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1. Fluorescent Aminoglycoside Antibiotics and Methods for Accurately Monitoring Uptake by Bacteria

Author: Maho Okuda, Dominique Fourmy, Mélina Cyrenne, Mahnaz Sabeti Azad, Mickael Bourge, Marie-Pierre Heck, Satoko Yoshizawa, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Structure et dynamique des ARN (RNAStr), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cytométrie (CYTO), Département Plateforme (PF I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay
Subjects: 0301 basic medicine, Fluorescence-lifetime imaging microscopy, medicine.drug_class, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Antibiotics, Fluorescence, antibiotics, Flow cytometry, 03 medical and health sciences, medicine, Fluorescence microscope, Coloring Agents, Bacteria, medicine.diagnostic_test, biology, Chemistry, Aminoglycoside, Neomycin, Cell sorting, Flow Cytometry, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, Aminoglycosides, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Microscopy, Fluorescence, Biochemistry, uptake, microscopy, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, medicine.drug
Abstract: International audience; Characterizing how multidrug-resistant bacteria circumvent the action of clinically used or novel antibiotics requires a detailed understanding of how the antibiotics interact with and cross bacterial membranes to accumulate in the cells and exert their action. When monitoring the interactions of drugs with bacteria it remains challenging to differentiate functionally relevant internalized drug levels from non-specific binding. Fluorescence is a method of choice for observing dynamics of biomolecules. In order to facilitate studies involving aminoglycoside antibiotics, we have generated fluorescently labeled aminoglycoside derivatives with uptake and bactericidal activities similar, albeit with a moderate loss, to those of the parent drug. The method combines fluorescence microscopy with fluorescence-activated cell sorting (FACS) using neomycin coupled to non-permeable cyanine dyes. Fluorescence imaging allowed membrane-bound antibiotic to be distinguished from molecules in the cytoplasm. Patterns of uptake were assigned to different populations in the FACS analysis. Our study illustrates how fluorescent derivatives of an aminoglycoside enable a robust characterization of the three components of uptake: membrane binding, EDPI, and EDPII. Because EDPI levels are weak compared to the two other types of accumulation and critical for the action of these drugs, the three components of uptake must be taken into account separately when drawing conclusions about aminoglycoside function.
Published: 2020

2. Ultraspecific live imaging of the dynamics of zebrafish neutrophil granules by a histopermeable fluorogenic benzochalcone probe

Author: Philippe Herbomel, Benoit S. Marteyn, Romain Duval, Suellen D. S. Oliveira, Emma Colucci-Guyon, Ismael C. Bellettini, Magali Blaud, Ariane S. Batista, Karine Leblanc, Macrophages et Développement de l’Immunité, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal do Rio de Janeiro [Rio de Janeiro] (UFRJ), University of Illinois [Chicago] (UIC), University of Illinois System, Laboratoire de cristallographie et RMN biologiques (LCRB - UMR 8015), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Universidade Federal de Santa Catarina [Florianópolis] (UFSC), Biologie et Biotechnologie des Cyanobactéries (B2CYA), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCIS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Grants from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico, CNPq (401897/2010-9 to R. D.), the Institut Pasteur (GPF Microbes and Brain Myconeuro, S-PI14032-02G to E. C.-G.) and the Fondation pour la Recherche Médicale (Equipe FRM DEQ20120323714 to P. H.) are acknowledged, as well as Dr J. Moreira for translating the CNPq scientific proposal into Portuguese., Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal de Santa Catarina = Federal University of Santa Catarina [Florianópolis] (UFSC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-17-CE15-0012,NEUTROXIA,Effet de l'exposition des neutrophiles à l'oxygène sur leur activation et leur mort : une lame à double tranchant(2017)
Subjects: Cell type, animal structures, [SDV]Life Sciences [q-bio], Phenotypic screening, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Live cell imaging, Organelle, [CHIM]Chemical Sciences, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Zebrafish, Innate immune system, biology, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, 010405 organic chemistry, Chemistry, fungi, General Chemistry, biology.organism_classification, 0104 chemical sciences, Cell biology, Staining, Vital stain, embryonic structures, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology
Abstract: A fluorogenic benzochalcone specifically labels live neutrophil granules in whole wild-type, GFP- or RFP-expressing zebrafish embryos and larvae., Neutrophil granules (NGs) are key components of the innate immune response and mark the development of neutrophilic granulocytes in mammals. However, there has been no specific fluorescent vital stain up to now to monitor their dynamics within a whole live organism. We rationally designed a benzochalcone fluorescent probe (HAB) featuring high tissue permeability and optimal photophysics such as elevated quantum yield, pronounced solvatochromism and target-induced fluorogenesis. Phenotypic screening identified HAB as the first cell- and organelle-specific small-molecule fluorescent tracer of NGs in live zebrafish larvae, with no labeling of other cell types or organelles. HAB staining was independent of the state of neutrophil activation, labeling NGs of both resting and phagocytically active neutrophils with equal specificity. By high-resolution live imaging, we documented the dynamics of HAB-stained NGs during phagocytosis. Upon zymosan injection, labeled NGs were rapidly recruited to the forming phagosomes. Despite being a reversible ligand, HAB could not be displaced by high concentrations of pharmacologically relevant competing chalcones, indicating that this specific labeling was the result of the HAB's precise physicochemical signature rather than a general feature of chalcones. However, one of the competitors was discovered as a promising interstitial fluorescent tracer illuminating zebrafish histology, similarly to BODIPY-ceramide. As a yellow-emitting histopermeable vital stain, HAB functionally and spectrally complements most genetically incorporated fluorescent tags commonly used in live zebrafish biology, holding promise for the study of neutrophil-dependent responses relevant to human physiopathology such as developmental defects, inflammation and infection. Furthermore, HAB intensely labeled isolated live human neutrophils at the level of granulated subcellular structures consistent with human NGs, suggesting that the labeling of NGs by HAB is not restricted to the zebrafish model but also relevant to mammalian systems.
Published: 2019

3. A mobile laboratory for ancient DNA analysis

Author: A.-S. Lartigot-Campin, José Utge, Robert Begouën, Jean-Marc Elalouf, Sylvain Soriano, Anne-Marie Moigne, Christine Verna, Agnès Testu, Noémie Sévêque, Régis Vézian, Frédéric Maksud, Éco-Anthropologie (EA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Histoire Archéologie Littérature des Mondes Anciens (HALMA) - UMR 8164 (HALMA), Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Centre européen de recherches préhistoriques de Tautavel, Histoire naturelle de l'Homme préhistorique (HNHP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service régional de l'Archéologie de Midi-Pyrénees, (SRA), Association Louis Bégouën, Laboratoire de Préhistoire de Pujol, Anthropologie des techniques, des espaces et des territoires au Pliocène et au Pléistocène (AnTET), Archéologies et Sciences de l'Antiquité (ArScAn), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris Nanterre (UPN)-Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris Nanterre (UPN)-Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris Nanterre (UPN)-Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Biologie Intégrative et Génétique Moléculaire (SBIGeM), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - 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Subjects: 0106 biological sciences, Archaeological Excavation, Social Sciences, Artificial Gene Amplification and Extension, Biochemistry, Polymerase Chain Reaction, 01 natural sciences, law.invention, [SHS]Humanities and Social Sciences, law, DNA extraction, Polymerase chain reaction, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mammals, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Cave hyena, Bison, Ancient DNA, biology, Fossils, Database and informatics methods, Sequence analysis, Eukaryota, Ruminants, Nucleic acids, Archaeology, Vertebrates, Medicine, Research Article, Reindeer, Mitochondrial DNA, [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, Bioinformatics, Science, Steppe bison, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Crocuta crocuta, DNA, Mitochondrial, 010603 evolutionary biology, DNA sequencing, 03 medical and health sciences, Extraction techniques, Bovines, Genetics, Trace Fossils, Animals, DNA, Ancient, Molecular Biology Techniques, Molecular Biology, DNA sequence analysis, 030304 developmental biology, Organisms, Biology and Life Sciences, Paleontology, DNA, Sequence Analysis, DNA, Ichnology, biology.organism_classification, Research and analysis methods, Earth sciences, Evolutionary biology, Amniotes, Paleobiology, Paleogenetics
Abstract: Mobile devices for on-field DNA analysis have been used for medical diagnostics at the point-of-care, forensic investigations and environmental surveys, but still have to be validated for ancient DNA studies. We report here on a mobile laboratory that we setup using commercially available devices, including a compact real-time PCR machine, and describe procedures to perform DNA extraction and analysis from a variety of archeological samples within 4 hours. The process is carried out on 50 mg samples that are identified at the species level using custom TaqMan real-time PCR assays for mitochondrial DNA fragments. We evaluated the potential of this approach in museums lacking facilities for DNA studies by analyzing samples from the Enlène (MIS 2 layer) and the Portel-Ouest cave (MIS 3 deposits), and also performed experiments during an excavation campaign at the Roc-en-Pail (MIS 5) open-air site. Enlène Bovinae bone samples only yielded DNA for the extinct steppe bison (Bison priscus), whereas Portel-Ouest cave coprolites contained cave hyena (Crocuta crocuta spelaea) DNA together, for some of them, with DNA for the European bison sister species/subspecies (Bison schoetensacki/Bb1-X), thus highlighting the cave hyena diet. Roc-en-Pail Bovinae bone and tooth samples also contained DNA for the Bison schoetensacki/Bb1-X clade, and Cervidae bone samples only yielded reindeer (Rangifer tarandus) DNA. Subsequent DNA sequencing analyses confirmed that correct species identification had been achieved using our TaqMan assays, hence validating these assays for future studies. We conclude that our approach enables the rapid genetic characterization of tens of millennia-old archeological samples and is expected to be useful for the on-site screening of museums and freshly excavated samples for DNA content. Because our mobile laboratory is made up of commercially available instruments, this approach is easily accessible to other investigators.
Published: 2020

4. Control of Spatial Organization of Electrospun Fibers in a Carbon Felt for Enhanced Bioelectrode Performance

Author: David Cornu, Adriana Both Engel, Mikhael Bechelany, Aziz Cherifi, Sophie Tingry, Institut Européen des membranes ( IEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier ( ENSCM ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ), SICaPS ( SICaPS ), Département Plateforme ( PF I2BC ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Européen des membranes (IEM), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SICaPS (SICaPS), Département Plateforme (PF I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Materials science, 020209 energy, Carbon fibers, Nanotechnology, 02 engineering and technology, General Chemistry, 010402 general chemistry, Electrochemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, [ CHIM ] Chemical Sciences, Electrospinning, 0104 chemical sciences, Cathodic protection, Carbon felt, Electrical resistivity and conductivity, visual_art, Electrode, visual_art.visual_art_medium, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, [CHIM]Chemical Sciences, Composite material, Cyclic voltammetry, 0210 nano-technology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Electrospun carbon fiber electrodes showing high performance for bio-electrochemical applications were developed. Easy to handle and manipulate aligned and unaligned carbon fibers with a mean diameter of (330±50) nm were synthesized through an electrospinning technique. Electrical resistivity measurements, which are a challenge that has not been much explored in the case of fibrous materials, were realized through two different techniques, and a study of contact resistances between electrical clips and the carbon fibers was performed. To target the creation of a bioelectrode, carbon fibers were characterized electrochemically by cyclic voltammetry. After being modified with the enzyme laccase, its response to oxygen electroreduction was studied. Aligned fibers present a cathodic current that is 30 % higher than that of randomly distributed fibers. Overall, the results show that aligned fibers are more appropriate for bio-electrochemical applications when exploiting anisotropic spatial organization.
Published: 2020

5. Sensitivity-Enhanced 13C-NMR for Monitoring Multisite Phosphorylation at Physiological Temperature and pH

Author: Alik, Ania, Bouguechtouli, Chafiaa, Julien, Manon, Bermel, Wolfgang, Ghouil, Rania, Zinn-Justin, Sophie, Theillet, Francois-Xavier, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Enveloppe Nucléaire, Télomères et Réparation de l’ADN (INTGEN), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Cell signaling, NMR spectroscopy, Mdm2, phosphorylation, [SDV]Life Sciences [q-bio], DNA-damage response
Abstract: International audience; Abundant phosphorylation events rule the activity of nuclear proteins involved in gene regulation and DNA repair. These occur mostly on disordered regions of proteins, which often contain multiple phosphosites. Comprehensive and quantitative monitoring of phosphorylation reactions is theoretically achievable at a residue-specific level using 1 H- 15 N NMR spectroscopy, but is often limited by low signal-to-noise at pH\textgreater7 and T\textgreater293K. We developed an improved 13 Cα- 13 CO correlation NMR experiment that works equally at any pH or temperature, i.e. also at those where genuine kinase activities occur. This permits to obtain atomic-resolution information in physiological conditions down to 25 μM. We exemplified the interest of this approach by monitoring phosphorylation reactions, in presence of purified kinases or in cell extracts, on a range of previously problematic targets, namely Mdm2, BRCA2 and Oct4.
Published: 2020

6. Near-infrared in vivo measurements of photosystem I and its lumenal electron donors with a recently developed spectrophotometer

Author: Ginga Shimakawa, Pierre Sétif, Anja Krieger-Liszkay, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mécanismes régulateurs chez les organismes photosynthétiques (MROP), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-16-CE05-0026,ReCyFuel,Régulations de la photosynthèse et production de biofuels par les cyanobactéries(2016), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Photosystem I, Cytochrome, Light, [SDV]Life Sciences [q-bio], Electron donor, Plant Science, Photochemistry, Photosynthesis, 01 natural sciences, Biochemistry, Electron Transport, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Leaf senescence, Plastocyanin, Ferredoxin, P700, biology, Photosystem I Protein Complex, Chemistry, Cell Biology, General Medicine, Electron transport chain, Plant Leaves, 030104 developmental biology, Spectrophotometry, Cytochrome c6, biology.protein, 010606 plant biology & botany
Abstract: In photosynthesis research, non-invasive in vivo spectroscopic analyses have been used as a practical tool for studying photosynthetic electron transport. Klas-NIR spectrophotometer has been recently developed by Klughammer and Schreiber (Photosynth Res 128:195-214, 2016) for in vivo measurements of redox changes of P700, plastocyanin (Pcy) and ferredoxin (Fd). Here we show examples using the Klas-NIR spectrophotometer for the evaluation of the redox states and quantities of these components in plant leaves and cyanobacterial suspensions. The redox poise under light of the electron transport components is different in leaves from higher plants compared with cyanobacteria. During a short illumination with an actinic light, P700, Pcy, and Fd are kept reduced in barley leaves but are oxidized in cyanobacteria. During far-red light illumination, P700 and Pcy are mostly oxidized in the leaves but are partially kept reduced in cyanobacteria. In the cyanobacterium, Thermosynechococcus elongatus, which has no Pcy but uses cytochrome c6 (cyt c6) as the electron donor to photosystem I, a cyt c6 signal was detected in vivo. To show the potential of Klas-NIR spectrophotometer for studying different developmental stages of a leaf, we performed measurements on fully mature and early senescing barley leaves. Pcy content in leaves decreased during senescence at an early stage. The Pcy loss was quantitatively analyzed using Klas-NIR spectrophotometer, giving absolute ratios of Pcy to PSI of 2.5 and 1.6 in younger and older leaves, respectively. For quantification of the signals in vivo, in vitro data (Sétif et al. in Photosynth Res142:307-319, 2019) obtained with Klas-NIR spectrophotometer were used.
Published: 2020

7. Disorder-To-Order Transitions and Post-Translational Acylation Control the Folding and Activity of the Bordetella Pertussis CyaA Toxin

Author: Alexis Voegele, Mariette Matondo, Dominique Durand, Daniel Ladant, Alexandre Chenal, Darragh P. O'Brien, Sébastien Brier, Dorothée Raoux-Barbot, Thibaut Douché, Patrice Vachette, Sara E. Cannella, Marilyne Davi, University of Oxford [Oxford], Institut Pasteur [Paris], Département de Biologie structurale et Chimie - Department of Structural Biology and Chemistry, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires (FAAM), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Oxford, and Institut Pasteur [Paris] (IP)
Subjects: 0303 health sciences, Bordetella pertussis, biology, Chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biophysics, biology.organism_classification, Acylation, Folding (chemistry), 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Order (biology), CyaA Toxin, Post translational, 030217 neurology & neurosurgery, 030304 developmental biology
Abstract: Place: Cambridge Publisher: Cell Press WOS:000513023201234Communication à la conférence : 64th Annual Meeting of the Biophysical-Society [San Diego, CA]Date: FEB 15-19, 2020; International audience
Published: 2020

8. Peptide deformylases from Vibrio parahaemolyticus phage and bacteria display similar deformylase activity and inhibitor binding clefts

Author: Naïma Nhiri, Michel Desmadril, Sonia Fieulaine, Julien Nusbaum, Thierry Meinnel, Carmela Giglione, Renata Grzela, Alain Van Dorsselaer, Francesco Lavecchia, Sarah Cianférani, Eric Jacquet, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions et mécanismes d’assemblage des protéines et des peptides (IMAPP), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maturation des proteines, destinée cellulaire et thérapeutique (PROMTI), Département Biologie des Génomes (DBG), Modélisation et Ingénierie des Protéines (MIP), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique [Strasbourg] (LSMBO), Sciences Analytiques et Interactions Ioniques et Biomoléculaires (DSA-IPHC), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Mesures d'interactions protéine-protéine (PIM), Département Plateforme (PF I2BC), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Sciences Analytiques et Interactions Ioniques et Biomoléculaires (DSA-IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)
Subjects: 0301 basic medicine, Enzyme mechanism, DBG, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, Biophysics, Peptide, Biochemistry, Genome, Amidohydrolases, Analytical Chemistry, Bacteriophage, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, Peptide deformylase, chemistry.chemical_compound, Catalytic Domain, Enzyme Stability, Hydrolase, N-terminal methionine excision, Bacteriophages, Actinonin, PROMTI, Molecular Biology, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, IMAPP, AMIG, biology, fungi, Structure, biology.organism_classification, MIP, PIM, Virus, 030104 developmental biology, chemistry, Specific activity, Vibrio parahaemolyticus, PF, B3S
Abstract: International audience; Unexpected peptide deformylase (PDF) genes were recently retrieved in numerous marine phage genomes. While various hypotheses dealing with the occurrence of these intriguing sequences have been made, no further characterization and functional studies have been described thus far. In this study, we characterize the bacteriophage Vp16 PDF enzyme, as representative member of the newly identified C-terminally truncated viral PDFs. We show here that conditions classically used for bacterial PDFs lead to an enzyme exhibiting weak activity. Nonetheless, our integrated biophysical and biochemical approaches reveal specific effects of pH and metals on Vp16 PDF stability and activity. A novel purification protocol taking in account these data allowed strong improvement of Vp16 specific activity to values similar to those of bacterial PDFs. We next show that Vp16PDF is as sensitive to the natural inhibitor compound of PDFs, actinonin, as bacterial PDFs. Comparison of the 3D structures of Vp16 and E. coli PDFs bound to actinonin also reveals that both PDFs display identical substrate binding mode. We conclude that bacteriophage Vp16 PDF protein has functional peptide deformylase activity and we suggest that encoded phage PDFs might be important for viral fitness.
Published: 2018

