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1. Analysis of volatile organic compounds during the OCTAVE campaign: sources and distributions of formaldehyde on Reunion Island

Author

Rocco, Manon, Colomb, Aurélie, Baray, Jean-Luc, Amelynck, Crist, Verreyken, Bert, Borbon, Agnès, Pichon, Jean-Marc, Bouvier, Laetitia, Schoon, Niels, Gros, Valérie, Sarda-Estève, Roland, Tulet, Pierre, Metzger, Jean-Marc, Duflot, Valentin, Guadagno, Christian, Peris, Guillaume, Brioude, Jérôme, Laboratoire de Météorologie Physique (LaMP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Belgian Institute for Space Aeronomy / Institut d'Aéronomie Spatiale de Belgique (BIRA-IASB), Department of Inorganic and Physical Chemistry [Ghent], Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Laboratoire de l'Atmosphère et des Cyclones (LACy), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Météo France, Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Chimie Atmosphérique Expérimentale (CAE), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Observatoire des Sciences de l'Univers de La Réunion (OSU-Réunion), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de La Réunion (UR), Observatoire réunionnais de l'Air (ORA), This study was supported by the project OCTAVE of the Belgian Research Action through Interdisciplinary 5 Networks (BRAIN-be) research program (2017–2021) through the Belgian Science Policy Office (BELSPO) under the contract number BR/175/A2/OCTAVE., Laboratoire de météorologie physique (LaMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Météo France-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interuniversitaire des Systèmes Atmosphériques (LISA (UMR_7583)), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'étude de l'atmosphère météorologique (CNRM-GAME), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Météo France-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Équipe Troposphère, Spectroscopie de l'atmosphère, Service de Chimie Quantique et Photophysique, Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France

Subjects
volatile organic compounds (VOCs), formaldehyde sources, ISOPRENE EMISSION, COMPOUNDS VOC, BIOGENIC EMISSIONS, ANTHROPOGENIC SOURCES, IN-SITU, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, lcsh:QC851-999, RATIOS, TROPOSPHERE, factorization (PMF), Chemistry, positive matrix factorization (PMF), positive matrix, [SDE]Environmental Sciences, lcsh:Meteorology. Climatology, MARINE BOUNDARY-LAYER, ATMOSPHERIC CHEMISTRY, ACETALDEHYDE, kinetic chemical equations
Abstract

The Oxygenated Compounds in the Tropical Atmosphere: Variability and Exchanges (OCTAVE) campaign aimed to improve the assessment of the budget and role of oxygenated volatile organic compounds (OVOCs) in tropical regions, and especially over oceans, relying on an integrated approach combining in situ measurements, satellite retrievals, and modeling. As part of OCTAVE, volatile organic compounds (VOCs) were measured using a comprehensive suite of instruments on Reunion Island (21.07° S, 55.38° E) from 7 March to 2 May 2018. VOCs were measured at a receptor site at the Maïdo observatory during the entire campaign and at two source sites: Le Port from 19 to 24 April 2018 (source of anthropogenic emissions) and Bélouve from 25 April to 2 May 2018 (source of biogenic emissions) within a mobile lab. The Maïdo observatory is a remote background site located at an altitude of 2200 m, whereas Bélouve is located in a tropical forest to the east of Maïdo and Le Port is an urban area located northwest of Maïdo. The major objective of this study was to understand the sources and distributions of atmospheric formaldehyde (HCHO) in the Maïdo observatory on Reunion Island. To address this objective, two different approaches were used to quantify and determine the main drivers of HCHO at Maïdo. First, a chemical-kinetics-based (CKB) calculation method was used to determine the sources and sinks (biogenic, anthropogenic/primary, or secondary) of HCHO at the Maïdo site. The CKB method shows that 9% of the formaldehyde formed from biogenic emissions and 89% of HCHO had an unknown source; that is, the sources cannot be explicitly described by this method. Next, a positive matrix factorization (PMF) model was applied to characterize the VOC source contributions at Maïdo. The PMF analysis including VOCs measured at the Maïdo observatory shows that the most robust solution was obtained with five factors: secondary biogenic accounting for 17%, primary anthropogenic/solvents (24%), primary biogenic (14%), primary anthropogenic/combustion (22%), and background (23%). The main contributions to formaldehyde sources as described by the PMF model are secondary biogenic (oxidation of biogenic VOCs with 37%) and background (32%). Some assumptions were necessary concerning the high percentage of unknown HCHO sources of the CKB calculation method such as the biogenic emission factor resulting in large discrepancies between the two methods.

