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Bovine alphaherpesvirus 5 causes meningoencephalitis in cattle, belongs to the Herpesviridae family, and can be divided into subtypes a, b, and c. Limited information is available about subtype c. Here, we report the complete genome sequences of two strains, P160/96, and ISO97/45, isolated from cattle in southeast Brazil.

The complete genome sequence of bovine papillomavirus 2 (BPV2) from Brazilian Amazon Region was determined using multiple-primed rolling circle amplification followed by Illumina sequencing. The genome is 7,947 bp long, with 45.9% GC content. It encodes seven early (E1, E2, E4, E5, E6, E7, and E8) and two late (L1 and L2) genes. The complete genome of a BPV2 can help in future studies since this BPV type is highly reported worldwide although the lack of complete genome sequences available.

O vírus da anemia infecciosa das galinhas (CAV) é um vírus pequeno, não-envelopado, com genoma circular de DNA simples fita. O vírus foi identificado pela primeira vez em 1979 no Japão e, por mais de 30 anos era o único girovírus conhecido por infectar aves. Em 2011, um novo girovírus, denominado girovírus aviário 2 (AGV2) foi identificado em soros de aves apáticas e com perda de peso. Posteriormente, genoma desse novo vírus foi identificado em aves saudáveis, bem como aves com sinais clínicos neurológicos. Especula-se que o AGV2 esteja mundialmente disseminado nos rebanhos avícolas, uma vez que genoma viral tem sido identificado em países geograficamente distantes. Tal identificação de AGV2 tem sido baseada em testes moleculares qualitativos. Dessa forma, no primeiro estudo realizado, foi desenvolvida uma duplex PCR em tempo real (dqPCR) visando detectar e quantificar simultaneamente genomas de CAV e AGV2. O ensaio mostrou ser sensível, específico e reproduzível, permitindo a detecção de no mínimo 5 cópias de genoma de CAV e 50 cópias de AGV2. Além disso, a dqPCR foi mais sensível que a técnica convencional quando aplicada para detecção destes agentes em amostras biológicas. O ensaio foi também utilizado para avaliar a presença de genomas de CAV e AGV2 em vacinas comerciais frequentemente utilizadas na avicultura. Trinta e cinco vacinas comerciais produzidas contra diferentes agentes patogênicos de aves foram analisadas. Os resultados obtidos mostram a presença de genoma de ambos os girovírus nas vacinas e enfatizam a importância da investigação aprofundada destes agentes em imunógenos. Adicionalmente, visando ampliar o conhecimento sobre o AGV2, dois estudos envolvendo análise genômica (parcial ou completa) foram realizados. Em um dos estudos, possíveis variações na sequência que codifica a proteína viral 1 (VP1) foram investigadas em amostras coletadas de aves com distintos status sanitários. Para tanto, penas coletadas de aves saudáveis e fígados provenientes de aves com apatia e baixo ganho de peso foram submetidos à extração de DNA e amplificação da região que codifica a VP1. Os produtos amplificados foram sequenciados e filogeneticamente analisados. Análise filogenética à nível de aminoácido deduzido permitiu a subdivisão das sequências de AGV2 em dois grupos maiores relacionados ao distinto status sanitário. Esses resultados podem estar associados à ocorrência de variantes do vírus, bem como à patogenicidade. Por fim, outro estudo foi realizado com o objetivo de detectar e caracterizar genomas de AGV2 presente em aves na Itália. Cem soros foram coletados de aves comerciais, aparentemente saudáveis, oriundas de 10 propriedades da região do Vêneto. As amostras de soro foram submetidas à extração de DNA e à detecção de AGV2 utilizando PCR. DNA viral foi identificado em 5 das 10 propriedades analisadas. Assim, um DNA extraído de soro representante de cada propriedade foi selecionado e submetido à amplificação do genoma completo de AGV2, sequenciamento e análise filogenética. Foi obtida uma sequência genômica completa e quatro sequências parciais do genoma. Os genomas aqui identificados apresentaram organização genômica igual aos demais girovirus conhecidos, com exceção dos girovírus 4 e 5. Além disso, a análise filogenética realizada mostrou que AGV2 e HGyV são filogeneticamente relacionados e formam um grupo distinto dentro do gênero Gyrovirus. Chicken anemia virus (CAV) is a small, non-enveloped, circular single-stranded DNA virus. The virus was first identified in 1979 in Japan and, for more than 30 years, it was the only gyrovirus known to infect chickens. In 2011, a new gyrovirus, named Avian gyrovirus 2 (AGV2), was identified in sera from chicken displaying apathy and weight