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18 results on '"Vellozo, Augusto"'

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Author

Vellozo, Augusto F., Alves, Carlos E. R., do Lago, Alair Pereira, Hutchison, David, editor, Kanade, Takeo, editor, Kittler, Josef, editor, Kleinberg, Jon M., editor, Mattern, Friedemann, editor, Mitchell, John C., editor, Naor, Moni, editor, Nierstrasz, Oscar, editor, Pandu Rangan, C., editor, Steffen, Bernhard, editor, Sudan, Madhu, editor, Terzopoulos, Demetri, editor, Tygar, Dough, editor, Vardi, Moshe Y., editor, Weikum, Gerhard, editor, Istrail, Sorin, editor, Pevzner, Pavel, editor, Waterman, Michael, editor, Bücher, Philipp, editor, and Moret, Bernard M. E., editor

Published
2006
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4. Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS

Author

Baa-Puyoulet, Patrice, Vellozo, Augusto, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Gabaldon, Toni, Colella, Stefano, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Structural and Computational Biology Unit, European Molecular Biology Laboratory [Hamburg] (EMBL), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
genome annotation, metabolic networks, arthropod genomes, CycADS, BioCyc, ArthopodaCyc, base de données, Bioinformatics, génome, annotation génomique, réseau métabolique, Bio-informatique, arthropode, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

5. « ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes

Author

Baa-Puyoulet, Patrice, Colella, Stefano, Vellozo, Augusto, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Gabaldon, Toni, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)

Subjects
transcriptomics, Buchnera, system biology, Acyrthosiphon pisum, microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract

International audience; « ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.Patrice Baa-Puyoulet1, Augusto F. Vellozo2,3, Jaime Huerta-Cepas4, Gérard Febvay1, Federica Calevro1, Toni Gabaldon4, Marie-France Sagot2,3, Hubert Charles1,3 et Stefano Colella1,*.1 UMR203 BF2I, Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, INRA, INSA-Lyon, Université de Lyon, Villeurbanne, France; 2 Université Lyon 1, CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne, France; 3 BAMBOO, INRIA Rhône-Alpes, France; 4 Center for Genomic Regulation, Barcelona, Spain ; * contact : Stefano.Colella@lyon.inra.frAprès la publication de plusieurs génomes d’arthropodes, de nombreuses autres espèces vont être séquencées dans un futur proche, en particulier à travers l’initiative i5ki. La disponibilité de ces multiples séquences ouvre la voie à des études comparatives entre espèces afin de mieux comprendre les différents aspects de la biologie des arthropodes. Ces études nécessitent l’intégration des données génomiques et fonctionnelles en évolution constante : les séquences génomiques et l’annotation fonctionnelle des protéines devant être collectées de sources et méthodes variées et mises à jour régulièrement.Durant l’annotation du génome du puceron du pois (Acyrthosiphon pisum) nous avons développé CycADSii (Cyc Annotation Database System), un système de gestion d’annotations automatisé permettant l’intégration des informations qui sont utilisées pour la reconstruction des réseaux métaboliques. Les données issues de Genbank et/ou de bases de données génomiques spécifiques, ainsi que les annotations fonctionnelles obtenues par les méthodes KAAS-KEGG, PRIAM, Blast2GO, PhylomeDB et MetaPhOrs, sont collectées dans CycADS. Ces annotations sont ensuite extraites, avec possibilité d’appliquer différents filtres de qualité, pour produire les fichiers d’entrée de PathwayTools, un logiciel qui génère et/ou met à jour des bases de données métaboliques de type BioCyc. Nous avons utilisé CycADS pour créer ArthropodaCyciii, une collection de bases de données métaboliques qui, à ce jour, contient 22 arthropodes: [Arachnida] Ixodes scapularis ; [Coleoptera] Tribolium castaneum ; [Crustacea] Daphnia pulex ; [Diptera] Aedes aegypti, Anopheles gambiae, Culex quinquefasciatus, Drosophila melanogaster, Glossina morsitans ; [Hemiptera] Acyrthosiphon pisum, Rhodnius prolixus ; [Hymenoptera] Apis mellifera, Nasonia vitripennis, Atta cephalotes, Acromyrmex echinatior, Camponotus floridanus, Harpegnathos saltator, Linepithema humile, Pogonomyrmex barbatus, Solenopsis invicta, [Lepidoptera] Danaus plexippus, Heliconius melpomene ; [Phthiraptera] Pediculus humanus. Dans ces bases, nous avons ajouté de nombreux liens externes vers les données génomiques de chaque organisme (AphidBase, BeetleBase, VectorBase, Hymenoptera Genome, FlyBase, wFleaBase, MonarchBase, ButterflyGenome) et d’annotation fonctionnelle (Brenda-Enzyme, Gene Ontology, KEGG Orthology et PhylomeDB). Notre collection de bases métaboliques permet alors de réaliser des analyses comparatives en utilisant les fonctionnalités web interactives d’ArthropodaCyc.Dans le futur, nous prévoyons d’ajouter l’annotation métabolique d’autres génomes en cours de séquençage et d’implémenter des passerelles vers des outils d’analyses de réseaux (tels que MetExplore). Nous sommes aussi ouverts à des collaborations sur des projets de séquençage d’arthropodes en cours, pour participer à la première annotation fonctionnelle des protéines et réaliser la reconstruction de leur métabolisme.i http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K ii http://www4.inra.fr/cycads/iii http://arthropodacyc.cycadsys.org/

