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367 results on '"Usseglio-Polatera, Philippe"'

1. Réponse des indicateurs biotiques de cours d’eau aux pressions et extrapolation de l’état biologique aux masses d’eau non suivies

Author

VILLENEUVE, Bertrand, VALETTE, Laurent, FERRÉOL, Martial, SOUCHON, Yves, and USSEGLIO-POLATERA, Philippe

Subjects
état écologique, modèle prédictif, pression anthropique, cours d'eau, directive cadre européenne sur l'eau, Environmental technology. Sanitary engineering, TD1-1066, Environmental sciences, GE1-350
Abstract

Pour des raisons techniques et économiques, toutes les masses d’eau européennes ne bénéficient pas d’un suivi direct de leur qualité établi à partir d’une collecte régulière de données biologiques. En France, cela représente environ dix mille sites. Pour combler ces lacunes, des chercheurs d’INRAE ont mis au point un ensemble de modèles capables de prédire avec un bon taux de réussite l’état écologique de ces masses d’eau à partir d’un jeu de données de pressions. Si ce type d’outil prédictif est d’un intérêt majeur pour les gestionnaires, il ne doit cependant pas être considéré comme une approche antagoniste à l'amélioration du réseau de surveillance mais plutôt comme un moyen de fournir un cadre général pour aider les politiques de l'eau.

Published
2021

3. Tackling Inter-Class Similarity and Intra-Class Variance for Microscopic Image-based Classification

Author

Venkataramanan, Aishwarya, Laviale, Martin, Figus, Cécile, Usseglio-Polatera, Philippe, and Pradalier, Cédric

Subjects
Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition
Abstract

Automatic classification of aquatic microorganisms is based on the morphological features extracted from individual images. The current works on their classification do not consider the inter-class similarity and intra-class variance that causes misclassification. We are particularly interested in the case where variance within a class occurs due to discrete visual changes in microscopic images. In this paper, we propose to account for it by partitioning the classes with high variance based on the visual features. Our algorithm automatically decides the optimal number of sub-classes to be created and consider each of them as a separate class for training. This way, the network learns finer-grained visual features. Our experiments on two databases of freshwater benthic diatoms and marine plankton show that our method can outperform the state-of-the-art approaches for classification of these aquatic microorganisms., Comment: 13th International Conference on Computer Vision Systems (2021)

Published
2021

5. Evaluating the biological validity of European river typology systems with least disturbed benthic macroinvertebrate communities

Author

Jupke, Jonathan F., Birk, Sebastian, Álvarez-Cabria, Mario, Aroviita, Jukka, Barquín, José, Belmar, Oscar, Bonada, Núria, Cañedo-Argüelles, Miguel, Chiriac, Gabriel, Elexová, Emília Mišíková, Feld, Christian K., Ferreira, M. Teresa, Haase, Peter, Huttunen, Kaisa-Leena, Lazaridou, Maria, Lešťáková, Margita, Miliša, Marko, Muotka, Timo, Paavola, Riku, Panek, Piotr, Pařil, Petr, Peeters, Edwin T.H.M., Polášek, Marek, Sandin, Leonard, Schmera, Dénes, Straka, Michal, Usseglio-Polatera, Philippe, and Schäfer, Ralf B.

Published
2022
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7. The Meuse River basin

Author

Descy, Jean-Pierre, primary, Latli, Adrien, additional, Roland, Fleur, additional, Borges, Alberto, additional, Lambert, Thibault, additional, Morana, Cédric, additional, Kestemont, Patrick, additional, Joaquim-Justo, Celia, additional, Everbecq, Etienne, additional, Usseglio-Polatera, Philippe, additional, Beisel, Jean-Nicolas, additional, Verniers, Gisèle, additional, and Pigneur, Lise-Marie, additional

Published
2022
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10. DISPERSE, a trait database to assess the dispersal potential of European aquatic macroinvertebrates

Author

Sarremejane, Romain, Cid, Núria, Stubbington, Rachel, Datry, Thibault, Alp, Maria, Cañedo-Argüelles, Miguel, Cordero-Rivera, Adolfo, Csabai, Zoltán, Gutiérrez-Cánovas, Cayetano, Heino, Jani, Forcellini, Maxence, Millán, Andrés, Paillex, Amael, Pařil, Petr, Polášek, Marek, Tierno de Figueroa, José Manuel, Usseglio-Polatera, Philippe, Zamora-Muñoz, Carmen, and Bonada, Núria