9. Molecular Characterization of Mycobacterium tuberculosis Strains with TB-SPRINT

Author: José Domínguez, Cristina Prat, Barbara Molina-Moya, S. Samper, Christophe Sola, Alicia Lacoma, Michel K. Gomgnimbou, Carmen Lafoz, Guislaine Refrégier, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection Génétique Evolution des Pathogènes Emergents (IGEPE), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Genotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Antitubercular Agents, Drug Resistance, Microbial Sensitivity Tests, Sensitivity and Specificity, Microbiology, Mycobacterium tuberculosis, 03 medical and health sciences, Drug Resistance, Multiple, Bacterial, Virology, Isoniazid, medicine, Genotyping, biology, INHA, Bacterial, Articles, bacterial infections and mycoses, biology.organism_classification, rpoB, 3. Good health, Molecular Typing, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Parasitology, Rifampin, Restriction fragment length polymorphism, Multiple, Rifampicin, medicine.drug
Abstract: We evaluated Tuberculosis-Spoligo-Rifampicin-Isoniazid Typing (TB-SPRINT), a microbead-based method for spoligotyping and detection of rifampicin and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis. For that, 67 M. tuberculosis complex strains were retrospectively selected. Membrane-based spoligotyping, restriction fragment length polymorphism, DNA sequencing/pyrosequencing of rpoB, katG, and inhA promoter, TB-SPRINT, and SNP typing were performed. Concordance between spoligotyping methods was 99.6% (2,785/2,795 spoligotype data points). For most of the discordant cases, the same lineage was assigned with both methods. Concordance between phenotypic drug susceptibility testing and TB-SPRINT for detecting rifampicin and isoniazid resistance was 98.4% (63/64) and 93.8% (60/64), respectively. Concordance between DNA sequencing/pyrosequencing and TB-SPRINT for detecting mutations in rpoB, katG, and inhA were 98.4% (60/61), 100% (64/64), and 96.9% (62/64), respectively. In conclusion, TB-SPRINT is a rapid and easy-to-perform assay for genotyping and detecting drug resistance in a single tube; therefore, it may be a useful tool to improve epidemiological surveillance.
Published: 2017

10. Membrane-bound human orphan cytochrome P450 2U1: Sequence singularities, construction of a full 3D model, and substrate docking

Author: Nicolas Pietrancosta, Jean-Luc Boucher, Daniel Mansuy, Gabriella Jonasson, Lionel Ducassou, François André, Laura Dhers, Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie Physique D'Orsay (LCPO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Systèmes glutamatergiques normaux et pathologiques = Normal and Pathologic Glutamatergic Neurons (NPS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), French 'Ministere de l'Education et de la Recherche', University Paris Descartes, Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques ( LCBPT - UMR 8601 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Chimie Physique D'Orsay ( LCPO ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie du Développement de Marseille ( IBDM ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT ( JOLIOT ), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) ( DRF (CEA) ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Saccharomyces cerevisiae Proteins, Stereochemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Saccharomyces cerevisiae, Biochemistry, Conserved sequence, Hydroxylation, Structure-Activity Relationship, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Cytochrome P-450 Enzyme System, Humans, Cytochrome P450 Family 2, Heme, POPC, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, Arachidonic Acid, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Cytochrome P450, Membranes, Artificial, General Medicine, Amino acid, Molecular Docking Simulation, 030104 developmental biology, chemistry, Structural Homology, Protein, Docking (molecular), Helix, Phosphatidylcholines, biology.protein, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Background Human cytochrome P450 2U1 (CYP2U1) is an orphan CYP that exhibits several distinctive characteristics among the 57 human CYPs with a highly conserved sequence in almost all living organisms. Methods We compared its protein sequence with those of the 57 human CYPs and constructed a 3D structure of a full-length CYP2U1 model bound to a POPC membrane. We also performed docking experiments of arachidonic acid (AA) and N-arachidonoylserotonin (AS) in this model. Results The protein sequence of CYP2U1 displayed two unique characteristics when compared to those of the human CYPs, the presence of a longer N-terminal region upstream of the putative trans-membrane helix (TMH) containing 8 proline residues, and of an insert of about 20 amino acids containing 5 arginine residues between helices A′ and A. Its N-terminal part upstream of TMH involved an additional short terminal helix, in a manner similar to what was reported in the crystal structure of Saccharomyces cerevisiae CYP51. Our model also showed a specific interaction between the charged residues of insert AA′ and phosphate groups of lipid polar heads, suggesting a possible role of this insert in substrate recruitment. Docking of AA and AS in this model showed these substrates in channel 2ac, with the terminal alkyl chain of AA or the indole ring of AS close to the heme, in agreement with the reported CYP2U1-catalyzed AA and AS hydroxylation regioselectivities. Major conclusion and general significance This model should be useful to find new endogenous or exogenous CYP2U1 substrates and to interpret the regioselectivity of their hydroxylation.
Published: 2017

11. Autophagie, protéines ATG et maladies infectieuses

Author: Audrey Esclatine, Frank Lafont, Isabelle Vergne, Martine Biard-Piechaczyk, Lucile Espert, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virulence et Latence des Herpesvirus (HERPES), Département Virologie (Dpt Viro), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Cellular Microbiology and Physics of Infection Group [Lille] (CMPI), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Research groups, Innate immune system, [SDV]Life Sciences [q-bio], Autophagy, General Medicine, Biology, Acquired immune system, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 3. Good health, Cell biology, 03 medical and health sciences, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, 030104 developmental biology, Immunity, Xenophagy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Intracellular
Abstract: One of the main functions of the autophagy pathway is to control infections. Intracellular micro-organisms or their products once internalized in the host cell can be directly degraded by autophagy, a process called xenophagy. Autophagy is also involved in other innate immune responses and participates to the adaptive immune system. In addition, several autophagy proteins play a role in the development of infectious diseases independently of their role in the autophagy pathway. To replicate efficiently, pathogens have therefore evolved to counteract this process or to exploit it to their own profit. The review focuses on the relationship between autophagy and micro-organisms, which is highly diverse and complex. Many research groups are now working on this topic to find new therapeutics and/or vaccines. Given the large number of data, we have addressed this subject through some representative examples.
Published: 2017

12. Spectral and 3D model studies of the interaction of orphan human cytochrome P450 2U1 with substrates and ligands

Author: Lionel Ducassou, François André, Maryse Jaouen, Nicolas Pietrancosta, Julien Dairou, Jean-Luc Boucher, Laura Dhers, Booma Ramassamy, Daniel Mansuy, Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress Oxydants et Détoxication (LSOD), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Systèmes glutamatergiques normaux et pathologiques = Normal and Pathologic Glutamatergic Neurons (NPS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Serotonin, Pyridines, Stereochemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biophysics, Debrisoquin, Arachidonic Acids, Ligands, Biochemistry, Molecular Docking Simulation, Substrate Specificity, LSOD, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Escherichia coli, Humans, Imidazole, Homology modeling, Cytochrome P450 Family 2, Molecular Biology, Arachidonic Acid, 030102 biochemistry & molecular biology, biology, Electron Spin Resonance Spectroscopy, Imidazoles, Hexacoordinate, Lauric Acids, Active site, Cytochrome P450, Recombinant Proteins, 030104 developmental biology, chemistry, Docking (molecular), Biocatalysis, biology.protein, Spectrophotometry, Ultraviolet, Oxidation-Reduction, B3S, Protein Binding
Abstract: Background Cytochrome P450 2U1 (CYP2U1) has been identified from the human genome and is highly conserved in the living kingdom. It is considered as an “orphan” protein as few data are available on its physiological function(s) and spectral characteristics. Its only known substrates reported so far are unsaturated fatty acids such as arachidonic acid (AA), and, more recently, N -arachidonoylserotonin (AS) and some xenobiotics related to debrisoquine (Deb) and terfenadine. Methods We have expressed CYP2U1 in E. coli and performed UV–vis and EPR spectroscopy experiments with purified CYP2U1 alone and in the presence of substrates and imidazole and pyridine derivatives. Docking experiments using a 3D homology model of CYP2U1 were done to explain the observed spectroscopic data and the different regioselectivities of the oxidations of AA and AS. Results The UV–vis and EPR spectra of native recombinant human CYP2U1 revealed a predominant low-spin hexacoordinate Fe III state. Imidazole (Im) derivatives, such as miconazole, acted as Fe III ligands, contrary to ketoconazole, whereas the previously described substrates AS and Deb led to “reverse type I” difference UV–vis spectra. These data, as well as the different regioselectivities of AA and AS oxidations, were supported by docking experiments performed on our previously reported CYP2U1 3D model. Major conclusion and general significance Our study describes for the first time the mode of interaction of several Fe III -heme ligands and substrates with the active site of CYP2U1 on the basis of spectroscopic and molecular docking data. The good agreement between these data validates the used CYP2U1 3D model which should help the design of new substrates or inhibitors of this orphan CYP.
Published: 2017

13. From Foundation Stones to Life: Concepts and Results

Author: Fabrice Leclerc, Marie-Christine Maurel, Biologie Intégrative des Populations, École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Séquence, Structure et Fonction des ARN ( SSFA ), Département Biologie des Génomes ( DBG ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Séquence, Structure et Fonction des ARN (SSFA), Département Biologie des Génomes (DBG), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Mineral, Chemistry, Foundation (engineering), Early Earth, Astrobiology, Organic molecules, 03 medical and health sciences, Prebiotic chemistry, 030104 developmental biology, Geochemistry and Petrology, Abiogenesis, Earth and Planetary Sciences (miscellaneous), Organic chemistry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Molecule adsorption
Abstract: International audience; Systems consisting of mineral surfaces, water, salts and organic molecules are considered to be plausible models of early Earth's prebiotic environments. The probable involvement of clays, highly soluble minerals, sulfides and other minerals at the beginning of life have spurred a number of experimental studies to investigate organic molecule adsorption, polymerization and catalytic reactions of relevance to prebiotic chemistry. This article reviews current ideas in how life originated, summarises experimental results and presents some of the existing challenges that still beset the field of the origins of life.
Published: 2016

14. Euclid preparation

Author: Collaboration, Euclid, Barnett, R., Warren, S. J., Mortlock, D. J., Cuby, J. -G., Conselice, C., Hewett, P. C., Willott, C. J., Auricchio, N., Balaguera-Antolínez, A., Baldi, M., Bardelli, S., Bellagamba, F., Bender, R., Biviano, A., Bonino, D., Bozzo, E., Branchini, E., Brescia, M., Brinchmann, J., Burigana, C., Camera, S., Capobianco, V., Carbone, C., Carretero, J., Carvalho, C. S., Castander, F. J., Castellano, M., Cavuoti, S., Cimatti, A., Clédassou, R., Congedo, G., Conversi, L., Copin, Y., Corcione, L., Coupon, J., Courtois, H. M., Cropper, M., Da Silva, A., Duncan, C. A. J., Dusini, S., Ealet, A., Farrens, S., Fosalba, P., Fotopoulou, S., Fourmanoit, N., Frailis, M., Fumana, M., Galeotta, S., Garilli, B., Gillard, W., Gillis, B. R., Graciá-Carpio, J., Grupp, F., Hoekstra, H., Hormuth, F., Israel, H., Jahnke, K., Kermiche, S., Kilbinger, M., Kirkpatrick, C. C., Kitching, T., Kohley, R., Kubik, B., Kunz, M., Kurki-Suonio, H., Laureijs, R., Ligori, S., Lilje, P. B., Lloro, I., Maiorano, E., Mansutti, O., Marggraf, O., Martinet, N., Marulli, F., Massey, R., Mauri, N., Medinaceli, E., Mei, S., Mellier, Y., Metcalf, R. B., Metge, J. J., Meylan, G., Moresco, M., Moscardini, L., Munari, E., Neissner, C., Niemi, S. M., Nutma, T., Padilla, C., Paltani, S., Pasian, F., Paykari, P., Percival, W. J., Pettorino, V., Polenta, G., Poncet, M., Pozzetti, L., Raison, F., Renzi, A., Rhodes, J., Rix, H. -W., Romelli, E., Roncarelli, M., Rossetti, E., Saglia, R., Sapone, D., Scaramella, R., Schneider, P., Scottez, V., Secroun, A., Serrano, S., Sirri, G., Stanco, L., Sureau, F., Tallada-Crespí, P., Tavagnacco, D., Taylor, A. N., Tenti, M., Tereno, I., Toledo-Moreo, R., Torradeflot, F., Valenziano, L., Vassallo, T., Wang, Y., Zacchei, A., Zamorani, G., Zoubian, J., Zucca, E., Aix Marseille Université (AMU), INAF - Osservatorio Astronomico di Trieste (OAT), Istituto Nazionale di Astrofisica (INAF), Dipartimento de Fisica Roma Tre (DF-Roma3), Università degli Studi Roma Tre, Consiglio Nazionale delle Ricerche [Bologna] (CNR), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sénescence et stabilité génomique (SEN), Département Biologie des Génomes (DBG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dipartimento di Astronomia, Alma Mater Studiorum Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES), Institut de Physique des 2 Infinis de Lyon (IP2I Lyon), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mullard Space Science Laboratory (MSSL), University College of London [London] (UCL), Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherches sur les lois Fondamentales de l'Univers (IRFU), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Istituto di Astrofisica Spaziale e Fisica Cosmica - Milano (IASF-MI), Royal Observatory Edinburgh (ROE), University of Edinburgh, Max Planck Institute for Extraterrestrial Physics (MPE), Max-Planck-Gesellschaft, Département d'Astrophysique (ex SAP) (DAP), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Department of Physics [Helsinki], Falculty of Science [Helsinki], University of Helsinki-University of Helsinki, Institut de Physique Nucléaire de Lyon (IPNL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3), University of Helsinki, Institut Régional de Médecine Physique et de Réadaptation Louis Pierquin [Nancy] (IRR Louis Pierquin), Laboratoire d'Etude du Rayonnement et de la Matière en Astrophysique (LERMA (UMR_8112)), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CY Cergy Paris Université (CY), Institut d'Astrophysique de Paris (IAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Dipartimento di Fisica e Astronomia [Bologna], University of Waterloo [Waterloo], Astrophysique Interprétation Modélisation (AIM (UMR_7158 / UMR_E_9005 / UM_112)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Dipartimento di Fisica, Universita` di Roma Tor Vergata, Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], INAF - Osservatorio Astronomico di Bologna (OABO), Department of Agricultural, Food and Environmental Sciences, University of Perugia (DSA3), Università degli Studi di Perugia (UNIPG), Department of Biochemistry [Lausanne], Université de Lausanne (UNIL), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DEMR, ONERA, Université Paris Saclay (COmUE) [Palaiseau], Université Paris Saclay (COmUE)-ONERA, Antarctic Research a European Network for Astrophysics (ARENA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Biomécanique et Bioingénierie (BMBI), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Continental Dynamics Laboratory [CAGS Beijing], Institute of Geology [CAGS Beijing] (CAGS), Chinese Academy of Geological Sciences [Beijing] (CAGS), Ministry of Land and Resources (MLR)-Ministry of Land and Resources (MLR)-Chinese Academy of Geological Sciences [Beijing] (CAGS), Ministry of Land and Resources (MLR)-Ministry of Land and Resources (MLR), Oncology Institute of Southern Switzerland, Euclid Collaboration, Euclid Primeval Universe Science Working Group, Università degli Studi Roma Tre = Roma Tre University (ROMA TRE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Laboratoire d'Astrophysique de Marseille (LAM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Etude du Rayonnement et de la Matière en Astrophysique et Atmosphères = Laboratory for Studies of Radiation and Matter in Astrophysics and Atmospheres (LERMA), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CY Cergy Paris Université (CY), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Astrophysique Interprétation Modélisation (AIM (UMR7158 / UMR_E_9005 / UM_112)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli Studi di Perugia = University of Perugia (UNIPG), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), ONERA-Université Paris Saclay (COmUE), Barnett R., Warren S.J., Mortlock D.J., Cuby J.-G., Conselice C., Hewett P.C., Willott C.J., Auricchio N., Balaguera-Antolinez A., Baldi M., Bardelli S., Bellagamba F., Bender R., Biviano A., Bonino D., Bozzo E., Branchini E., Brescia M., Brinchmann J., Burigana C., Camera S., Capobianco V., Carbone C., Carretero J., Carvalho C.S., Castander F.J., Castellano M., Cavuoti S., Cimatti A., Cledassou R., Congedo G., Conversi L., Copin Y., Corcione L., Coupon J., Courtois H.M., Cropper M., Da Silva A., Duncan C.A.J., Dusini S., Ealet A., Farrens S., Fosalba P., Fotopoulou S., Fourmanoit N., Frailis M., Fumana M., Galeotta S., Garilli B., Gillard W., Gillis B.R., Gracia-Carpio J., Grupp F., Hoekstra H., Hormuth F., Israel H., Jahnke K., Kermiche S., Kilbinger M., Kirkpatrick C.C., Kitching T., Kohley R., Kubik B., Kunz M., Kurki-Suonio H., Laureijs R., Ligori S., Lilje P.B., Lloro I., Maiorano E., Mansutti O., Marggraf O., Martinet N., Marulli F., Massey R., Mauri N., Medinaceli E., Mei S., Mellier Y., Metcalf R.B., Metge J.J., Meylan G., Moresco M., Moscardini L., Munari E., Neissner C., Niemi S.M., Nutma T., Padilla C., Paltani S., Pasian F., Paykari P., Percival W.J., Pettorino V., Polenta G., Poncet M., Pozzetti L., Raison F., Renzi A., Rhodes J., Rix H.-W., Romelli E., Roncarelli M., Rossetti E., Saglia R., Sapone D., Scaramella R., Schneider P., Scottez V., Secroun A., Serrano S., Sirri G., Stanco L., Sureau F., Tallada-Crespi P., Tavagnacco D., Taylor A.N., Tenti M., Tereno I., Toledo-Moreo R., Torradeflot F., Valenziano L., Vassallo T., Wang Y., Zacchei A., Zamorani G., Zoubian J., Zucca E., Astronomy, Helsinki Institute of Physics, Department of Physics, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Aix Marseille Université (AMU), Institut Régional de Médecine Physique et de Réadaptation [Nancy] (IRR), PSL Research University (PSL)-PSL Research University (PSL)-Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DEMR, ONERA, Université Paris Saclay [Palaiseau], ONERA-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Science and Technology Facilities Council, Science and Technology Facilities Council (STFC), Barnett, R., Warren, S. J., Mortlock, D. J., Cuby, J. -G., Conselice, C., Hewett, P. C., Willott, C. J., Auricchio, N., Balaguera-Antolinez, A., Baldi, M., Bardelli, S., Bellagamba, F., Bender, R., Biviano, A., Bonino, D., Bozzo, E., Branchini, E., Brescia, M., Brinchmann, J., Burigana, C., Camera, S., Capobianco, V., Carbone, C., Carretero, J., Carvalho, C. S., Castander, F. J., Castellano, M., Cavuoti, S., Cimatti, A., Cledassou, R., Congedo, G., Conversi, L., Copin, Y., Corcione, L., Coupon, J., Courtois, H. M., Cropper, M., Da Silva, A., Duncan, C. A. J., Dusini, S., Ealet, A., Farrens, S., Fosalba, P., Fotopoulou, S., Fourmanoit, N., Frailis, M., Fumana, M., Galeotta, S., Garilli, B., Gillard, W., Gillis, B. R., Gracia-Carpio, J., Grupp, F., Hoekstra, H., Hormuth, F., Israel, H., Jahnke, K., Kermiche, S., Kilbinger, M., Kirkpatrick, C. C., Kitching, T., Kohley, R., Kubik, B., Kunz, M., Kurki-Suonio, H., Laureijs, R., Ligori, S., Lilje, P. B., Lloro, I., Maiorano, E., Mansutti, O., Marggraf, O., Martinet, N., Marulli, F., Massey, R., Mauri, N., Medinaceli, E., Mei, S., Mellier, Y., Metcalf, R. B., Metge, J. J., Meylan, G., Moresco, M., Moscardini, L., Munari, E., Neissner, C., Niemi, S. M., Nutma, T., Padilla, C., Paltani, S., Pasian, F., Paykari, P., Percival, W. J., Pettorino, V., Polenta, G., Poncet, M., Pozzetti, L., Raison, F., Renzi, A., Rhodes, J., Rix, H. -W., Romelli, E., Roncarelli, M., Rossetti, E., Saglia, R., Sapone, D., Scaramella, R., Schneider, P., Scottez, V., Secroun, A., Serrano, S., Sirri, G., Stanco, L., Sureau, F., Tallada-Crespi, P., Tavagnacco, D., Taylor, A. N., Tenti, M., Tereno, I., Toledo-Moreo, R., Torradeflot, F., Valenziano, L., Vassallo, T., Wang, Y., Zacchei, A., Zamorani, G., Zoubian, J., and Zucca, E.
Subjects: statistical [Methods], education, Astrophysics, Surveys, Astronomy & Astrophysics, 01 natural sciences, black-holes, Photometry (optics), surveys, quasars: general, 0201 Astronomical and Space Sciences, 0103 physical sciences, ionization, luminosity function, 010303 astronomy & astrophysics, stellar, Physics, methods: statistical, 010308 nuclear & particles physics, ly-alpha emission, Sigma, general [Quasars], Astronomy and Astrophysics, Quasar, neutral hydrogen, accretion flows, z-similar-to-6 quasars, 115 Astronomy, Space science, Astrophysics - Astrophysics of Galaxies, Redshift, Space and Planetary Science, Methods: statistical, Quasars: general, reionization, digital sky survey, [PHYS.ASTR]Physics [physics]/Astrophysics [astro-ph], Data release, Astrophysics - Cosmology and Nongalactic Astrophysics
Abstract: We provide predictions of the yield of $78$ may be selected from Euclid $OYJH$ photometry alone, but selection over the redshift interval $77.5$ should be found in the DR1 data release, expected in 2024. It will be possible to determine the bright-end slope of the QLF, $7, Comment: Published in A&A. Updated to match accepted version
Published: 2019

