upwelling system in climate models

Author: Adama Sylla, Emilia Sanchez Gomez, Juliette Mignot, Jorge López-Parages, Laboratoire de Physique de l'Atmosphère et de l'Océan Siméon Fongang (LPAO-SF), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Climat, Environnement, Couplages et Incertitudes [Toulouse] (CECI), Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique (CERFACS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Océan et variabilité du climat (VARCLIM), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Universidad de Málaga [Málaga] = University of Málaga [Málaga]
Subjects: [SDU]Sciences of the Universe [physics], General Medicine
Abstract: We investigate the representation of the Canary upwelling system (CUS) in six global coupled climate models operating at high and standard resolution as part of the High Resolution Model Intercomparison Project (HighResMIP). For this project the resolution of the ocean and/or atmosphere components was increased. The models performance in reproducing the observed CUS is assessed in terms of various upwelling indices based on SST, wind stress and sea surface height, focussing on the effect of increasing model spatial resolution. Our analysis shows that an increase of spatial resolution depends on the sub-domain of the CUS considered. Strikingly, along the Iberian Peninsula region, which is the northernmost part of the CUS, the models show lower skill at higher resolution compared to their corresponding lower resolution version in both components for all the indices analyzed in this study. On the contrary, over the southernmost part of the CUS, from the north of Morocco to the Senegalese coast, the high ocean and atmosphere resolution models simulate a more realistic upwelling than the standard resolution models, which largely differ from the range of observational estimates. These results suggest that increasing resolution is not a sufficient condition to obtain a systematic improvement in the simulation of the upwelling phenomena as represented by the indices considered here, and other model improvements notably in terms of the physical parameterizations may also play a role.
Published: 2022
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15. Cost-Utility Analysis of a Dolutegravir-Based Versus Low-Dose Efavirenz-Based Regimen for the Initial Treatment of HIV-Infected Patients in Cameroon (NAMSAL ANRS 12313 Trial)

Author: Marie Libérée Nishimwe, Marie Varloteaux, Charles Kouanfack, Eric Delaporte, Alice Montoyo, Sylvie Boyer, Martial Lantche Wandji, Pierrette Omgba Bassega, Mireille Mpoudi-Etame, Gwenaëlle Maradan, Marwân-al-Qays Bousmah, Tamara Tovar-Sanchez, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS), Hôpital Central de Yaoundé [Yaoundé], Hôpital Militaire de Yaoundé, Partenaires INRAE, Hôpital de la Cité Verte [Yaoundé], Université de Dshang, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), and Herrada, Anthony
Subjects: Adult, Cyclopropanes, medicine.medical_specialty, Pediatrics, Efavirenz, Pyridones, Cost-Benefit Analysis, HIV Infections, JEL: I - Health, Education, and Welfare/I.I1 - Health/I.I1.I19 - Other, Piperazines, Health administration, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Oxazines, Humans, Medicine, Original Research Article, Cameroon, 030212 general & internal medicine, [SHS.ECO] Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Pharmacology, Cost–utility analysis, Health economics, business.industry, 030503 health policy & services, Health Policy, Public health, Public Health, Environmental and Occupational Health, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Benzoxazines, 3. Good health, Regimen, chemistry, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SP.PHARMA] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Alkynes, Dolutegravir, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Anxiety, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, medicine.symptom, 0305 other medical science, business, Heterocyclic Compounds, 3-Ring
Abstract: Objectives Evidence comparing the economic and patient values of the World Health Organization’s preferred (dolutegravir 50 mg [DTG]-based) and alternative (low-dose [400 mg] efavirenz [EFV400]-based) first-line antiretroviral regimens is limited. We compared patient-reported outcomes (PROs), costs, and the cost-utility of DTG- versus EFV400-based regimens in treatment-naive HIV-1 adults in the randomised NAMSAL ANRS 12313 trial in Yaoundé, Cameroon. Methods We used clinical data, PROs, and health resource use data collected in the trial’s first 96 weeks (2016–2019). Quality-adjusted life-years (QALYs) were computed using utility scores obtained from the 12-item Short Form (SF-12) generic health scale. Other PROs included perceived symptoms, depression, anxiety, and stress. In the 96-week base-case analysis, we estimated the unadjusted and multivariate-adjusted (1) mean costs (in US$, 2016 values) and QALYs/patient, (2) incremental costs and QALYs/patient, and (3) net health benefit (NHB). Outcomes were extrapolated over 5 and 10 years. Uncertainty was assessed using the cost-effectiveness acceptability curve and scenario and cost-effective price threshold analyses. Results In the base-case analysis, the NHB (95% confidence interval) for the DTG-based regimen relative to the EFV400-based regimen was 0.056 (− 0.037 to 0.153), corresponding to an 88% probability of DTG being cost-effective. A 10% decrease in this regimen’s price (from $5.2 to $4.7/month) would increase its cost-effectiveness probability to 95%. When extrapolating outcomes over 5 and 10 years, the DTG-based regimen had a 100% probability of being cost-effective for a large range of cost-effectiveness thresholds. Conclusions At 2020 antiretroviral drug prices, a DTG-based first-line regimen should be preferred over an EFV400-based regimen in sub-Saharan Africa. Trial Registration ClinicalTrials.gov Identifier: NCT02777229. Supplementary Information The online version contains supplementary material available at 10.1007/s40273-020-00987-3.
Published: 2020
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16. Type 1 Diabetes in People Hospitalized for COVID-19: New Insights From the CORONADO Study

Author: Sandrine Lablanche, Florence Galtier, Pierre Leroy, Vincent Dubée, Dominique Bonnefont-Rousselot, Patrick Saulnier, Matthieu Wargny, Manuel Etienne, Patrice Darmon, Anne-Laure Borel, Jean-Louis LAPLANCHE, Olivier Lesieur, Bertrand Cariou, Malak Taher, Lydia GUITTET, Vincent Minville, BRUNO MOURVILLIER, Jean-Pierre QUENOT, Bernard Bonnotte, Lucien Marchand, Team2 Carmen, Veronique Kerlan, Pascal Reynier, Nadia Sabbah, Matthieu PICHELIN, Jean-Charles Aurégan, Guillaume Martin-Blondel, Olivier Bourron, Blandine Rammaert, Pierre-Edouard Fournier, Coralie Amadou, Giulia Chinetti, Jean-Christophe Lagier, Didier Raoult, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Sud Francilien, Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Service d'endocrinologie, diabétologie et nutrition [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Physiologie & médecine expérimentale du Cœur et des Muscles [U 1046] (PhyMedExp), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Diabétologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), CH Evry-Corbeil, unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université de Paris (UP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service de diabétologie [CHU Pitié-Salpétrière], Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Paris (UP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Gestionnaire, Hal Sorbonne Université
Subjects: Male, Pediatrics, medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Pneumonia, Viral, Population, 030209 endocrinology & metabolism, law.invention, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Risk Factors, law, Diabetes mellitus, Internal Medicine, medicine, Clinical endpoint, Humans, 030212 general & internal medicine, education, Pandemics, Case report form, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, Aged, 80 and over, Glycated Hemoglobin, Advanced and Specialized Nursing, Inpatients, Type 1 diabetes, education.field_of_study, business.industry, e-Letters: Observations, COVID-19, Middle Aged, Prognosis, medicine.disease, Respiration, Artificial, Intensive care unit, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Diabetes Mellitus, Type 2, Hypertension, Etiology, Female, Observational study, Coronavirus Infections, business
Abstract: Since the start of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, patients with diabetes were rapidly recognized as a high-risk population for severe disease. Indeed, a high prevalence of diabetes among patients with COVID-19 who required hospitalization has been consistently reported, reaching 33.8% in 5,700 people hospitalized for COVID-19 in the New York City area (1). In addition, diabetes was associated with more than a doubled risk of intensive care unit (ICU) admission and more than a tripled risk of death (2). However, precise data regarding the type of diabetes are scarce. We report here the clinical characteristics and early prognosis of patients with type 1 diabetes (T1D) hospitalized for COVID-19 in the nationwide multicenter observational CORONADO (Coronavirus SARS-CoV-2 and Diabetes Outcomes) study (3). The aim of the CORONADO study was to describe the phenotypic characteristics and prognosis of patients with diabetes admitted with COVID-19 between 10 March and 10 April 2020 in 68 French hospitals. The protocol (ClinicalTrials.gov reg. no. NCT04324736) obtained all regulatory approvals as recently described (3). Inclusion criteria were 1 ) hospitalization for biologically and/or clinically/radiologically attested COVID-19 and 2 ) personal history of diabetes or newly diagnosed diabetes on admission. The composite primary end point combined tracheal intubation for mechanical ventilation and/or death on day 7 (D7). Secondary outcomes included death, tracheal intubation, and discharge on D7. Classification of diabetes was recorded in the electronic case report form as noted in the medical file by the physician in charge of the patient. In the present subanalysis, patients in whom diabetes was diagnosed on admission were excluded since the etiological diagnosis had not been formally established. All cases noted as T1D were carefully reviewed by local investigators and the steering committee …
Published: 2020
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17. Rare and unique adaptations to cancer in domesticated species: An untapped resource?

Author: Dorothée Missé, Georgina Bramwell, Aaron G. Schultz, Margaux Bieuville, Beata Ujvari, Nolwenn M. Dheilly, Jérôme Abadie, Péter Biró, Sophie Labrut, Tracey Russell, Flora Gouzerh, Justine Boutry, François Renaud, Orsolya Vincze, Rodrigo Hamede, Guillaume Le Loc'h, Mathieu Giraudeau, Benjamin Roche, Frédéric Thomas, Christa Beckmann, Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (CREEC), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (MIVEGEC-CREEC), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), School of Marine and Atmospheric Sciences [Stony Brook] (SoMAS), Stony Brook University [SUNY] (SBU), State University of New York (SUNY)-State University of New York (SUNY), Deakin University, Burwood, Australia, Deakin University [Burwood], Western Sydney University, University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Animaux modèles pour la recherche en oncologie comparée (AMaROC), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hungarian Department of Biology and Ecology [Cluj‑Napoca, Romania], Babes-Bolyai University [Cluj-Napoca] (UBB), MTA Centre for Ecological Research [Tihany], Hungarian Academy of Sciences (MTA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), The University of Sydney, This work was supported by an ARC Linkage (LP170101105), Deakin SEBE_RGS_2019, an ANR TRANSCAN (ANR-18-CE35-0009) and a CNRS 'International Associated Laboratory Grant.' Support was also provided by the Rotary Club Les Sables d’Olonne to FT. OV is supported by the Romanian Ministry of Research and Innovation (PN-III-P4-ID-PCE-2016-0404), by the János Bolyai Research Scholarship of the Hungarian Academy of Sciences and by the New National Excellence Program of the Ministry of Innovation and Technology (ÚNKP-19-4-DE-538)., ANR-18-CE35-0009,TRANSCAN,ECOLOGIE ET EVOLUTION DES CANCERS TRANSMISSIBLES(2018), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, evolutionary mismatch, Resource (biology), [SDV]Life Sciences [q-bio], domestication syndrome, lcsh:Evolution, selection, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, domestication, evolutionary, evolution, Genetics, Inbreeding depression, medicine, lcsh:QH359-425, cancer, Domestication, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), High rate, Cancer, Mismatch theory, medicine.disease, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, General Agricultural and Biological Sciences, mismatch
Abstract: International audience; Strong and ongoing artificial selection in domestic animals has resulted in amazing phenotypic responses that benefit humans, but often at a cost to an animal's health, and problems related to inbreeding depression, including a higher incidence of cancer. Despite high rates of cancer in domesticated species, little attention has been devoted to exploring the hypothesis that persistent artificial selection may also favour the evolution of compensatory anticancer defences. Indeed, there is evidence for effective anti‐cancer defences found in several domesticated species associated with different cancer types. We also suggest that artificial selection can favour the “domestication” of inherited oncogenic mutations in rare instances, retaining those associated to late and/or less aggressive cancers, and that by studying these seemingly rare anticancer adaptations, novel cancer treatments may be found.
Published: 2020
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18. The interface between ecology, evolution, and cancer: More than ever a relevant research direction for both oncologists and ecologists

Author: Frédéric Thomas, Beata Ujvari, Mathieu Giraudeau, Benjamin Roche, Rodrigo Hamede, Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (MIVEGEC-CREEC), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Deakin University [Burwood], Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM), and ANR-18-CE35-0009,TRANSCAN,ECOLOGIE ET EVOLUTION DES CANCERS TRANSMISSIBLES(2018)
Subjects: 0106 biological sciences, conservation biology, Interface (Java), Ecology (disciplines), [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Evolution, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Genetics, medicine, lcsh:QH359-425, cancer, evolutionary theory, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Evolutionary theory, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Cognitive science, 0303 health sciences, Evolutionary medicine, Cancer, medicine.disease, evolutionary medicine, oncology, Conservation biology, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: International audience
Published: 2020
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19. Nevirapine Use Is Associated with Higher Bone Mineral Density in HIV-1 Positive Subjects on Long-Term Antiretroviral Therapy