Published
2013

6. The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Author

Patrice Baa-Puyoulet, Vellozo, Augusto F., Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert CHARLES, Stefano Colella, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Université de Lyon, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)

Subjects
gene annotation, transcriptomics, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Buchnera, system biology, Acyrthosiphon pisum, metabolic pathways, arthropods, microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], metabolism, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

5-COM (communications sans actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès; National audience

Published
2012

7. 'ArthropodaCyc': a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Author

Patrice Baa-Puyoulet, Vellozo, Augusto F., Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Gabaldon, T., Marie-France Sagot, Hubert CHARLES, Stefano Colella, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Kansas State University. Center for Genomi c Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., Center for Genomic Regulation (CRG-UPF), CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

5-COM (communications sans actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès; International audience

Published
2011

8. Using the 'CycADS' annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards 'ArthropodsCyc'

Author

Baa-Puyoulet, Patrice, Vellozo, Augusto, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Gabaldon, Toni, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology
Abstract

National audience

Published
2011

10. A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources

Author

Legeai, Fabrice, Colella, Stefano, Huerta-Cepas, Jaime, Gauthier, Jean-Pierre, Vellozo, Augusto, Bâa-Puyoulet, Patrice, Sagot, Marie-France, Gabaldon, Toni, Collin, Olivier, Charles, Hubert, Tagu, Denis, Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona], An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Epidémiologie et de santé publique, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Cold Spring Harbor Laboratory. New York, USA., Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes

Subjects
puceron du pois, base de données de séquences, phylogénomique, séquence génomique, [SDV]Life Sciences [q-bio], annotation génomique, acyrthosiphon pisum, meta-analyse du transcriptome
Abstract

5-COM (communications sans actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès5-COM (communications sans actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès; The CycADS pipeline has proven to be useful in the generation of the AcypiCyc database and we plan to use the same metabolism genes annotation strategy for other arthropods sequenced genomes.

Published
2010

11. Using the 'CycADS' annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards 'ArthropodsCyc'

Author

Vellozo, Augusto, Baa-Puyoulet, Patrice, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Rahbé, Yvan, Gabaldon, Toni, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Kansas State University. Center for Genomics Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 5-COM (communications avec actes) 6. Congrès 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 5-COM (communications avec actes) 6. Congrès; International audience