15. Formation of S. pombe Erh1 homodimer mediates gametogenic gene silencing and meiosis progression

Author: Ditipriya Hazra, Vedrana Andric, Marc Graille, Mathieu Rougemaille, Benoit Palancade, Laboratoire de Biochimie de l'Ecole polytechnique (BIOC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Protéines de liaison à l’ARN dans l’expression des gènes et la différenciation cellulaire (GEXDIF), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie Structurale de la Cellule (BIOC), ANR-16-CE11-0003,m6A,La modification m6A des ANRm: biogenèse et rôle dans la stabilité des ARNm(2016), and ANR-16-CE12-0031,MechaMiMe,Mécanismes de la transition mitose-méiose chez la levure fissipare Schizosaccharomyces pombe(2016)
Subjects: Protein Conformation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Dimer, Regulator, lcsh:Medicine, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Crystallography, X-Ray, Biochemistry, Article, chemistry.chemical_compound, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Protein structure, Meiosis, Schizosaccharomyces, Gene silencing, Gene Silencing, lcsh:Science, Gene, Mitosis, 030304 developmental biology, RNA metabolism, mRNA Cleavage and Polyadenylation Factors, 0303 health sciences, Multidisciplinary, lcsh:R, RNA-Binding Proteins, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Cell cycle, Phenotype, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Yeast, Cell biology, chemistry, Multiprotein Complexes, RNA, lcsh:Q, Schizosaccharomyces pombe Proteins, Protein Multimerization, Structural biology, Carrier Proteins, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Timely and accurate expression of the genetic information relies on the integration of environmental cues and the activation of regulatory networks involving transcriptional and post-transcriptional mechanisms. In fission yeast, meiosis-specific transcripts are selectively targeted for degradation during mitosis by the EMC complex, composed of Erh1, the ortholog of human ERH, and the YTH family RNA-binding protein Mmi1. Here, we present the crystal structure of Erh1 and show that it assembles as a homodimer. Mutations of amino acid residues to disrupt Erh1 homodimer formation result in loss-of-function phenotypes, similar to erh1∆ cells: expression of meiotic genes is derepressed in mitotic cells and meiosis progression is severely compromised. Interestingly, formation of Erh1 homodimer is dispensable for interaction with Mmi1, suggesting that only fully assembled EMC complexes consisting of two Mmi1 molecules bridged by an Erh1 dimer are functionally competent. We also show that Erh1 does not contribute to Mmi1-dependent down-regulation of the meiosis regulator Mei2, supporting the notion that Mmi1 performs additional functions beyond EMC. Overall, our results provide a structural basis for the assembly of the EMC complex and highlight its biological relevance in gametogenic gene silencing and meiosis progression.
Published: 2019

16. Divergent effects of translation termination factor eRF3A and nonsense-mediated mRNA decay factor UPF1 on the expression of uORF carrying mRNAs and ribosome protein genes

Author: Affaf Aliouat, Pauline François, Vérène Stierlé, Olivier Jean-Jean, Pierre Bertin, Samia Salhi, Isabelle Hatin, Olivier Namy, Adaptation Biologique et Vieillissement = Biological Adaptation and Ageing (B2A), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Mathématiques et Applications - ENS Paris (DMA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition (C2VN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique, Structure et Traduction (GST), Département Biologie des Génomes (DBG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-CE12-0024,Rescue_ribosome,Voies de sauvetage pour les ribosomes non recyclés(2017), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and SERRE, Marie-Claude
Subjects: Ribosomal Proteins, eRF3, [SDV]Life Sciences [q-bio], Nonsense-mediated decay, MRNA Decay, nonsense-mediated mRNA decay, Biology, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Ribosome, Open Reading Frames, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, RNA, Messenger, Molecular Biology, Gene, Translation termination, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, ribosome protein genes, GSPT1, RNA, translation termination, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Cell Biology, Nonsense Mediated mRNA Decay, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Gene Expression Regulation, 030220 oncology & carcinogenesis, UPF1, Trans-Activators, RNA Helicases, Peptide Termination Factors, Research Paper, uORF
Abstract: International audience; In addition to its role in translation termination, eRF3A has been implicated in the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) pathway through its interaction with UPF1. NMD is a RNA quality control mechanism, which detects and degrades aberrant mRNAs as well as some normal transcripts including those that harbour upstream open reading frames in their 5' leader sequence. In this study, we used RNA-sequencing and ribosome profiling to perform a genome wide analysis of the effect of either eRF3A or UPF1 depletion in human cells. Our bioinformatics analyses allow to delineate the features of the transcripts controlled by eRF3A and UPF1 and to compare the effect of each of these factors on gene expression. We find that eRF3A and UPF1 have very different impacts on the human transcriptome, less than 250 transcripts being targeted by both factors. We show that eRF3A depletion globally derepresses the expression of mRNAs containing translated uORFs while UPF1 knockdown derepresses only the mRNAs harbouring uORFs with an AUG codon in an optimal context for translation initiation. Finally, we also find that eRF3A and UPF1 have opposite effects on ribosome protein gene expression. Together, our results provide important elements for understanding the impact of translation termination and NMD on the human transcriptome and reveal novel determinants of ribosome biogenesis regulation.
Published: 2019

17. Crystal structure of the transcriptional repressor DdrO: insight into the metalloprotease/repressor-controlled radiation response in Deinococcus

Author: Philippe Roche, Fabrice Confalonieri, Pascale Servant, Romaric Magerand, David Lemaire, David Pignol, François Parcy, Pascal Arnoux, Géraldine Brandelet, Raquel Martin-Arevalillo, Laurence Blanchard, Jade Doloy, Nicolas Eugénie, Arjan de Groot, Marina I. Siponen, Renaud Dumas, Microbiologie Environnementale et Moléculaire (MEM), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Radiorésistance des bactéries et des archées (RBA), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Régulateurs du développement de la fleur (Flo_RE), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Interactions Protéine Métal (IPM), Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), ANR-19-CE12-0010,NOVOREP,Réparation des dommages ou mort cellulaire chez les bactéries exposées aux stress, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-19-CE12-0010,NOVOREP,Réparation des dommages ou mort cellulaire chez les bactéries exposées aux stress(2019), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), MARAVAL, Alexandra, and Réparation des dommages ou mort cellulaire chez les bactéries exposées aux stress - - NOVOREP2019 - ANR-19-CE12-0010 - AAPG2019 - VALID
Subjects: Models, Molecular, DNA damage, [SDV]Life Sciences [q-bio], Repressor, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cleavage (embryo), Crystallography, X-Ray, DNA-binding protein, Protein Structure, Secondary, 03 medical and health sciences, Protein structure, Structural Biology, Stress, Physiological, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Genetics, Deinococcus, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, Peptide sequence, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, biology, 030306 microbiology, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, Protein Structure, Tertiary, [SDV] Life Sciences [q-bio], Repressor Proteins, Biophysics, Metalloproteases, Alpha helix, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, DNA Damage, Transcription Factors
Abstract: Exposure to harmful conditions such as radiation and desiccation induce oxidative stress and DNA damage. In radiation-resistant Deinococcus bacteria, the radiation/desiccation response is controlled by two proteins: the XRE family transcriptional repressor DdrO and the COG2856 metalloprotease IrrE. The latter cleaves and inactivates DdrO. Here, we report the biochemical characterization and crystal structure of DdrO, which is the first structure of a XRE protein targeted by a COG2856 protein. DdrO is composed of two domains that fold independently and are separated by a flexible linker. The N-terminal domain corresponds to the DNA-binding domain. The C-terminal domain, containing three alpha helices arranged in a novel fold, is required for DdrO dimerization. Cleavage by IrrE occurs in the loop between the last two helices of DdrO and abolishes dimerization and DNA binding. The cleavage site is hidden in the DdrO dimer structure, indicating that IrrE cleaves DdrO monomers or that the interaction with IrrE induces a structural change rendering accessible the cleavage site. Predicted COG2856/XRE regulatory protein pairs are found in many bacteria, and available data suggest two different molecular mechanisms for stress-induced gene expression: COG2856 protein-mediated cleavage or inhibition of oligomerization without cleavage of the XRE repressor.
Published: 2019

18. Patronus is the elusive plant securin, preventing chromosome separation by antagonizing separase

Author: Raphael Guerois, Shinichiro Komaki, Floriane Berthier, Raphael Mercier, N. De Winne, Maria Ada Prusicki, Laurence Cromer, Dipesh Kumar Singh, Sylvie Jolivet, Arp Schnittger, G. De Jaeger, Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Dept Plant Biotechnol & Bioinformat, Ghent University [Belgium] (UGENT), Department of Plant Systems Biology, Flanders Institute for Biotechnology, Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LabEx Saclay Plant Sciences-SPS Grant [ANR-10-LABX-0040-SPS], European Research CouncilEuropean Research Council (ERC) [ERC 2011 StG 281659], Fondation Simone et Cino Del Duca, CEFIPRA project SMOKY, French Infrastructure for Integrated Structural Biology Grant [ANR-10-INSB-05-01], CHIPSET Grant [ANR-15-CE11-0008-01], European Union Marie-Curie 'COMREC' network [FP7 ITN-606956], University of Hamburg, Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: 0106 biological sciences, Time Factors, [SDV]Life Sciences [q-bio], ANAPHASE, Arabidopsis, PROTEIN, Cell Cycle Proteins, 01 natural sciences, Gene Expression Regulation, Plant, Chromosome Segregation, separase, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Conserved Sequence, Anaphase, SISTER-CHROMATID SEPARATION, 0303 health sciences, Multidisciplinary, securin, Biological Sciences, MEIOSIS, Cell biology, Meiosis, Securin, PNAS Plus, Chromatid, Separase, Protein Binding, EXPRESSION, Biology, Chromatids, Chromosomes, Plant, 03 medical and health sciences, Homologous chromosome, Genetics, Amino Acid Sequence, Chromosome separation, Mitosis, 030304 developmental biology, CENTROMERIC COHESION, mitosis, CLEAVAGE, Arabidopsis Proteins, Biology and Life Sciences, TRANSFORMATION, MAINTENANCE, Mutation, ARABIDOPSIS-THALIANA, Genetic screen, 010606 plant biology & botany
Abstract: Significance Accurate chromosome segregation at mitosis and meiosis is crucial to prevent genome instability, birth defect, and cancer. Accordingly, separase, the protease that triggers chromosome distribution, is tightly regulated by a direct inhibitor, the securin. However, securin has not been identified, neither functionnally nor by sequence similarity, in other clades that fungi and animals. This raised doubts about the conservation of this mechanism in other branches of eukaryotes. Here, we identify and characterize the securin in plants. Despite extreme sequence divergence, the securin kept the same core function and is likely a universal regulator of cell division in eukaryotes., Chromosome distribution at anaphase of mitosis and meiosis is triggered by separase, an evolutionarily conserved protease. Separase must be tightly regulated to prevent the untimely release of chromatid cohesion and disastrous chromosome distribution defects. Securin is the key inhibitor of separase in animals and fungi, but has not been identified in other eukaryotic lineages. Here, we identified PATRONUS1 and PATRONUS2 (PANS1 and PANS2) as the Arabidopsis homologs of securin. Disruption of PANS1 is known to lead to the premature separation of chromosomes at meiosis, and the simultaneous disruption of PANS1 and PANS2 is lethal. Here, we show that PANS1 targeting by the anaphase-promoting complex is required to trigger chromosome separation, mirroring the regulation of securin. We showed that PANS1 acts independently from Shugosins. In a genetic screen for pans1 suppressors, we identified SEPARASE mutants, showing that PANS1 and SEPARASE have antagonistic functions in vivo. Finally, we showed that the PANS1 and PANS2 proteins interact directly with SEPARASE. Altogether, our results show that PANS1 and PANS2 act as a plant securin. Remote sequence similarity was identified between the plant patronus family and animal securins, suggesting that they indeed derive from a common ancestor. Identification of patronus as the elusive plant securin illustrates the extreme sequence divergence of this central regulator of mitosis and meiosis.
Published: 2019

19. Elucidating Tau function and dysfunction in the era of cryo-EM

Author: Guy Lippens, Benoît Gigant, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biochimie Structurale des Microtubules, des Kinésines et de leurs Cargos (MIKICA), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-18-CE07-0016,CatSAmy,CatalyseurS à base d'agrégats Amyloïdes.(2018), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR18-CE07-0016,CatSAmy,CatalyseurS à base d’agrégats Amyloïdes
Subjects: 0301 basic medicine, Amyloid, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Context (language use), tau Proteins, cryo-electron microscopy, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Biochemistry, frontotemporal dementia, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, Alzheimer Disease, neurodegen- eration, mental disorders, medicine, Dementia, Animals, Humans, Ramanujan tau function, Molecular Biology, 030102 biochemistry & molecular biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], JBC Reviews, Neurodegeneration, Cryoelectron Microscopy, tauopathy, neurodegeneration, amyloid, Cell Biology, Alzheimer's disease, medicine.disease, Chronic traumatic encephalopathy, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, Tauopathies, tubulin, symbols, Tauopathy, Tau protein (Tau), Neuroscience, Alzheimer’s disease, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Frontotemporal dementia, microtubule
Abstract: International audience; Tau is a microtubule-associated protein involved in the regulation of axonal microtubules in neurons. In pathological conditions, it forms fibrils that are molecular hallmarks of neurological disorders known as Tauopathies. In the last two years, cryo-EM has given unprecedented high-resolution views of Tau in both physiological and pathological conditions. We review here these new findings and put them into the context of the knowledge about Tau before this structural breakthrough. The first structures of Tau fibrils, a molecular hallmark of Alzheimer’s disease (AD), werebased on fibrils from the brain of an individual with AD and, along with similar patient-derived structures, have set the gold standard for the field. Cryo-EM structures of Tau fibers in three distinct diseases, AD, Pick’s disease (PiD) and Chronic Traumatic Encephalopathy (CTE), represent the end-points of Tau’s molecular trajectory. We propose that the recent Tau structures may call for a re-examination of databases that link differentTau variants to various forms of dementia. We also address the question how this structural information may link Tau’s functional and pathological aspects. Because this structural information on Tau was obtained in a very short period, the new structures should be viewed in light of earlier structural observations and past and present functional data to shed additional light on Tau function and dysfunction.
Published: 2019

20. A unique ferrous iron binding mode is associated with large conformational changes for the transport protein FpvC of Pseudomonas aeruginosa

Author: Isabelle J. Schalk, Pierre Legrand, Karl Brillet, Magali Aumont-Nicaise, Solange Moréra, Léa Lo Bello, Loïc Marty, Alain Boussac, Armelle Vigouroux, Microbiologie et enzymologie structurale (MESB3S), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cristallisation (CRISTA), Département Plateforme (PF I2BC), Mesures d'interactions protéine-protéine (PIM), Photosystème II (PS2), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biotechnologie et signalisation cellulaire (BSC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut de recherche de l'Ecole de biotechnologie de Strasbourg (IREBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche de l'Ecole de biotechnologie de Strasbourg (IREBS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Spectrochimie Infrarouge et Raman - UMR 8516 (LASIR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Siderophore, siderophore, Iron, Aucun, Molecular Dynamics Simulation, Biochemistry, Ferrous, Divalent, solute-binding protein, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Nickel, Protein purification, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, Solute Carrier Proteins, Pyoverdine, Binding Sites, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], pyoverdine, Cell Biology, Periplasmic space, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Transport protein, 030104 developmental biology, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Pseudomonas aeruginosa, Biophysics, Ferrous iron binding, Oligopeptides, Bacterial Outer Membrane Proteins, Protein Binding
Abstract: Pseudomonas aeruginosa secretes pyoverdine, a major siderophore to get access to iron, an essential nutrient. Pyoverdine scavenges ferric iron in the bacterial environment with the resulting complex internalized by bacteria. Iron release from pyoverdine in the periplasm involves an iron reduction by an inner membrane reductase and two solute-binding proteins (SBPs) FpvC and FpvF in association with their ABC transporter. FpvC and FpvF belong to two different subgroups of SBPs within the structural cluster A: FpvC and FpvF were proposed to be a metal-binding protein and a ferrisiderophore binding protein, respectively. Here, we report the redox state and the binding mode of iron to FpvC. We first solved the crystal structure of FpvC bound to a fortuitous Ni2+ by single anomalous dispersion method. Using a different protein purification strategy, we determined the structure of FpvC with manganese and iron, which binds to FpvC in a ferrous state as demonstrated by electron paramagnetic resonance. FpvC is the first example of a hexahistidine metal site among SBPs in which the Fe2+ redox state is stabilized under aerobic conditions. Using biophysics methods, we showed that FpvC reversibly bind a broad range of divalent ions. The structure of a mutant mimicking the apo FpvC reveals a protein in an open state with large conformational changes when compared with the metal-bound FpvC. These results highlight that the canonical metal site in FpvC is distinct from those yet described in SBPs and they provide new insights into the mechanism of PVD-Fe dissociation in P. aeruginosa. This article is protected by copyright. All rights reserved. The following values have no corresponding Zotero field:auth-address: 1 Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CNRS CEA Univ. Paris-Sud, Université Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, 91198, Gif-sur-Yvette, France. 2 Synchrotron SOLEIL, L'Orme des Merisiers, Saint Aubin BP48, Gif-sur-Yvette, 91198, France. 3 UMR7242, CNRS, Université de Strasbourg, ESBS, Bd Sébastien Brant, F-67412, Illkirch, Strasbourg, France.accession-num: 31318478
Published: 2019

21. Structural Characterization of N-WASP Domain V Using MD Simulations with NMR and SAXS Data

Author: Dominique Durand, Célia Deville, Louise Pinet, Tâp Ha-Duong, Maud Chan-Yao-Chong, Carine van Heijenoort, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biomolécules : Conception, Isolement, Synthèse (BioCIS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires (FAAM), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Équipe 'Molécules Fluorées et Chimie Médicinale' BioCIS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Magnetic Resonance Spectroscopy, Materials science, alpha-synuclein, [SDV]Life Sciences [q-bio], force-field, Biophysics, Molecular Dynamics Simulation, Intrinsically disordered proteins, c-13' chemical-shifts, Force field (chemistry), 03 medical and health sciences, Molecular dynamics, 0302 clinical medicine, molecular recognition features, Protein Domains, X-Ray Diffraction, Scattering, Small Angle, Humans, atomic-resolution, Conformational ensembles, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Scattering, Small-angle X-ray scattering, fuzzy complexes, Articles, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Chemical physics, quantum-mechanics, ALDRICH SYNDROME, intrinsically disordered proteins, angle scattering data, Experimental methods, unstructured proteins, Wiskott-Aldrich Syndrome Protein, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Because of their large conformational heterogeneity, structural characterization of intrinsically disordered proteins (IDPs) is very challenging using classical experimental methods alone. In this study, we use NMR and small-angle x-ray scattering (SAXS) data with multiple molecular dynamics (MD) simulations to describe the conformational ensemble of the fully disordered verprolin homology domain of the neural Aldrich syndrome protein involved in the regulation of actin polymerization. First, we studied several back-calculation software of SAXS scattering intensity and optimized the adjustable parameters to accurately calculate the SAXS intensity from an atomic structure. We also identified the most appropriate force fields for MD simulations of this IDP. Then, we analyzed four conformational ensembles of neural Aldrich syndrome protein verprolin homology domain, two generated with the program flexible-meccano with or without NMR-derived information as input and two others generated by MD simulations with two different force fields. These four conformational ensembles were compared to available NMR and SAXS data for validation. We found that MD simulations with the AMBER-03w force field and the TIP4P/2005s water model are able to correctly describe the conformational ensemble of this 67-residue IDP at both local and global level.
Published: 2019