Author: Couffignal, Camille, Kolta, Sami, Flamant, Martin, Cazanave, Charles, Haymann, Jean-Philippe, Mentre, France, Duval, Xavier, Leport, Catherine, Raffi, Francois, Chêne, G., Salamon, R., Moatti, J., Pierret, J., Spire, B., Brun-Vézinet, F., Fleury, H., Masquelier, B., Peytavin, G., Garraffo, R., Costagliola, D., Dellamonica, P., Katlama, C., Meyer, L., Salmon, D., Cuzin, L., Dupon, M., Le Moing, V., Marchou, B., May, T., Morlat, P., Rabaud, C., Waldner-Combernoux, A., Hardel, L., Reboud, P., Couffin-Cadiergues, S., Marchand, L., Assuied, A., Carrieri, P., Habak, S., Couturier, F., Jadand, C., Perrier, A., Préau, M., Protopopescu, C., Schmit, J.L., Chennebault, J.M., Faller, J.P., Magy-Bertrand, N., Chirouze, C., Humbert, P., Neau, D., Granier, P., Ansart, S., Verdon, R., Merrien, D., Chevojon, P., Sobel, A., Levy, Y., Piroth, L., Perronne, C., Froguel, E., Ceccaldi, J., Chidiac, C., Grégoire, V., Reynes, J., Fuzibet, J., Arsac, P., Bouvet, E., Bricaire, F., Monsonego, J., Girard, P.M., Guillevin, L., Herson, S., Molina, J.M., Pialoux, G., Sain, O., Sellier, P., Roblot, F., Bani-Sadr, F., Michelet, C., Lucht, F., Debord, C., Martin, T., de Jaureguiberry, J.P., Bernard, L., Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Physiologie [Bichat-Claude Bernard], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Remodelage et Reparation du Tissu Renal, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CIC Hôpital Bichat, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Modèles et méthodes de l'évaluation thérapeutique des maladies chroniques (U738 / UMR_S738), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Epidémiologie, santé publique et développement, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Santé Publique, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pharmacie de l'Hôpital Bichat, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Service des maladies infectieuses, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-University Hospital, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques et handicaps (LEASP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Bordeaux [Bordeaux], Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Bell Labs (BELL), Lucent Technologies, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), service de maladies infectieuses CHU J Minjoz Besancon, Service de virologie et d'immunologie biologique, Hôpital de la Cavale Blanche - CHRU Brest (CHU - BREST ), Unité de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Raymond Poincaré], Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Centre Hospitalier Libourne, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Department of Radiation Oncology, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), GERES - Groupe d'Étude sur le Risque d'Exposition des Soignants aux agents infectieux - Research Group for the Prevention of Occupational Infections in Healthcare Workers [Paris, France], Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Pharmacologie des anti-infectieux (PHAR), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), University Hospital and University Jean Monnet, Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Groupe d'Étude sur le Risque d'Exposition des Soignants aux agents infectieux (GERES), Cholley, Pascal, and Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière]
Subjects: Adult, Male, medicine.medical_specialty, Time Factors, Nevirapine, nevirapine, Immunology, Cumulative Exposure, HIV Infections, 03 medical and health sciences, Absorptiometry, Photon, 0302 clinical medicine, Bone Density, Virology, Internal medicine, medicine, Humans, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, 030304 developmental biology, Bone mineral, 0303 health sciences, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, business.industry, Incidence (epidemiology), HIV, virus diseases, Odds ratio, Middle Aged, medicine.disease, Confidence interval, 3. Good health, Cross-Sectional Studies, Infectious Diseases, Cohort, HIV-1, Coinfection, Reverse Transcriptase Inhibitors, Female, bone mineral density, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Follow-Up Studies, medicine.drug
Abstract: International audience; We assessed bone mineral density (BMD) in a cohort of human immunodeficiency virus (HIV)-positive patients after a median of 11 years of combination antiretroviral therapy (cART) and evaluated the respective role of HIV infection and antiretroviral drugs (ARVs). A cross-sectional study of 162 participants (131 male) from the ANRS-C08 cohort was performed with bone dual-energy X-ray absorptiometry (DXA) scans and renal assessment. The window of exposure to ARVs was defined as an exposure of more than six cumulative months during the last 3 years before the DXA evaluation to account for a cumulative exposure that could affect bone remodeling. The association with low BMD (Z-score < -2) was assessed by a multiple logistic regression model. The study population was 50 years (median), hepatitis C virus (HCV) (18%), and hepatitis B virus (HBV) (8%) coinfection with HIV-RNA
Published: 2020
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20. Numerical simulation of hydrodynamic characteristics and bedload transport in cross sections of two gravel-bed rivers based on one-dimensional lateral distribution method

Author: Chien Pham Van, Vivien P. Chua, Thuyloi University, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Department of Civil and Environmental Engineering [Singapore], National University of Singapore (NUS), and Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])
Subjects: Turbulent diffusion, Stratigraphy, 0207 environmental engineering, Fluvial, Sediment, Geology, 02 engineering and technology, Mechanics, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Cross section (physics), Flow velocity, [SDU]Sciences of the Universe [physics], Shear stress, River morphology, 020701 environmental engineering, 0105 earth and related environmental sciences, Bed load
Abstract: Accurate evaluation and prediction of bedload transport are crucial in studies of fluvial hydrodynamic characteristics and river morphology. This paper presents a one-dimensional numerical model based on the one-dimensional lateral distribution method (1D-LDM) and six classic bedload transport formulae that can be used to simulate hydrodynamic characteristics and bedload transport discharge in cross sections. Two gravel-bed rivers, i.e. the Danube River located approximately 70 km downstream from Bratislava in Slovakia and the Tolten River in south of Chile are used as examples. In the 1D-LDM, gravity, bed shear stress, turbulent diffusion, and secondary flow are included to allow for accurate predictions of flow velocity and consequently bed shear stress in the cross sections. Six classic formulae were applied to evaluate the non-dimensional bedload transport rate, and the bedload transport discharge through a river cross section is obtained by integrating the bedload transport rate over the width of the cross section. The results show that the root mean square error (RMSE) and mean absolute error (MAE) of velocity and water discharge were less than 8% of the observed magnitude, while the correlation coefficient between model predictions and observations was close to unity. The formulae proposed by Ashida and Michiue (1972), in which particle collision with the bed is taken into account, and by Camenen and Larson (2005), which allows for yielding a non-zero bedload transport rate even when the bed shear stress is smaller than the critical bed shear stress value, appeared to be more appropriate for predicting the observed bedload transport rate in the studied cross sections of two gravel-bed rivers. If non-uniform sediment mixtures were considered, the bedload transport discharge through a cross-section could change considerably by up to 22.5% of the observed magnitude. The relations proposed by Ashida and Michiue (1972) and Egiazaroff (1965) for parameterizing the hiding factor yielded more realistic model predictions in comparison with observations for the measured data set collected for the Tolten River, while the one proposed by Wilcock and Crowe (2003) performs the best for the data set measured for the Danube River.
Published: 2020
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21. Projected Number of People With Onchocerciasis-Loiasis Coinfection in Africa, 1995 to 2025

Author: Luc E. Coffeng, Belen Pedrique, Samuel Wanji, Afework H. Tekle, Jan H. F. Remme, Natalie V. S. Vinkeles Melchers, Sébastien D. S. Pion, Honorat G. M. Zouré, Wilma A. Stolk, Michel Boussinesq, Public Health, Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Drugs for Neglected Diseases Initiative, Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), University of Buéa, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), and Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: river blindness, law.invention, Loa, ONCHOSIM, 0302 clinical medicine, Ivermectin, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, law, 030212 general & internal medicine, Articles and Commentaries, mass drug administration, biology, Coinfection, onchocerciasis, Loa loa, 3. Good health, AcademicSubjects/MED00290, Infectious Diseases, Transmission (mechanics), RAPLOA, APOC, medicine.drug, Markov transition, Microbiology (medical), eye worm, 030231 tropical medicine, ivermectin, 03 medical and health sciences, Environmental health, parasitic diseases, medicine, Animals, Humans, stochastic, Mass drug administration, model, business.industry, REMO, Central africa, loiasis, biology.organism_classification, medicine.disease, Onchocerca volvulus, serious adverse events, Africa, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Onchocerciasis, business
Abstract: Background Onchocerciasis elimination through mass drug administration (MDA) is hampered by coendemicity of Loa loa, as people with high L. loa microfilariae (mf) density can develop serious adverse events (SAEs) after ivermectin treatment. We assessed the geographical overlap of onchocerciasis and loiasis prevalence and estimated the number of coinfected individuals at risk of post-ivermectin SAEs in West and Central Africa from 1995 to 2025. Methods Focusing on regions with suspected loiasis transmission in 14 countries, we overlaid precontrol maps of loiasis and onchocerciasis prevalence to calculate precontrol prevalence of coinfection by 5 km2 × 5 km2 pixel, distinguishing different categories of L. loa mf intensity. Using statistical and mathematical models, we predicted prevalence of both infections and coinfection for 2015 and 2025, accounting for the impact of MDA with ivermectin. Results The number of people infected with onchocerciasis was predicted to decline from almost 19 million in 1995 to 4 million in 2025. Of these, 137 000 people were estimated to also have L. loa hypermicrofilaremia (≥20 000 L. loa mf/mL) in 1995, declining to 31 000 in 2025. In 2025, 92.8% of coinfected cases with loiasis hypermicrofilaremia are predicted to live in hypoendemic areas currently not targeted for MDA. Conclusions Loiasis coinfection is a major concern for onchocerciasis elimination in Africa. We predict that under current strategies, at least 31 000 coinfected people still require treatment for onchocerciasis in 2025 while being at risk of SAEs, justifying continued efforts in research and development for safer drugs and control strategies., Onchocerciasis elimination using mass drug administration with ivermectin is jeopardized in areas with Loa loa coendemicity. We estimate the number of people at risk of serious adverse events due to ivermectin in onchocerciasis– loiasis coendemic areas in Africa between 1995 and 2025.
Published: 2020
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22. Willingness to use and distribute HIV self-test kits to clients and partners: a qualitative analysis of female sex workers' collective opinion and attitude in Cote d'Ivoire, Mali, and Senegal

Author: Ky-Zerbo, Odette, Desclaux, Alice, Boye, Sokhna, Vautier, Anthony, Rouveau, Nicolas, Kouadio, Brou Alexis, Simo Fotso, Arlette, Pourette, Dolores, Maheu-Giroux, Mathieu, Sow, Souleymane, Camara, Cheick Sidi, Doumenc-Aïdara, Clémence, Keita, Abdelaye, Boily, Marie-Claude, Silhol, Romain, d'Elbée, Marc, Bekelynck, Anne, Gueye, Papa Alioune, Diop, Papa Moussa, Geoffroy, Olivier, Kamemba, Odé Kanku, Diallo, Sanata, Ehui, Eboi, Ndour, Cheikh Tidiane, Larmarange, Joseph, ATLAS team, Solidarite Therapeutiq Initiative Sida, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité), Solidarité thérapeutique & initiatives contre le sida (SOLTHIS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Institut Population Développement et Santé de la Reproduction (IPDSR), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Institut Malien de Recherche en Sciences Sociales (IMRSS), Institut National de Recherche en Santé Publique [Bamako] (INRSP), Imperial College London, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), Programme PAC-CI, ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Programme National de Lutte contre le Sida [Abidjan, Côte d'Ivoire] (PNLS), Ministry of Health - Ministère de la Santé et de l'Action Sociale [Dakar] (MSAS), Unitaid ATLAS, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Santé, vulnérabilités et relations de genre au sud (SAGESUD - ERL Inserm U1244), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité), University Hospital of Martinique, Department of Emergency Medicine, Fort-de-France, 97261, Martinique, France, and Ministère de la Santé et de l'Action sociale (Sénégal) (MSAS)
Subjects: secondary distribution, IVORY_COAST, ATLAS team, HIV self-testing, HIV Infections, perception, Mali, 1117 Public Health and Health Services, West Africa, Humans, Obstetrics & Reproductive Medicine, ATLAS female sex workers HIV self-testing partners perception secondary distribution West Africa, female sex workers, PROSTITUTION, Science & Technology, Sex Workers, WESTERN_AFRICA, virus diseases, Obstetrics & Gynecology, General Medicine, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, ATLAS, Senegal, AIDS, Cote d'Ivoire, Self-Testing, ACCEPTABILITY, Attitude, SEXUALLY_TRANSMITTED_DISEASES, TESTS, 1114 Paediatrics and Reproductive Medicine, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Female, partners, Life Sciences & Biomedicine
Abstract: Background: In West Africa, female sex workers are at increased risk of HIV acquisition and transmission. HIV self-testing could be an effective tool to improve access to and frequency of HIV testing to female sex workers, their clients and partners. This article explores their perceptions regarding HIV self-testing use and the redistribution of HIV self-testing kits to their partners and clients. Methods: Embedded within ATLAS, a qualitative study was conducted in Côte-d’Ivoire, Mali, and Senegal in 2020. Nine focus group discussions were conducted. A thematic analysis was performed. Results: A total of 87 participants expressed both positive attitudes toward HIV self-testing and their willingness to use or reuse HIV self-testing. HIV self-testing was perceived to be discreet, confidential, and convenient. HIV self-testing provides autonomy from testing by providers and reduces stigma. Some perceived HIV self-testing as a valuable tool for testing their clients who are willing to offer a premium for condomless sex. While highlighting some potential issues, overall, female sex workers were optimistic about linkage to confirmatory testing following a reactive HIV self-testing. Female sex workers expressed positive attitudes toward secondary distribution to their partners and clients, although it depended on relationship types. They seemed more enthusiastic about secondary distribution to their regular/emotional partners and regular clients with whom they had difficulty using condoms, and whom they knew enough to discuss HIV self-testing. However, they expressed that it could be more difficult with casual clients; the duration of the interaction being too short to discuss HIV self-testing, and they fear violence and/or losing them. Conclusion: Overall, female sex workers have positive attitudes toward HIV self-testing use and are willing to redistribute to their regular partners and clients. However, they are reluctant to promote such use with their casual clients. HIV self-testing can improve access to HIV testing for female sex workers and the members of their sexual and social network.
Published: 2022
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23. Towards an integrated surveillance of zoonotic diseases in Burkina Faso: the case of anthrax