Published
2020
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12. Functional trait-based approaches as a common framework for aquatic ecologists: Synthesis and recent results

Author

Martini, Séverine, Larras, Floriane, Boyé, Aurélien, Faure, Emile, Aberle, Nicole, Archambault, Philippe, Bacouillard, Lise, Beisner, Beatrix, Bittner, Lucie, Castella, Emmanuel, Danger, Michael, Gauthier, Olivier, Karp-Boss, Lee, Lombard, Fabien, Maps, Frédéric, Stemmann, Lars, Thiébaut, Éric, Usseglio-Polatera, Philippe, Vogt, Meike, Laviale, Martin, Ayata, Sakina‐dorothée, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Norwegian University of Science and Technology [Trondheim] (NTNU), Norwegian University of Science and Technology (NTNU), Institut des Sciences de la MER de Rimouski (ISMER), Université du Québec à Rimouski (UQAR), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Laboratoire d'Ecologie et de Biologie Aquatique - LEBA (Genève, Suisse), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Maine, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Takuvik International Research Laboratory, Université Laval [Québec] (ULaval)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Biogeochemistry and Pollutant Dynamics [ETH Zürich] (IBP), Department of Environmental Systems Science [ETH Zürich] (D-USYS), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich)- Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Zone Atelier du Bassin de la Moselle [LTSER France] (ZAM), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Association for the Sciences of Limnology and Oceanography (ASLO)

Subjects
aquatic ecology, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, functional traits
Abstract

International audience; Aquatic ecologists face challenges in identifying the general rules of the functioning of ecosystems. A common framework, including freshwater, marine, benthic, and pelagic ecologists, is needed to bridge communication gaps and foster knowledge sharing. This framework should transcend local specificities and taxonomy in order to provide a common ground and shareable tools to address common scientific challenges. In a recent review paper published in Limnology and Oceanography (Martini et al., 2021), we advocated the use of functional trait-based approaches (FTBAs) for aquatic ecologists and proposed concrete paths to go forward. In this presentation, we will first present an overview of this synthesis work. Then, using a few examples of recent results, including from quantitative imaging, genomics, and machine learning, we will then concretely illustrate how FTBAs can allow aquatic ecologists to tackle some of the scientific challenges identified in the paper.

Published
2023

13. Temperature, productivity, and habitat characteristics collectively drive lake food web structure

Author

Leclerc, Camille, primary, Reynaud, Nathalie, additional, Danis, Pierre‐Alain, additional, Moatar, Florentina, additional, Daufresne, Martin, additional, Argillier, Christine, additional, Usseglio‐Polatera, Philippe, additional, Verneaux, Valérie, additional, Dedieu, Nicolas, additional, Frossard, Victor, additional, and Sentis, Arnaud, additional

Published
2023
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20. The STAR project: context, objectives and approaches

Author

Furse, Mike, Hering, Daniel, Moog, Otto, Verdonschot, Piet, Johnson, Richard K., Brabec, Karel, Gritzalis, Kostas, Buffagni, Andrea, Pinto, Paulo, Friberg, Nikolai, Murray-Bligh, John, Kokes, Jiri, Alber, Renate, Usseglio-Polatera, Philippe, Haase, Peter, Sweeting, Roger, Bis, Barbara, Szoszkiewicz, Krzysztof, Soszka, Hanna, Springe, Gunta, Sporka, Ferdinand, Krno, Il’ja, Martens, K., editor, Furse, Mike T., editor, Hering, Daniel, editor, Brabec, Karel, editor, Buffagni, Andrea, editor, Sandin, Leonard, editor, and Verdonschot, Piet F. M., editor

Published
2006
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23. Linking Micropollutants to Trait Syndromes across Freshwater Diatom, Macroinvertebrate, and Fish Assemblages

Author

Meyer, Albin, Alric, Benjamin, Dézerald, Olivier, Billoir, Elise, Coulaud, Romain, Larras, Floriane, Mondy, Cédric P, Usseglio-polatera, Philippe, Meyer, Albin, Alric, Benjamin, Dézerald, Olivier, Billoir, Elise, Coulaud, Romain, Larras, Floriane, Mondy, Cédric P, and Usseglio-polatera, Philippe