22. Combining Homologous Recombination and Phosphopeptide-binding Data to Predict the Impact of BRCA1 BRCT Variants on Cancer Risk

Author: Petitalot, Ambre, Dardillac, Elodie, Jacquet, Eric, Nhiri, Naima, Guirouilh-Barbat, Josee, Julien, Patrick, Bouazzaoui, Isslam, Bonte, Dorine, Feunteun, Jean, Schnell, Jeff A., Lafitte, Philippe, Aude, Jean-Christophe, Nogues, Catherine, Rouleau, Etienne, Lidereau, Rosette, Lopez, Bernard S., Zinn-Justin, Sophie, Caputo, Sandrine M., Bonnet, Francoise, Jones, Natalie, Bubien, Virginie, Longy, Michel, Sevenet, Nicolas, Krieger, Sophie, Casters, Laurent, Vaur, Dominique, Uhrhammer, Nancy, Bignon, Yves Jean, Lizard, Sarab, Dumont, Aurelie, Revillion, Francoise, Leone, Melanie, Boutry-Kryza, Nadia, Sinilnikova, Olga, Remenieras, Audrey, Bourdon, Violaine, Noguchi, Tetsuro, Sobol, Hagay, Harmand, Pierre-Olivier, Vilquin, Paul, Pujol, Pascal, Jonveaux, Philippe, Bronner, Myriam, Sokolowska, Joanna, Delnatte, Capucine, Guibert, Virginie, Garrec, Celine, Bezieau, Stephan, Soubrier, Florent, Guillerm, Erell, Coulet, Florence, Lefol, Cedrick, Caux-Moncoutier, Virginie, Golmard, Lisa, Houdayer, Claude, Stoppa-Lyonnet, Dominique, Delvincoun, Chantal, Beaudoux, Olivia, Muller, Daniele, Toulas, Christine, Guillaud-Bataille, Marine, Bressac-De Paillerets, Brigitte, Unité de génétique et biologie des cancers (U830), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Stabilité Génétique et Oncogenèse (UMR 8200), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Ligue Nationale Contre le Cancer - Paris, Ligue Nationnale Contre le Cancer, Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioInformatique Moléculaire (BIM), Département Biologie des Génomes (DBG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Enveloppe Nucléaire, Télomères et Réparation de l’ADN (INTGEN), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute of Cellular and Molecular Radiobiology, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hématopoïèse normale et pathologique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Laboratoire de Biologie Intégrative (LBI), Institut Curie, CRLCC René Huguenin, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, DIEP/DSV (DIEP/DSV), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Curie [Paris], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-16-CE12-0011,2R-POL,ADN polymérase theta : lien entre réplication et réparation de l'ADN(2016)
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, DNA repair, functional-analysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], domain, Computational biology, Biology, medicine.disease_cause, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, ovarian, Molecular Biology, Cellular localization, Mutation, dna-damage, Phosphopeptide, Cancer, hereditary breast, structural basis, medicine.disease, 3. Good health, 030104 developmental biology, BRCT domain, Oncology, classification, 030220 oncology & carcinogenesis, repair, missense variants, Cancer research, Homologous recombination, Carcinogenesis, bach1 phosphopeptide
Abstract: BRCA1 mutations have been identified that increase the risk of developing hereditary breast and ovarian cancers. Genetic screening is now offered to patients with a family history of cancer, to adapt their treatment and the management of their relatives. However, a large number of BRCA1 variants of uncertain significance (VUS) are detected. To better understand the significance of these variants, a high-throughput structural and functional analysis was performed on a large set of BRCA1 VUS. Information on both cellular localization and homology-directed DNA repair (HR) capacity was obtained for 78 BRCT missense variants in the UMD-BRCA1 database and measurement of the structural stability and phosphopeptide-binding capacities was performed for 42 mutated BRCT domains. This extensive and systematic analysis revealed that most characterized causal variants affect BRCT-domain solubility in bacteria and all impair BRCA1 HR activity in cells. Furthermore, binding to a set of 5 different phosphopeptides was tested: all causal variants showed phosphopeptide-binding defects and no neutral variant showed such defects. A classification is presented on the basis of mutated BRCT domain solubility, phosphopeptide-binding properties, and VUS HR capacity. These data suggest that HR-defective variants, which present, in addition, BRCT domains either insoluble in bacteria or defective for phosphopeptide binding, lead to an increased cancer risk. Furthermore, the data suggest that variants with a WT HR activity and whose BRCT domains bind with a WT affinity to the 5 phosphopeptides are neutral. The case of variants with WT HR activity and defective phosphopeptide binding should be further characterized, as this last functional defect might be sufficient per se to lead to tumorigenesis. Implications: The analysis of the current study on BRCA1 structural and functional defects on cancer risk and classification presented may improve clinical interpretation and therapeutic selection.
Published: 2019

23. Pixel: a content management platform for quantitative omics data

Author: Denecker, Thomas, Durand, William, Maupetit, Julien, Hébert, Charles, Camadro, Jean-Michel, Poulain, Pierre, Lelandais, Gaëlle, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), TailorDev SAS, BIOROSETICS, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université de Paris (UP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), BioInformatique Moléculaire (BIM), Département Biologie des Génomes (DBG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Molécules Thérapeutiques in silico (MTI), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Régulation de l'expression génétique (REG), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de biologie physico-chimique (IBPC)
Subjects: candida-glabrata, [SDV]Life Sciences [q-bio], Code coverage, lcsh:Medicine, Omics, Data Science Data cycle analyses, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, World Wide Web, 03 medical and health sciences, Web application, License, 030304 developmental biology, computer.programming_language, Subjects Computational Biology, 0303 health sciences, Pixel, 030306 microbiology, business.industry, General Neuroscience, 030302 biochemistry & molecular biology, Data Science, lcsh:R, Computational Biology, General Medicine, Genomics, Python (programming language), Data cycle analyses, Open source, Software deployment, Personal computer, Pixel Web App, General Agricultural and Biological Sciences, business, computer, Content management
Abstract: Background In biology, high-throughput experimental technologies, also referred as “omics” technologies, are increasingly used in research laboratories. Several thousands of gene expression measurements can be obtained in a single experiment. Researchers are routinely facing the challenge to annotate, store, explore and mine all the biological information they have at their disposal. We present here the Pixel web application (Pixel Web App), an original content management platform to help people involved in a multi-omics biological project. Methods The Pixel Web App is built with open source technologies and hosted on the collaborative development platform GitHub (https://github.com/Candihub/pixel). It is written in Python using the Django framework and stores all the data in a PostgreSQL database. It is developed in the open and licensed under the BSD 3-clause license. The Pixel Web App is also heavily tested with both unit and functional tests, a strong code coverage and continuous integration provided by CircleCI. To ease the development and the deployment of the Pixel Web App, Docker and Docker Compose are used to bundle the application as well as its dependencies. Results The Pixel Web App offers researchers an intuitive way to annotate, store, explore and mine their multi-omics results. It can be installed on a personal computer or on a server to fit the needs of many users. In addition, anyone can enhance the application to better suit their needs, either by contributing directly on GitHub (encouraged) or by extending Pixel on their own. The Pixel Web App does not provide any computational programs to analyze the data. Still, it helps to rapidly explore and mine existing results and holds a strategic position in the management of research data.
Published: 2019

24. Influence of the Spatial Conformation of Charged Ligands on the Optical Properties of Gold Nanoclusters

Author: Claude Zoukimian, Jean-Luc Coll, Xavier Le Guével, Franck Bertorelle, Estelle Porret, Niko Hildebrandt, Muriel Jourdan, Clothilde Comby-Zerbino, Rodolphe Antoine, Xue Qiu, Vanessa Trouillet, Didier Boturyn, Béatrice Gennaro, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Département de Chimie Moléculaire - Ingéniérie et Intéractions BioMoléculaires (DCM - I2BM), Département de Chimie Moléculaire (DCM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Spectrométrie des biomolécules et agrégats (SPECTROBIO), Institut Lumière Matière [Villeurbanne] (ILM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), NanoBioPhotonics (NANO), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Boturyn, Didier
Subjects: Materials science, Quantum yield, 02 engineering and technology, Peptides and proteins, 010402 general chemistry, Ligands, 01 natural sciences, Antioxidants, Nanoclusters, Colloid, mental disorders, [CHIM]Chemical Sciences, [CHIM.COOR]Chemical Sciences/Coordination chemistry, Surface charge, Physical and Theoretical Chemistry, Spectroscopy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Optical properties, Ligand, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, [CHIM.COOR] Chemical Sciences/Coordination chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 0104 chemical sciences, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, [CHIM.THEO] Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Crystallography, General Energy, Transmission electron microscopy, Gold, 0210 nano-technology
Abstract: International audience; Photoluminescent gold nanoclusters (Au NCs) were synthesized in one step in aqueous conditions using a mixture of glutathione and (mono or multivalent) glutathione-modified arginine peptides. By controlling the ratio of coligands, we investigated how the multivalency and the amount of arginines influenced the growth of Au NCs, their surface chemistry, their colloidal stability, and their optical properties. We demonstrated using two-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy that the organization of the ligand on the Au surface was composed by an inner rigid layer and an outer flexible part via inter- and/or intraligand spatial proximity. This directly impacted the structure of the Au NCs, as confirmed by gel electrophoresis, high-resolution transmission electron microscopy, diffusion-ordered spectroscopy, and mass spectrometry. Increasing arginine content also induced an increase of positive surface charge and an enhancement of the near infrared emission intensity at ∼670 nm with quantum yield up to 10% validating the significant influence of the ligands to the optical properties of Au NCs.
Published: 2019

25. Parallel ecological filtering of ultramafic soils in three distant island floras

Author: Dubiel Alfonso Gonzalez, Herizo Randriambanona, Sylvain Merlot, Tanguy Jaffré, Porter P. Lowry, Yohan Pillon, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Universidad Agraria de La Habana, Université de Toamasina (MADAGASCAR), Missouri Botanical Garden (USA), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Approches intégratives du Transport Ionique (MINION), Département Biologie Cellulaire (BioCell), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Missouri Botanical Garden, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNRS (Defi Enviromics Gene-4-Chem), Cooperation and Cultural Action Service of the French Embassy in Cuba, Université de Toamasina, and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Ultramafic rock, island, Taxonomic rank, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, conservatism, 0303 health sciences, Ecology, biology, nickel hyperaccumulator, fungi, food and beverages, Edaphic, Plant community, Vegetation, 15. Life on land, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, biology.organism_classification, disharmony, niche conservatism, Malpighiales, niche, Geography, Taxon, 13. Climate action, ecological filtering, Celastrales, exaptation, serpentine, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; Aim: Alexander von Humboldt observed that plant communities on different continents but under similar climatic conditions shared few common species but often contained representatives of the same genera or higher taxonomic groups. To test if this observation can be extended to substrate type, we explored whether a phylogenetic signature could be seen among floras growing on ultramafic substrates that present challenging edaphic conditions for plant growth and are well-known for their distinctive vegetation. Location: Cuba, Madagascar, New Caledonia. Taxon Angiosperms. Methods We compared the floras of Cuba, Madagascar and New Caledonia to test whether the same plant families were under- or over-represented on the ultramafic substrates of the three islands. Results: Pairwise comparisons showed that plant orders and families tended to have the same behaviour on the three islands, i.e. ultramafic substrates filtered (in favour of or against) the same plant groups in the three biogeographical distinct areas. The COM clade (comprising Celastrales, Oxalidales and Malpighiales) appears to be over-represented on ultramafic substrates in all three islands and contains over half of the world's known nickel hyperaccumulators. Main conclusions: Our analyses provide support for Humboldt's observation by showing that ecological sorting can favour the same plant lineages in similar environments in different biogeographical regions.
Published: 2019

26. Nondestructive and Fast Vibration Phenotyping of Plants

Author: E. de Langre, Benjamin Niez, O. Penalver, Bruno Moulia, Jean-Marie Frachisse, Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot, Eric Badel, Pascal Hémon, LadHyX, Ecole Polytechnique, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Approches intégratives du Transport Ionique (MINION), Département Biologie Cellulaire (BioCell), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SILVA (SILVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-AgroParisTech, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Laboratoire d'hydrodynamique (LadHyX), and École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Materials science, Video camera, plant, QH426-470, Tissue density, Phénotypage, 01 natural sciences, Vibration rapide, SB1-1110, law.invention, 03 medical and health sciences, law, Genetics, medicine, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Vegetal Biology, Water stress, fungi, Botany, Plant culture, Stiffness, food and beverages, Vibration, QK1-989, Plant, medicine.symptom, vibration, Biological system, Agronomy and Crop Science, Biologie végétale, nursery stock, Research Article, 010606 plant biology & botany
Abstract: The frequencies of free oscillations of plants, or plant parts, depend on their geometries, stiffnesses, and masses. Besides direct biomechanical interest, free frequencies also provide insights into plant properties that can usually only be measured destructively or with low-throughput techniques (e.g., change in mass, tissue density, or stiffness over development or with stresses). We propose here a new high-throughput method based on the noncontact measurements of the free frequencies of the standing plant. The plant is excited by short air pulses (typically 100 ms). The resulting motion is recorded by a high speed video camera (100 fps) and processed using fast space and time correlation algorithms. In less than a minute the mechanical behavior of the plant is tested over several directions. The performance and versatility of this method has been tested in three contrasted species: tobacco (Nicotiana benthamian), wheat (Triticum aestivum L.), and poplar (Populus sp.), for a total of more than 4000 data points. In tobacco we show that water stress decreased the free frequency by 15%. In wheat we could detect variations of less than 1 g in the mass of spikes. In poplar we could measure frequencies of both the whole stem and leaves. The work provides insight into new potential directions for development of phenotyping.
Published: 2019

27. Induced fit of the peptidyl-transferase center of the ribosome and conformational freedom of the esterified amino acids

Author: Jean Lehmann, Séquence, Structure et Fonction des ARN (SSFA), Département Biologie des Génomes (DBG), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Séquence, Structure et Fonction des ARN ( SSFA ), Département Biologie des Génomes ( DBG ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), and Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Peptidyl transferase, Stereochemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], RNA, Transfer, Amino Acyl, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Ribosome, Article, Catalysis, Substrate Specificity, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Catalytic Domain, induced-fit, Escherichia coli, aminoacyl-tRNA, Amino Acids, Molecular Biology, Conformational isomerism, EF-P, chemistry.chemical_classification, Aminoacyl-tRNA, Structural organization, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Substrate (chemistry), Translation (biology), 0104 chemical sciences, Amino acid, Kinetics, A-site, 030104 developmental biology, Enzyme, peptidyl-transferase center, Biochemistry, chemistry, Protein Biosynthesis, Peptidyl Transferases, biology.protein, Nucleic Acid Conformation, Thermodynamics, Ribosomes
Abstract: International audience; The catalytic site of most enzymes can efficiently handle only one substrate. In contrast, the ribosome is capable of polymerizing at a similar rate at least 20 different kinds of amino acids from aminoacyl-tRNA carriers while using just one catalytic site, the peptidyl-transferase center (PTC). An induced-fit mechanism has been uncovered in the PTC, but a possible connection between this mechanism and the uniform handling of the substrates has not been investigated. We present an analysis of published ribosome structures supporting the hypothesis that the induced-fit eliminates unreactive rotamers predominantly populated for some A-site aminoacyl esters before induction. We show that this hypothesis is fully consistent with the wealth of kinetic data obtained with these substrates. Our analysis reveals that induction constrains the amino acids into a reactive conformation in a side-chain independent manner. It allows us to highlight the rationale of the PTC structural organization, which confers to the ribosome the very unusual ability to handle large as well as small substrates.
Published: 2016

28. Biallelic PPA2 Mutations Cause Sudden Unexpected Cardiac Arrest in Infancy

Author: Anne Guimier, Richard Redon, Agnès Delahodde, Christopher T. Gordon, Philippe Charron, Myriam Oufadem, Agnès Rötig, Alain Dautant, Patrick Nitschke, Stanislas Lyonnet, Damien Bonnet, Sylvie Di Filippo, Cécile Masson, Patrice Bouvagnet, Loïc de Pontual, Béatrice Kugener, François Godard, Nigel G. Laing, Christine Bole-Feysot, Vincent Probst, Jeanne Amiel, Christelle Vasnier, Stéphane Dauger, Gianina Ravenscroft, Caroline Rambaud, Cheryl Longman, Jean-Paul di Rago, Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biochimie et génétique cellulaires (IBGC), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Medical Research, University of Western Australia and the Harry Perkins Institute for Medical Research WA 6009, Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress Abiotiques et Différenciation des Végétaux Cultivés (SADV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille, Sciences et Technologies, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Plate Forme Paris Descartes de Bioinformatique (BIP-D), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition, inflammation et dysfonctionnement de l'axe intestin-cerveau (ADEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Neuroprotection du Cerveau en Développement / Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), West of Scotland Regional Genetics Service, Physiologie integrée du système d'éveil, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-IFR19-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Sommeil Pédiatrique (Hôpital Mère-Enfant), Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire Cardiogénétique, CHU de Lyon HCL-GH Est-Hôpital Louis Pradel, Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de Cardiologie Pédiatrique, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Fonctions et dysfonctions de la mitochondrie (FDMITO), Département Biologie Cellulaire (BioCell), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Heterozygote, Saccharomyces cerevisiae Proteins, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mitochondrial disease, Mutant, Mutation, Missense, Saccharomyces cerevisiae, Mitochondrion, Biology, Compound heterozygosity, Mitochondrial Proteins, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Report, Genetics, medicine, Humans, Missense mutation, Exome, Genetics(clinical), Alleles, Genetics (clinical), Membrane Potential, Mitochondrial, Genes, Essential, Microbial Viability, Genetic Complementation Test, Infant, Sudden cardiac arrest, Proton Pumps, medicine.disease, Mitochondria, Diphosphates, Inorganic Pyrophosphatase, Death, Sudden, Cardiac, 030104 developmental biology, Essential gene, Mutation, Female, medicine.symptom, Gene Deletion, 030217 neurology & neurosurgery, Orthologous Gene
Abstract: International audience; Sudden unexpected death in infancy occurs in apparently healthy infants and remains largely unexplained despite thorough investigation. The vast majority of cases are sporadic. Here we report seven individuals from three families affected by sudden and unexpected cardiac arrest between 4 and 20 months of age. Whole-exome sequencing revealed compound heterozygous missense mutations in PPA2 in affected infants of each family. PPA2 encodes the mitochondrial pyrophosphatase, which hydrolyzes inorganic pyrophosphate into two phosphates. This is an essential activity for many biosynthetic reactions and for energy metabolism of the cell. We show that deletion of the orthologous gene in yeast (ppa2Δ) compromises cell viability due to the loss of mitochondria. Expression of wild-type human PPA2, but not PPA2 containing the mutations identified in affected individuals, preserves mitochondrial function in ppa2Δ yeast. Using a regulatable (doxycycline-repressible) gene expression system, we found that the pathogenic PPA2 mutations rapidly inactivate the mitochondrial energy transducing system and prevent the maintenance of a sufficient electrical potential across the inner membrane, which explains the subsequent disappearance of mitochondria from the mutant yeast cells. Altogether these data demonstrate that PPA2 is an essential gene in yeast and that biallelic mutations in PPA2 cause a mitochondrial disease leading to sudden cardiac arrest in infants.
Published: 2016