Published
2020
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2. Cosmic-ray transport from AMS-02 boron to carbon ratio data: Benchmark models and interpretation

Author

M. Vecchi, P. Salati, Pasquale D. Serpico, David Maurin, Sylvie Rosier, V. Poireau, Laurent Derome, P. I. Batista, S. Caroff, Yoann Génolini, Julien Lavalle, Vivian Poulin, Alexandre Marcowith, Mathieu Boudaud, Département d'Informatique [Bruxelles] (ULB), Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB), Service de Physique Théorique, Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Laboratoire de Physique Théorique et Hautes Energies (LPTHE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFSC, Laboratoire de Physique Nucléaire et de Hautes Énergies (LPNHE (UMR_7585)), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique Subatomique et de Cosmologie (LPSC), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire Univers et Particules de Montpellier (LUPM), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFAC, Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EMA, Laboratoire d'Annecy de Physique des Particules (LAPP), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Annecy-le-Vieux de Physique Théorique (LAPTH), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), KVI, ANR-18-CE31-0006,GaDaMa,Matière Noire Galactique(2018), European Project: 690575,H2020,H2020-MSCA-RISE-2015,InvisiblesPlus(2016), European Project: 674896,H2020,H2020-MSCA-ITN-2015,ELUSIVES(2016), Research unit Astroparticle Physics, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computer Science Department [Bruxelles] (ULB), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Annecy de Physique des Particules (LAPP/Laboratoire d'Annecy-le-Vieux de Physique des Particules), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)

Subjects
Systematic error, [PHYS.ASTR.HE]Physics [physics]/Astrophysics [astro-ph]/High Energy Astrophysical Phenomena [astro-ph.HE], IN-DIFFUSION MODELS, chemistry.chemical_element, Cosmic ray, PROPAGATION, ACCELERATION, 7. Clean energy, 01 natural sciences, Rigidity (electromagnetism), SPATIAL ORIGIN, PATH-LENGTH, 0103 physical sciences, PARTICLES, 010306 general physics, Boron, DISSIPATION, Physics, REACCELERATION, Microphysics, 010308 nuclear & particles physics, Turbulence, CONSTRAINTS, Limiting, ASTROFÍSICA, Computational physics, [PHYS.ASTR.GA]Physics [physics]/Astrophysics [astro-ph]/Galactic Astrophysics [astro-ph.GA], chemistry, 13. Climate action, SOLAR MODULATION, Galactic cosmic raysCosmic-ray propagation
Abstract

This article aims at establishing new benchmark scenarios for Galactic cosmic-ray propagation in the GV-TV rigidity range, based on fits to the AMS-02 B/C data and the \usine{} propagation code. We employ a new fitting procedure, cautiously taking into account systematic error correlations in different rigidity bins and considering Solar modulation potential and leading nuclear cross-section as nuisance parameters. We delineate specific low, intermediate, and high-rigidity ranges, that can be related to both features in the data and peculiar microphysics mechanisms resulting in spectral breaks. We single out a scenario which yields excellent fits to the data and includes all the presumably relevant complexity, the \BIG{} model. This model has two limiting regimes: (i) the \SLIM{} model, a minimal diffusion-only setup, and (ii) the \QUAINT{} model, a convection-reacceleration model where reacceleration is tuned by non-relativistic effects. All models lead to robust predictions in the high-energy regime ($\gtrsim10$~GV), i.e. independent of the propagation scenario: at $1\sigma$, the diffusion slope $\delta$ is $[0.43-0.53]$, whereas $K_{10}$, the diffusion coefficient at 10~GV, is $[0.26-0.36]$~kpc$^2$~Myr$^{-1}$; we confirm the robustness of the high-energy break, with a typical value $\sim 0.2$. We also find a hint for a similar (reversed) feature at low rigidity around the B/C peak ($\sim 4$~GV) which might be related to some effective damping scale in the magnetic turbulence.