Abstract

The ecological quality of freshwater ecosystems is endangered by various micropollutants released into the environment by human activities. The cumulative effects of these micropollutants can affect the fitness of organisms and populations and the functional diversity of stream ecosystems. In this study, we investigated the relationships between the joint toxicity of micropollutants and trait syndromes. A trait syndrome corresponds to a combination of traits that could occur together in communities due to the trait selection driven by exposure to these micropollutants. Our objectives were to (i) identify trait syndromes specific to diatom, macroinvertebrate, and fish assemblages and their responses to exposure, taking into account four micropollutant types (mineral micropollutants, pesticides, PAHs, and other organic micropollutants) and nine modes of action (only for pesticides), (ii) explore how these syndromes vary within and among the three biological compartments, (iii) investigate the trait categories driving the responses of syndromes to micropollutant exposure, and (iv) identify specific taxa, so-called paragons, which are highly representative of these syndromes. To achieve these objectives, we analyzed a dataset including the biological and physico-chemical results of 2007 sampling events from a large-scale monitoring survey routinely performed in French wadeable streams. We have identified five (diatoms), eight (macroinvertebrates), and eight (fishes) trait syndromes, either positively or negatively related to an increasing toxicity gradient of different clusters of micropollutant types or modes of action. Our analyses identified several key trait categories and sets of paragons, exhibiting good potential for highlighting exposure by specific micropollutant types and modes of action. Overall, trait syndromes might represent a novel and integrative bioassessment tool, driven by the diversity of trait-based responses to increasing gradients of micropollutan

Published
2022
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29. Effet des pesticides sur la morphologie des diatomées benthiques d'eau douce : le cas du glyphosate

Author

Chéron, Sarah, Venkataramanan, Aishwarya, Martinez, Clara, Hamon, Huyên Phong, Heudre, David, Pradalier, Cédric, Usseglio-Polatera, Philippe, Devin, Simon, Felten, Vincent, Laviale, Martin, and Laviale, Martin

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Glyphosate, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Diatomées, Analyse d'images, AMPA, Morphologie
Abstract

La directive-cadre sur l'eau stipule que les masses d'eau doivent atteindre le "bon état écologique" dans l'UE. Bien que de nombreux indicateurs existent, ils ne sont pas toujours en mesure de révéler les effets subtils d'une faible pression épisodique sur de longues durées d'exposition. Il est donc essentiel de développer des indicateurs d'alerte précoce de la qualité des eaux de surface. A cet effet, l'étude des biofilms phototrophes semble particulièrement pertinente en raison de leur rôle majeur dans les écosystèmes aquatiques. Au sein de ces biofilms, les diatomées occupent une place particulière, puisqu'elles sont déjà intégrées dans la batterie d'outils d'évaluation de la qualité des eaux de surface. Parmi les différents paramètres sur lesquels repose la détermination de la classe de qualité, l'observation de formes tératologiques (déformation des frustules, irrégularité des stries...) est considérée comme révélateur d'un stress [1]. Toutefois, ces déformations sont difficiles à identifier et à dénombrer, et il est également délicat d'en qualifier l'intensité. Il en résulte que cet élément de l'Indice Biologique Diatomées (IBD) est mal renseigné. Il apparait donc nécessaire de développer une méthodologie standardisée pour réaliser les différentes étapes de détection et caractérisation des déformations des diatomées. Dans cette étude, nous présentons les premiers résultats de mise au point d'une telle approche, à partir de bioessais de laboratoire,réalisés sur la diatomée benthique d'eau douce Nitzschia palea. Dans un premier temps, la culture a été exposée à court terme (7 jours) au glyphosate et à son principal produit de dégradation (AMPA) afin de déterminer les concentrations de contaminants inhibant 5, 10 et 50% de leur croissance (valeurs IC5, IC10 et IC50). Ces concentrations et une concentration environnementale ont ensuite été utilisées pour exposer les cultures dans des conditions semi-statiques pendant 28 jours afin d'évaluer le potentiel tératogène du glyphosate et de l'AMPA sur la morphologie des diatomées. Pour chaque échantillon, des images ont été acquises au microscope optique et la morphologie des cellules a été analysée à l'aide de différents descripteurs en lien avec la taille et la forme des cellules. Ces descripteurs ont ensuite été mis en relation avec les déformations observées qui ont été analysées qualitativement (type de déformations) et quantitativement (abondance relative, sévérité). Enfin, cette approche manuelle est comparée à une approche basée sur l'intelligence artificielle en cours de développement permettant de caractériser automatiquement les effets de ces contaminants sur la morphologie des diatomées