loss. Posteriorly, genome of this new gyrovirus was detected in healthy chickens as well as in chickens displaying neurological signs. It was speculated that AGV2 may have a widespread global distribution in poultry flocks, since its viral genome has been identified in geographical distant countries. The AGV2 identification has been based on the qualitative molecular tests. In this sense, in the first study performed, a duplex realtime PCR (dqPCR) was developed in order to detect and quantify, simultaneously, genomes of CAV and AGV2. The assay proved to be sensitive, specific and reproducible, allowing detection of a minimum of 5 copies of CAV and 50 copies of AGV2 genomes. Moreover, the dqPCR was more sensitive than conventional assay when applied for the detection of these agents in biological samples. The assay was also used to evaluate the presence of CAV and AGV2 genomes in commercially vaccines frequently used by poultry farming. Thirty five commercially vaccines produced against several avian pathogens were examined. The results obtained showed the presence of both gyroviruses genomes in vaccines and emphasize the importance of the further investigation about these agents in immunogens. In addition, in order to enhance understanding about AGV2, two other studies involving genomic analysis (partial or complete) were performed. One of the studies was carried out to investigate variations in the gene coding the viral protein 1 (VP1) from chickens samples with distinct healthy status. Thus, feathers collected from apparently healthy chickens and liver tissues collected from chickens displaying signs of apathy and low weight gain were submitted to DNA extraction and amplification of the genomic region that codes VP1. The amplification products were sequenced and phylogenetically analyzed. Phylogenetic analysis at predicted amino acid level allowed subdivision of AGV2 sequences in two major groups associated with healthy status. These findings may reflect to existence of variants of AGV2, as well as may have correlation with pathogenicity of virus. Lastly, an additional study was performed to detect and to characterize AGV2 genomes present in chicken from Italy. One-hundred serum samples were collected from healthy commercial chickens from 10 poultry farms. Serum samples were submitted to DNA extraction and to AGV2 detection by PCR. Viral DNA was identified in 5 out of 10 farms sampled. So, one DNA sample representative of each farm was selected and submitted to AGV2 complete genome amplification, sequencing and phylogenetic analysis. It was recovered one complete genome and four partial AGV2 genomes (about 83%). The genomes here identified have the same genomic organization of others gyroviruses, with exception to gyrovirus 4 and 5. Moreover, phylogenetic analysis revealed that AGV2 and human gyrovirus are phylogenetically related and form a distinct group within the Gyrovirus genus.

O presente estudo foi conduzido com o objetivo de determinar se a sensibilidade do teste de Soroneutralização (SN) seria afetada quando utilizados distintos subtipos de herpesvírus bovino tipos 1 (BoHV-1) e 5 (BoHV-5). Dessa forma, soros de bovinos, coletados randomicamente (n= 287) foram testados por SN frente a três amostras de BoHV-1 (BoHV-1.1: EVI123/98 e Los Angeles (LA); BoHV-1.2a: SV265/96) e três amostras de BoHV-5 (BoHV-5a: EVI88/95; BoHV-5b: A663 e BoHV-5c: ISO 97/95), utilizando um período de incubação soro-vírus de 24 horas. A sensibilidade da SN variou significativamente dependendo da amostra viral utilizada. Esta variação foi de 77% (80/104 soros positivos) até 91% (95/104) com as amostras ISO 97/95 e LA, respectivamente, quando cada vírus foi considerado individualmente. A sensibilidade máxima (104/104) foi obtida quando os resultados positivos de uma combinação particular de quatro vírus (LA + EVI123 + SV265 + A663), algumas combinações de cinco vírus, ou ainda, todos os seis vírus foram adicionados. Estes resultados evidenciaram que quando a SN é realizada frente a uma única amostra viral, a sensibilidade pode variar significativamente, podendo comprometer programas de controle e erradicação das infecções por estes agentes. Além disso, a realização de SN frente a diferentes isolados virais mostrou aumentar significativamente a sensibilidade do teste. Com isso, a caracterização de novos isolados de campo pode favorecer futuras avaliações de diferentes subtipos de BoHV-1 e BoHV-5 e contribuir com a escolha de amostra e/ou combinação de amostras mais sensíveis. Deste modo, buscou-se caracterizar isolados de campo de BoHV-1 e BoHV-5 com base na análise molecular