Author: Nana, Sougrenoma Désiré, Caffin, Jean-Hugues, Duboz, Raphaël, Antoine-Moussiaux, Nicolas, Binot, Aurélie, Diagbouga, Potiandi Serge, Hendrikx, Pascal, Bordier, Marion, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ESCP-EAP (ESCP-EAP), Ecole Supérieure de Commerce de Paris, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université de Liège, Institut de Recherche en Sciences de la Santé (IRSS), CNRST, Laboratoire National d'Elevage et de Recherches Vétérinaires [Dakar] (LNERV), Institut Sénégalais de Recherches Agricoles [Dakar] (ISRA), and This work was funded in part by the CIRAD, by VetagroSup (the French institute for higher education and research in food, animal health, agricultural and environmental sciences) and the French Embassy in Burkina Faso.
Subjects: Anthrax, Governance, Surveillance, Livestock, Integrated, [SDV]Life Sciences [q-bio], Zoonoses, Burkina Faso, Public Health, Environmental and Occupational Health, Animals, Humans, One Health
Abstract: Background Anthrax is a zoonotic disease that causes frequent outbreaks in livestock and fatal human cases in Burkina Faso. Effective surveillance of this disease calls for the establishment of an integrated surveillance system, in line with the One Health concept. However, despite a strong technical and financial support from international partners, surveillance is still poorly conducted within an integrated approach. Based on stakeholder perspectives, the study has for objective to deepen our understanding of the anthrax surveillance system and to identify the obstacles and levers towards a more integrated approach to anthrax surveillance in Burkina Faso. Methods The data was collected from a literature review and interviews with surveillance stakeholders. We first conducted a qualitative descriptive analysis of the data to characterize the surveillance system (programmes, actors, collaboration). In a second step, we conducted a thematic analysis of the informants' discourse in order to identify what represents an obstacle or, conversely, a lever for a more integrated approach to anthrax surveillance. Results The surveillance system of anthrax in Burkina Faso includes three programmes (in the livestock, wildlife and human sectors), which involves 30 actors. These sectoral programmes operate almost independently from one another, although some collaborations are existing for the governance and implementation of surveillance activities. Analysis of the discourse of key stakeholders led to the identification of four categories of factors that may influence the implementation of an integrated surveillance system in the country: knowledge; technical, organizational and social capacities; motivation; intersectoral governance. Conclusions This study highlights the difficulty of translating One Health governance to the national level and the need to better articulate the visions of all categories of stakeholders. This study also reveals the need to develop specific evaluation systems for integrated policies in order to provide credible evidence of their added value for a better management of zoonotic diseases. Finally, our study underlines the need to act upstream the emergence of zoonoses and allocate more resources to the prevention of zoonoses than to their control.
Published: 2022
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24. OPALE: Operational assessment of landscape water eco-functionalities

Author: D. Trévisan, P. Taillandier, B. Sarrazin, D. Etienne, N. Ayari, C. Petiqueux, P. Quétin, C. Janin, Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Thuyloi University (WARM Team), Isara, ENSSA Bordeaux Aquitaine, Pacte, Laboratoire de sciences sociales (PACTE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble (IEPG ), Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), and Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])
Subjects: Environmental Engineering, Ecological Modeling, 0207 environmental engineering, 04 agricultural and veterinary sciences, 02 engineering and technology, Gestion des cultures, Agroécologie, Paysages agricoles, Processus hydrologiques, Règles de décision, [SDE]Environmental Sciences, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Systèmes agricoles, 020701 environmental engineering, Software, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2022
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25. Negotiating Intersecting Precarities: COVID-19, Pandemic Preparedness and Response in Africa

Author: Hayley MacGregor, Melissa Leach, Grace Akello, Lawrence Sao Babawo, Moses Baluku, Alice Desclaux, Catherine Grant, Foday Kamara, Fred Martineau, Esther Yei Mokuwa, Melissa Parker, Paul Richards, Kelley Sams, Khoudia Sow, Annie Wilkinson, University of Sussex, Gulu University, Partenaires INRAE, Njala University, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), University of Florida [Gainesville] (UF), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre Norbert Elias (CNELIAS), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Régional de recherche et de Formation à la prise en charge Clinique de Fann (CRCF), CHNU Fann, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Avignon Université (AU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: 060101 anthropology, Health (social science), response, Preparedness, Negotiating, SARS-CoV-2, Anthropology, Medical, COVID-19, 06 humanities and the arts, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, epidemic, precarity, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Anthropology, Africa, Humans, 0601 history and archaeology, 030212 general & internal medicine, Pandemics, Research Articles, Research Article
Abstract: International audience; This article shares findings on COVID-19 in Africa across 2020 to examine concepts and practices of epidemic preparedness and response. Amidst uncertainties about the trajectory of COVID-19, the stages of emergency response emerge in practice as interconnected. We illustrate how complex dynamics manifest as diverse actors interpret and modify approaches according to contexts and experiences. We suggest that the concept of "intersecting precarities" best captures the temporalities at stake; that these precarities include the effects of epidemic control measures; and that people do not just accept but actively negotiate these intersections as they seek to sustain their lives and livelihoods.
Published: 2022
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26. RESPONSABILITE SOCIALE DES ENTREPRISES ET INCLUSION FINANCIERE : EXPERIENCES ET CONTRIBUTIONS DES INSTITUTIONS DE MICROFINANCE

Author: NAKOU, Daniel Zinsou, SIMEN, Serge Francis, Laboratoire de recherche Entreprise et Developpement (LAED), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), and Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)
Subjects: financial inclusion, microfinance institution, social inclusion, CSR, leader, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: This paper aims to understand the factors that may explain social responsibility for financial inclusion in Benin's microfinance institutions. To achieve this goal, we conducted a comprehensive qualitative study based on semi-structured individual interviews with the managers of 10 MFIs whose data were presented and processed according to thematic content analysis. Our results showed that the leaders of MFIs are aware of CSR, are aware of its existence and seize a symmetrical link between CSR and financial inclusion, and that this link is part of the coordination of behaviors, as well as in the convergence values of the different stakeholders of the institution. Because internal CSR management is seen not as a managerial and organizational constraint that consumes costs and time, but rather as an activity that allows the institution to generate direct and, above all, indirect benefits. Our results suggest that it may not be enough for MFIs to simply engage in CSR. Rather, CSR, perceived as coherent, can inspire positive attitudes and behaviors among leaders.
Published: 2021

27. Statistical modeling of the dynamics of Ebola virus infection in Guinea

Author: Diallo, Mamadou Saliou Kalifa, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier, Université Gamal Abdel Nasser (Conakry), Eric Delaporte, Toure Abdoulaye, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Éric Delaporte, and Touré Abdoulaye
Subjects: Modélisation statistique, Contacts, Ebola, Survivants, Guinea, Guinée, Survivors, Statistical modelling, Infection, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: The 2013–2016 outbreak was the largest and most complex Ebola outbreak with nearly 30,000 cases, more than 11,000 deaths, and more than 17,000 survivors, mainly in Guinea, Liberia, and Sierra Leone. Due to its magnitude, this epidemic made it possible to set up studies among survivors and their contacts and the data collected presented challenges in their analysis which are related to biostatistics field, i.e. the estimation of the diagnostic test performance in the absence of a gold standard, the modeling of the longitudinal evolution of a biomarker, the estimation of prevalences and incidences of an event from repeated and interval censored data over time, the modelling of the occurrence of recurrent events, the modelling of the time to event for censored data, the estimation of the duration of recurrent events from interval censored data. In this work, the use of these techniques allowed us to determine the prevalence of asymptomatic and pauci-symptomatic forms of Ebola virus disease (EVD) in contacts persons according to the level of exposure and the prevalence of long-term sequelae in survivors of EVD, the carriage of the virus in biological fluids as well as the antibody kinetics and their predictive factors. Finally, we proposed a method to impute the dates of occurrence of an event in a longitudinal study with interval-censored data. This work has thus been able to address issues of interest in public health and has positively influenced international recommendations in the fight against EVD.; Entre 2013 et 2016, le monde a connu la plus importante et la plus complexe épidémie de maladie à virus Ebola avec près de 30 000 cas, plus de 11000 décés et plus de 17000 survivants principalement en Guinée, au Liberia et en Sierra Leone. De par son ampleur, cette épidémie a rendu possible la mise en place d’études auprès des survivants et de leurs contacts et les données collectées présentaient des challenges dans leurs analyses qui relèvent de la biostatistique à savoir l’estimation des performances d’un test diagnostique en absence de gold standard, la modélisation de l’évolution longitudinale d’un biomarqueur, l’estimation de prévalences et d’incidences d’un évènement à partir de données répétées dans le temps et censurées par intervalle, la modélisation de l’occurrence d’évènements récurrents, la modélisation du temps écoulé jusqu’à l’apparition d’un évènement d’intérêt avec des données censurées, l’estimation des durées d’évènements récurrents en présence de données censurées par intervalle. Dans ce travail de thèse, l’utilisation de ces techniques nous ont permis de déterminer auprès des personnes contacts, la prévalence des formes asymptomatiques et pauci-symptomatiques de la MVE en fonction du niveau d’exposition et auprès des survivants de la MVE, la prévalence des séquelles à long terme, le portage du virus dans les fluides biologiques ainsi que la cinétique des anticorps et leurs facteurs prédictifs. Enfin, nous avons proposé une méthode pour imputer les dates de survenue d’un évènement quelconque dans une étude longitudinale avec des données censurées par intervalle. Cette thèse a donc pu répondre à des problématiques d’intérêt en santé publique et a influencé positivement les recommandations internationales dans la lutte contre la MVE.
Published: 2021

28. Evaluation du maintien des arbovirus dans la nature via les moustiques Aedes par la théorie des semi-groupes positifs

Author: NDIAYE, Papa ibrahima, Ndongo, Mamadou, Université Alioune Diop de Bambey, Université Alioune Diop de Bambey (UADB), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), and Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])
Subjects: quasi-compactness, balanced exponential growth, basic-bionomics reproduction number, [SDV]Life Sciences [q-bio], positive semigroup, transovarial transmission, General Medicine, spectral theory, [MATH]Mathematics [math], Aedes borne-disease
Abstract: For more than one century, Aedes species are supposed to be a reservoir in dengue, yellow fever, rift valley fever and west nile viruses transmission. In this article, we study an infinite dimension ordinary differential equations system that models arbovirus vertical transmission in \textit{Aedes} mosquito. Relying of the positive semigroup theory, we show that the model is well-posed and compute a threshold parameter known as the basic reproduction ratio $R0$. This parameter describes "the average rate of secondary new cases of infected adult females from emergences in a breeding habitat that are produced by an infected adult female via transovarial transmission during its lifetime." In addition, we prove that the solution of the model goes to zero asymptotically if R0 Depuis plus d'un siècle, certaines espèces Aedes sont supposées jouer un rôle de réservoir de virus dans les épidémies de la dengue, de la fièvre jaune, de la fièvre de la vallée du Rift et du Nil occidental. Dans cet article, nous étudions un système différentiel de dimension infinie décrivant la transmission verticale des arbovirus chez les moustiques Aedes. Grâce à la théorie des semi-groupes positifs, nous avons montré que le modèle est bien pos\'e et extrait un paramètre seuil appelé taux de reproduction de base R0. Ce paramètre R0 décrit " le taux moyen de cas secondaires d'infection des femelles adultes émergentes dans un habitat de reproduction à partir d'oeufs contaminés via la transmission transovarienne et pondus par une femelle adulte durant sa vie". De plus, nous avons démontré que la solution du modèle tend vers zéro quand t tend vers l'infini si R0
Published: 2021
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29. Development of alternative strategies for the elimination of filariasis in Central Africa