Published
2022

30. A global perspective on the functional responses of stream communities to flow intermittence

Author

Crabot, Julie, Mondy, Cedric P., Usseglio‐Polatera, Philippe, Fritz, Ken M., Wood, Paul J., Greenwood, Michelle J., Bogan, Michael T., Meyer, Elisabeth I., Datry, Thibault, Riverly (Riverly), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Géographie Physique et Environnementale (GEOLAB), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut Sciences de l'Homme et de la Société (IR SHS UNILIM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Office français de la biodiversité (OFB), Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), United States Environmental Protection Agency [Cincinnati], Loughborough University, National Institute of Water and Atmospheric Research [Christchurch] (NIWA), Oregon State University (OSU), University of Münster, RiverLy - Fonctionnement des hydrosystèmes (RiverLy), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut Sciences de l'Homme et de la Société (IR SHS UNILIM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster (WWU)

Subjects
biodiversity loss, fragmentation, temporary rivers, [SDE]Environmental Sciences, global change, life-history traits
Abstract

International audience; The current erosion of biodiversity is a major concern that threatens the ecological integrity of ecosystems and the ecosystem services they provide. Due to global change, an increasing proportion of river networks are drying and changes from perennial to non-perennial flow regimes represent dramatic ecological shifts with potentially irreversible alterations of community and ecosystem dynamics. However, there is minimal understanding of how biological communities respond functionally to drying. Here, we highlight the taxonomic and functional responses of aquatic macroinvertebrate communities to flow intermittence across river networks from three continents, to test predictions from underlying trait-based conceptual theory. We found a significant breakpoint in the relationship between taxonomic and functional richness, indicating higher functional redundancy at sites with flow intermittence higher than 28%. Multiple strands of evidence, including patterns of alpha and beta diversity and functional group membership, indicated that functional redundancy did not compensate for biodiversity loss associated with increasing intermittence, contrary to received wisdom. A specific set of functional trait modalities, including small body size, short life span and high fecundity, were selected with increasing flow intermittence. These results demonstrate the functional responses of river communities to drying and suggest that ongoing biodiversity reduction due to global change in drying river networks is threatening their functional integrity. These results indicate that such patterns might be common in these ecosystems, even where drying is considered a predictable disturbance. This highlights the need for the conservation of natural drying regimes of intermittent rivers to secure their ecological integrity.

Published
2021

31. Diagnostic écologique pour les sols contaminés aux métaux : utilisation des traits fonctionnels des bactéries et invertébrés

Author

Maunoury-Danger, Florence, Hombourger, Yves, Cébron, Aurélie, ARAN, Delphine, Auclerc, A., Pey, Benjamin, Boyer, Frédéric, Usseglio-Polatera, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), and Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)

Subjects
[SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

32. Introducing Spatial Variation to Ecological Risk Assessment

Author

Jupke, Jonathan F., van den Berg, Sanne, Battes, Karina Paula, Barquín, Pepe, Belmar, Oscar, Blanco, Saúl A., Bonada, Núria, Cîmpean, Mirela, van Dam, Herman, Feld, Christian K., Gomà, Joan, Haase, Peter, Huttunen, Kaisa-Leena, Cañedo-Argüelles, Miguel, Jamoneau, Aurélien, Jyrkänkälio-Mikkola, Jenny, Kahlert, Maria, Muotka, Timo, Paavola, Riku, Peeters, Edwin T.H.M., Tison-Rosebery, Juliette, Sandin, Leonard, Schmera, Dénes, Soininen, Janne, Suteu, Anca Mihaela, Usseglio-Polatera, Philippe, Schäfer, Ralf B., Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (UR EABX), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

33. Diagnostic écologique multi-compartiments des cours d’eau. Action 1 : définition des conditions de référence pour les Grands Cours d’Eau (GCE) et les Très Grands Cours d’Eau (TGCE), action 2 : proposition d’une version opérationnelle de l’indice I2M2-GCE et action 3 : proposition d’un outil diagnostique pour les Grands Cours d’Eau

Author

MEYER, Albin, COULAUD, Romain, VELLINGER, Céline, CHARDON, Thomas, USSEGLIO-POLATERA, Philippe, USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Le Havre Normandie - UFR Sciences et Techniques (ULHN UFR ST), Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques (SEBIO), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OFB, and Rapport Université de Lorraine (LIEC) pour l’OFB