29. Phagonaute: A web-based interface for phage synteny browsing and protein function prediction

Author: Raphael Guerois, Oussema Souiai, Khema Fagoonee, Marie-Agnès Petit, Hadrien Delattre, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, ANR-10-BLAN-1328,DYNAMOPHAGE,Dynamique des génomes de bactériophages(2010), ANR-13-ASTR-0011,ResisPhages,Enjeux de l’utilisation des bactériophages comme outil de désinfection et de thérapie(2013), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-ASTR-0011,ResisPhages,Enjeux de l'utilisation des bactériophages comme outil de désinfection et de thérapie(2013), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé humaine ( MICALIS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Assemblage moléculaire et intégrité du génome ( AMIG ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ANR-10-BLAN-1328,DYNAMOPHAGE,Dynamique des génomes de bactériophages ( 2010 ), ANR-13-ASTR-0011,ResisPhages,Enjeux de l’utilisation des bactériophages comme outil de désinfection et de thérapie ( 2013 ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Viral protein, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genome, Viral, Computational biology, Web Browser, Biology, medicine.disease_cause, Synteny, Homology (biology), Viral Proteins, 03 medical and health sciences, Virology, medicine, Archaeal viruses, Bacteriophages, Protein function prediction, HSV1, Hidden Markov model, Genetics, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Computational Biology, Genomics, Archaeal Viruses, 030104 developmental biology, Proteome, Pairwise comparison, Recombination functions, Software
Abstract: International audience; Distant homology search tools are of great help to predict viral protein functions. However, due to the lack of profile databases dedicated to viruses, they can lack sensitivity. We constructed HMM profiles for more than 80,000 proteins from both phages and archaeal viruses, and performed all pairwise comparisons with HHsearch program. The whole resulting database can be explored through a user-friendly "Phagonaute" interface to help predict functions. Results are displayed together with their genetic context, to strengthen inferences based on remote homology. Beyond function prediction, this tool permits detections of co-occurrences, often indicative of proteins completing a task together, and observation of conserved patterns across large evolutionary distances. As a test, Herpes simplex virus I was added to Phagonaute, and 25% of its proteome matched to bacterial or archaeal viral protein counterparts. Phagonaute should therefore help virologists in their quest for protein functions and evolutionary relationships.
Published: 2016

30. The intriguing realm of protein biogenesis: Facing the green co-translational protein maturation networks

Author: Thierry Meinnel, Sonia Fieulaine, Carmela Giglione, Adina Breiman, Department of Molecular Microbiology and Biotechnology, Tel Aviv University [Tel Aviv], Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interactions et mécanismes d’assemblage des protéines et des peptides ( IMAPP ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Maturation des proteines, destinée cellulaire et thérapeutique ( PROMTI ), Département Biologie des Génomes ( DBG ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions et mécanismes d’assemblage des protéines et des peptides (IMAPP), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maturation des proteines, destinée cellulaire et thérapeutique (PROMTI), Département Biologie des Génomes (DBG), and Tel Aviv University (TAU)
Subjects: 0301 basic medicine, Protein Folding, Macromolecular Substances, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biophysics, Co-translational targeting, Biology, Biochemistry, Ribosome, Analytical Chemistry, 03 medical and health sciences, Protein biosynthesis, Initiation factor, Molecular Biology, Protein maturation, Cellular compartment, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], 030102 biochemistry & molecular biology, Ribosome-associated protein biogenesis factors, Translation (biology), Plants, Cell biology, 030104 developmental biology, Co-translational folding, Protein Biosynthesis, Proteolysis, Protein folding, Protein Processing, Post-Translational, Ribosomes, Co-translational modifications, Biogenesis
Abstract: International audience; The ribosome is the cell's protein-making factory, a huge protein-RNA complex, that is essential to life. Determining the high-resolution structures of the stable "core" of this factory was among the major breakthroughs of the past decades, and was awarded the Nobel Prize in 2009. Now that the mysteries of the ribosome appear to be more traceable, detailed understanding of the mechanisms that regulate protein synthesis includes not only the well-known steps of initiation, elongation, and termination but also the less comprehended features of the co-translational events associated with the maturation of the nascent chains. The ribosome is a platform for co-translational events affecting the nascent polypeptide, including protein modifications, folding, targeting to various cellular compartments for integration into membrane or translocation, and proteolysis. These events are orchestrated by ribosome-associated protein biogenesis factors (RPBs), a group of a dozen or more factors that act as the "welcoming committee" for the nascent chain as it emerges from the ribosome. In plants these factors have evolved to fit the specificity of different cellular compartments: cytoplasm, mitochondria and chloroplast. This review focuses on the current state of knowledge of these factors and their interaction around the exit tunnel of dedicated ribosomes. Particular attention has been accorded to the plant system, highlighting the similarities and differences with other organisms.
Published: 2016

31. Autophagy mediates phosphatidylserine exposure and phagosome degradation during apoptosis through specific functions of GABARAP/LGG-1 and LC3/LGG-2

Author: Renaud Legouis, Elena Simionato, Céline Jenzer, Vincent Scarcelli, Christophe Lefebvre, Céline Largeau, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Autophagie et Développement (OTOFAJ), Département Biologie Cellulaire (BioCell), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay
Subjects: 0301 basic medicine, Programmed cell death, phosphatidylserine, machinery, GABARAP, Phagocytosis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Research Paper - Basic Science, VPS-39, education, Apoptosis, clearance, Phosphatidylserines, Biology, Membrane Fusion, Models, Biological, 03 medical and health sciences, Lysosome, Phagosomes, medicine, Autophagy, Animals, Caenorhabditis elegans, Caenorhabditis elegans Proteins, Molecular Biology, Phagosome, programmed cell-death, noncanonical autophagy, 030102 biochemistry & molecular biology, pathway, genes function, Cell Biology, BECN1, ULK1, phagosome, Cell biology, secretion, lc3 recruitment, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, engulfment, cell death, LAP process, lysosome, embryogenesis, Lysosomes, Microtubule-Associated Proteins
Abstract: International audience; Phagocytosis and macroautophagy/autophagy are 2 processes involved in lysosome-mediated clearance of extracellular and intracellular components, respectively. Recent studies have identified the recruitment of the autophagic protein LC3 during phagocytosis of apoptotic corpses in what is now called LC3-associated phagocytosis (LAP). LAP is a distinct process from autophagy but it relies on some members of the autophagy pathway to allow efficient degradation of the phagocytosed cargo. We investigated whether both LC3/LGG-2 and GABARAP/LGG-1 are involved in phagocytosis of apoptotic corpses during embryonic development of Caenorhabditis elegans. We discovered that both LGG-1 and LGG-2 are involved in the correct elimination of apoptotic corpses, but that they have different functions. lgg-1 and lgg-2 mutants present a delay in phagocytosis of apoptotic cells but genetic analyses indicate that LGG-1 and LGG-2 act upstream and downstream of the engulfment pathways, respectively. Moreover, LGG-1 and LGG-2 display different cellular localizations with enrichment in apoptotic corpses and phagocytic cells, respectively. For both LGG-1 and LGG-2, subcellular localization is vesicular and dependent on UNC-51/ULK1, BEC-1/BECN1 and the lipidation machinery, indicating that their functions during phagocytosis of apoptotic corpses mainly rely on autophagy. Finally, we show that LGG-1 is involved in the exposure of the 'eat-me signal' phosphatidylserine at the surface of the apoptotic cell to allow its recognition by the phagocytic cell, whereas LGG-2 is involved in later steps of phagocytosis to allow efficient cell corpse clearance by mediating the maturation/degradation of the phagosome.
Published: 2018

32. Structure-function analysis of Sua5 protein reveals novel functional motifs required for the biosynthesis of the universal t6A tRNA modification

Author: Dominique Liger, W. Zhang, Tamara Basta, Herman van Tilbeurgh, Patrick Forterre, Juliette Létoquart, Inès Li de la Sierra-Gallay, A. Pichard-Kostuch, M.C. Daugeron, Bruno Collinet, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biochimie et biophysique moléculaire et cellulaire (IBBMC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires (FAAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Biologie Cellulaire des Archées (ARCHEE), Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrêmophiles (BMGE), Institut Pasteur [Paris] (IP), UPMC - UFR Sciences de la vie (UFR 927 ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), This work received support from the French Infrastructure for Structural Biology (Agence Nationale de la Recherche, FRISBI ANR-10-INSB-0501) to H.v.T. and by Lidex BIG grant of the Paris-Saclay University to T.B.L. and H.v.T. A.P.K. received her PhD scholarship from IDEX Paris-Saclay., ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institut Pasteur [Paris], and ANR-10-INBS-0005-02,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010)
Subjects: 0301 basic medicine, TRNA modification, biology, Stereochemistry, t 6 A 37, [SDV]Life Sciences [q-bio], Translation (biology), [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, biology.organism_classification, Conserved sequence, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, TsaC, Transfer RNA, threonylcarbamoyladenosine, Transferase, Binding site, tRNA modification, Molecular Biology, Linker, Pyrococcus abyssi
Abstract: N6-threonyl-carbamoyl adenosine (t6A) is a universal tRNA modification found at position 37, next to the anticodon, in almost all tRNAs decoding ANN codons (where N = A, U, G, or C). t6A stabilizes the codon–anticodon interaction and hence promotes translation fidelity. The first step of the biosynthesis of t6A, the production of threonyl-carbamoyl adenylate (TC-AMP), is catalyzed by the Sua5/TsaC family of enzymes. While TsaC is a single domain protein, Sua5 enzymes are composed of the TsaC-like domain, a linker and an extra domain called SUA5 of unknown function. In the present study, we report structure–function analysis of Pyrococcus abyssi Sua5 (Pa-Sua5). Crystallographic data revealed binding sites for bicarbonate substrate and pyrophosphate product. The linker of Pa-Sua5 forms a loop structure that folds into the active site gorge and closes it. Using structure-guided mutational analysis, we established that the conserved sequence motifs in the linker and the domain–domain interface are essential for the function of Pa-Sua5. We propose that the linker participates actively in the biosynthesis of TC-AMP by binding to ATP/PPi and by stabilizing the N-carboxy-l-threonine intermediate. Hence, TsaC orthologs which lack such a linker and SUA5 domain use a different mechanism for TC-AMP synthesis.
Published: 2018

33. Meet-U: educating through research immersion

Author: Anne Lopes, Laurent David, Sophie Sacquin-Mora, Alexandre Albani, Marc Delarue, Vasiliki Myrodia, Eric Anthony, Mélissa Cardon, Hugo Schweke, Nicolas Sompairac, Stéphane Le Crom, Christine Froidevaux, Patrick F.J. Fuchs, Pierre Poulain, Violaine Verrecchia, Jeanne Laurentie, Nadège Guiglielmoni, Raphael Guerois, Martin Weigt, Maria Ruiz-Cuevas, Juliana S Bernardes, Samer Abboud, Rémi Montagne, Nathalie Lehmann, Vaitea Opuu, Chloé Quignot, Agnes Baud, Camille Lochard, Chloé Dequeker, Samia Djerroud, Romain Conte, Elodie Laine, Dariusz Czernecki, Olivier Lespinet, Mariam Sissoko, Agathe Delaune, Guillaume Bouvier, Arnaud Ferré, Audrey Vallerix, Robert Clerc, Hugues Richard, Alessandra Carbone, Elise Parey, Sylvain Privé, Pauline Fourgoux, Nika Abdollahi, Yann Ponty, Lélia Polit, Gaëlle Lelandais, Sorbonne Universités, Université Paris-Saclay, Dynamique structurale des Macromolécules / Structural Dynamics of Macromolecules, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] (LIX), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Algorithms and Models for Integrative BIOlogy (AMIBIO), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire de biochimie théorique [Paris] (LBT (UPR_9080)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique structurale, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques (DSIMB), Biologie Intégrée du Globule Rouge (BIGR (UMR_S_1134 / U1134)), Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université des Antilles (UA)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université des Antilles (UA), Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genetic Networks [LCQB] (LCQB-GN), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Masters of Computer Science and of Molecular and Cellular Biology at Sorbonne Université / UPMC (Bioinformatics and Modeling specialty), Master of Analysis, Modeling and Engineering of Biological and Medical Information at Université Paris-Saclay, Groupement de Recherche BioInformatique Moléculaire, Société Française de BioInformatique, Ecole Doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants, Institut de Biologie Paris Seine, Institut Universitaire de France, Biochimie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] ( LIX ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École polytechnique ( X ), Algorithms and Models for Integrative BIOlogy ( AMIBIO ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Laboratoire de biochimie théorique [Paris] ( LBT ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology ( LCQB ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie Paris Seine ( IBPS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques ( DSIMB ), Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] ( INTS ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de biologie physico-chimique ( IBPC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), CentraleSupélec-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université de Paris (UP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laine, Elodie, and Lopes, Anne
Subjects: 0301 basic medicine, Research design, [SDV]Life Sciences [q-bio], Social Sciences, Cloud computing, Biochemistry, Computational biology, Database and Informatics Methods, Sociology, Jury, Nothing, ComputingMilieux_COMPUTERSANDEDUCATION, Macromolecular Structure Analysis, Biology (General), media_common, Schools, Ecology, 4. Education, Professions, Computational Theory and Mathematics, Research Design, Modeling and Simulation, Lectures, Engineering ethics, Computer and Information Sciences, Universities, QH301-705.5, Bioinformatics, media_common.quotation_subject, Research and Analysis Methods, Education, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Genetics, Humans, Students, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, business.industry, Research, Biology and Life Sciences, Proteins, Teachers, Coopetition, Computing Methods, 030104 developmental biology, Protein structure prediction, People and Places, Protein structure, Population Groupings, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business
Abstract: This is a PLOS Computational Biology Education paper.; International audience; We present a new educational initiative, called Meet-U, that aims at training students to collaborativework in computational biology and at bridging the gap between education and research.Meet-U mimics the set up of collaborative research projects and takes advantage of the most populartools for collaborative work and of cloud computing. Students are grouped in teams of 4-5 peopleand have to realize a project from A to Z that answers a challenging question in Biology.Meet-U promotes "coopetition", as the students collaborate within and across the teams and are also incompetition with each other to develop the best final product.Meet-U fosters interactions between different actors of education and research through the organization of a meeting day, open to everyone, where the students present their work to a jury of researchers and jury members give researchseminars. This very unique combination of education and research is strongly motivating for thestudents and provides a formidable opportunity for a scientific community to unite and increase itsvisibility. We report on our experience with Meet-U in two French universities with master studentsin bioinformatics and modeling, with protein-protein docking as the subject of the course.Meet-U is easy to implement, virtually costs nothing and can be straightforwardly transferred to other fieldsand/or universities. All the information and data are available at http://www.meet-u.org.
Published: 2018

34. High Prevalence and Genetic Diversity of Large phiCD211 (phiCDIF1296T)-Like Prophages in Clostridioides difficile

Author: Olga Soutourina, Marc Monot, Ognjen Sekulovic, Bruno Dupuy, Julian R. Garneau, Louis-Charles Fortier, Université de Sherbrooke [Sherbrooke], Pathogénèse des Bactéries Anaérobies / Pathogenesis of Bacterial Anaerobes (PBA (U-Pasteur_6)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Tufts University School of Medicine [Boston], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ARNs régulateurs chez les Clostridies (ARNCLO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), This work was supported by a discovery grant from the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC, RGPIN-2015-06334 to L.-C.F.), the Institut Pasteur, the Agence Nationale de la Recherche ('CloSTARn,' ANR-13-JSV3-0005-01 to O.S.), and the Institut Universitaire de France (to O.S.)., ANR-13-JSV3-0005,CloSTARn,Rôle du c-di-GMP dans le contrôle via des « riboswitch » et des ARN antisens de processus cellulaires associés au comportement communautaire chez Clostridium difficile, une bactérie opportuniste responsable d'infections nosocomiales(2013), Université de Sherbrooke (UdeS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and ANR-13-JSV3-0005,CloSTARn,Rôle du c-di-GMP dans le contrôle via des ' riboswitch ' et des ARN antisens de processus cellulaires associés au comportement communautaire chez Clostridium difficile, une bactérie opportuniste responsable d'infections nosocomiales(2013)
Subjects: 0301 basic medicine, prophage genomics, MICROBIO, Prophages, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Genomics, Locus (genetics), Genome, Viral, Applied Microbiology and Biotechnology, Genome, Bacteriophage, 03 medical and health sciences, bacteriophage, Environmental Microbiology, Prevalence, ARNCLO, Humans, Viral, Gene, Prophage, phiCDIF1296T, 2. Zero hunger, Genetics, Virulence, Ecology, biology, Clostridioides difficile, Bacterial, Genetic Variation, Sequence Analysis, DNA, DNA, Clostridium difficile, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, phiCD211, DNA, Viral, Genetic Fitness, Mobile genetic elements, Sequence Analysis, Genome, Bacterial, Multilocus Sequence Typing, Food Science, Biotechnology
Abstract: Clostridioides difficile (formerly Clostridium difficile ) is a pathogenic bacterium displaying great genetic diversity. A significant proportion of this diversity is due to the presence of integrated prophages. Here, we provide an in-depth analysis of phiCD211, also known as phiCDIF1296T, the largest phage identified in C. difficile so far, with a genome of 131 kbp. It shares morphological and genomic similarity with other large siphophages, like phage 949, infecting Lactococcus lactis , and phage c-st, infecting Clostridium botulinum . A PhageTerm analysis indicated the presence of 378-bp direct terminal repeats at the phiCD211 genome termini. Among striking features of phiCD211, the presence of several transposase and integrase genes suggests past recombination events with other mobile genetic elements. Several gene products potentially influence the bacterial lifestyle and fitness, including a putative AcrB/AcrD/AcrF multidrug resistance protein, an EzrA septation ring formation regulator, and a spore protease. We also identified a CRISPR locus and a cas3 gene. We screened 2,584 C. difficile genomes available and detected 149 prophages sharing ≥80% nucleotide identity with phiCD211 (5% prevalence). Overall, phiCD211-like phages were detected in C. difficile strains corresponding to 21 different multilocus sequence type groups, showing their high prevalence. Comparative genomic analyses revealed the existence of several clusters of highly similar phiCD211-like phages. Of note, large chromosome inversions were observed in some members, as well as multiple gene insertions and module exchanges. This highlights the great plasticity and gene coding potential of the phiCD211/phiCDIF1296T genome. Our analyses also suggest active evolution involving recombination with other mobile genetic elements. IMPORTANCE Clostridioides difficile is a clinically important pathogen representing a serious threat to human health. Our hypothesis is that genetic differences between strains caused by the presence of integrated prophages could explain the apparent differences observed in the virulence of different C. difficile strains. In this study, we provide a full characterization of phiCD211, also known as phiCDIF1296T, the largest phage known to infect C. difficile so far. Screening 2,584 C. difficile genomes revealed the presence of highly similar phiCD211-like phages in 5% of the strains analyzed, showing their high prevalence. Multiple-genome comparisons suggest that evolution of the phiCD211-like phage community is dynamic, and some members have acquired genes that could influence bacterial biology and fitness. Our study further supports the relevance of studying phages in C. difficile to better understand the epidemiology of this clinically important human pathogen.
Published: 2018

35. Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs

Author: Forslund, Kristoffer, Pereira, Cécile, Capella-Gutiérrez, Salvador, da Silva, Alan Sousa, Altenhoff, Adrian, Huerta-Cepas, Jaime, Muffato, Matthieu, Patricio, Mateus, Vandepoele, Klaas, Ebersberger, Ingo, Blake, Judith, Fernández Breis, Jesualdo Tomás, Boeckmann, Brigitte, Gabaldon, Toni, Sonnhammer, Erik, Dessimoz, Christophe, Lewis, Suzanna, Bello, Carla, Briois, Sébastien, Chalstrey, Edward, Chiba, Hirokazu, Conchillo-Solé, Oscar, Daubin, Vincent, DeLuca, Todd, Dufayard, Jean-François, Durand, Dannie, Fernández-Breis, Jesualdo Tomás, Glover, Natasha, Hauser, Alexander, Heller, Davide, Kaduk, Mateus, Koch, Jan, Koonin, Eugene, Kriventseva, Evgenia, Kuraku, Shigehiro, Lecompte, Odile, Lespinet, Olivier, Levy, Jeremy, Liebeskind, Benjamin, Linard, Benjamin, Marcet-Houben, Marc, Kauffmann, Martin, McWhite, Claire, Mekhedov, Sergei, Moretti, Sebastien, Müller, Steven, Nadia, El-Mabrouk, Notredame, Cedric, Penel, Simon, Pilizota, Ivana, Redestig, Henning, Robinson-Rechavi, Marc, Schreiber, Fabian, Sjölander, Kimmen, Škunca, Nives, Steinegger, Martin, Szklarczyk, Damian, Thomas, Paul, Thuer, Ernst, Train, Clément, Uchiyama, Ikuo, Wittwer, Lucas, Xenarios, Ioannis, Yates, Bethan, Zdobnov, Evgeny, Waterhouse, Robert, European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL), University of Florida [Gainesville], Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique (LRI) (BioInfo - LRI), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona], Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Centre for Genomic Regulation (CRG), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University [Belgium] (UGENT), Senckenberg Climate and Research, Applied Bioinformatics, University of Southern California (USC), Department of Computer Science, Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire du Contrôle de la Prolifération (LBCMCP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Universidad de Murcia, National Center for Biotechnology Information (NCBI), University of Geneva Medical School, Genome Resource and Analysis Unit (GRAS), RIKEN Center for Developmental Biology, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Swiss Institute of Bioinformatics, Comparative Bioinformatics, Department of Ecology and Evolution, Université de Lausanne (UNIL), Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), Universität Zürich [Zürich] (UZH), Defence Science and Technology Laboratory (Dstl), Ministry of Defence (UK) (MOD), Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] (SIB), Medical School, Université de Genève (UNIGE), University of Florida [Gainesville] (UF), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Center for Plant Systems Biology (PSB Center), Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique] (VIB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Department of Ecology and Evolution [Lausanne], Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] ( EMBL ), University of Florida [Gainesville] ( UF ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bioinformatique (LRI) ( BioInfo - LRI ), Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre for Genomic Regulation ( CRG ), European Bioinformatics Institute [Hinxton] ( EMBL-EBI ), European Molecular Biology Laboratory [Hinxton], Ghent University [Belgium] ( UGENT ), Center for Integrative Bioinformatics Vienna, Max F. Perutz Laboratories, University of Southern California ( USC ), Swiss Federal Institute of Technology in Zürich ( ETH Zürich ), LBCMCP, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Harvard Medical School [Boston] ( HMS ), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales ( UMR AGAP ), Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), National Center for Biotechnology Information ( NCBI ), Genome Resource and Analysis Unit ( GRAS ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique ( MAB ), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier ( LIRMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lausanne ( UNIL ), University of California [Berkeley], Universität Zürich [Zürich] ( UZH ), Defence Science and Technology Laboratory ( Dstl ), Ministry of Defence (UK) ( MOD ), Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] ( SIB ), Université de Genève ( UNIGE ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; The Quest for Orthologs (QfO) is an open collaboration framework for experts in comparative phylogenomics and related research areas who have an interest in highly accurate orthology predictions and their applications. We here report highlights and discussion points from the QfO meeting 2015 held in Barcelona. Achievements in recent years have established a basis to support developments for improved orthology prediction and to explore new approaches. Central to the QfO effort is proper benchmarking of methods and services, as well as design of standardized datasets and standardized formats to allow sharing and comparison of results. Simultaneously, analysis pipelines have been improved, evaluated and adapted to handle large datasets. All this would not have occurred without the long-term collaboration of Consortium members. Meeting regularly to review and coordinate complementary activities from a broad spectrum of innovative researchers clearly benefits the community. Highlights of the meeting include addressing sources of and legitimacy of disagreements between orthology calls, the context dependency of orthology definitions, special challenges encountered when analyzing very anciently rooted orthologies, orthology in the light of whole-genome duplications, and the concept of orthologous versus paralogous relationships at different levels, including domain-level orthology. Furthermore, particular needs for different applications (e.g. plant genomics, ancient gene families and others) and the infrastructure for making orthol-ogy inferences available (e.g. interfaces with model organism databases) were discussed, with several ongoing efforts that are expected to be reported on during the upcoming 2017 QfO meeting.
Published: 2018

36. Cyclooxygenases and lipoxygenases are used by the fungus Podospora anserina to repel nematodes

Author: Charlie Boucher, Fabienne Malagnac, Laetitia Chan Ho Tong, Isabelle Lacaze, César Trannoy, Hervé Lalucque, Yohann Petit, Roselyne Ferrari, Stéphane Moularat, Camille Oger, Jean-Marie Galano, Océane Vanparis, Justine Bertrand-Michel, Thierry Durand, Sylvain Brun, Philippe Silar, Jaafar Kilani, Pauline Le Faouder, Laboratoire Interdisciplinaire des Energies de Demain (LIED (UMR_8236)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest (PAPPSO), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Biologie des Génomes (DBG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre Scientifique et Technique du Bâtiment (CSTB), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, aspergillus-fumigatus, Nematoda, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Mutant, Lipoxygenase, Biophysics, Fungus, Biochemistry, Podospora anserina, Fungal Proteins, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Podospora, Gene Expression Regulation, Fungal, Animals, Oxylipins, lc-ms/ms, Volatile organic compounds, Mycotoxin, Molecular Biology, Gene, metabolites, chemistry.chemical_classification, endophytic fungus, biology, Wild type, Fungi, Lipoxygenases, phytoprostanes, biology.organism_classification, volatile organic-compounds, Cyclooxygenase, Enzyme, plant-growth, chemistry, Prostaglandin-Endoperoxide Synthases, Insect Repellents, biology.protein, chromatography, Lipid Peroxidation, polyunsaturated fatty-acids
Abstract: WOS:000443665300007; International audience; Oxylipins are secondary messengers used universally in the living world for communication and defense. The paradigm is that they are produced enzymatically for the eicosanoids and non-enzymatically for the isoprostanoids. They are supposed to be degraded into volatile organic compounds (VOCs) and to participate in aroma production. Some such chemicals composed of eight carbons are also envisoned as alternatives to fossil fuels. In fungi, oxylipins have been mostly studied in Aspergilli and shown to be involved in signalling asexual versus sexual development, mycotoxin production and interaction with the host for pathogenic species. Through targeted gene deletions of genes encoding oxylipin-producing enzymes and chemical analysis of oxylipins and volatile organic compounds, we show that in the distantly-related ascomycete Podospora anserina, isoprostanoids are likely produced enzymatically. We show the disappearance in the mutants lacking lipoxygenases and cyclooxygenases of the production of 10-hydroxy-octadecadienoic acid and that of 1-octen-3-ol, a common volatile compound. Importantly, this was correlated with the inability of the mutants to repel nematodes as efficiently as the wild type. Overall, our data show that in this fungus, oxylipins are not involved in signalling development but may rather be used directly or as precursors in the production of odors against potential agressors. Significance: We analyzse the role in inter-kingdom communication of lipoxygenase (lox) and cyclooxygenase (cox) genes in the model fungus Podospora anserina. Through chemical analysis we define the oxylipins and volatile organic compounds (VOCs)produce by wild type and mutants for cox and lox genes, We show that the COX and LOX genes are required for the production of some eight carbon VOCs. We show that COX and LOX genes are involved in the production of chemicals repelling nematodes. This role is very different from the ones previously evidenced in other fungi.
Published: 2018

37. Nonselective Chemical Inhibition of Sec7 Domain-Containing ARF GTPase Exchange Factors

Author: Steven De Munck, Riet De Rycke, Bram Denoo, Sacco C. de Vries, Jan Hullaert, Wim Annaert, Isha Sharma, Kaija Goodman, Wim Dejonghe, Johan M. Winne, Marisa S. Otegui, François Peurois, Wim Nerinckx, Andrzej Drozdzecki, Annemieke Madder, Jacqueline Cherfils, Marine Bretou, Qing Lu, Sara Martins, Sjef Boeren, Grégory Vert, Kamila Kalinowska, Veronique Storme, Long Nguyen, Dominique Audenaert, Erika Isono, Kiril Mishev, Savvas N. Savvides, Eugenia Russinova, Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Plant Systems Biology, Flanders Institute for Biotechnology, Ghent University Hospital, Laboratory of Biochemistry, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Immunité et cancer (U932), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratory for Protein Biochemistry and Biomolecular Engineering, Department of Biochemistry, Physiology and Microbiology, Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ghent University, Compound Screening Facility, VIB, Signalisation Cellulaire et Ubiquitination chez les plantes (UBINET), Département Biologie Cellulaire (BioCell), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Organic and Biomimetic Chemistry Research Group, VIB-UGent Center for Inflammation Research [Gand, Belgique] (IRC), VIB [Belgium], Laboratory for Protein Biochemistry and Biomolecular Engineering, Department of Biochemistry and Microbiology, Laboratory of Membrane Trafficking and VIB11, Center for Human Genetics, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Polymer Research Group, State Univ Ghent, Department of Systems Biology, Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie (IEMN) - UMR 8520 (IEMN), Ecole Centrale de Lille-Institut supérieur de l'électronique et du numérique (ISEN)-Université de Valenciennes et du Hainaut-Cambrésis (UVHC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF), Ghent University [Belgium] (UGENT), Laboratoire de dynamique membranaire et maladies neurologiques (UMR 8192), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), VIB Inflammation Research Center, Laboratoire d'enzymologie et biochimie structurales (LEBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Curie [Paris]-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Universiteit Gent [Ghent], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-Ecole Centrale de Lille-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-Institut supérieur de l'électronique et du numérique (ISEN), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, ADP ribosylation factor, Endosome, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arabidopsis, Biochemie, Endosomes, Plant Science, arabidopsis-thaliana, Biology, receptor kinase bri1, Endocytosis, Biochemistry, UBINET, Piperazines, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, chemistry.chemical_compound, golgi network/early endosome, BIOCELL, Guanine Nucleotide Exchange Factors, Life Science, Endomembrane system, endomembrane trafficking, Research Articles, brefeldin-a, Brefeldin A, protein complexes, Arabidopsis Proteins, plasma-membrane, plant-cells, Cell Biology, Golgi apparatus, Plants, Genetically Modified, Transport protein, Cell biology, wide analysis, Protein Transport, small molecules, 030104 developmental biology, chemistry, Vacuoles, symbols, Phthalazines, Guanine nucleotide exchange factor, Protein Kinases
Abstract: International audience; Small GTP-binding proteins from the ADP-ribosylation factor (ARF) family are important regulators of vesicle formation and cellular trafficking in all eukaryotes. ARF activation is accomplished by a protein family of guanine nucleotide exchange factors (GEFs) that contain a conserved catalytic Sec7 domain. Here, we identified and characterized Secdin, a small-molecule inhibitor of Arabidopsis thaliana ARF-GEFs. Secdin application caused aberrant retention of plasma membrane (PM) proteins in late endosomal compartments, enhanced vacuolar degradation, impaired protein recycling, and delayed secretion and endocytosis. Combined treatments with Secdin and the known ARF-GEF inhibitor Brefeldin A (BFA) prevented the BFA-induced PM stabilization of the ARF-GEF GNOM, impaired its translocation from the Golgi to the trans-Golgi network/early endosomes, and led to the formation of hybrid endomembrane compartments reminiscent of those in ARF-GEF-deficient mutants. Drug affinity-responsive target stability assays revealed that Secdin, unlike BFA, targeted all examined Arabidopsis ARF-GEFs, but that the interaction was probably not mediated by the Sec7 domain because Secdin did not interfere with the Sec7 domain-mediated ARF activation. These results show that Secdin and BFA affect their protein targets through distinct mechanisms, in turn showing the usefulness of Secdin in studies in which ARF-GEF-dependent endomembrane transport cannot be manipulated with BFA.
Published: 2018

38. Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases

Author: Ana-Andreea Arteni, Virginie Ropars, Marie-Hélène Le Du, Ambre Petitalot, Florian Celli, Camille Samson, Naïma Nhiri, Eric Jacquet, Sophie Zinn-Justin, Isaline Herrada, Brigitte Buendia, Enveloppe Nucléaire, Télomères et Réparation de l’ADN (INTGEN), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cryo-microscopie électronique (CRYOEM), Département Plateforme (PF I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-10-INBS-05-01/10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010)
Subjects: 0301 basic medicine, Models, Molecular, Nuclear Envelope, [SDV]Life Sciences [q-bio], Protein domain, Emerin, Genes, Recessive, Plasma protein binding, Biology, medicine.disease_cause, Crystallography, X-Ray, Progeroid syndromes, 03 medical and health sciences, Progeria, Protein Domains, Structural Biology, Genetics, medicine, Humans, Gene, Mutation, Membrane Proteins, Nuclear Proteins, medicine.disease, Lamin Type A, Chromatin, Cell biology, DNA-Binding Proteins, 030104 developmental biology, Multiprotein Complexes, Protein Multimerization, Lamin, Protein Binding
Abstract: International audience; Lamins are the main components of the nucleoskeleton. Whereas their 3D organization was recently described using cryoelectron tomography, no structural data highlights how they interact with their partners at the interface between the inner nuclear envelope and chromatin. A large number of mutations causing rare genetic disorders called laminopathies were identified in the C-terminal globular Igfold domain of lamins A and C. We here present a first structural description of the interaction between the lamin A/C immunoglobulin-like domain and emerin, a nuclear envelope protein. We reveal that this lamin A/C domain both directly binds self-assembled emerin and interacts with monomeric emerin LEM domain through the dimeric chromatin-associated Barrier-to-Autointegration Factor (BAF) protein. Mutations causing autosomal recessive progeroid syndromes specifically impair proper binding of lamin A/C domain to BAF, thus destabilizing the link between lamin A/C and BAF in cells. Recent data revealed that, during nuclear assembly, BAF's ability to bridge distant DNA sites is essential for guiding membranes to form a single nucleus around the mitotic chromosome ensemble. Our results suggest that BAF interaction with lamin A/C also plays an essential role, and that mutations associated with progeroid syndromes leads to a dysregulation of BAF-mediated chromatin organization and gene expression.
Published: 2018

39. XLF and APLF bind Ku80 at two remote sites to ensure DNA repair by non-homologous end joining

Author: Eric Le Cam, Imre Berger, Sonia Baconnais, Patrick Calsou, Yandong Yin, Emeline Barbet-Massin, Pierre Legrand, Philippe Frit, Clément Nemoz, Jinchao Yu, Audrey Comte, Christine Delteil, Amandine Gontier, Aurelien Pitois, Satish K. Tadi, Jean-Baptiste Charbonnier, Raphael Guerois, Pascal Drevet, Nadia Barboule, Virginie Ropars, Mauro Modesti, Eli Rothenberg, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Enveloppe Nucléaire, Télomères et Réparation de l’ADN (INTGEN), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire du Contrôle de la Prolifération (LBCMCP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation, noyaux et innovations en cancérologie (UMR8126), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biological Solid-State NMR Methods - Méthodes de RMN à l'état solide en biologie, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), Institut Gustave Roussy (IGR), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, DNA End-Joining Repair, Ku80, DNA repair, [SDV]Life Sciences [q-bio], Protein domain, BrisSynBio, Crystallography, X-Ray, DNA-binding protein, Article, 03 medical and health sciences, Protein Domains, Structural Biology, DNA-(Apurinic or Apyrimidinic Site) Lyase, Humans, Binding site, Poly-ADP-Ribose Binding Proteins, Ku Autoantigen, Molecular Biology, Conserved Sequence, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030102 biochemistry & molecular biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Bristol BioDesign Institute, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, DNA repair protein XRCC4, Cell biology, DNA-Binding Proteins, Non-homologous end joining, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], DNA Repair Enzymes, 030104 developmental biology, Synthetic Biology
Abstract: International audience; The Ku70-Ku80 (Ku) heterodimer binds rapidly and tightly to the ends of DNA double-strand breaks and recruits factors of the non-homologous end-joining (NHEJ) repair pathway through molecular interactions that remain unclear. We have determined crystal structures of the Ku-binding motifs (KBM) of the NHEJ proteins APLF (A-KBM) and XLF (X-KBM) bound to a Ku-DNA complex. The two KBM motifs bind remote sites of the Ku80 alpha/beta domain. The X-KBM occupies an internal pocket formed by an unprecedented large outward rotation of the Ku80 alpha/beta domain. We observe independent recruitment of the APLF-interacting protein XRCC4 and of XLF to laser-irradiated sites via binding of A- and X-KBMs, respectively, to Ku80. Finally, we show that mutation of the X-KBM and A-KBM binding sites in Ku80 compromises both the efficiency and accuracy of end joining and cellular radiosensitivity. A- and X-KBMs may represent two initial anchor points to build the intricate interaction network required for NHEJ.
Published: 2018

40. Vibrio tapetis Displays an Original Type IV Secretion System in Strains Pathogenic for Bivalve Molluscs

Author: Dias, Graciela M., Bidault, Adeline, Le Chevalier, Patrick, Choquet, Gwenaëlle, Der Sarkissian, Clio, Orlando, Ludovic, Medigue, Claudine, Barbe, Valerie, Mangenot, Sophie, Thompson, Cristiane C., Thompson, Fabiano L., Jacq, Annick, Pichereau, Vianney, Paillard, Christine, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Interactions cellulaires et moléculaires (ICM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IFR140-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Section for GeoGenetics, Globe Institute, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Institut des sciences biologiques (INSB), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation et Réseaux de Régulations Bactériens (SRRB), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), 266157, Seventh Framework Programme, 678589, Horizon 2020 Framework Programme, ANR-10-LABX-19, Agence Nationale de la Recherche, 4002- 659 00152B, Natur og Univers, Det Frie Forskningsråd, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse (AMIS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), European Project: 266157,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2010-4,BIVALIFE(2011), European Project: 678589,H2020,H2020-SFS-2015-2,VIVALDI(2016), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
Subjects: Vibrio tapetis, T4SS, core genome, pangenome, ACL, [SDV]Life Sciences [q-bio], pathogenicity, comparative genomics, Venerupis philippinarum, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Microbiology, Original Research
Abstract: The Brown Ring Disease (BRD) caused high mortality rates since 1986 in the Manila clam Venerupis philippinarum introduced and cultured in Western Europe from the 1970s. The causative agent of BRD is a Gram-Negative bacterium, Vibrio tapetis, which is also pathogenic to fish. Here we report the first assembly of the complete genome of V. tapetis CECT4600T, together with the genome sequences of 16 additional strains isolated across a broad host and geographic range. Our extensive genome dataset allowed us to describe the pathogen pan- and core genomes and to identify putative virulence factors. The V. tapetis core genome consists of 3,352 genes, including multiple potential virulence factors represented by haemolysins, transcriptional regulators, Type I restriction modification system, GGDEF domain proteins, several conjugative plasmids, and a Type IV secretion system. Future research on the coevolutionary arms race between V. tapetis virulence factors and host resistance mechanisms will improve our understanding of how pathogenicity develops in this emerging pathogen.
Published: 2018