Author: Jérémy Campillo, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Montpellier, Sébastien Bertout, Cédric Chesnais, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), and Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: Parasitologie, Afrique, Ivermectin, Essais Cliniques, Ivermectine, Epidemiology, Africa, Clinical Trials, Parasitology, Epidémiologie, Filarioses, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Filariasis
Abstract: Onchocerciasis and lymphatic filariasis are both parasitic diseases that are targeted for elimination by control programs in Central Africa. These programs are based on massive drug administration to the entire population living in endemic areas. The choice of drugs used is based on the endemicity of onchocerciasis and lymphatic filariasis. Thus, ivermectin is used in areas where only onchocerciasis is endemic, while the combination of ivermectin and albendazole is used in areas where lymphatic filariasis and onchocerciasis are coendemic.These treatments must be repeated because they kill the larval stage of the parasite, the microfilariae, but not the adult worms. These control programs are undoubtedly successful, but the fight continues. A current issue is the use of ivermectin in areas where another filariasis, loaisis, is also endemic. Indeed, subjects with a high microfilarial density of Loa loa in the blood are at risk of serious post-ivermectin adverse effects. Although the benefit/risk ratio of mass ivermectin treatment remains acceptable in these areas when onchocerciasis or lymphatic filariasis are meso-hyperendemic, it is not acceptable when they are hypoendemic.In order to interrupt the transmission of lymphatic filariasis and onchocerciasis, it is essential to develop effective and safe alternative strategies to control these filariasis in areas where they are hypoendemic and coendemic for loaisis, and to accelerate the control of these filariasis in areas where they are meso- or hyperendemic and coendemic for loaisis. Finally, in order to treat these areas, it seems important to better understand loaisis, which has been ignored by public health programs.This work provides new evidence for the evaluation of an existing alternative strategy: the semi-annual administration of albendazole against lymphatic filariasis in areas where loaisis is endemic. The added value of maintaining good compliance with mass albendazole administration programs has been evaluated.This work also reports the results of a clinical trial investigating the use of levamisole to decrease Loa loa microfilaremia below the threshold for the occurrence of severe post-ivermectin adverse effects, and thus would allow the safe administration of ivermectin to the general population in control programs.New approaches have also been investigated: the prophylactic effect of ivermectin which could be of interest in accelerating control through more frequent mass treatments and as chemoprophylaxis for travelers and expatriates.The use of levamisole in the management of loaisis or of ivermectin as chemoprophylaxis for onchocerciasis requires a precise evaluation of the safety of these molecules. We have thus conducted two pharmacovigilance studies using the WHO global pharmacovigilance database.Finally, concerning loaisis, we have studied and modeled the daily periodicity, the short- and long-term variability as well as the diagnostic variability of blood microfilaremia allowing to improve our understanding of the parasite and thus to bring new elements that will be useful in interventions seeking to evaluate new alternative strategies to manage endemic areas for loaisis; L'onchocercose et la filariose lymphatique sont toutes les deux des parasitoses faisant l'objet de programmes de lutte visant leurs éliminations en Afrique centrale. Ces programmes reposent sur l'administration massive de médicaments à toute la population vivant en zone d'endémie. Le choix des médicaments utilisés repose sur l’endémicité de l’onchocercose et de la filariose lymphatique. Ainsi, l'ivermectine est utilisée dans les zones où seule l'onchocercose est endémique tandis que l'association ivermectine et albendazole est utilisée dans les zones où la filariose lymphatique et l’onchocercose sont coendémiques.Ces traitements doivent être répétés car ils tuent le stade larvaire du parasite, les microfilaires, mais pas les vers adultes. Ces programmes de lutte sont, sans aucun doute, une réussite mais la lutte continue. Une problématique qui se pose actuellement est l’utilisation d'ivermectine dans les zones où une autre filariose, la loase, est également endémique. En effet, les sujets ayant une forte densité microfilarienne à Loa loa dans le sang sont à risque d'effet secondaire grave post-ivermectine. Bien que le rapport bénéfice/risque des traitements de masse par ivermectine reste acceptable dans ces zones lorsque l’onchocercose ou la filariose lymphatique sont méso-hyperendémiques, il ne l'est pas en lorsqu’elles sont hypoendémiques. Afin d’interrompre la transmission de la filariose lymphatique et de l’onchocercose, il est primordial de mettre en place des stratégies alternatives efficaces et sûres permettant de lutter contre ces filarioses dans les régions où elles sont hypoendémiques et coendémiques pour la loase et d’accélérer la lutte contre ces filarioses dans les régions où elles sont méso- ou hyperendémiques et coendémiques pour la loase. Enfin, pour parvenir à traiter ces zones, il semble important de mieux comprendre la loase, jusque-là ignoré par les programmes de santé publique.Ces travaux apportent de nouveaux éléments concernant l’évaluation d’une stratégie alternative déjà existante : l’administration semi-annuel d’albendazole contre la filariose lymphatique dans les zones où la loase est endémique. La valeur ajoutée du maintien d’une bonne observance thérapeutique aux programmes d’administration de masse d’albendazole a été évaluée.Ces travaux rapportent également les résultats d’un essai clinique portant sur l’utilisation du lévamisole pour diminuer la microfilarémie à Loa loa en dessous du seuil d’apparition des effets secondaires graves post-ivermectine, et ainsi permettrait l’administration sûre d’ivermectine à l’ensemble de la population dans le cadre des programmes de lutte.De nouvelles pistes de recherche ont également été étudiées : l’effet prophylactique de l’ivermectine qui pourrait avoir un intérêt dans le cadre de l’accélération de la lutte par mise en place de traitements de masse plus fréquents et en tant que chimioprophylaxie préexposition à destination des voyageurs et des expatriés.L’utilisation de lévamisole dans la prise en charge de la loase ou de l’ivermectine en chimioprophylaxie pour l’onchocercose nécessite d’évaluer précisément la sécurité d’emploi de ces molécules. Nous avons ainsi conduit deux études de pharmacovigilance à partir de la base mondiale de pharmacovigilance de l’OMS.Enfin, concernant la loase, nous avons étudié et modélisé la périodicité journalière, la variabilité à court terme et à long terme ainsi que la variabilité diagnostique de la microfilarémie sanguine permettant de mieux comprendre le parasite et donc d’apporter des éléments qui seront utiles dans les interventions cherchant à évaluer de nouvelles stratégies alternatives pour prendre en charge les zones d’endémie pour la loase.
Published: 2021

30. Development of alternative strategies for the elimination of filariasis in Central Africa

Author: Campillo, Jérémy, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier, Sébastien Bertout, Cédric Chesnais, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and STAR, ABES
Subjects: Parasitologie, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Ivermectin, Ivermectine, Epidemiology, Epidémiologie, Filarioses, Filariasis, Afrique, Essais Cliniques, Africa, Clinical Trials, Parasitology, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Onchocerciasis and lymphatic filariasis are both parasitic diseases that are targeted for elimination by control programs in Central Africa. These programs are based on massive drug administration to the entire population living in endemic areas. The choice of drugs used is based on the endemicity of onchocerciasis and lymphatic filariasis. Thus, ivermectin is used in areas where only onchocerciasis is endemic, while the combination of ivermectin and albendazole is used in areas where lymphatic filariasis and onchocerciasis are coendemic.These treatments must be repeated because they kill the larval stage of the parasite, the microfilariae, but not the adult worms. These control programs are undoubtedly successful, but the fight continues. A current issue is the use of ivermectin in areas where another filariasis, loaisis, is also endemic. Indeed, subjects with a high microfilarial density of Loa loa in the blood are at risk of serious post-ivermectin adverse effects. Although the benefit/risk ratio of mass ivermectin treatment remains acceptable in these areas when onchocerciasis or lymphatic filariasis are meso-hyperendemic, it is not acceptable when they are hypoendemic.In order to interrupt the transmission of lymphatic filariasis and onchocerciasis, it is essential to develop effective and safe alternative strategies to control these filariasis in areas where they are hypoendemic and coendemic for loaisis, and to accelerate the control of these filariasis in areas where they are meso- or hyperendemic and coendemic for loaisis. Finally, in order to treat these areas, it seems important to better understand loaisis, which has been ignored by public health programs.This work provides new evidence for the evaluation of an existing alternative strategy: the semi-annual administration of albendazole against lymphatic filariasis in areas where loaisis is endemic. The added value of maintaining good compliance with mass albendazole administration programs has been evaluated.This work also reports the results of a clinical trial investigating the use of levamisole to decrease Loa loa microfilaremia below the threshold for the occurrence of severe post-ivermectin adverse effects, and thus would allow the safe administration of ivermectin to the general population in control programs.New approaches have also been investigated: the prophylactic effect of ivermectin which could be of interest in accelerating control through more frequent mass treatments and as chemoprophylaxis for travelers and expatriates.The use of levamisole in the management of loaisis or of ivermectin as chemoprophylaxis for onchocerciasis requires a precise evaluation of the safety of these molecules. We have thus conducted two pharmacovigilance studies using the WHO global pharmacovigilance database.Finally, concerning loaisis, we have studied and modeled the daily periodicity, the short- and long-term variability as well as the diagnostic variability of blood microfilaremia allowing to improve our understanding of the parasite and thus to bring new elements that will be useful in interventions seeking to evaluate new alternative strategies to manage endemic areas for loaisis, L'onchocercose et la filariose lymphatique sont toutes les deux des parasitoses faisant l'objet de programmes de lutte visant leurs éliminations en Afrique centrale. Ces programmes reposent sur l'administration massive de médicaments à toute la population vivant en zone d'endémie. Le choix des médicaments utilisés repose sur l’endémicité de l’onchocercose et de la filariose lymphatique. Ainsi, l'ivermectine est utilisée dans les zones où seule l'onchocercose est endémique tandis que l'association ivermectine et albendazole est utilisée dans les zones où la filariose lymphatique et l’onchocercose sont coendémiques.Ces traitements doivent être répétés car ils tuent le stade larvaire du parasite, les microfilaires, mais pas les vers adultes. Ces programmes de lutte sont, sans aucun doute, une réussite mais la lutte continue. Une problématique qui se pose actuellement est l’utilisation d'ivermectine dans les zones où une autre filariose, la loase, est également endémique. En effet, les sujets ayant une forte densité microfilarienne à Loa loa dans le sang sont à risque d'effet secondaire grave post-ivermectine. Bien que le rapport bénéfice/risque des traitements de masse par ivermectine reste acceptable dans ces zones lorsque l’onchocercose ou la filariose lymphatique sont méso-hyperendémiques, il ne l'est pas en lorsqu’elles sont hypoendémiques. Afin d’interrompre la transmission de la filariose lymphatique et de l’onchocercose, il est primordial de mettre en place des stratégies alternatives efficaces et sûres permettant de lutter contre ces filarioses dans les régions où elles sont hypoendémiques et coendémiques pour la loase et d’accélérer la lutte contre ces filarioses dans les régions où elles sont méso- ou hyperendémiques et coendémiques pour la loase. Enfin, pour parvenir à traiter ces zones, il semble important de mieux comprendre la loase, jusque-là ignoré par les programmes de santé publique.Ces travaux apportent de nouveaux éléments concernant l’évaluation d’une stratégie alternative déjà existante : l’administration semi-annuel d’albendazole contre la filariose lymphatique dans les zones où la loase est endémique. La valeur ajoutée du maintien d’une bonne observance thérapeutique aux programmes d’administration de masse d’albendazole a été évaluée.Ces travaux rapportent également les résultats d’un essai clinique portant sur l’utilisation du lévamisole pour diminuer la microfilarémie à Loa loa en dessous du seuil d’apparition des effets secondaires graves post-ivermectine, et ainsi permettrait l’administration sûre d’ivermectine à l’ensemble de la population dans le cadre des programmes de lutte.De nouvelles pistes de recherche ont également été étudiées : l’effet prophylactique de l’ivermectine qui pourrait avoir un intérêt dans le cadre de l’accélération de la lutte par mise en place de traitements de masse plus fréquents et en tant que chimioprophylaxie préexposition à destination des voyageurs et des expatriés.L’utilisation de lévamisole dans la prise en charge de la loase ou de l’ivermectine en chimioprophylaxie pour l’onchocercose nécessite d’évaluer précisément la sécurité d’emploi de ces molécules. Nous avons ainsi conduit deux études de pharmacovigilance à partir de la base mondiale de pharmacovigilance de l’OMS.Enfin, concernant la loase, nous avons étudié et modélisé la périodicité journalière, la variabilité à court terme et à long terme ainsi que la variabilité diagnostique de la microfilarémie sanguine permettant de mieux comprendre le parasite et donc d’apporter des éléments qui seront utiles dans les interventions cherchant à évaluer de nouvelles stratégies alternatives pour prendre en charge les zones d’endémie pour la loase.
Published: 2021

31. Mathematical modelling of Banana Black Sigatoka Disease with delay and Seasonality

Author: Franklin Agouanet, Jean Jules Tewa, Israël Tankam-Chedjou, Remy Magloire Etoua, Département de Mathématiques Université de Yaoundé 1 = Department of Mathematics [Yaoundé, Cameroon], Université de Yaoundé I, Laboratoire International de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées (LIRIMA), Université de Yaoundé I-Université Badji Mokhtar - Annaba [Annaba] (UBMA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Joseph Ki-Zerbo [Ouagadougou] (UJZK)-Université d'Antananarivo-Université Gaston Bergé Sénégal-Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (CNRST), National Advanced School of Engineering (University of Yaounde I), Centre d’Excellence en Technologies de l’Information et de la Communication (CETIC asbl), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), EPITAG, Université de Yaoundé I-Université Badji Mokhtar Annaba (UBMA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Joseph Ki-Zerbo [Ouagadougou] (UJZK)-Université d'Antananarivo-Université Gaston Bergé Sénégal-Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (CNRST), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Department of Mathematics [Yaoundé], and University of Yaoundé [Cameroun]
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Black sigatoka, biology, Applied Mathematics, [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, food and beverages, Seasonality, biology.organism_classification, medicine.disease, 01 natural sciences, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, 03 medical and health sciences, Modeling and Simulation, Statistics, medicine, Mycosphaerella, Basic reproduction number, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 010606 plant biology & botany, Mathematics
Abstract: Black Sigatoka Disease, also called Black Leaf Streak Disease (BLSD), is caused by the fungus Mycosphaerella fijiensis and is arguably one of the most important pathogens affecting the banana and plantain industries. Theoretical results on its dynamics are rare, even though theoretical descriptions of epidemics of plant diseases are valuable steps toward their efficient management. In this paper, we propose a mathematical model describing the dynamics of BLSD on banana or plantain leaves within a whole field of plants. The model consists of a system of periodic non-autonomous differential equations with a time delay that accounts for the time of incubation ofM. fijiensis’ spores. We compute the basic reproduction number of the disease and show that it does not depend on the time delay, meaning that the persistence of BLSD would not qualitatively change even if the incubation period of the pathogen is perturbed. We derive local and global long-term dynamics of the disease and provide numerical simulations to illustrate our results.
Published: 2021
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32. Evaluation of the HIV 'Test and Treat' strategy in Men who have Sex with Men in West Africa