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE] Environmental Sciences, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, grands cours d'eau, indice, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.EE.ECO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, invertébrés, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, bioindication
Published
2020

34. Tackling inconsistencies among freshwater invertebrate trait databases: harmonising across continents and aggregating taxonomic resolution

Author

Kunz, Stefan, primary, Kefford, Ben J., additional, Schmidt‐Kloiber, Astrid, additional, Matthaei, Christoph D., additional, Usseglio‐Polatera, Philippe, additional, Graf, Wolfram, additional, Poff, N. LeRoy, additional, Metzeling, Leon, additional, Twardochleb, Laura, additional, Hawkins, Charles P., additional, and Schäfer, Ralf B., additional

Published
2021
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36. The combination of chemical, structural, and functional indicators to evaluate the anthropogenic impacts on agricultural stream ecosystems

Author

Jabiol, Jérémy, primary, Chauvet, Eric, additional, Guérold, François, additional, Bouquerel, Jonathan, additional, Usseglio-Polatera, Philippe, additional, Artigas, Joan, additional, Margoum, Christelle, additional, Le Dréau, Matthieu, additional, Moreira, Aurélie, additional, Mazzella, Nicolas, additional, and Gouy, Véronique, additional

Published
2021
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39. Functional trait‐based approaches as a common framework for aquatic ecologists

Author

Martini, Séverine, Larras, Floriane, Boye, Aurelien, Faure, Emile, Aberle, Nicole, Archambault, Philippe, Bacouillard, Lise, Beisner, Beatrix E, Bittner, Lucie, Castella, Emmanuel, Danger, Michael, Gauthier, Olivier, Karp‐boss, Lee, Lombard, Fabien, Maps, Frédéric, Stemmann, Lars, Thiébaut, Eric, Usseglio‐polatera, Philippe, Vogt, Meike, Laviale, Martin, Ayata, Sakina‐dorothée, Martini, Séverine, Larras, Floriane, Boye, Aurelien, Faure, Emile, Aberle, Nicole, Archambault, Philippe, Bacouillard, Lise, Beisner, Beatrix E, Bittner, Lucie, Castella, Emmanuel, Danger, Michael, Gauthier, Olivier, Karp‐boss, Lee, Lombard, Fabien, Maps, Frédéric, Stemmann, Lars, Thiébaut, Eric, Usseglio‐polatera, Philippe, Vogt, Meike, Laviale, Martin, and Ayata, Sakina‐dorothée

Abstract

Aquatic ecologists face challenges in identifying the general rules of the functioning of ecosystems. A common framework, including freshwater, marine, benthic, and pelagic ecologists, is needed to bridge communication gaps and foster knowledge sharing. This framework should transcend local specificities and taxonomy in order to provide a common ground and shareable tools to address common scientific challenges. Here, we advocate the use of functional trait‐based approaches (FTBAs) for aquatic ecologists and propose concrete paths to go forward. Firstly, we propose to unify existing definitions in FTBAs to adopt a common language. Secondly, we list the numerous databases referencing functional traits for aquatic organisms. Thirdly, we present a synthesis on traditional as well as recent promising methods for the study of aquatic functional traits, including imaging and genomics. Finally, we conclude with a highlight on scientific challenges and promising venues for which FTBAs should foster opportunities for future research. By offering practical tools, our framework provides a clear path forward to the adoption of trait‐based approaches in aquatic ecology.

Published
2021
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40. Animal board invited review: OneARK: Strengthening the links between animal production science and animal ecology

Author

Destoumieux-Garzón, Delphine, Bonnet, Pascal, Teplitsky, Céline, Criscuolo, François, Henry, Pierre-Yves, Mazurais, David, Prunet, Patrick, Salvat, Gilles, Usseglio-Polatera, Philippe, Verrier, Etienne, Friggens, Nicolas C., Destoumieux-Garzón, Delphine, Bonnet, Pascal, Teplitsky, Céline, Criscuolo, François, Henry, Pierre-Yves, Mazurais, David, Prunet, Patrick, Salvat, Gilles, Usseglio-Polatera, Philippe, Verrier, Etienne, and Friggens, Nicolas C.