da região carboxi-terminal do gene que codifica a glicoproteína C (gC) e na análise com enzima de restrição (REA) do genoma viral. Para tanto, a multiplicação de 24 isolados da América do Sul foi realizada em células CRIB para posterior extração do DNA viral, PCR e sequenciamento. As seqüências foram alinhadas utilizando o programa ClustalX2 para uma inferência filogenética pelo método de Neighbor-Joining (Mega 4.0), Kimura 2-parâmetros. O alinhamento das seqüências de nucleotídeos revelou níveis de identidade variando de 70 a 99,6% entre os isolados de BoHV-1; de 66,9 a 100% entre os isolados de BoHV-5 e de 62,9 a 92,8% entre os isolados BoHV-1 e BoHV-5. A árvore filogenética mostrou o agrupamento dos vírus de acordo com o tipo (BoHV-1 e BoHV-5) e subtipo de BoHV-1 (BoHV-1.1 e BoHV-1.2). No entanto, essa técnica não permitiu a diferenciação dos isolados em diferentes subtipos de BoHV-5. Do mesmo modo, a análise por restrição enzimática não proporcionou uma clara diferenciação dos isolados em subtipos devido à presença de variações nos padrões de restrição. Somente um isolado (ISO 94/232) pode ser diferenciado como subtipo 5a. Todavia, este estudo mostrou que a análise filogenética utilizada representa uma potencial ferramenta para a diferenciação e classificação dos vírus em BoHV-1.1, BoHV-1.2 e BoHV-5. No entanto, ambas as técnicas podem ser empregadas, de maneira complementar, quando maiores informações sobre estes vírus forem requeridas. Além disso, com o presente estudo, foi possível expandir o número de amostras caracterizadas, fornecendo subsídios para estudos futuros. This study was carried out to determine whether the sensitivity of serum neutralization (SN) tests would be affected by the use of distinct subtypes of bovine herpesvirus 1 (BoHV- 1) and 5 (BoHV-5) as test challenge viruses. Bovine sera collected from a randomized sample (n = 287) were tested in a 24 hour incubation SN against three type 1 viruses (BoHV-1.1 strains „„Los Angeles‟‟ (LA) and „„EVI 123‟‟; BoHV-1.2a strain „„SV 265‟‟) and three type 5 viruses (BoHV-5a strain „„EVI 88‟‟; BoHV-5b strain „„A 663‟‟ and BoHV-5c „„ISO 97‟‟). SN sensitivity varied greatly depending on the challenge virus used in the test, particularly when results against each virus were considered individually, where it ranged from 77% (detecting 80 out of 104 antibody-positive sera) to 91% (95/104) with ISO 97/95 and LA strain, respectively. Maximum sensitivity (104/104) was achieved when positive results to a particular combination of four of the challenge viruses (LA + EVI 123 + SV 265 + A 663) or some combinations of five viruses (or all six viruses) were added cumulatively. These results clearly shown that when SN is performed with single test challenge viruses, sensitivity could vary significantly that might compromise control or eradication efforts. Performing SN against a number of different viruses demonstrated to improve significantly the test‟s sensitivity. Thus, news field isolates characterization could aid future evaluations of different BoHV-1 and BoHV-5 subtypes and also provide the better strain and/or strains combination choice. In such case, this study aimed to characterize field isolates of BoHV-1 and BoHV-5 by molecular analyses of glycoprotein C (gC) carboxy-terminal region and viral genome restriction enzymatic analysis (REA). The 24 isolates from South America were propagated in CRIB cells for viral DNA extraction, PCR and sequencing. The sequences were aligned in ClustalX2 to perform a distance–based phylogenetic analysis by Neighbor-Joining method in MEGA 4.0 software under de Kimura 2-parameter. The nucleotide sequence alignments revealed levels of genomic similarity ranging from 70% to 99.6% between BoHV-1 isolates; from 67% to 100% among BoHV-5 isolates and from 63% to 93% between BoHV-1 and BoHV-5 isolates. The phylogenetic tree clustered the viruses according to types (BoHV-1 and BoHV-5) and BoHV-1 subtypes (BoHV-1.1, -1.2). However, this method did not allow clearly differentiated in BoHV-5 subtypes. Likewise, REA did not clear showed differentiation in subtypes due presence variation in restriction pattern. Only one isolate (ISO 94/232) could be differentiated in subtype 5a. The results suggest that the phylogenetic analysis performed could be an important tool for differentiation and classification of such viruses in BoHV-1.1, BoHV-1.2, BoHV-5. However, when adiccional informations were resquested both techniques should be performed. Furthermore, with this work it was possible to expand the number of samples characterized to support future investigation of these viruses.