Author: Dah, ter Tiero Elias, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier, Christian Laurent, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Hsh, VIH Sida, HIV Aids, West Africa, virus diseases, Test and Treat, Afrique de l'ouest, Msm, Dépister et Traiter, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: In West African countries, HIV epidemic is mixed or concentrated in key populations including men who have sex with men (MSM). Since 2010, the World Health Organization (WHO) has recommended to West-African health decision-makers targeting MSM as part of the response to the HIV epidemic. It recommends to propose comprehensive prevention programme including “HIV infection Test and Treat strategy”. HIV testing is a key step in the fight against HIV. It allows to classify as negative or positive the person who undergo it, and then propose the suitable intervention. In addition, when it is regularly administered, it could allow the detection of acute HIV-infection. As of 2015, the WHO has recommended antiretroviral therapy (ART) initiation in all HIV-infected adults irrespective of their clinical stage and CD4 cell count. The “HIV infection Test and Treat strategy” includes these two components of fight against HIV. However, data on HIV infection “Test and Treat” strategy in MSM are lacking. Our work which is performed from “CohMSM ANRS 12324-Expertise France” project aim to assess the HIV infection “Test and Treat” strategy in MSM in West Africa.Our findings show that HIV seronegative MSM adherence to quarterly follow-up visits including HIV testing is good. However, overall HIV incidence remains high as well as specifically by study site. In addition, adherence to quarterly follow-up visits has no impact on new HIV infections. Almost all the HIV seropositive MSM discovering their HIV status accept the proposition to initiate ART immediately. Among them, one quarter initiate it the same day, two third initiate it rapidly (i.e. within seven days of HIV diagnosis). However, retention on ART is sub-optimal. Rapid ART initiation is favorable to HIV viral suppression over time. However, it has neither impact on retention on ART nor on immunologic response.Our study highlights that it is urgent to strengthen HIV prevention services by adding oral HIV pre-exposure prophylaxis (PrEP). Moreover, it supports the WHO recommendation for rapid ART initiation in HIV seropositive MSM. Our results validate the HIV “Test and Treat” strategy in MSM in West Africa.Keywords: HIV; screening; antiretroviral therapy; MSM; Africa.; L’épidémie du VIH dans les pays d’Afrique de l’Ouest est mixte ou concentrée parmi les populations clés dont les hommes ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes (HSH). Depuis 2010, l’organisation Mondiale de la Santé (OMS) recommande aux décideurs en santé de ces pays de cibler les HSH. Elle recommande une offre globale de prévention du VIH incluant la stratégie « Dépister et Traiter ». Le dépistage du VIH est une étape clé dans la lutte contre le VIH. Elle permet de classer la personne qui le réalise négative ou positive et de proposer ensuite l’action la mieux adaptée. Lorsqu’il est administré régulièrement, il permet la détection précoce des personnes infectées par le VIH. Depuis 2015, l’OMS recommande l’initiation du traitement antirétroviral (ARV) chez toute personne infectée par le VIH indépendamment de son état clinique et/ou biologique. La stratégie « Dépister et Traiter » consiste à coupler ces deux composantes de la lutte contre le VIH. Cependant, des données de cette stratégie chez les HSH sont manquantes. Notre travail de recherche, réalisé à partir du projet CohMSM ANRS 12324-Expertise France a pour objectif d’évaluer la stratégie « Dépister et Traiter » dans l’infection par le VIH chez des HSH en Afrique de l’Ouest.Nos résultats montrent que l’observance au suivi préventif trimestriel incluant le dépistage du VIH chez les HSH séronégatifs est bonne. Cependant, l’incidence du VIH est élevée aussi bien globalement que spécifiquement par site. En plus, l’observance au suivi préventif trimestriel n’a pas d’impact sur la réduction des nouvelles infections par le VIH. Chez les HSH séropositifs qui découvrent leur statut VIH, la grande majorité (95%) accepte d’initier le traitement ARV lorsque celui-ci leur est proposé immédiatement. Parmi eux, 1/4 l’initie le même jour, et 2/3 rapidement (entre 0-7 jours après la découverte du diagnostic positif au VIH). Cependant, leur rétention dans les soins reste sous optimale. L’initiation rapide du traitement ARV favorise la suppression de la charge virale du VIH. Cependant, elle n’a d’impact ni sur la rétention dans les soins des participants sous traitement, ni sur leur réponse immunologique.Notre travail souligne l’urgence de renforcer l’offre de prévention des HSH séronégatifs par l’ajout de la prophylaxie pré-exposition du VIH par voie orale (PrEP). Chez les HSH séropositifs, il supporte les recommandations de l’OMS pour l’initiation rapide du traitement ARV. Nos résultats sont en faveur de la stratégie « Dépister et Traiter » dans l’infection par le VIH chez des HSH en Afrique de l’Ouest.Mots clés: VIH; dépistage; traitement antirétroviral; HSH; Afrique.
Published: 2021

33. Epidemiology and genetic diversity of soil-transmitted helminths and filaria of the genus Mansonella sp. at the human-nonhuman primate interface in Cameroon and Gabon

Author: Sirima, Constant, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier, Michel Boussinesq, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Zoonosis, Phylogénie, Afrique, Géohelminthes, Primates non Humains, Africa, Mansonella sp, Mansonella spp, Zoonose, Soil -Transmitted Helminths, Phylogeny, Non-Human Primates, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Non-human primates (NHP) are infected with many species of parasites ranging from protozoa to helminths. The high prevalence of certain parasitic infections in NHP may make these animals reservoirs of potentially zoonotic pathogens. Mansonella sp. are among the filariae that infect NHP, and M. perstans is widespread in sub-Saharan Africa where there is a large NHP population. Microscopic observation of blood samples is the standard method of diagnosis of M. perstans. However, one of the major obstacles in diagnosing blood-borne parasites in HNPs remains to obtain a blood sample. With evidence obtained in 2010 of the possibility of using feces to test for blood-borne parasites, we hypothesized that it would be possible to detect M. perstans DNA in the feces of NHP, but also that the presence of filarial DNA in feces would be associated with co-infections with Oesophagostomum sp., Necator sp. Many soil-transmitted helminths (STH) are shared between humans and NHP: notably Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris lumbricoides, hookworms. In the second part of this thesis, we studied epidemiology and genetic diversity of these STH in wild NHP living in Cameroon and Gabon.We analyzed feces of NHP collected in Cameroon and Gabon for DNA of filaria of the genus Mansonella sp. and of STH: Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris, and hookworms. We also analyzed sequences of M. perstans obtained from blood samples of patients suffering from mansonellosis in Cameroon. We obtained 121 sequences identical to the reference sequences of Onchocercidae. The cox1 sequences were grouped with the reference sequences of M. perstans, and those of Cameroonian patients carrying the filaria. The association between the presence of filarial DNA in feces and infection with Oesophagostomum sp. and Necator sp. was statically significant only in gorillas. Necator sp. infections were most common in gorillas, but were also present in chimpanzees, and one greater spot-nosed monkey. Oesophagostomum was frequently observed in gorillas, followed by chimpanzees, mandrills, and mangabeys. Necator and Oesophagostomum co-infection was most frequently observed in chimpanzees and gorillas. Only one gorilla, one chimpanzee, and one greater spot-nosed monkey were infected with Trichuris sp. Among the Necator sequences, five different variants (NH1-NH5) of ITS2 were detected. The NH5 haplotype is clustered with a Necator sp. sequence from a human in the Central African Republic. The Oesophagostomum sequences clustered into three different clades probably representing three distinct species infecting the NHP studied. The Trichuris sequences were grouped into a clade containing sequences of T. trichiura and Trichuris sp. from humans and NHP.In conclusion, we detected for the first time the DNA of Mansonella sp. in the fecal material of NHP. This thesis provides data on the prevalence and genetic diversity of Mansonella sp. and GH in NHP from Cameroon and Gabon. As these data are not sufficient, future research should use several molecular markers and next-generation sequencing for better identification of Mansonella, Necator, and Oesophagostomum species infecting NHP. These studies should be expanded, not only to domestic animals but also to the human population living on the edge of parks.; Les Primates non humains (PNH) sont infectés par de nombreuses espèces de parasites allant des protozoaires aux helminthes. La forte prévalence de certaines infections parasitaires chez les PNH peut faire de ces animaux des réservoirs de pathogènes potentiellement zoonotiques. Les Mansonella sp. font parties des filaires qui infectent les PNH, et M. perstans est très répandu en Afrique subsaharienne où vivent une forte population de PNH. L’observation microscopique de prélèvements de sang est la méthode de diagnostic standard de M. perstans. Cependant, l’un des obstacles majeurs du diagnostic des parasites sanguicoles chez les PNH demeure l’obtention d’un prélèvement sanguin. Avec des preuves obtenues en 2010 de la possibilité d’utiliser les matières fécales pour rechercher des parasites sanguicoles, nous avons émis l’hypothèse qu’il serait possible de détecter l’ADN de M. perstans dans les matières fécales des PNH, mais aussi que la présence d'ADN de filaires dans les fèces serait associée à des co-infections avec Oesophagostomum sp., Necator sp. En effet les géohelminthiases constituent une menace pour la conservation des animaux. De nombreux GH sont partagés entre les humains et les PNH : notamment Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris lumbricoides, les ankylostomes. Dans la deuxième partie de ce travail de thèse, nous avons étudié l’épidémiologie et la diversité génétique de ces GH chez des PNH sauvages vivant au Cameroun et au Gabon.Nous avons analysé les fèces de PNH collectés au Cameroun et au Gabon pour rechercher l’ADN de filaire du genre Mansonella sp., et de GH : Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris, ankylostomes. Nous avons également analysé des séquences de M. perstans obtenues à partir de prélèvements sanguins sur des patients souffrants de mansonellose au Cameroun. Nous avons obtenu 121 séquences identiques aux séquences de référence d’Onchocercidae. Les séquences cox1 se sont regroupé avec les séquences de M. perstans de référence, et celles de patients camerounais porteurs du filaire. Pour ce qui est de l’association entre la présence d’ADN de filaire dans les fèces et l’infection par Oesophagostomum sp. et Necator sp., elle a été statiquement significative que chez les gorilles. Les infections par Necator sp. étaient les plus fréquentes chez les gorilles, mais elles étaient également présentes chez les chimpanzés et chez un cercopithèque hocheur. Oesophagostomum a été observée fréquemment chez les gorilles, suivis des chimpanzés, des mandrills, et des mangabeys. La co-infection Necator et Oesophagostomum a été plus observée chez les chimpanzés et les gorilles. Seulement un gorille, un chimpanzé et un cercopithèque hocheur étaient infectés par Trichuris sp. Parmi les séquences de Necator, cinq variants différents (NH1–NH5) d’ITS2 ont été détectés. L’haplotype NH5 s’est regroupée avec une séquence de Necator sp. provenant d’un humain de la Centrafrique. Les séquences d’Oesophagostomum se sont regroupé en trois clades différents représentant probablement trois espèces distinctes infectant les PNH étudiés. Les séquences de Trichuris, se sont regroupé dans un clade contenant des séquences de T. trichiura et de Trichuris sp. provenant d’humains et de PNH.Pour conclure, nous avons détecté pour la première fois l'ADN de Mansonella sp. dans la matière fécale de PNH. Cette thèse apporte des données sur la prévalence et la diversité génétique des Mansonella sp et des GH chez les PNH du Cameroun et du Gabon. Ces données n’étant pas suffisantes, les recherches futures devraient utiliser plusieurs marqueurs moléculaires et la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une meilleure identification, des espèces de Necator et d'Oesophagostomum infectant les PNH. Ces études doivent être élargies, non seulement aux animaux domestiques, mais aussi à la population humaine vivant en bordure des parcs.
Published: 2021

34. Approches basées sur les réseau de neurones et la découverte de sous-groupes pour l'apprentissage machine à partir à partir de données métagénomiques

Author: Queyrel, Maxence, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Quinten, Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU), Sorbonne University, Jean-Daniel Zucker, Alexandre Templier, Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Sorbonne Université, Karine Clément, and Edi Prifti
Subjects: métagénomique, apprentissage profond, point-of-care processing, precision medicine, deep learning, découverte de sous-groupes, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], subgroup discovery, phenotype prediction, prédiction de phénotype, Machine learning, Subgroups discovery, médecine de précision, Metagenomics, apprentissage machine, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], embeddings
Abstract: Technological advances have made high-resolution sequencing of genetic material possible at ever lower cost. In this context, the human microbiome (considered as our second "genome") has demonstrated its great capacity to stratify various human diseases. As a "super-integrator" of patient status, the gut microbiota is set to play a key role in precision medicine. Omics biomarkers identification has become a major goal of metagenomics processing, as it allows us to understand the microbial diversities that induce the patient stratification. There remain many challenges associated with mainstream metagenomics pipelines that are both time consuming and not stand-alone. This prevents metagenomics from being used as "point-of-care" solutions, especially in resource-limited or remote locations. Indeed, state-of-the-art approaches to learning from metagenomics data still relies on tedious and computationally heavy projections of the sequence data against large genomic reference catalogs. In this thesis, we address this issue by training deep neural networks directly from raw sequencing data building an embedding of metagenomes called Metagenome2Vec. We also explore subgroup discovery algorithms that we adapt to build a classifier with a reject option which then delegates samples, not belonging to any subgroup, to a supervised algorithm. Several datasets are used in the experiments to discriminate patients based on different diseases (colorectal cancer, cirrhosis, diabetes, obesity) from the NCBI public repository. Our evaluations show that our two methods reach high performance comparable to the state-of-the-art, while being respectively stand-alone and interpretable.; Les progrès technologiques ont rendu possible le séquençage haute résolution du matériel génétique à faible coût. Dans ce contexte, le microbiome humain a démontré sa grande capacité à stratifier diverses maladies humaines. En tant que "super-intégrateur" de l'état du patient, le microbiote intestinal est appelé à jouer un rôle clé dans la médecine de précision. L'identification de biomarqueurs omiques est devenue un objectif majeur en métagénomique, et permet de comprendre les diversités microbiennes qui induisent la stratification des patients. Il reste de nombreux défis associés aux pipelines de métagénomique courants, qui prennent du temps et ne sont pas autonomes. Cela empêche l'utilisation de la métagénomique comme solution "point-of-care", comme dans les régions à ressources limitées. En effet, l'état de l'art de l'apprentissage à partir de données métagénomiques repose sur des projections lourdes en calcul des séquences sur de grands catalogues de référence génomique. Dans cette thèse, nous abordons ce problème en entraînant des réseaux neuronaux directement à partir des séquences brutes, en construisant un "embeddings" des métagénomes appelé Metagenome2Vec. Nous explorons également des algorithmes de découverte de sous-groupes que nous adaptons en classifieur avec une option de rejet qui délègue ensuite les échantillons n'appartenant à aucun sous-groupe à un algorithme supervisé. Plusieurs jeux de données sont utilisés dans les expériences sur diverses maladies (cancer colorectal, cirrhose, diabète, obésité) à partir du répertoire NCBI. Nos évaluations montrent que nos méthodes atteignent des performances élevées comparables à l'état de l'art.
Published: 2021