Abstract

Wild and farmed animals are key elements of natural and managed ecosystems that deliver functions such as pollination, pest control and nutrient cycling within the broader roles they play in contributing to biodiversity and to every category of ecosystem services. They are subjected to global changes with a profound impact on the natural range and viability of animal species, the emergence and spatial distribution of pathogens, land use, ecosystem services and farming sustainability. We urgently need to improve our understanding of how animal populations can respond adaptively and therefore sustainably to these new selective pressures. In this context, we explored the common points between animal production science and animal ecology to identify promising avenues of synergy between communities through the transfer of concepts and/or methodologies, focusing on seven concepts that link both disciplines. Animal adaptability, animal diversity (both within and between species), selection, animal management, animal monitoring, agroecology and viability risks were identified as key concepts that should serve the cross-fertilization of both fields to improve ecosystem resilience and farming sustainability. The need for breaking down interdisciplinary barriers is illustrated by two representative examples: i) the circulation and reassortment of pathogens between wild and domestic animals and ii) the role of animals in nutrient cycles, i.e. recycling nitrogen, phosphorus and carbon through, for example, contribution to soil fertility and carbon sequestration. Our synthesis identifies the need for knowledge integration techniques supported by programmes and policy tools that reverse the fragmentation of animal research toward a unification into a single Animal Research Kinship, OneARK, which sets new objectives for future science policy. At the interface of animal ecology and animal production science, our article promotes an effective application of the agroecology concept to

Published
2021

42. Une certaine incertitude : précision et confiance en bio-indication. L’exemple des diatomées et des macro-invertébrés

Author

Meyer, Albin, Billoir, Elise, Usseglio-Polatera, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

43. Stoichiometric traits predict the composition of macroinvertebrate communities: Extending the Growth Rate Hypothesis to species development

Author

Beck, Miriam, Mondy, Cédric P., Danger, Michaël, Billoir, Elise, Usseglio-Polatera, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

44. Evaluating the taxonomic and functional diversity of stream benthic invertebrate assemblages: morphological versus DNA metabarcoding approaches

Author

Meyer, Albin, Billoir, Elise, Larras, Floriane, Archaimbault, Virginie, Mondy , Cedric P., Coulaud, Romain, Coacolo, Dan, Bouquerel, Jonathan, Gautreau, Edwige, Reichart, Mélissa, Spilmont, Charlotte, Wagner, Philippe, Usseglio-Polatera, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

45. Do the trait profiles of macroinvertebrates converge across different biogeographic regions?

Author

Kunz, Stefan, Hawkins, Charles P., LeRoy Poff, N., Usseglio-Polatera, Philippe, Kefford, Ben, Graf, Wolfram, Matthaei, Christoph, Schäfer, Ralf B, USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE] Environmental Sciences, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

48. Using taxonomic and functional trait-based approaches to investigate the effect of large wood-induced hydro-geomorphological processes on river invertebrates to inform river restoration design

Author

Grabowski, Robert, Magliozzi, Chiara, Robertson, Anne, Meyer, Albin, Usseglio-Polatera, Philippe, School of Water Science, Cranfield University, University of Roehampton, United Kingdom, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and USSEGLIO-POLATERA, PHILIPPE

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

49. Des outils chimiques et biologiques pour améliorer le diagnostic d’impact in situ des produits phytosanitaires

Author

Jabiol, J., Le Dréau, M., Artigas, J., Bonnineau, C., Chaumot, A., Chauvet, E., Delorme, N., François, A., Geffard, O., Guérold, F., Margoum, C., Martin-Laurent, F., Mazella, N., Noury, P., Pesce, S., Quéau, H., Tardy, V., Usseglio-Polatera, Philippe, Gouy Boussada, V., Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Webinar Réseau Ecotox, and Razafitianamaharavo, Angelina

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2020

50. Diagnostic écologique multi-compartiments des cours d’eau. Action 5 : Outil diagnostique « multi-compartiments » et action 6 : Modèles évaluant spécifiquement le risque d’impact des cours d’eau par certaines substances chimiques particulières

Author

Alric, Benjamin, Usseglio-Polatera, Philippe, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Terre et Environnement de Lorraine (OTELo), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OFB, and Rapport Université de Lorraine (LIEC) pour l’OFB.

Subjects
[SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, diatomées, diagnostic écologique, [SDE]Environmental Sciences, outil multicompartiments, invertébrés, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, poissons, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, cours d'eau
Published
2020

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