41. Involvement of the FOXO6 transcriptional factor in breast carcinogenesis

Author: Sophie Vacher, Bernard S. Lopez, Karim Taouis, François Lallemand, Ivan Bièche, Leanne De Koning, Ambre Petitalot, Rosette Lidereau, Sophie Zinn-Justin, Nicole Dalla-Venezia, Sandrine M. Caputo, Walid Chemlali, Anne Schnitzler, Genetique Moleculaire des Cancers d'Origine Epitheliale, Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de génétique et biologie des cancers (U830), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Enveloppe Nucléaire, Télomères et Réparation de l’ADN (INTGEN), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institut Curie [Paris], Stabilité Génétique et Oncogenèse (UMR 8200), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique moléculaire, signalisation et cancer (GMSC), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Oncogénétique, Institut Curie [Paris]-Hôpital René HUGUENIN (Saint-Cloud), ANR-16-CE12-0011,2R-POL,ADN polymérase theta : lien entre réplication et réparation de l'ADN(2016), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Curie [Paris], Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institut Curie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, and Hôpital René HUGUENIN (Saint-Cloud)-Institut Curie
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], endometrial adenocarcinoma, Context (language use), Biology, medicine.disease_cause, 03 medical and health sciences, INTGEN, 0302 clinical medicine, Breast cancer, medicine, skin and connective tissue diseases, uc.189, Transcription factor, Cancer, FOXO Family, Cell cycle, 16. Peace & justice, medicine.disease, 3. Good health, 030104 developmental biology, Oncology, Apoptosis, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer research, cervical squamous cell carcinoma, gynecological cancers, prognosis, Carcinogenesis, B3S, Research Paper
Abstract: // Francois Lallemand 1, * , Ambre Petitalot 1, 2, * , Sophie Vacher 1 , Leanne de Koning 3 , Karim Taouis 1 , Bernard S. Lopez 4 , Sophie Zinn-Justin 5 , Nicole Dalla-Venezia 6 , Walid Chemlali 1 , Anne Schnitzler 1 , Rosette Lidereau 1 , Ivan Bieche 1, 7, * and Sandrine M. Caputo 2, * 1 Service de genetique, unite de pharmacogenomique, Institut Curie, Paris, France 2 Service de genetique, unite de genetique constitutionnelle, Institut Curie, Paris, France 3 Departement de transfert, Institut Curie, Paris, France 4 CNRS UMR 8200, Gustave Roussy Cancer Institute, Universite Paris-Saclay, equipe labelisee par la Ligue contre le cancer, Villejuif, France 5 Laboratoire de biologie structurale et radiobiologie, IBITEC-S (CEA) and I2BC (UMR 9198, CEA, CNRS, Univ. Paris South), Gif-sur-Yvette, France 6 Centre de Recherche en Cancerologie de Lyon (CRCL)/INSERM U1052-CNRS UMR5286, Lyon, France 7 EA7331, Universite Paris Descartes, Paris, France * These authors contributed equally to this work Correspondence to: Sandrine M. Caputo, email: sandrine.caputo@curie.fr Keywords: gynecological cancers; cervical squamous cell carcinoma; endometrial adenocarcinoma; uc.189; prognosis Received: May 12, 2017 Accepted: December 22, 2017 Published: December 30, 2017 ABSTRACT In mammals, FOXO transcriptional factors form a family of four members (FOXO1, 3, 4, and 6) involved in the modulation proliferation, apoptosis, and carcinogenesis. The role of the FOXO family in breast cancer remains poorly elucidated. According to the cellular context and the stage of the disease, FOXOs can have opposite effects on carcinogenesis. To study the role of FOXOs in breast carcinogenesis in more detail, we examined their expression in normal tissues, breast cell lines, and a large series of breast tumours of human origin. We found a very low physiological level of FOXO6 expression in normal adult tissues and high levels of expression in foetal brain. FOXO gene expressions fluctuate specifically in breast cancer cells compared to normal cells, suggesting that these genes may have different roles in breast carcinogenesis. For the first time, we have shown that, among the various FOXO genes, only FOXO6 was frequently highly overexpressed in breast cell lines and tumours. We also found that inhibition of the endogenous expression of FOXO6 by a specific siRNA inhibited the growth of the human breast cell lines MDA-MB-468 and HCC-38. FACS and Western blot analysis showed that inhibition of endogenous expression of FOXO6 induced accumulation of cells in G0/G1 phase of the cell cycle, but not apoptosis. These results tend to demonstrate that the overexpression of the human FOXO6 gene that we highlighted in the breast tumors stimulates breast carcinogenesis by activating breast cancer cell proliferation.
Published: 2018

42. The conserved regulatory RNA RsaE down-regulates the arginine degradation pathway in Staphylococcus aureus

Author: Rochat, Tatiana, Bohn, Chantal, Morvan, Claire, Le Lam, Thao Nguyen, Razvi, Fareha, Pain, Adrien, Toffano-Nioche, Claire, Ponien, Prishila, Jacq, Annick, Jacquet, Eric, Fey, Paul D, Gautheret, Daniel, Bouloc, Philippe, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Saclay, Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Biologie des Génomes (DBG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Séquence, Structure et Fonction des ARN (SSFA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation et Réseaux de Régulations Bactériens (SRRB), University of Nebraska Medical Center, University of Nebraska System, Agence Nationale pour la Recherche [ANR-2012-BLAN-1602, ANR-15-CE12-0003], Fondation pour la Recherche Medicale [DBF20160635724], National Institutes of Health [NIH/NIAID P01AI083211], Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)
Subjects: SRRB, Staphylococcus aureus, Organisms, Genetically Modified, DBG, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene regulation, Chromatin and Epigenetics, Down-Regulation, Gene Expression Regulation, Bacterial, prediction, Regulatory Sequences, Ribonucleic Acid, Arginine, Culture Media, accessibility, virulence, RNA, Bacterial, identification, Amino Acids, SSFA, reveals, Conserved Sequence, Metabolic Networks and Pathways, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, discovery
Abstract: International audience; RsaE is a regulatory RNA highly conserved amongst Firmicutes that lowers the amount of mRNAs associated with the TCA cycle and folate metabolism. A search for new RsaE targets in Staphylococcus aureus revealed that in addition to previously described substrates, RsaE down-regulates several genes associated with arginine catabolism. In particular, RsaE targets the arginase rocF mRNA via direct interactions involving G-rich motifs. Two duplicated C-rich motifs of RsaE can independently downregulate rocF expression. The faster growth rate of Delta rsaE compared to its parental strain in media containing amino acids as sole carbon source points to an underlying role for RsaE in amino acid catabolism. Collectively, the data support a model in which RsaE acts as a global regulator of functions associated with metabolic adaptation.
Published: 2018

43. Regulation of hydroxycinnamic acid degradation drives Agrobacterium fabrum lifestyles

Author: Meyer, Thibault, Renoud, Sébastien, Vigouroux, Armelle, Miomandre, Aurélie, Gaillard, Vincent, Kerzaon, Isabelle, Prigent-Combaret, Claire, Comte, Gilles, Moréra, Solange, Vial, Ludovic, Lavire, Céline, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie et enzymologie structurale (MESB3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, CNRS (Mission pour l'interdisciplinarite, Agromics 2014-2016), EcoGenome project of the French Agence Nationale de la Recherche ANR-BLAN-08-0090, French national program EC2CO-Biohefect/Ecodyn//Dril/MicrobiEn (IBAD), French Ministere de l'Education Nationale, de l'Enseignement Superieur et de la Recherche, FRISBI ANR-10-INSB-05-01, FR BioEnviS Research Federation, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: phenolic-compounds, Coumaric Acids, Molecular Structure, catabolic genes, rhodopseudomonas-palustris, molecular-mechanism, virh2 protein, [SDV]Life Sciences [q-bio], Agrobacterium, family transcription factors, DNA, Gene Expression Regulation, Bacterial, Extinction, Biological, dna-binding, Bacterial Proteins, coenzyme-a, ti plasmid, pseudomonas-fluorescens, B3S, Gene Deletion, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Protein Binding, MESB3S
Abstract: WOS:000439338300005; International audience; Regulatory factors are key components for the transition between different lifestyles to ensure rapid and appropriate gene expression upon perceiving environmental cues. Agrobacterium fabrum C58 (formerly called A. tumefaciens C58) has two contrasting lifestyles: it can interact with plants as either a rhizo-sphere inhabitant (rhizospheric lifestyle) or a pathogen that creates its own ecological niche in a plant tumor via its tumor-inducing plasmid (pathogenic lifestyle). Hydroxycinnamic acids are known to play an important role in the pathogenic lifestyle of Agrobacterium spp. but can be degraded in A. fabrum species. We investigated the molecular and ecological mechanisms involved in the regulation of A. fabrum species-specific genes responsible for hydroxycinnamic acid degradation. We characterized the effectors (feruloyl-CoA and p-coumaroyl-CoA) and the DNA targets of the MarR transcriptional repressor, which we named HcaR, which regulates hydroxycinnamic acid degradation. Using an hcaR-deleted strain, we further revealed that hydroxycinnamic acid degradation interfere with virulence gene expression. The HcaR deletion mutant shows a contrasting competitive colonization ability, being less abundant than the wild-type strain in tumors but more abundant in the rhizosphere. This supports the view that A. fabrum C58 HcaR regulation through ferulic and p-coumaric acid perception is important for the transition between lifestyles.
Published: 2018

44. Exploring the role of NCCR variation on JC polyomavirus expression from dual reporter minicircles

Author: L’Honneur, Anne-Sophie, Leh, Hervé, Laurent-Tchenio, Fanny, Hazan, Uriel, Rozenberg, Flore, Bury-Moné, Stéphanie, Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie Moléculaire des Actinomycètes (ACTINO), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Institut Cochin (UMR_S567 / UMR 8104), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)
Subjects: Gene Expression Regulation, Viral, MICROBIO, Physiology, Bioinformatics, viruses, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Artificial Gene Amplification and Extension, Genome, Viral, DNA construction, Urine, Transfection, Research and Analysis Methods, Nervous System, Polymerase Chain Reaction, Gene Types, Untranslated Regions, Cell Line, Tumor, Medicine and Health Sciences, Genetics, Point Mutation, Humans, Molecular Biology Techniques, lcsh:Science, Molecular Biology, DNA sequence analysis, Cerebrospinal Fluid, Polyomavirus Infections, Polymorphism, Genetic, Database and informatics methods, lcsh:R, Sequence analysis, Leukoencephalopathy, Progressive Multifocal, Biology and Life Sciences, virus diseases, JC Virus, Body Fluids, HEK293 Cells, Plasmid Construction, Mutation, ACTINO, lcsh:Q, Anatomy, Research Article, Reporter Genes
Abstract: JC virus (JCV), a ubiquitous human polyomavirus, can cause fatal progressive multifocal leukoencephalopathy (PML) in immune compromised patients. The viral genome is composed of two conserved coding regions separated by a highly variable non-coding control region (NCCR). We analyzed the NCCR sequence from 10 PML JCV strains and found new mutations. Remarkably, the NCCR f section was mutated in most cases. We therefore explored the importance of this section in JCV expression in renal (HEK293H) and glioblastoma (U-87MG) cell lines, by adapting the emerging technology of DNA minicircles. Using bidirectional fluorescent reporters, we revealed that impaired NCCR-driven late expression in glioblastoma cells was restored by a short deletion overlapping e and f sections. This study evidenced a relevant link between JCV NCCR polymorphism and cell-type dependent expression. The use of DNA minicircles opens new insights for monitoring the impact of NCCR variation.
Published: 2018

45. Inference and interrogation of a coregulatory network in the context of lipid accumulation in Yarrowia lipolytica

Author: Trébulle, Pauline, Nicaud, Jean-Marc, Leplat, Christophe, Elati, Mohamed, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Service de Bioénergétique, Biologie Stucturale, et Mécanismes (SB2SM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 (CRIStAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé humaine ( MICALIS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Service de Bioénergétique, Biologie Stucturale, et Mécanismes ( SB2SM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 ( CRIStAL ), and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Ecole Centrale de Lille-Institut Mines-Télécom [Paris]-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [INFO.INFO-LG]Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], QH301-705.5, Biology (General), [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [ INFO.INFO-LG ] Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], Article, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Complex phenotypes, such as lipid accumulation, result from cooperativity between regulators and the integration of multiscale information. However, the elucidation of such regulatory programs by experimental approaches may be challenging, particularly in context-specific conditions. In particular, we know very little about the regulators of lipid accumulation in the oleaginous yeast of industrial interest Yarrowia lipolytica. This lack of knowledge limits the development of this yeast as an industrial platform, due to the time-consuming and costly laboratory efforts required to design strains with the desired phenotypes. In this study, we aimed to identify context-specific regulators and mechanisms, to guide explorations of the regulation of lipid accumulation in Y. lipolytica. Using gene regulatory network inference, and considering the expression of 6539 genes over 26 time points from GSE35447 for biolipid production and a list of 151 transcription factors, we reconstructed a gene regulatory network comprising 111 transcription factors, 4451 target genes and 17048 regulatory interactions (YL-GRN-1) supported by evidence of protein–protein interactions. This study, based on network interrogation and wet laboratory validation (a) highlights the relevance of our proposed measure, the transcription factors influence, for identifying phases corresponding to changes in physiological state without prior knowledge (b) suggests new potential regulators and drivers of lipid accumulation and (c) experimentally validates the impact of six of the nine regulators identified on lipid accumulation, with variations in lipid content from +43.2% to −31.2% on glucose or glycerol., System biology: gene regulatory network for lipid production Bioinformatics allow us to get new insight in yeast gene regulation for the biological production of lipid-derived industrial compounds. This work, led by Jean-Marc Nicaud and Mohamed Elati from the INRA and University of Evry, aimed to identify the gene regulatory network and new regulatory elements associated with lipid production in Yarrowia lipolytica, a yeast of industrial interest. Using context-specific gene expression data and a data mining approach, the team was able to build a model of gene regulation from which they identified the main regulators as well as the cooperative relationships between them. These predictions were then confirmed experimentally. Additionally, the team managed to determine different stages of lipid production using a new measure of regulator activity: the influence. These tools will be useful to model and design industrial yeast for various applications.
Published: 2017

46. Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E1 Forms Trimers at the Surface of the Virion

Author: Claire Montpellier, Gilles Duverlie, Marc le Maire, Cédric Montigny, Yann Ciczora, François-Loïc Cosset, Jean Dubuisson, Birke Andrea Tews, Pierre Falson, Laura Riva, Eve-Isabelle Pécheur, Antoine Loquet, Birke Bartosch, Khaled Alsaleh, François Penin, Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux (BMSSI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Protéines et Systèmes Membranaires (LPSM), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Virologie clinique et fondamentale (UVCF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Virology Research Unit EA4294, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), ANR-11-BINF-0003,MAPPING,Vers une cartographie haute résolution des interactions protéiques à l'échelle du génome.(2011), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 ( CIIL ), Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ) -Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR142-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Protéines et Systèmes Membranaires ( LPSM ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Virologie clinique et fondamentale EA 4294, CHU Amiens-Picardie, Jules Verne University of Picardie, Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux ( BMSSI ), and ANR-11-BINF-0003/11-BINF-0003,MAPPING,MAPPING ( 2011 )
Subjects: Models, Molecular, Recombinant Fusion Proteins, [SDV]Life Sciences [q-bio], Amino Acid Motifs, Molecular Sequence Data, Immunology, Gene Expression, Hepacivirus, Plasma protein binding, Biology, Microbiology, Protein structure, Viral Envelope Proteins, Viral entry, Virology, Escherichia coli, chemistry.chemical_classification, Binding Sites, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Protein Stability, Virus Assembly, Structure and Assembly, Virion, Virus Internalization, Fusion protein, Molecular biology, Transmembrane protein, Protein Structure, Tertiary, 3. Good health, Cell biology, Transmembrane domain, chemistry, Virion assembly, Insect Science, Mutation, Protein Multimerization, Glycoprotein, Sequence Alignment, Protein Binding
Abstract: In hepatitis C virus (HCV)-infected cells, the envelope glycoproteins E1 and E2 assemble as a heterodimer. To investigate potential changes in the oligomerization of virion-associated envelope proteins, we performed SDS-PAGE under reducing conditions but without thermal denaturation. This revealed the presence of SDS-resistant trimers of E1 in the context of cell-cultured HCV (HCVcc) as well as in the context of HCV pseudoparticles (HCVpp). The formation of E1 trimers was found to depend on the coexpression of E2. To further understand the origin of E1 trimer formation, we coexpressed in bacteria the transmembrane (TM) domains of E1 (TME1) and E2 (TME2) fused to reporter proteins and analyzed the fusion proteins by SDS-PAGE and Western blotting. As expected for strongly interacting TM domains, TME1–TME2 heterodimers resistant to SDS were observed. These analyses also revealed homodimers and homotrimers of TME1, indicating that such complexes are stable species. The N-terminal segment of TME1 exhibits a highly conserved GxxxG sequence, a motif that is well documented to be involved in intramembrane protein-protein interactions. Single or double mutations of the glycine residues (Gly354 and Gly358) in this motif markedly decreased or abrogated the formation of TME1 homotrimers in bacteria, as well as homotrimers of E1 in both HCVpp and HCVcc systems. A concomitant loss of infectivity was observed, indicating that the trimeric form of E1 is essential for virus infectivity. Taken together, these results indicate that E1E2 heterodimers form trimers on HCV particles, and they support the hypothesis that E1 could be a fusion protein. IMPORTANCE HCV glycoproteins E1 and E2 play an essential role in virus entry into liver cells as well as in virion morphogenesis. In infected cells, these two proteins form a complex in which E2 interacts with cellular receptors, whereas the function of E1 remains poorly understood. However, recent structural data suggest that E1 could be the protein responsible for the process of fusion between viral and cellular membranes. Here we investigated the oligomeric state of HCV envelope glycoproteins. We demonstrate that E1 forms functional trimers after virion assembly and that in addition to the requirement for E2, a determinant for this oligomerization is present in a conserved GxxxG motif located within the E1 transmembrane domain. Taken together, these results indicate that a rearrangement of E1E2 heterodimer complexes likely occurs during the assembly of HCV particles to yield a trimeric form of the E1E2 heterodimer. Gaining structural information on this trimer will be helpful for the design of an anti-HCV vaccine.
Published: 2015

47. Atomistic Simulations of Self-Assembled Monolayers on Octahedral and Cubic Gold Nanocrystals

Author: Massimo Marchi, Takieddine Djebaili, Johannes Richardi, Stéphane Abel, De la Molécule aux Nanos-objets : Réactivité, Interactions et Spectroscopies ( MONARIS ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Bioénergétique, Métalloprotéines et Stress ( LBMS ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie et de Technologies de Saclay ( IBITECS ), Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), De la Molécule aux Nanos-objets : Réactivité, Interactions et Spectroscopies (MONARIS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Bioénergétique Membranaire et Stress (LBMS), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie et de Technologies de Saclay (IBITECS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, and Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Alkane, chemistry.chemical_classification, Materials science, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Icosahedral symmetry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Self-assembled monolayer, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, Molecular dynamics, Crystallography, General Energy, Adsorption, Octahedron, Nanocrystal, chemistry, Physical and Theoretical Chemistry, Facet
Abstract: International audience; This paper reports on a molecular dynamics investigation of the molecular organization of alkanethiolates (from ethane to dodecanethiolate) on octahedral and cubic gold nanocrystals with diameters up to 10 nm. We show that the average surface per adsorbed thiolate only slightly depends on the nanocrystal shape and the alkane chain length. Two different organizations of thiolates are observed on the facet centers and edges of octahedral nanocrystals, while on cubic nanocrystals only one appears. This explains the closer distance between thiolates on the edges of octahedral nanocrystals, which is not observed for nanocubes. The enhanced surface coverage of thiolates on nanocrystals is explained by the new organization for octahedral nanocrystals and can be attributed to the occupation of adsorption sites on the edges for cubic nanocrystals. Small differences observed in the molecular organizations on icosahedral and octahedral nanocrystals can be mainly explained by the larger facets of the latter ones.
Published: 2015

48. Crystallographic studies of the structured core domain of Knr4 fromSaccharomyces cerevisiae

Author: Patrick Tondl, Sylviane Julien, Fabien Durand, Herman van Tilbeurgh, Adilia Dagkessamanskaia, Laurent Maveyraud, Hélène Martin-Yken, Lionel Mourey, Didier Zerbib, Jean Marie François, Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Amiénois de Mathématique Fondamentale et Appliquée (LAMFA), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biochimie et biophysique moléculaire et cellulaire (IBBMC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biochimie de l'Ecole polytechnique (BIOC), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale IPBS, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires ( FAAM ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), and Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Saccharomyces cerevisiae Proteins, Ultraviolet Rays, [SDV]Life Sciences [q-bio], Static Electricity, Saccharomyces cerevisiae, Biophysics, cell-wall biogenesis regulation, Crystallography, X-Ray, Intrinsically disordered proteins, medicine.disease_cause, Biochemistry, Research Communications, law.invention, hub proteins, Structural Biology, law, Static electricity, Genetics, medicine, Molecule, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Cloning, Molecular, Crystallization, Escherichia coli, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Resolution (electron density), intrinsically disordered protein, Condensed Matter Physics, biology.organism_classification, Recombinant Proteins, Protein Structure, Tertiary, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Crystallography, Spectrometry, Fluorescence, hub protein, Recombinant DNA, intrinsically disordered proteins, Transcription Factors
Abstract: The potentially structured core domain of the intrinsically disordered protein Knr4 fromSaccharomyces cerevisiae, comprising residues 80–340, was expressed inEscherichia coliand crystallized using the hanging-drop vapour-diffusion method. Selenomethionine-containing (SeMet) protein was also purified and crystallized. Crystals of both proteins belonged to space groupP6522, with unit-cell parametersa=b= 112.44,c= 265.21 Å for the native protein anda = b = 112.49,c= 262.21 Å for the SeMet protein, and diffracted to 3.50 and 3.60 Å resolution, respectively. There are two molecules in the asymmetric unit related by a twofold axis. The anomalous signal of selenium was recorded and yielded an electron-density map of sufficient quality to allow the identification of secondary-structure elements.
Published: 2015

49. Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster

Author: Patrick Caffrey, Renzo Kottmann, Eriko Takano, Sean Doyle, Axel A. Brakhage, Matthew Cummings, Juan Pablo Gomez-Escribano, Yvonne Mast, Ryan F. Seipke, Rob Lavigne, Markus Nett, Hans-Wilhelm Nützmann, Jan Claesen, David H. Sherman, Daniel Petras, Pablo Cruz-Morales, Carl J. Balibar, Anne Osbourn, Oscar P. Kuipers, Leonilde M. Moreira, Xinyu Liu, Marcia S. Osburne, Bohdan Ostash, David P. Fewer, Changsheng Zhang, Pelin Yilmaz, Mohamed S. Donia, Anja Greule, Hyun Uk Kim, Nicholas J. Tobias, Frank Oliver Glöckner, Christoph Geiger, Chia Y. Lee, William H. Gerwick, Philipp Wiemann, Bertolt Gust, Susan E. Jensen, Wilfred A. van der Donk, Jan Kormanec, Ben Shen, Christopher M. Thomas, Jason Micklefield, Srikanth Duddela, R. Cameron Coates, René De Mot, Anthony S. Haines, Neha Garg, Guohui Pan, Roderich D. Süssmuth, Hyung Jin Kwon, Jonathan D. Walton, Lena Gerwick, Jörn Piel, Monika Ehling-Schulz, Zhenhua Tian, Jonathan L. Klassen, Xiaohui Yan, Emily A. Monroe, Yunchang Xie, Russell J. Cox, Keishi Ishida, Grace Yim, Stefano Donadio, Nadine Ziemert, Yuta Tsunematsu, Matthew L. Hillwig, Miroslav Petricek, Sylvie Lautru, Tilmann Weber, Andrew W. Truman, Rainer Breitling, Peter Kötter, Nikos C. Kyrpides, Stephanie Düsterhus, Christian Hertweck, Hideaki Oikawa, Sean F. Brady, Christopher T. Walsh, Adam C. Jones, Marcus A. Moore, Bradley S. Moore, Barrie Wilkinson, Simone M. Mantovani, Nathan A. Moss, Elizabeth E. Wyckoff, Emily P. Balskus, Kapil Tahlan, Fengan Yu, Monica Höfte, Jos M. Raaijmakers, Taifo Mahmud, Yit-Heng Chooi, Yi Tang, Andreas Bechthold, Douglas A. Mitchell, Joanne M. Willey, Helge B. Bode, John B. Biggins, Margherita Sosio, Yi-Qiang Cheng, Carmen Méndez, Leonard Kaysser, Joleen Masschelein, Daniel Krug, Federico Rosconi, Marnix H. Medema, Kaarina Sivonen, Tomohisa Kuzuyama, Mikko Metsä-Ketelä, Esther K. Schmitt, Carsten Kegler, Andriy Luzhetskyy, Gilles P. van Wezel, Bai Linquan, Kai Blin, Jens Nielsen, Bertrand Aigle, Amrita Pati, Harald Gross, Muriel Viaud, Pieter C. Dorrestein, Carla S. Jones, Michael A. Fischbach, Shelley M. Payne, Zhe Rui, Gerard D. Wright, Wen Liu, Alexey V. Melnik, Barry Scott, Brett A. Neilan, Nancy P. Keller, Rainer Borriss, Katrin Jungmann, Michalis Hadjithomas, Evi Stegmann, Daniel J. Edwards, F. Jerry Reen, Alexander Kristian Apel, Wolfgang Wohlleben, Michael J. Smanski, Leonard Katz, Fergal O'Gara, Eric J. N. Helfrich, Sergey B. Zotchev, Olivier Ploux, Arnold J. M. Driessen, Rolf Müller, Jean-Luc Pernodet, K. D. Entian, José A. Salas, Irene de Bruijn, Francisco Barona-Gómez, Jianhua Ju, Jon Clardy, Molecular Microbiology, Molecular Genetics, Jacobs University [Bremen], Microbial genomics and bioinformatics research group, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max-Planck-Gesellschaft-Max-Planck-Gesellschaft, Max-Planck-Gesellschaft, Atmospheric Chemistry Observations and Modeling Laboratory (ACOML), National Center for Atmospheric Research [Boulder] (NCAR), Department of Food and Environmental Sciences, Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center, University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California (UC)-University of California (UC), Heilongjiang Institute of Science and Technology, Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Merck Stiftungsprofessur fûr Molekulare Biotechnologie Fachbereich Biowissenscharten, Goethe-University Frankfurt am Main, Department of Opto-Mechatronics Engineering and Cogno-Mechatronics Engineering, Pusan National University, University of Liverpool, College of Computer Science and Technology [Zhejiang] (Zhejiang University), University of Florida [Gainesville] (UF), School of Management, University of Science and Technology of China [Hefei] (USTC), State Key Laboratory of Nuclear Physics and Technology (SKL-NPT), Peking University [Beijing], Massachusetts Institute of Technology (MIT), Memorial Sloane Kettering Cancer Center [New York], South China Sea Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences [Beijing] (CAS), Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut für Biologie [Berlin] (IFB), Humboldt University Of Berlin, School of Biomolecular and Biomedical Science and Centre for Synthesis and Chemical Biology, University College Dublin [Dublin] (UCD), Parallélisme, Réseaux, Systèmes, Modélisation (PRISM), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences [San Diego], Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pixyl Medical [Grenoble], Integrated Optical MicroSystems (IOMS), University of Twente-MESA+ Institute for Nanotechnology, 7Lehrstuhl für Mikrobielle Ökologie, Department für Grundlagen der Biowissenschaften, Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Service Néphrologie Pédiatrique, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Advanced Resources and Risk Technology, Laboratory of Phytopathology (K.C., H.S., B.A., M.H.), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Trifork Aarhus C, Aalborg University [Denmark] (AAU), Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta] (CDC), Centers for Disease Control and Prevention, Groupe d'Etude de la Matière Condensée (GEMAC), Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB), University of Groningen [Groningen], DOE Joint Genome Institute [Walnut Creek], Microbiologie Moléculaire des Actinomycètes (ACTINO), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Gene Technology, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Joint Center for Structural Genomics (JCSG), Stanford University, Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches et d'Applications Pédagogiques en Langues (CRAPEL), Université Nancy 2, Space Sciences Laboratory [Berkeley] (SSL), University of California [Berkeley] (UC Berkeley), Polytechnic Institute of Leiria, NMR Laboratory, Université de Mons, Université de Mons (UMons), School of Biomedical Science, Curtin University [Perth], Planning and Transport Research Centre (PATREC)-Planning and Transport Research Centre (PATREC), BIOMERIT Research Centre, School of Microbiology, University College Cork (UCC), Department of Engineering Science, University of Oxford, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Charles Friedel, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Phytopathology, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Department of Microbial Ecology, Netherlands Institute of Ecology, Department of Animal Production, Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba], IMV Technologies, Gulliver (UMR 7083), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Institut für Chemie, Technical University of Berlin / Technische Universität Berlin (TU), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Centre de Recherche Paul Pascal (CRPP), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DEPARTMENT OF CHEMISTRY, Durham University, Molekulare Ökologie, Joint Attosecond Science Laboratory, University of Ottawa and National Research Council, Department of Mechanical and Aerospace Engineering [Univ California Davis] (MAE - UC Davis), University of California [Davis] (UC Davis), University of Helsinki, University of California-University of California, Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Humboldt-Universität zu Berlin, University of Twente [Netherlands]-MESA+ Institute for Nanotechnology, Technische Universität München [München] (TUM), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Department of Biosystems, KU Leuven, Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of California [Berkeley], NMR and Molecular Imaging Laboratory [Mons], University of Mons [Belgium] (UMONS), University of Oxford [Oxford], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Universidad de Córdoba [Cordoba], Technische Universität Berlin (TU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Department of Mechanical and Aerospace Engineering [Davis], Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology in Zürich [Zürich] (ETH Zürich), University of Florida [Gainesville], Institut für Biologie, Humboldt Universität zu Berlin, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Ghent University [Belgium] (UGENT), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Stanford University [Stanford], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), NMR and Molecular Imaging Laboratory, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Gulliver, ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Technische Universität Berlin (TUB), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Max Planck Society (GERMANY), Max Planck Society (GERMANY)-Max Planck Society (GERMANY), Laboratoire Leprince-Ringuet ( LLR ), Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -École polytechnique ( X ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Atmospheric Chemistry Observations and Modeling Laboratory ( ACOML ), National Center for Atmospheric Research [Boulder] ( NCAR ), University of California [San Diego] ( UC San Diego ), Eidgenössische Technische Hochschule [Zürich] ( ETH Zürich ), University of Science and Technology of China [Hefei] ( USTC ), State Key Laboratory of Nuclear Physics and Technology ( SKL-NPT ), Massachusetts Institute of Technology ( MIT ), Memorial Sloan Kettering Cancer Center ( MSKCC ), Shanghai Ocean University, Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne ( DynAMic ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), University College Dublin [Dublin] ( UCD ), Parallélisme, Réseaux, Systèmes, Modélisation ( PRISM ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Grenoble Institut des Neurosciences ( GIN ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ), Integrated Optical MicroSystems ( IOMS ), Technische Universität München [München] ( TUM ), Ghent University [Belgium] ( UGENT ), Aalborg University [Denmark] ( AAU ), Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta] ( CDC ), Groupe d'Etude de la Matière Condensée ( GEMAC ), Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute ( GBB ), Microbiologie Moléculaire des Actinomycètes ( ACTINO ), Département Microbiologie ( Dpt Microbio ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] ( IGM ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Joint Center for Structural Genomics ( JCSG ), Centre européen de recherche et d'enseignement de géosciences de l'environnement ( CEREGE ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Collège de France ( CdF ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), Centre de Recherches et d'Applications Pédagogiques en Langues ( CRAPEL ), Space Sciences Laboratory [Berkeley] ( SSL ), Université de Mons ( UMons ), Planning and Transport Research Centre ( PATREC ) -Planning and Transport Research Centre ( PATREC ), University College Cork ( UCC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), ESPCI ParisTech, Technische Universität Berlin ( TUB ), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Centre de recherche Paul Pascal, CNRS, Université de Bordeaux ( UPR8641 ), Centre de Recherche Paul Pascal, CNRS, Université de Bordeaux, University Durham, University of California [Davis] ( UC Davis ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland (HIPS), and Saarland University, Building A4.1, 66123 Saarbruecken, Germany.
Subjects: MESH : Protein Biosynthesis, protein synthesis, Operon, MESH : Polysaccharides, International Cooperation, MESH: Plants, plant, Review, MESH: Terpenes, gene cluster, polyketide, data base, genetic database, Gene cluster, acyltransferase, Databases, Genetic, MESH : Metagenome, MESH : Genetic Markers, genetics, terpene, GeneralLiterature_REFERENCE(e.g.,dictionaries,encyclopedias,glossaries), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, MESH : Peptides, MESH: Peptides, biology, fungus, nonribosomal peptide synthesis, Plants, bacterium, peptide, priority journal, MESH: Protein Biosynthesis, Multigene Family, MESH : Terpenes, MESH: Computational Biology, Genetic Markers, MESH: Terminology as Topic, Bioinformatics, MESH : Multigene Family, biological activity, Article, metagenome, Alkaloids, Manchester Institute of Biotechnology, Terminology as Topic, Bioinformatica, MESH : Bacteria, Peptide Biosynthesis, MESH : Databases, Genetic, Molecular Biology, MESH : Fungi, MESH: Polyketides, standardization, secondary metabolism, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Bacteria, ta1182, Computational Biology, MESH : Terminology as Topic, operon, Laboratorium voor Phytopathologie, MESH: International Cooperation, gene function, Metagenomics, polysaccharide, Laboratory of Phytopathology, chemical structure, Metagenome, MESH: Multigene Family, EPS, biosynthesis, Peptides, MESH : Computational Biology, MESH : International Cooperation, [SDV]Life Sciences [q-bio], MESH: Genetic Markers, information, MESH : Alkaloids, Synthetic biology, MESH: Peptide Biosynthesis, Nucleic Acid-Independent, database, MESH: Databases, Genetic, Genetics, MESH : Polyketides, MESH : Peptide Biosynthesis, Nucleic Acid-Independent, ddc:540, standards, Peptide Biosynthesis, Nucleic Acid-Independent, ComputingMethodologies_DOCUMENTANDTEXTPROCESSING, nomenclature, genetic marker, alkaloid derivative, MESH: Fungi, Biology, MESH : Plants, peptide derivative, Polyketide, MESH: Alkaloids, Polysaccharides, ddc:570, Life Science, 14. Life underwater, Secondary metabolism, enzyme specificity, Gene, nonhuman, Terpenes, Fungi, nucleotide sequence, Cell Biology, MESH: Metagenome, ResearchInstitutes_Networks_Beacons/manchester_institute_of_biotechnology, alkaloid, MESH: Bacteria, MESH: Polysaccharides, 13. Climate action, Polyketides, Protein Biosynthesis, synthetic biology, metabolism
Abstract: M.H.M. was supported by a Rubicon fellowship of the Netherlands Organization for Scientific Research (NWO;Rubicon 825.13.001). The work of R.K. was supported by the European Union’s Seventh Framework Programme(Joint Call OCEAN.2011–2: Marine microbial diversity—new insights into marine ecosystems functioning and its biotechnological potential) under the grant agreement no.287589 (Micro B3). M.C. was supported by a Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)studentship (BB/J014478/1). The GSC is supported by funding from the Natural Environment Research Council(UK), the National Institute for Energy Ethics and Society(NIEeS; UK), the Gordon and Betty Moore Foundation,the National Science Foundation (NSF; US) and the US Department of Energy. The Manchester Synthetic Biology Research Centre, SYNBIOCHEM, is supported by BBSRC/Engineering and Physical Sciences Research Council(EPSRC) grant BB/M017702/1, Medema, M.H., Kottmann, R., Yilmaz, P., Cummings, M., Biggins, J.B., Blin, K., De Bruijn, I., Chooi, Y.H., Claesen, J., Coates, R.C., Cruz-Morales, P., Duddela, S., Düsterhus, S., Edwards, D.J., Fewer, D.P., Garg, N., Geiger, C., Gomez-Escribano, J.P., Greule, A., Hadjithomas, M., Haines, A.S., Helfrich, E.J.N., Hillwig, M.L., Ishida, K., Jones, A.C., Jones, C.S., Jungmann, K., Kegler, C., Kim, H.U., Kötter, P., Krug, D., Masschelein, J., Melnik, A.V., Mantovani, S.M., Monroe, E.A., Moore, M., Moss, N., Nützmann, H.-W., Pan, G., Pati, A., Petras, D., Reen, F.J., Rosconi, F., Rui, Z., Tian, Z., Tobias, N.J., Tsunematsu, Y., Wiemann, P., Wyckoff, E., Yan, X., Yim, G., Yu, F., Xie, Y., Aigle, B., Apel, A.K., Balibar, C.J., Balskus, E.P., Barona-Gómez, F., Bechthold, A., Bode, H.B., Borriss, R., Brady, S.F., Brakhage, A.A., Caffrey, P., Cheng, Y.Q., Clardy, J., Cox, R.J., De Mot, R., Donadio, S., Donia, M.S., Van Der Donk, W.A., Dorrestein, P.C., Doyle, S., Driessen, A.J.M., Ehling-Schulz, M., Entian, K.-D., Fischbach, M.A., Gerwick, L., Gerwick, W.H., Gross, H., Gust, B., Hertweck, C., Höfte, M., Jensen, S.E., Ju, J., Katz, L., Kaysser, L., Klassen, J.L., Keller, N.P., Kormanec, J., Kuipers, O.P., Kuzuyama, T., Kyrpides, N.C., Kwon, H.-J., Lautru, S., Lavigne, R., Lee, C.Y., Linquan, B., Liu, X., Liu, W., Luzhetskyy, A., Mahmud, T., Mast, Y., Méndez, C., Metsä-Ketelä, M., Micklefield, J., Mitchell, D.A., Moore, B.S., Moreira, L.M., Müller, R., Neilan, B.A., Nett, M., Nielsen, J., O'Gara, F., Oikawa, H., Osbourn, A., Osburne, M.S., Ostash, B., Payne, S.M., Pernodet, J.-L., Petricek, M., Piel, J., Ploux, O., Raaijmakers, J.M., Salas, J.A., Schmitt, E.K., Scott, B., Seipke, R.F., Shen, B., Sherman, D.H., Sivonen, K., Smanski, M.J., Sosio, M., Stegmann, E., Süssmuth, R.D., Tahlan, K., Thomas, C.M., Tang, Y., Truman, A.W., Viaud, M., Walton, J.D., Walsh, C.T., Weber, T., Van Wezel, G.P., Wilkinson, B., Willey, J.M., Wohlleben, W., Wright, G.D., Ziemert, N., Zhang, C., Zotchev, S.B., Breitling, R., Takano, E., Glöckner, F.O.
Published: 2015

50. Convergent Evolution of Endosymbiont Differentiation in Dalbergioid and Inverted Repeat-Lacking Clade Legumes Mediated by Nodule-Specific Cysteine-Rich Peptides

Author: Clémence Chaintreuil, Eric Giraud, Corinne Da Silva, Patrick Wincker, Djamel Gully, Lionel Moulin, Joël Fardoux, Pierre Czernic, Delphine Patrel, Jean-François Arrighi, Phuong Nguyen, Quentin Barrière, Peter Mergaert, Frédéric Gressent, Valérie Rofidal, Olivier Pierre, Sonia Hem, Fabienne Cartieaux, Ibtissem Guefrachi, Julie Poulain, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Intéractions Plantes-Bactéries (PBI), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-SESAM-2010-BLAN-170801, ANR-BugsInaCell-13-BSV7-0013, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes ( LSTM ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Intéractions Plantes-Bactéries ( PBI ), Département Microbiologie ( Dpt Microbio ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Root nodule, Medicago, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, Aeschynomene, Plant Science, Fabaceae, biology.organism_classification, 01 natural sciences, Cell biology, Transcriptome, 03 medical and health sciences, Symbiosis, Polyploid, Botany, Genetics, Rhizobium, 030304 developmental biology, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Nutritional symbiotic interactions require the housing of large numbers of microbial symbionts, which produce essential compounds for the growth of the host. In the legume-rhizobium nitrogen-fixing symbiosis, thousands of rhizobium microsymbionts, called bacteroids, are confined intracellularly within highly specialized symbiotic host cells. In Inverted Repeat-Lacking Clade (IRLC) legumes such as Medicago spp., the bacteroids are kept under control by an arsenal of nodule-specific cysteine-rich (NCR) peptides, which induce the bacteria in an irreversible, strongly elongated, and polyploid state. Here, we show that in Aeschynomene spp. legumes belonging to the more ancient Dalbergioid lineage, bacteroids are elongated or spherical depending on the Aeschynomene spp. and that these bacteroids are terminally differentiated and polyploid, similar to bacteroids in IRLC legumes. Transcriptome, in situ hybridization, and proteome analyses demonstrated that the symbiotic cells in the Aeschynomene spp. nodules produce a large diversity of NCR-like peptides, which are transported to the bacteroids. Blocking NCR transport by RNA interference-mediated inactivation of the secretory pathway inhibits bacteroid differentiation. Together, our results support the view that bacteroid differentiation in the Dalbergioid clade, which likely evolved independently from the bacteroid differentiation in the IRLC clade, is based on very similar mechanisms used by IRLC legumes.
Published: 2015

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