35. Deep learning analysis of ECG for risk prediction of drug-induced arrhythmias and diagnosis of long QT syndrome

Author: Prifti, Edi, Fall, Ahmad, Davogustto, Giovanni, Pulini, Alfredo, Denjoy, Isabelle, Funck-Brentano, Christian, Khan, Yasmin, Durand-Salmon, Alexandre, Badilini, Fabio, Wells, Quinn, Leenhardt, Antoine, Zucker, Jean-Daniel, Roden, Dan, Extramiana, Fabrice, Salem, Joe-Elie, Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Vanderbilt University [Nashville], UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Université Paris Cité (UPCité), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de REcherche en Cardio Oncologie (GRC 27 - GRECO), Sorbonne Université (SU), Cardiabase-Banook group [Nancy], AMPS-LLC [New York], Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), Service de Pharmacologie médicale [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de REcherche en Cardio Oncologie [CHU Saint-Antoine] (GRC 27 GRECO), CHU Saint-Antoine [AP-HP], HAL-SU, Gestionnaire, Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Université de Paris - UFR Médecine Paris Centre [Santé] (UP Médecine Paris Centre), Université de Paris (UP), Service de pharmacologie médicale [CHU Pitié-Salpêtrière], and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Subjects: risk prediction, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, machine learning, Torsades de Pointes, long QT, cardiovascular diseases, interpretability, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Aims: Congenital (cLQTS) or drug-induced (diLQTS) long-QT syndromes can cause Torsadede-Pointes (TdP), a life-threatening ventricular arrhythmia. The current strategy for identification of drugs at high-risk of TdP relies on measuring the QT-interval corrected for heart rate (QTc) on ECG. However, QTc has a low positive predictive value. Methods: We used convolutional-neural-network (CNN) models to quantify ECG alterations induced by sotalol, an IKr-blocker associated with TdP, aiming to provide new tools (CNN-models) to enhance prediction of diTdP and diagnosis of cLQTS. Tested CNN-models used single or multiple 10sec recordings/patient using 8 leads or single leads in various cohorts: 1029 healthy subjects before and after sotalol intake (n=14135 ECGs); 487 cLQTS patients (n=1083 ECGs: 560 type 1, 456 type 2, 67 type 3); 48 patients with diTdP (n=1105 ECGs, with 147 obtained within 48hours of a diTdP episode). Results: CNN-models outperformed models using QTc to identify exposure to sotalol (ROC-AUC=0.98 vs. 0.72,p≤0.001). CNN-models had higher ROC-AUC using multiple vs. single 10s-ECG (p≤0.001). Performances were comparable for 8-lead vs. single lead models. CNN-models predicting sotalol exposure also accurately detected presence and type of cLQTS vs. healthy controls, particularly for cLQT2 (AUC-ROC=0.9), and were greatest shortly after a diTdP event and declining over time(p≤0.001), after controlling for QTc and intake of culprit drugs. ECG segment analysis identified the J-Tpeak interval as the best discriminator of sotalol intake. Conclusion: CNN-models applied to ECGs outperform QTc measurements to identify exposure to drugs altering the QT-interval, congenital LQTS, and are greatest shortly after a diTdP episode.
Published: 2021
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36. Adaptation strategies in the Mekong delta

Author: Truong, Chi Quang, Gaudou, Benoit, Taillandier, Patrick, Drogoul, Alexis, Espagne, Etienne, Huynh Quang, Nghi, Nguyen, Trung Hieu, Pham, Thi Thanh Nga, Nguyen, Thao Hong, Can Tho University [Vietnam] (CTU), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Systèmes Multi-Agents Coopératifs (IRIT-SMAC), Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence française de développement (AFD), INHEM, AFD, Etienne Espagne, GEMMES, Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)
Subjects: [INFO.INFO-MA]Computer Science [cs]/Multiagent Systems [cs.MA], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract: International audience
Published: 2021

37. Antimicrobial Resistance in Africa—How to Relieve the Burden on Family Farmers

Author: Marion Bordier, Barbara Wieland, Flavie Goutard, François Roger, Ekta Patel, Alexis Delabouglise, Muriel Figuié, Marisa Peyre, Charlotte Dehays, Alexandre Hobeika, Christian Lienhardt, Arshnee Moodley, Christian Ducrot, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Montpellier Interdisciplinary center on Sustainable Agri-food systems (Social and nutritional sciences) (UMR MoISA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), International Livestock Research Institute [CGIAR, Nairobi] (ILRI), International Livestock Research Institute [CGIAR, Ethiopie] (ILRI), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR)-Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Laboratoire National d'Elevage et de Recherches Vétérinaires [Dakar] (LNERV), Institut Sénégalais de Recherches Agricoles [Dakar] (ISRA), Faculty of Veterinary Medicine [Kasetsart University, Thaïlande], Kasetsart University (KU)-Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université Eduardo Mondlane, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), LESUR, Hélène, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), and University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)
Subjects: antibiotic resistance, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Psychological intervention, Infectious and parasitic diseases, RC109-216, 0403 veterinary science, Anti-Infective Agents, Antimicrobial Resistance in Africa—How to Relieve the Burden on Family Farmers, Socioeconomics, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Farmers, Enquête, Qualitative interviews, 1. No poverty, 04 agricultural and veterinary sciences, Antimicrobial, 3. Good health, Anti-Bacterial Agents, [SDV] Life Sciences [q-bio], Infectious Diseases, Perspective, Medicine, Public Health, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Veterinary Drugs, agriculture familiale, 040301 veterinary sciences, Exploitation agricole familiale, farms animals, L75 - Pharmacologie et toxicologie, family farmers, Agent pathogène, antimicrobials, 03 medical and health sciences, Antibiotic resistance, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Animals, Humans, antimicrobial resistance, 030304 developmental biology, business.industry, Public health, L01 - Élevage - Considérations générales, Antimicrobial use, Agriculture, Africa, Business, Antimicrobien, Résistance aux antimicrobiens
Abstract: International audience; Although currently available data indicate that Africa has the lowest usage of antimicrobials in animals in the world (adjusted by animal biomass), data show a high prevalence of antimicrobial resistance in foodborne pathogens isolated from animals and animal products. Apart from the lack of solid data on antimicrobial use in many countries in Africa, diff erent hypotheses could explain this situation. Qualitative interviews of farmers show a lack of knowledge and uninformed use of antimicrobials. Considering the development of animal farming to meet an increasing demand for proteins, this defi ciency represents a serious public health issue. We advocate for policies that consider the specifi c challenges faced by family farmers in Africa, to simultaneously improve access to veterinary drugs while strengthening the regulation of their use. We propose a global approach targeting the agri-food system, off ering innovative social and technical interventions on antimicrobial usage, adapted to family farmers.
Published: 2021
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38. A Climatological study of the mechanisms controlling the seasonal meridional migration of the Atlantic Warm Pool in an OGCM

Author: Wane, Dahirou, Lazar, Alban, Wade, Malick, Gaye, Amadou Thierno, Laboratoire de Physique de l'Atmosphère et de l'Océan Siméon Fongang (LPAO-SF), École Supérieure Polytechnique de Dakar (ESP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Océan et variabilité du climat (VARCLIM), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire des Sciences de l’atmosphère et des Océans (LSAO), Université Gaston Berger de Saint-Louis Sénégal (UGB), Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Meteorology. Climatology, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], QC851-999, Atlantic Warm Pool, heat budget, ITCZ
Abstract: International audience; The tropical Atlantic Warm Pool is one of the main drivers of the marine intertropical convergence zone and the associated coastal Northeast Brazilian and West-African monsoons. Its meridional displacement is driven by the solar cycle, modulated by the atmosphere and ocean interactions, whose nature and respective proportions are still poorly understood. This paper presents a climatological study of the upper ocean and lower atmosphere contributions to the warm pool seasonal migration, using an Ocean General Circulation Model (OGCM). First, we provide quantitative, albeit simple, pieces of evidence on how the large amplitude of migration in the west, compared to the east, is mainly due to the strong east–west contrast of the background meridional SST gradient intensities, which is maintained by equatorial and eastern tropical upwellings. Our main results consist first in identifying a diagnostic equation for the migration speed of the two meridional boundary isotherms of the Warm Pool, expressed in terms of the various mixed-layer heat fluxes. We then evidence and quantify how, in general, the migration is forced by air–sea fluxes, and damped by ocean circulation. However, remarkable controls by the ocean are identified in some specific regions. In particular, in the northwestern part of the Warm Pool, characterized by a large temperature inversion area, the boreal spring northward movement speed depends on the restitution of the solar heating by the thermocline. Additionally, over the southern part of the Warm Pool, our study quantifies the key role of the equatorial upwelling, which, depending on the longitude, significantly accelerates or slows down the summer poleward migration.
Published: 2021
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39. REPROsheep: A model that integrates individual variability to optimise hormone-free reproduction management strategies for a dairy sheep flock

Author: Laclef, Ellen, Debus, Nathalie, Taillandier, Patrick, González García, Eliel, Lurette, Amandine, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Thuyloi University (WARM Team), ANR-16-CONV-0004,DIGITAG,Institut Convergences en Agriculture Numérique(2016), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Agent-based model, Hormone-free reproduction, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Dairy sheep, Individual variability, Management strategies, Flock performances
Abstract: International audience; Managing reproduction of a dairy sheep flock without using hormones for oestrus induction and synchronisation is an alternative method that complies with agroecological principles, animal welfare and public health concerns. However, shifting from conventional reproductive management to a hormone-free philosophy means leaving more room for individual intraflock variability in oestrus occurrence. The success of establishing alternative hormone-free reproduction systems relies on managing the variability of ewes' individual responses, which are themselves influenced by individual characteristics. Therefore, the so-called REPROsheep model was built to study the effects of individual ewes' characteristics, such as age, body condition score (BCS) or milk yield, on individual responses, as well as the overall productive and reproductive performances of the flock. This dynamic agent-based model (ABM) represents individual reproduction and lactation processes in a hormone-free management context. Outputs at the flock level were simulated using this model. Two dynamic outputs (weekly number of ewes lambing and weekly milk yield) and two punctual outputs (total number of ewes lambing and total milk yield) were simulated. Sensitivity analysis showed that the studied outputs were affected by ewe age, pre-mating BCS and milk-yield distributions in the flock. Increasing average age or pre-mating BCS by 0.5 from a starting point of 2.5 and average milk-yield by 50 L from a starting point of 195 L appeared to increase, for one breeding season, the number of ewes lambing, the concentration of those lambing events over one period, as well as total milk yield, whereas decreasing the average value of these factors by the same amount appeared to produce the opposite effect. Management strategies favouring an optimum age and pre-mating BCS, as well as good milk yield for the individuals of the flock, may thus be a lever for optimising performance, especially lambing distribution over time. Therefore, the REPROsheep model seems relevant to determine how a management strategy (affecting flock structure in terms of age, body condition or production potential) can impact the performance of a dairy sheep flock in the context of hormone-free reproduction.
Published: 2021
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40. Smart system to generate the optimal authorized bounding volume

Author: Ines Hassoumi, Abdelkader Ben Saci, Alia Belkaid, Ecole Nationale d'Architecture et d'Urbanisme de Tunis (ENAU), Université de Carthage - University of Carthage, Centre de recherche sur l'espace sonore et l'environnement urbain (CRESSON), Ambiances, Architectures, Urbanités (AAU), École Centrale de Nantes (ECN)-École nationale supérieure d'architecture de Nantes (ENSA Nantes)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Grenoble (ENSAG ), Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-École Centrale de Nantes (ECN)-École nationale supérieure d'architecture de Nantes (ENSA Nantes)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Grenoble (ENSAG ), Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)
Subjects: Artificial intelligence, Computer science, Distributed computing, Distributed constraint optimization, Geography, Planning and Development, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, Authorized Bounding Volume, Morphological urban rules, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], 021105 building & construction, Architecture, [INFO.INFO-HC]Computer Science [cs]/Human-Computer Interaction [cs.HC], Built environment tectonics and technologies, Smart system, [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Multi-agent system, 021107 urban & regional planning, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Human-computer interaction, Urban Studies, Bounding volume, [INFO.INFO-MA]Computer Science [cs]/Multiagent Systems [cs.MA]
Abstract: PurposeThe overall functioning of this system is based on two approaches: construction and supervision. The first is conducted entirely by the machine, and the second requires the intervention of the designer to collaborate with the machine. The morphological translation of urban rules is sometimes contradictory and may require additional external relevance to urban rules. Designer arbitration assists the artificial intelligence (AI) in accomplishing this task and solving the problem.Design/methodology/approachThis paper provides a method of computational design in generating the optimal authorized bounding volume which uses the best target values of morphological urban rules. It examines an intelligent system, adopting the multi-agent approach, which aims to control and increase urban densification by optimizing morphological urban rules. The process of the system is interactive and iterative. It allows collaboration and exchange between the machine and the designer. This paper is adopting and developing a new approach to resolve the distributed constraint optimization problem in generating the authorized bounding volume. The resolution is not limited to an automatic volume generation from urban rules, but also involves the production of multiple optimal-solutions conditioned both by urban constraints and relevance chosen by the designer. The overall functioning of this system is based on two approaches: construction and supervision. The first is conducted entirely by the machine and the second requires the intervention of the designer to collaborate with the machine. The morphological translation of urban rules is sometimes contradictory and may require additional external relevance to urban rules. Designer arbitration assists the AI in accomplishing this task and solving the problem. The human-computer collaboration is achieved at the appropriate time and relies on the degree of constraint satisfaction. This paper shows and analyses interactions with the machine during the building generation process. It presents different cases of application and discusses the relationship between relevance and constraints satisfaction. This topic can inform a chosen urban densification strategy by assisting a typology of the optimal authorized bounding volume.FindingsThe human-computer collaboration is achieved at the appropriate time and relies on the degree of constraint satisfaction with fitness function.Originality/valueThe resolution of the distributed constraint optimization problem is not limited to an automatic generation of urban rules, but involves also the production of multiple optimal ABV conditioned both by urban constraints as well as relevance, chosen by the designer.
Published: 2021
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41. Mapping of Ebola virus spillover: Suitability and seasonal variability at the landscape scale