Published
2019
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3. Genome-Wide Association Study of Acute Renal Graft Rejection

Author

Yvon Lebranchu, Christian Noel, Annick Massart, Elisa Docampo, Guy Touchard, Anne Grall-Jezequel, Daniel Abramowicz, Maarten Naesens, Marie Essig, A Konarikova, Michel Georges, Judith Racapé, T Antoine, Pierre Merville, Jean-Luc Taupin, Dany Anglicheau, Y. Le Meur, François Glowacki, Ondrej Viklický, Lidia Ghisdal, Marc Abramowicz, M. Dinic, Ch. Legendre, Christophe Baron, Wouter Coppieters, Z. Ajarchouh, Dirk Kuypers, Jean-Philippe Rerolle, Eric Alamartine, Nilufer Broeders, Department of Nephrology - Dialysis and Renal Transplantation, Hôpital Erasmes, Service de néphrologie et immunologie clinique, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau-Université de Tours, Department of Nephrology, Intitute for clinical and Experimental Medicine, Department of microbiology and Immunology, University of Leuven K.U.Leuven, Department of Nephrology and Renal Transplantation, University Hospitals Leuven [Leuven]-Catholic University Leuven, CHU de Saint-Etienne, CHU de Saint-Etienne-CHU de Saint-Etienne, Département de Néphrologie, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Lebanese University [Beirut] (LU), Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lymphocyte B et Auto-immunité (LBAI), Université de Brest (UBO)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHRU - Service de néphrologie, dialyse et transplantation rénale, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), LabEX IGO Immunothérapie Grand Ouest, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Impact de l'environnement chimique sur la santé humaine - ULR 4483 (IMPECS), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Institut national de recherche et de sécurité (Vandoeuvre lès Nancy) (INRS ( Vandoeuvre lès Nancy)), Service de néphrologie adultes [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe Interdisciplinaire de Génoprotéomique Appliquée (GIGA-Research), Université de Liège, Science des Procédés Céramiques et de Traitements de Surface (SPCTS), Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche Interdisciplinaire en Biologie Humaine et moléculaire = Insitute of Interdisciplinary Research [Bruxelles, Belgique] (IRIBHM), Faculté de Médecine [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB), Centre of Epidemiology Biostatistic and Clinical Research, Université libre de Bruxelles (ULB), Department of Nephrology Antwerp, University of Antwerp (UA), Medical Genetics Department, Brussels, Hôpital Erasme [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté de Médecine [Bruxelles] (ULB), Service de néphrologie et immunologie clinique [CHRU Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau-Université de Tours (UT), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Lymphocytes B, Autoimmunité et Immunothérapies (LBAI), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-LabEX IGO Immunothérapie Grand Ouest, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), Nantes Université (Nantes Univ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Hôpital Bretonneau-Université de Tours-CHRU Tours, Centre hospitalier universitaire de Poitiers ( CHU Poitiers ), Lebanese University [Beirut], Hydrosciences Montpellier ( HSM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Lymphocyte B et Auto-immunité ( LBAI ), Université de Brest ( UBO ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Impact de l'environnement chimique sur la santé humaine ( IMPECS ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ) -Université de Lille, Institut national de recherche et de sécurité (Vandoeuvre lès Nancy) ( INRS ( Vandoeuvre lès Nancy) ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut Necker Enfants-Malades (INEM) ( INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Groupe Interdisciplinaire de Génoprotéomique Appliquée ( GIGA-Research ), Université de Liège-Faculté de médecine vétérinaire, Science des Procédés Céramiques et de Traitements de Surface ( SPCTS ), Université de Limoges ( UNILIM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Chimie du CNRS ( INC ) -Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle ( ENSCI ) -Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux ( IPAM ), Université de Limoges ( UNILIM ) -Université de Limoges ( UNILIM ), Insitute of Interdisciplinary Research in Molecular and Human Biology (IRIBHM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] ( ULB ), University of Antwerp ( UA ), Hôpital Erasme (Bruxelles), Hôpital Bretonneau-Université de Tours-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - 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Subjects
Graft Rejection, Male, 0301 basic medicine, basic (laboratory) research/science, Génétique clinique, rejection: T cell mediated (TCMR), Genome-wide association study, kidney transplantation/nephrology, Immunogenetics, immunosuppression/immune modulation, 030230 surgery, 0302 clinical medicine, [ SDV.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Immunology and Allergy, Medicine, Pharmacology (medical), genetics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Néphrologie - urologie, Receptor-Like Protein Tyrosine Phosphatases, Class 3, T cell mediated (TCMR) [rejection], Clinical Science, Middle Aged, Prognosis, 3. Good health, Acute Disease, Cohort, biomarker, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Original Article, Female, Microtubule-Associated Proteins, Adult, Genetic Markers, Locus (genetics), Genomics, Single-nucleotide polymorphism, Polymorphism, Single Nucleotide, 03 medical and health sciences, microarray/gene array, genomics, Humans, Gene, Transplantation, business.industry, Tumor Suppressor Proteins, Original Articles, Transplantation d'organes, Kidney Transplantation, Sciences biomédicales, immunogenetics, 030104 developmental biology, Case-Control Studies, Immunology, Kidney Failure, Chronic, Human medicine, business, Genome-Wide Association Study
Abstract