Author: Larisa Lee-Cruz, Maxime Lenormand, Julien Cappelle, Alexandre Caron, Hélène De Nys, Martine Peeters, Mathieu Bourgarel, François Roger, Annelise Tran, Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), I-SITE MUSE (Montpellier Universite), ANR-16-IDEX-0006,MUSE,MUSE(2016), ANR-17-CE03-0003,NetCost,Une approche réseau pour mesurer l'impact du changement(2017), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Lenormand, Maxime, MUSE - - MUSE2016 - ANR-16-IDEX-0006 - IDEX - VALID, and Une approche réseau pour mesurer l'impact du changement - - NetCost2017 - ANR-17-CE03-0003 - AAPG2017 - VALID
Subjects: RNA viruses, Male, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, RC955-962, Pathology and Laboratory Medicine, Quantitative Biology - Quantitative Methods, Disease Outbreaks, Geographical Locations, Risk Factors, Arctic medicine. Tropical medicine, Chiroptera, Facteur de risque, Bats, Medicine and Health Sciences, Quantitative Methods (q-bio.QM), Mammals, Fruit Bats, Eukaryota, Ebolavirus, [SDV] Life Sciences [q-bio], Épidémiologie, Variation saisonnière, Medical Microbiology, S50 - Santé humaine, Filoviruses, Viral Pathogens, Viruses, Vertebrates, Female, Seasons, Public aspects of medicine, RA1-1270, Pathogens, Ebola Virus, Research Article, Évaluation du risque, Microbiology, Population Metrics, Animals, Humans, Surveillance épidémiologique, Gabon, Quantitative Biology - Populations and Evolution, Microbial Pathogens, Disease Reservoirs, Population Density, Cartographie, Biology and life sciences, Population Biology, Hemorrhagic Fever Viruses, Populations and Evolution (q-bio.PE), Organisms, Hemorrhagic Fever, Ebola, maladie à virus Ébola, FOS: Biological sciences, Medical Risk Factors, Amniotes, People and Places, Africa, Earth Sciences, Geographic Information Systems, Guinea, Zoology
Abstract: The unexpected Ebola virus outbreak in West Africa in 2014 involving the Zaire ebolavirus made clear that other regions outside Central Africa, its previously documented niche, were at risk of future epidemics. The complex transmission cycle and a lack of epidemiological data make mapping areas at risk of the disease challenging. We used a Geographic Information System-based multicriteria evaluation (GIS-MCE), a knowledge-based approach, to identify areas suitable for Ebola virus spillover to humans in regions of Guinea, Congo and Gabon where Ebola viruses already emerged. We identified environmental, climatic and anthropogenic risk factors and potential hosts from a literature review. Geographical data layers, representing risk factors, were combined to produce suitability maps of Ebola virus spillover at the landscape scale. Our maps show high spatial and temporal variability in the suitability for Ebola virus spillover at a fine regional scale. Reported spillover events fell in areas of intermediate to high suitability in our maps, and a sensitivity analysis showed that the maps produced were robust. There are still important gaps in our knowledge about what factors are associated with the risk of Ebola virus spillover. As more information becomes available, maps produced using the GIS-MCE approach can be easily updated to improve surveillance and the prevention of future outbreaks., Comment: 44 pages, 10 figures
Published: 2021
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42. Risk Prediction of Cognitive Decline after Stroke

Author: Youssef Hbid, Abdel Douiri, Majed Obaid, Charles D.A. Wolfe, Marion Fahey, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL (UMR_7598)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA), King‘s College London, Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), and Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: Male, Time Factors, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cognitive decline, Neuropsychological Tests, 0302 clinical medicine, Cognition, Risk Factors, London, Registries, 10. No inequality, Stroke, Aged, 80 and over, education.field_of_study, Rehabilitation, medicine.diagnostic_test, Linear model, Stroke Rehabilitation, Middle Aged, case mix, Mental Status and Dementia Tests, Prognosis, Cohort, Female, Cardiology and Cardiovascular Medicine, mixed-effects model, medicine.medical_specialty, clinical prediction, Population, Risk Assessment, rehabilitation, 03 medical and health sciences, recovery, Case mix index, Predictive Value of Tests, Internal medicine, medicine, Humans, Cognitive Dysfunction, education, Aged, Ischemic Stroke, Mini–Mental State Examination, business.industry, Post-stroke, medicine.disease, monitoring, Surgery, Neurology (clinical), business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Background and purpose Cognitive decline is one of the major outcomes after stroke. We have developed and evaluated a risk predictive tool of post-stroke cognitive decline and assessed its clinical utility. Methods In this population-based cohort, 4,783 patients with first-ever stroke from the South London Stroke Register (1995-2010) were included in developing the model. Cognitive impairment was measured using the Mini Mental State Examination (cut off 24/30) and the Abbreviated Mental Test (cut off 8/10) at 3-months and yearly thereafter. A penalised mixed-effects linear model was developed and temporal-validated in a new cohort consisted of 1,718 stroke register participants recruited from (2011-2018). Prediction errors on discrimination and calibration were assessed. The clinical utility of the model was evaluated using prognostic accuracy measurements and decision curve analysis. Results The overall predictive model showed good accuracy, with root mean squared error of 0.12 and R2 of 73%. Good prognostic accuracy for predicting severe cognitive decline was observed AUC: (88%, 95% CI [85-90]), (89.6%, 95% CI [86-92]), (87%, 95% CI [85-91]) at 3 months, one and 5 years respectively. Average predicted recovery patterns were analysed by age, stroke subtype, Glasgow-coma scale, and left-stroke and showed variability. Decision curve analysis showed an increased clinical benefit, particularly at threshold probabilities of above 15% for predictive risk of cognitive impairment. Conclusions The derived prognostic model seems to accurately screen the risk of post-stroke cognitive decline. Such prediction could support the development of more tailored management evaluations and identify groups for further study and future trials.
Published: 2021
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43. What is life? A perspective of the mathematical kinetic theory of active particles

Author: Pietro Terna, Nicola Bellomo, Giovanni Dosi, Diletta Burini, Livio Gibelli, Nisrine Outada, Damián Alejandro Knopoff, Maria Enrica Virgillito, University of Granada [Granada], Università degli Studi di Perugia (UNIPG), Scuola Universitaria Superiore Sant'Anna [Pisa] (SSSUP), University of Edinburgh, Basque Center for Applied Mathematics (BCAM), Basque Center for Applied Mathematics, Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Università degli studi di Torino (UNITO), Universidad de Granada = University of Granada (UGR), Università degli Studi di Perugia = University of Perugia (UNIPG), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), and Università degli studi di Torino = University of Turin (UNITO)
Subjects: Crowd dynamics, Computer science, virus pandemics, 01 natural sciences, Active particles, 0103 physical sciences, 92D30, evolutionary economics, multiscale problems, Statistical physics, 0101 mathematics, [MATH]Mathematics [math], 010306 general physics, Applied Mathematics, Perspective (graphical), virus pandemic, collective learning, Collaborative learning, Living systems, 010101 applied mathematics, 92C60, Modeling and Simulation, Kinetic theory of gases, kinetic theory, Evolutionary economics, crowd dynamics, complexity
Abstract: International audience; The modeling of living systems composed of many interacting entities is treated in this paper with the aim of describing their collective behaviors. The mathematical approach is developed within the general framework of the kinetic theory of active particles. The presentation is in three parts. First, we derive the mathematical tools, subsequently, we show how the method can be applied to a number of case studies related to well defined living systems, and finally, we look ahead to research perspectives.
Published: 2021
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44. Extraction of lexico-grammatic features and coupling of CRF (Conditional Random Field) units to the deep neural network for aspect extraction

Author: Norbert Tsopze, Saint Germes Bienvenu Bengono Obiang, Département d'informatique, Faculté des Sciences, Université de Yaoundé 1, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Physics, Coupling, Conditional random field, Apprentissage profond, Artificial neural network, Extraction (chemistry), ABSA, Deep learning, General Medicine, Unité récurrente à portes, [INFO.INFO-NE]Computer Science [cs]/Neural and Evolutionary Computing [cs.NE], [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], Analyse des sentiments, Gated Recurrent Unit, Unité récurrente à portes Sentiments analysis, Lexico, Biological system, computer, Sentiments analysis, computer.programming_language
Abstract: The Internet contains a wealth of information in the form of unstructured texts such as customer comments on products, events and more. By extracting and analyzing the opinions expressed in customer comments in detail, it is possible to obtain valuable opportunities and information for customers and companies. The model proposed by Jebbara and Cimiano. for the extraction of aspects, winner of the SemEval2016 competition, suffers from the absence of lexico-grammatic input characteristics and poor performance in the detection of compound aspects. We propose the model based on a recurrent neural network for the task of extracting aspects of an entity for sentiment analysis. The proposed model is an improvement of the Jebbara and Cimiano model. The modification consists in adding a CRF to take into account the dependencies between labels and we have extended the characteristics space by adding grammatical level characteristics and lexical level characteristics. Experiments on the two SemEval2016 data sets tested our approach and showed an improvement in the F-score measurement of about 3.5%. L'analyse des opinions consiste à extraire des connaissances à partir des commentaires laissés par les utilisateurs à propos d'un produit, service, texte,... L'analyse des opinions basée sur les aspects consiste alors à décomposer le commentaire afin d'extraire les aspects que cet utilisateur a évalué. Le modèle proposé par Jebbara et Cimiano, vainqueur de la compétition SemEval2016 n'extrait pas correctement des aspects composés et ne prend pas en compte les caractéristiques lexico-grammaticales des textes en entrée, ce qui limite aussi ses performances dans la détection des aspects. Nous proposons une amélioration du modèle de Jebbara et Cimiano. en y introduisant des unités CRF afin de prendre en compte les dépendances entre les étiquettes et ajoutant aux entrées du modèle des caractéristiques lexico-grammaticales. Les expérimentations faites sur les deux jeux de données de SemEval2016 ont permis de tester cette approche et montrer une amélioration de la mesure F-score d'environ 3.5%. ABSTRACT. The Internet contains a wealth of information in the form of unstructured texts such as customer comments on products, events and more. By extracting and analyzing the opinions expressed in customer comments in detail, it is possible to obtain valuable opportunities and information for customers and companies. The model proposed by Jebbara and Cimiano. for the extraction of aspects, winner of the SemEval2016 competition, suffers from the absence of lexico-grammatic input characteristics and poor performance in the detection of compound aspects. We propose the model based on a recurrent neural network for the task of extracting aspects of an entity for sentiment analysis. The proposed model is an improvement of the Jebbara and Cimiano model. The modification consists in adding a CRF to take into account the dependencies between labels and we have extended the characteristics space by adding grammatical level characteristics and lexical level characteristics. Experiments on the two SemEval2016 data sets tested our approach and showed an improvement in the F-score measurement of about 3.5%.
Published: 2021
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45. Herpes Infections in Suspected Cases of Yellow Fever in the Democratic Republic of the Congo

Author: Sheila Makiala-Mandanda, Jessica L Abbate, Elisabeth Pukuta-Simbu, Steve Ahuka-Mundeke, Jean-Jacques Muyembe-Tamfum, Eric M Leroy, Pierre Becquart, Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Cliniques Universitaires de Kinshasa [Congo], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Institut National de Recherche Biomédicale [Kinshasa] (INRB), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Herpes Infections in herpes, Medicine (General), [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Herpesvirus 3, Human, viruses, Brief Report, herpes, virus diseases, Cytomegalovirus, Herpesviridae Infections, 3. Good health, R5-920, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, DNA, Viral, Yellow Fever, Democratic Republic of the Congo, Humans, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie
Abstract: International audience; In the battle to quickly identify potential yellow fever arbovirus outbreaks in the Democratic Republic of the Congo, active syndromic surveillance of acute febrile jaundice patients across the country is a powerful tool. However, patients who test negative for yellow fever virus infection are too often left without a diagnosis. By retroactively screening samples for other potential viral infections, we can both try to find sources of patient disease and gain information on how commonly they may occur and co-occur. Several human arboviruses have previously been identified, but there remain many other viral families that could be responsible for acute febrile jaundice. Here, we assessed the prevalence of human herpes viruses (HHVs) in these acute febrile jaundice disease samples. Total viral DNA was extracted from serum of 451 patients with acute febrile jaundice. We used real-time quantitative PCR to test all specimens for cytomegalovirus (CMV), herpes simplex virus (HSV), human herpes virus type 6 (HHV-6) and varicella-zoster virus (VZV). We found 21.3% had active HHV replication (13.1%, 2.4%, 6.2% and 2.4% were positive for CMV, HSV, HHV-6 and VZV, respectively), and that nearly half (45.8%) of these infections were characterized by co-infection either among HHVs or between HHVs and other viral infection, sometimes associated with acute febrile jaundice previously identified. Our results show that the role of HHV primary infection or reactivation in contributing to acute febrile jaundice disease identified through the yellow fever surveillance program should be routinely considered in diagnosing these patients.
Published: 2021
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46. The principles and challenges of the interplay and dual commitment between research and humanitarian action

Author: Hancart Petitet, Pascale, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), ANRS - Expertise France, Hancart Petitet, Pascale, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), and Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI)
Subjects: [SHS.ANTHRO-SE] Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: The author’s career perfectly illustrates the hybridisation at work between the worlds of humanitarian action and research. Drawing on her experiences and various projects carried out in Laos, Pascale Hancart Petitet presents her reflections and analysis of this “dual commitment”, Par son parcours, l'auteure illustre parfaitement l'hybridation à l'oeuvre entre les mondes de l'action humanitaire et de la recherche. Revenant sur sa trajectoire et sur certains projets menés au Laos, Pascale Hancart Petitet expose ici ses réflexions et analyses sur ce « double engagement ».
Published: 2021

47. Mobile community-based active case-finding for tuberculosis among older populations in rural Cambodia

Author: S. Scholtissen, Maryline Bonnet, Cathy Hewison, Jean-Philippe Dousset, O Camelique, Mathieu Bastard, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), and Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: Male, Rural Population, Pulmonary and Respiratory Medicine, medicine.medical_specialty, Tuberculosis, diagnosis, 030231 tropical medicine, Antitubercular Agents, detection, elderly, Asymptomatic, Older population, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Active tb, Internal medicine, medicine, Humans, Mass Screening, 030212 general & internal medicine, Tuberculosis, Pulmonary, Aged, Retrospective Studies, business.industry, screening, Retrospective cohort study, Middle Aged, Patient Acceptance of Health Care, medicine.disease, chest X-ray, 3. Good health, Infectious Diseases, Treatment success, Cough, Case finding, Female, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, medicine.symptom, Cambodia, business, Rural population
Abstract: OBJECTIVE: To systematically screen older rural populations in Cambodia for tuberculosis (TB) and develop an effective active case-finding (ACF) model for this TB high-risk group.DESIGN: A retrospective study using routinely collected programmatic data on community-based ACF among people aged ≥55 years using TB symptoms and systematic chest radiography (CXR) screening, followed by Xpert® MTB/RIF testing for participants with positive screening results and TB culture for certain Xpert-negative specimens.RESULTS: Of 22 101 participants included in the analysis, 7469 (33.8%) were screening-positive and 5960 (27.0%) underwent Xpert testing. Pulmonary TB was identified in 482 (2.2%) individuals: 288 (1.3%) were bacteriologically confirmed (253 using Xpert, 35 using culture) and 194 (0.9%) were clinically diagnosed. Eighty-seven people needed to be screened in order to diagnose one Xpert-positive case. Among the Xpert-positive cases, only 31.6% (80/253) reported cough ≥2 weeks, and 39.9% (101/253) were asymptomatic but had a CXR suggestive of active TB. Treatment uptake was 97.3% (469/482), and treatment success was 88.0% (424/482).CONCLUSIONS: Community-based ACF was effective in detecting and successfully treating older TB patients, most of whom might otherwise have remained undiagnosed. Mobile CXR appears to be crucial in identifying a high number of asymptomatic, bacteriologically confirmed cases.
Published: 2019
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48. Epidemiology and antifungal susceptibility testing of non-albicans Candida species colonizing mucosae of HIV-infected patients in Yaoundé (Cameroon)

Author: Sébastien Bertout, Rufin M.K. Toghueo, F. Fekam Boyom, Laurence Lachaud, Charles Kouanfack, A.K. Nana, L. Tadjou, I.F. Kenfack, Thierry Kammalac Ngouana, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université de Yaoundé I, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Hôpital Central de Yaoundé [Yaoundé], Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), and CCSD, Accord Elsevier
Subjects: Adult, Male, MALDI-TOF, Antifungal, medicine.medical_specialty, Susceptibility testing, Antifungal Agents, Adolescent, Itraconazole, medicine.drug_class, Candida glabrata, HIV Infections, Microbial Sensitivity Tests, Biology, Microbiology, Young Adult, 03 medical and health sciences, Drug Resistance, Fungal, Amphotericin B, Epidemiology, medicine, Humans, Candida tropicalis, Cameroon, Non-albicans Candida species, Fluconazole, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Aged, Candida, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Middle Aged, [SDV.MP.MYC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Yeast, 3. Good health, Colonisation, Infectious Diseases, HIV-patients, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Female, medicine.drug
Abstract: International audience; Non-albicans Candida (NAC) species have emerged as potent pathogenic yeasts among HIV-infected patients. Authors evaluated the epidemiology and antifungal susceptibility testing of non-albicansCandida species colonizing Yaoundé (capital of the Republic of Cameroon, Central Africa) HIV-infected patients. The mucosal specimens were collected and submitted to the mycological diagnosis. Yeast isolates were identified by the Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation - Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). The antifungal susceptibility testing was achieved by the CLSI-M27 protocols, and the interpretation of clinical break points (CBPs) and epidemiological cutoff values were in accordance with the CLSI-M60 and M59 recommendations. Four hundred and two patients were recruited and 1218 samples collected. The colonisation frequency was 24.1% and 304 yeasts isolated. Yeast isolates were 113 (37.2%) C. albicans, 2 (0.7%) C. africana and 172 (56.6%) NAC isolates. The NAC isolates were grouped into 13 species including C. krusei (18.1%), C. glabrata (10.9%), C. tropicalis (8.5%) and C. parapsilosis (5.9%) as the major ones. All the isolates appeared to be wild-type for amphotericin B and itraconazole. One (1/33) isolate of C. glabrata was resistant to fluconazole. C. arapsilosis isolates appeared all susceptible to fluconazole. C. tropicalis isolates presented 50% (13/26) resistance to fluconazole. The achieved results bring out new insights about epidemiology of NAC species in Cameroon. The results also highlight the resistance of NAC species to current antifungal drugs.
Published: 2019
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49. Risk assessment of using off‐label morphine sulfate in a population‐based retrospective cohort of opioid‐dependent patients

Author: Nicolas Authier, Denis Ardid, Jessica Delorme, Hélène Peyrière, Georges Brousse, Célian Bertin, Chouki Chenaf, Marie Riquelme, Alain Eschalier, Neuro-Dol (Neuro-Dol), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Faculté de Médecine - Clermont-Ferrand, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Pharmacologie fondamentale et clinique de la douleur, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pôle de biologie médicale et d'anatomie pathologique, CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Neuro-Dol - Clermont Auvergne (Neuro-Dol), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire Gabriel Montpied, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Risk Assessment, 030226 pharmacology & pharmacy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Internal medicine, Opiate Substitution Treatment, medicine, Humans, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Retrospective Studies, Pharmacology, Morphine, business.industry, Incidence (epidemiology), Retrospective cohort study, Opioid use disorder, Off-Label Use, Original Articles, Opioid-Related Disorders, medicine.disease, Confidence interval, Buprenorphine, 3. Good health, Analgesics, Opioid, Opioid, Cohort, business, Delivery of Health Care, Methadone, medicine.drug
Abstract: AIMS: Several addictovigilance studies have described the off‐label use of morphine sulfate (MS) for nonchronic pain in opioid use disorder (OUD) patients as an alternative to conventional opioid substitution treatments (OSTs). This study primarily sought to compare the incidence of unintentional opioid‐related overdose in the year following the prescription initiation in off‐label MS users, compared to OST‐maintained patients. METHODS: Sequential cohorts of OUD patients who were regularly dispensed MS, buprenorphine, or methadone, between 1 April 2012 and 31 December 2014, were retrospectively identified using the French nationwide healthcare data system. The incidence of overdoses, deaths, doctor shopping, and complications of a viral, bacterial or thrombotic nature, was compared using the Cox regression method. RESULTS: Overall, 1075, 20 834 and 9778 OUD patients without chronic‐pain were included in the MS, buprenorphine, and methadone cohorts, respectively. Overdose incidence was 3.8 (P
Published: 2019
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50. Combined Sexual Behavioral Profiles in HIV-Seronegative Men Who have Sex with Men in West Africa (CohMSM ANRS 12324-Expertise France)

Author: Pierre-Julien, Coulaud, Luis, Sagaon-Teyssier, Mohamed, Mimi, Bakridine, M'madi Mrenda, Gwenaëlle, Maradan, Marion, Mora, Michel, Bourrelly, Bintou Dembélé, Keita, Abdoul Aziz, Keita, Camille, Anoma, Stéphane-Alain, Babo Yoro, Ter Tiero Elias, Dah, Christian, Coulibaly, Ephrem, Mensah, Selom, Agbomadji, Adeline, Bernier, Clotilde, Couderc, Christian, Laurent, Bruno, Spire, Claver Anoumou Yaotsè, Dagnra, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), ARCAD-SIDA [Bamako, Mali], Espace Confiance [Abidjan, Côte d’Ivoire], Association African Solidarité [Ouagadougou, Burkina Faso], Centre Muraz [Bobo-Dioulasso, Burkina Faso], Espoir Vie Togo [Lomé, Togo], Coalition PLUS [Pantin, France], Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), CohMSM Study Group: Clotilde Couderc, Bruno Granouillac, Suzanne Izard, Christian Laurent, Laura March, Martine Peeters, Laetitia Serrano, Cyril Berenger, Michel Bourrelly, Pierre-Julien Coulaud, Gwenaëlle Maradan, Bakri M'madi Mrenda, Marion Mora, Enzo Parisi, Luis Sagaon-Teyssier, Bruno Spire, Adeline Bernier, Paméla Palvadeau, Daniela Rojas Castro, Drissa Camara, Oumar Cisse, Alou Coulibaly, Bintou Dembele Keita, Fodié Diallo, Mahamadou Diarra, Mady Gadjigo, Abdoul Aziz Keita, Kader Maiga, Aly Ouologuem, Fodé Traore, Niamkey Thomas Aka, Camille Anoma, Stéphane-Alain Babo Yoro, Noufo Hamed Coulibaly, Rachelle Kotchi, Patrick Kouabenan, Malan Jean-Baptiste Kouame, Kpassou Julien Lokrou, Frédéric Dibi N'Guessan, Xavier Anglaret, Jean-Marie Masumbuko, Maxime Oga, Christian Coulibaly, Ter Tiero Elias Dah, Ousseni Ilboudo, Joseph Ouedraogo, Mamadou Ouedraogo, Elisabeth Thio, Juste Rodrigue Toure, Abdoulazziz Traore, Issa Traore, Fiffou Yougbare, Nicolas Meda, Kouakou Kokouvi Selom Agbomadji, Richard Mawuényégan Kouamivi Agboyibor, Messan Attiogbe, Aléda Mawuli Badjassim, Agbégnigan Lorette Ekon, Anouwarsadat Kokouba, Ephrem Mensah, Diimiln Joseph Strauss Tablissi, Kossi Jeff Yaka, Claver Anoumou Yaotsè Dagnra, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and Dupuis, Christine
Subjects: Male, Sexual behavior, [SDV]Life Sciences [q-bio], HIV risk, Human immunodeficiency virus (HIV), HIV Infections, Human sexuality, medicine.disease_cause, West africa, Men who have sex with men, Cohort Studies, Sexual and Gender Minorities, 0302 clinical medicine, MESH: Sexual Partners, 030212 general & internal medicine, 10. No inequality, MESH: Cohort Studies, General Psychology, virus diseases, MESH: HIV Infections, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], MESH: Sexual and Gender Minorities, Africa, Western, Sexual Partners, MESH: Risk-Taking, MESH: Young Adult, Cohort, Sexual orientation, 0305 other medical science, Psychology, Adult, medicine.medical_specialty, MESH: Homosexuality, Male, Young Adult, 03 medical and health sciences, Risk-Taking, Arts and Humanities (miscellaneous), Identity, MESH: Africa, Western, West Africa, medicine, Humans, MSM, Homosexuality, Male, MESH: Humans, 030505 public health, Public health, MESH: Adult, MESH: Male, Demography
Abstract: International audience; Understanding the dynamics of HIV infection in men who have sex with men (MSM) can help improve efficiency in existing prevention strategies. We aimed to identify and describe the sexual behaviors of MSM most at risk of HIV infection in West Africa. HIV-negative MSM were provided a quarterly preventive follow-up package in the community-based cohort CohMSM. They completed face-to-face sociobehavioral questionnaires every 6 months. This sub-study on 520 participants used a baseline, 6-, 12- and 18-month data cluster analysis to categorize two profiles (high risk [HRE] and moderate risk [MRE] of exposure to HIV) based on three risky sexual practices over the previous 6 months. HRE-MSM (61%) were more engaged in receptive practices, had a higher proportion of inconsistent condom use during anal sex, and reported more sexual partners than MRE-MSM (39%). The proportion of HIV seroconversions observed during the first 18 months of follow-up using sexual behavioral profiles (92% are HRE-MSM) was higher than using the three risky sexual practices separately. Factors associated with the HRE-MSM profile were being younger (18-21 years), reporting stigma, and having had no female partner while being attracted only to men. Our findings suggest that in order to identify MSM most at risk of HIV infection, several risky sexual practices need to be evaluated in a combined approach. Prevention programs should pay particular attention to younger MSM, and implement activities addressing questions of MSM identity and stigma in order to reduce the dynamic of HIV infection in Western African MSM.
Published: 2019
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