Acute renal rejection is a major risk factor for chronic allograft dysfunction and long-term graft loss. We performed a genome-wide association study to detect loci associated with biopsy-proven acute T cell-mediated rejection occurring in the first year after renal transplantation. In a discovery cohort of 4127 European renal allograft recipients transplanted in eight European centers, we used a DNA pooling approach to compare 275 cases and 503 controls, on Illumina 2·5 M arrays. In an independent replication cohort of 2765 patients transplanted in two European countries, we identified 313 cases and 531 controls, in whom we genotyped individually the most significant SNPs from the discovery cohort. In the discovery cohort, we found 5 candidate loci tagged by a number of contiguous SNPs (>5) that was never reached in iterative in silico permutations of our experimental data. In the replication cohort, two loci remained significantly associated with acute rejection in both univariate and multivariate analysis. One locus encompasses PTPRO, coding for a receptor-type tyrosine kinase essential for B cell receptor signalling. The other locus involves ciliary gene CCDC67, in line with the emerging concept of a shared building design between the immune synapse and the primary cilium. This article is protected by copyright. All rights reserved., FLWOA, SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

Published
2017
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4. Subsampling herbarium collections to assess geographic diversity gradients : a case study with endemic Orchidaceae and Rubiaceae in Cameroon

Author

Droissart, Vincent, Hardy, Olivier J., Sonké, Bonaventure, Dahdouh-Guebas, Farid, Stévart, Tariq, Équipe 1 - Diversité des Plantes et des Communautés Végétales, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Laboratoire de Complexité Dynamique des Systèmes Tropicaux (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Herbarieum et Bibliothèque de Botanique africaine, Université libre de Bruxelles (ULB), Service Evolution Biologique et Ecologie -Faculté des Sciences, Laboratoire de Botanique et Ecologie, Université de Yaoundé I, Laboratoire de Complexité Dynamique des Systèmes Tropicaux (ULB), Herbarieum et Bibliothèque de Botanique africaine, ECOFAC Program (EC-DG8°, DIVEAC (CUD-ULB), Wildlife Conservation Society (WCS), Fonds de la Recherche Scientifique (F.R.S.-F.N.R.S.), American Orchid Society, Sud Expert Plant (France - Ministère des Affaires Etrangères), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Laboratoire de Complexité Dynamique des Systèmes Tropicaux (ULB), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Herbarieum et Bibliothèque de Botanique africaine, Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), and Université de Yaoundé I [Yaoundé]

Subjects
Effective number of species, Similarity index, Central Africa, effective number of species, BiodivR, diversity patterns, Herbarium collections, herbarium collections, Diversity patterns, similarity index, Subsampling procedure, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, central Africa, subsampling procedure, rarefaction principles, Rarefaction principles, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, human activities
Abstract

ACL-12-04; International audience; We compiled herbarium specimen data to provide an improved characterization of geographic patterns of diversity using indices of species diversity and floristic similarity based on rarefaction principles. A dataset of 3650 georeferenced plant specimens belonging to Orchidaceae and Rubiaceae endemic to Atlantic Central Africa was assembled to assess species composition per half-degree or one-degree grid cells. Local diversity was measured by the expected number of species (Sk) per grid cell found in subsamples of increasing size and compared with raw species richness (SR). A nearly unbiased estimator of the effective number of species per grid cell was also used, allowing quantification of ratios of 'true diversity' between grid cells. Species turnover was measured using a presence/absence-based similarity index (Sørensen) and an abundance-based index that corrects for sampling bias (NNESS). Our results confirm that the coastal region of Cameroon is more diverse in endemic species than those more inland. The southern part of this coastal forest is, however, as diverse as the more intensively inventoried northern part, and should also be recognized as an important center of endemism. A strong congruence between Sørensen and NNESS similarity matrices lead to similar delimitations of floristic units. Hence, heterogeneous sampling seems to confer more bias when measuring patterns of local diversity using raw species richness than species turnover using Sørensen index. Overall, we argue that subsampling methods represent a useful way to assess diversity gradients using herbarium specimens while correcting for heterogeneous sampling effort.

Published
2012
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5. Expositions psychosociales et santé : état des connaissances épidémiologiques

Author

Chouanière, Dominique, Cohidon, Christine, Edey Gamassou, Claire, Kittel, France, Lafferrerie, Annie, Langevin, Valérie, Moisan, Marie-Pierre, Niedhammer, Isabelle, Weibel, Laurence, Département Homme au Travail (HT), Institut national de recherche et de sécurité (Vandoeuvre lès Nancy) (INRS ( Vandoeuvre lès Nancy)), Département santé travail (DST-InVS), Institut de Veille Sanitaire (INVS), Unité Mixte de Recherche Epidémiologique et de Surveillance Transport Travail Environnement (UMRESTTE UMR T9405), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), Institut de Recherche en Gestion (IRG), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Département d'épidémiologie et promotion santé, Ecole de Santé Publique [Université Libre de Bruxelles], Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB), Chaire de Psychologie du travail, Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Département Expertise et Conseil Technique (ECT), Institut national de recherche et de sécurité (Paris) (INRS (Paris)), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeuro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeur0), Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département des Risques Professionnels, Caisse Régionale d'Assurance Maladie Alsace-Moselle, Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, Farizy, Anne-Sophie, Institut National de Recherche et de Sécurité (INRS), Université Paris-Est (COMUE), Partenaires INRAE, Université libre de Bruxelles (ULB), U1018, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)

Subjects
santé mentale, EPIDEMIOLOGIE, système immunitaire, trouble musculosquelettique, [SDV]Life Sciences [q-bio], anxiété, pathologie ostéo-articulaire, syndrome post-traumatique, atteinte immunitaire, EPUISEMENT PROFESSIONNEL, PATHOLOGIE OSTEO-ARTICULAIRE, IRG_AXE1, fertilité, reproduction, psychotrope, stress, charge mentale, appareil locomoteur, accident du travail, Psychologie de la santé, suicide, modèle de siegrist, agression, état dépressif, épuisement professionnel, appareil cardiovasculaire, accident de la circulation, organisation du travail, Epidémiologie, Risque Psychosocial, Stress, Sante, Epidemiologie, facteur psychosocial, psychopathologie, facteur de risque, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, ANXIETE, FERTILITE, SYSTEME IMMUNITAIRE, ETAT DEPRESSIF, épidémiologie, sommeil, modèle de karasek, charge de travail, fatigue, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, autonomie, soutien social
Abstract

De nombreuses études épidémiologiques portent sur les relations entre les conditions de travail et l'état de santé (maladies cardiovasculaires, troubles musculosquelettiques, santé mentale, stress chronique, atteintes immunitaires). Cet article a pour objectif de faire une synthèse, sous forme d'un tableau, sur les liens bien établis, ceux qui le sont moins et ceux qui ne sont pas encore étudiés., info:eu-repo/semantics/published

Published
2011

6. atonal- and achaete-scute-related genes in the annelid Platynereis dumerilii: insights into the evolution of neural basic-Helix-Loop-Helix genes

Author

Valérie Ledent, Elena Simionato, Detlev Arendt, Michel Vervoort, Martine Le Gouar, Pierre Kerner, Nicolas Dray, Centre de génétique moléculaire (CGM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatics Laboratory [Gosselies] (ULB/IBMM), Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires [Gosselies] (ULB/IBMM), Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté de Médecine [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB), European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL), Université Paris Diderot - Paris 7 - UFR Sciences du Vivant (UPD7 UFR Sciences du Vivant), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), This work was supported by grants from the Agence National de la Recherche and the Ministère Français de la Recherche, through its ACI 'Jeunes chercheurs'(MV). ES and ND hold fellowships from the Ministère Français de la Recherche and PK a 'Bourse pour Docteur-Ingénieur' from the CNRS. VL was financially supported by the Belgian Science Policy. We thank Guillaume Balavoine for support and the Imaging and Cell Biology facility of the IFR87 (FR-W2251) for expert support with confocal microscopy., We thank Genoscope (Evry) for producing the Platynereis ESTs sequences., Laboratoire de Bioinformatique - Belgian EMBnet Node [ULB, Gosselies] (BEN), Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires (ULB, Gosselies) (IBMM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), and UFR Sciences du Vivant [Paris] (SDV)

Subjects
Nervous system, Juvenile Worm, Génétique du développement, Embryo, Nonmammalian, MESH: Nervous System/embryology, Nerve Tissue Proteins -- genetics, Nervous System, 0302 clinical medicine, Nervous System -- embryology, Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors, Drosophila Proteins, MESH: Drosophila Proteins/genetics, MESH: Animals, Neural cell, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, In Situ Hybridization, NeuroD, 0303 health sciences, Serotonergic Neuron, biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Helix-Loop-Helix Motifs, MESH: Polychaeta/embryology, Vertebrate, Gene Expression Regulation, Developmental, Drosophila Proteins -- genetics, Proneural Gene, Phenotype, MESH: Polychaeta/genetics, Helix-Loop-Helix Motifs -- genetics, medicine.anatomical_structure, Drosophila -- genetics, Drosophila, Ventral Nerve Cord, Neural development, MESH: Drosophila/genetics, Platynereis, Research Article, Sciences exactes et naturelles, animal structures, Evolution, Zoology, Nerve Tissue Proteins, Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors -- genetics, Evolution des espèces, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, MESH: In Situ Hybridization, biology.animal, MESH: Evolution, Molecular, medicine, QH359-425, Animals, MESH: Gene Expression Regulation, Developmental, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, bHLH Gene, MESH: Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors/genetics, MESH: Embryo, Nonmammalian, Polychaeta, biology.organism_classification, MESH: Nerve Tissue Proteins/genetics, Evolutionary biology, MESH: Helix-Loop-Helix Motifs/genetics, Polychaeta -- embryology -- genetics, Scute, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

Functional studies in model organisms, such as vertebrates and Drosophila, have shown that basic Helix-loop-Helix (bHLH) proteins have important roles in different steps of neurogenesis, from the acquisition of neural fate to the differentiation into specific neural cell types. However, these studies highlighted many differences in the expression and function of orthologous bHLH proteins during neural development between vertebrates and Drosophila. To understand how the functions of neural bHLH genes have evolved among bilaterians, we have performed a detailed study of bHLH genes during nervous system development in the polychaete annelid, Platynereis dumerilii, an organism which is evolutionary distant from both Drosophila and vertebrates., Journal Article, Research Support, Non-U.S. Gov't, info:eu-repo/semantics/published

Published
2008
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7. A non-tree-based comprehensive study of metazoan Hox and ParaHox genes prompts new insights into their origin and evolution

Author

Morgane Thomas-Chollier, Valérie Ledent, Michel Vervoort, Luc Leyns, Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Laboratory for Cell Genetics, Vrije Universiteit [Brussels] (VUB), Laboratoire de Bioinformatique - Belgian EMBnet Node [ULB, Gosselies] (BEN), Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires (ULB, Gosselies) (IBMM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université libre de Bruxelles (ULB), Vrije Universiteit Brussel (VUB), Bioinformatics Laboratory [Gosselies] (ULB/IBMM), Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires [Gosselies] (ULB/IBMM), Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté de Médecine [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Cell Genetics, and Biology

Subjects
0106 biological sciences, Invertebrates -- genetics, animal structures, Evolution, Lineage (evolution), ParaHox, Evolution des espèces, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Evolution, Molecular, Hox genes, Cnidaria, 03 medical and health sciences, MESH: Invertebrates, Phylogenetics, Homeodomain Proteins -- genetics, biology.animal, Urbilateria, Research article, MESH: Homeodomain Proteins, QH359-425, Animals, MESH: Animals, MESH: Phylogeny, Hox gene, Gene, MESH: Evolution, Molecular, Phylogeny, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Homeodomain Proteins, 0303 health sciences, Phylogenetic tree, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], MESH: Cnidaria, Vertebrate, Genome project, Invertebrates, Cnidaria -- genetics, Evolutionary biology, Sciences exactes et naturelles
Abstract

Hox and the closely-related ParaHox genes, which emerged prior to the divergence between cnidarians and bilaterians, are the most well-known members of the ancient genetic toolkit that controls embryonic development across all metazoans. Fundamental questions relative to their origin and evolutionary relationships remain however unresolved. We investigate here the evolution of metazoan Hox and ParaHox genes using the HoxPred program that allows the identification of Hox genes without the need of phylogenetic tree reconstructions., Journal Article, Research Support, Non-U.S. Gov't, SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

Published
2010
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