Published
2010

12. Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Author

Richards, Stephen, Gibbs, Richard A., Gerardo, Nicole M., Moran, Nancy, Nakabachi, Atsushi, Stern, David, Tagu, Denis, Wilson, Alex C. C., Muzny, Donna, Kovar, Christie, Cree, Andy, Chacko, Joseph, Chandrabose, Mimi N., Dao, Marvin Diep, Dinh, Huyen H., Gabisi, Ramatu Ayiesha, Hines, Sandra, Hume, Jennifer, Jhangian, Shalini N., Joshi, Vandita, Lewis, Lora R., Liu, Yih-shin, Lopez, John, Morgan, Margaret B., Nguyen, Ngoc Bich, Okwuonu, Geoffrey O., Ruiz, San Juana, Santibanez, Jireh, Wright, Rita A., Fowler, Gerald R., Hitchens, Matthew E., Lozado, Ryan J., Moen, Charles, Steffen, David, Warren, James T., Zhang, Jingkun, Nazareth, Lynne V., Chavez, Dean, Davis, Clay, Lee, Sandra L., Patel, Bella Mayurkumar, Pu, Ling-Ling, Bell, Stephanie N., Johnson, Angela Jolivet, Vattathil, Selina, Williams, Rex L., Jr., Shigenobu, Shuji, Dang, Phat M., Morioka, Mizue, Fukatsu, Takema, Kudo, Toshiaki, Miyagishima, Shin-ya, Jiang, Huaiyang, Worley, Kim C., Legeai, Fabrice, Gauthier, Jean-Pierre, Collin, Olivier, Zhang, Lan, Chen, Hsiu-Chuan, Ermolaeva, Olga, Hlavina, Wratko, Kapustin, Yuri, Kiryutin, Boris, Kitts, Paul, Maglott, Donna, Murphy, Terence, Pruitt, Kim, Sapojnikov, Victor, Souvorov, Alexandre, Thibaud-Nissen, Francoise, Camara, Francisco, Guigo, Roderic, Stanke, Mario, Solovyev, Victor, Kosarev, Peter, Gilbert, Don, Gabaldon, Toni, Huerta-Cepas, Jaime, Marcet-Houben, Marina, Pignatelli, Miguel, Moya, Andres, Rispe, Claude, Ollivier, Morgane, Quesneville, Hadi, Permal, Emmanuelle, Llorens, Carlos, Futami, Ricardo, Hedges, Dale, Robertson, Hugh M., Alioto, Tyler, Mariotti, Marco, Nikoh, Naruo, McCutcheon, John P., Burke, Gaelen, Kamins, Alexandra, Latorre, Amparo, Moran, Nancy A., Ashton, Peter, Calevro, Federica, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Douglas, Angela, Jander, Georg, Jones, Derek H., Febvay, Gerard, Kamphuis, Lars G., Kushlan, Philip F., Macdonald, Sandy, Ramsey, John, Schwartz, Julia, Seah, Stuart, Thomas, Gavin, Vellozo, Augusto, Cass, Bodil, Degnan, Patrick, Hurwitz, Bonnie, Leonardo, Teresa, Koga, Ryuichi, Altincicek, Boran, Anselme, Caroline, Atamian, Hagop, Barribeau, Seth M., de Vos, Martin, Duncan, Elizabeth J., Evans, Jay, Ghanim, Murad, Heddi, Abdelaziz, Kaloshian, Isgouhi, Vincent-Monegat, Carole, Parker, Ben J., Perez-Brocal, Vicente, Rahbe, Yvan, Spragg, Chelsea J., Tamames, Javier, Tamarit, Daniel, Tamborindeguy, Cecilia, Vilcinskas, Andreas, Bickel, Ryan D., Brisson, Jennifer A., Butts, Thomas, Chang, Chun-che, Christiaens, Olivier, Davis, Gregory K., Duncan, Elizabeth, Ferrier, David, Iga, Masatoshi, Janssen, Ralf, Lu, Hsiao-Ling, McGregor, Alistair, Miura, Toru, Smagghe, Guy, Smith, James, van der Zee, Maurijn, Velarde, Rodrigo, Wilson, Megan, Dearden, Peter, Edwards, Owain R., Gordon, Karl, Hilgarth, Roland S., Rider, Stanley Dean, Jr., Srinivasan, Dayalan, Walsh, Thomas K., Ishikawa, Asano, Jaubert-Possamai, Stephanie, Fenton, Brian, Huang, Wenting, Rizk, Guillaume, Lavenier, Dominique, Nicolas, Jacques, Smadja, Carole, Zhou, Jing-Jiang, Vieira, Filipe G., He, Xiao-Li, Liu, Renhu, Rozas, Julio, Field, Linda M., Ashton, Peter D., Campbell, Peter, Carolan, James C., Douglas, Angela E., Fitzroy, Carol I. J., Reardon, Karen T., Reeck, Gerald R., Singh, Karam, Wilkinson, Thomas L., Huybrechts, Jurgen, Abdel-latief, Mohatmed, Robichon, Alain, Veenstra, Jan A., Hauser, Frank, Cazzamali, Giuseppe, Schneider, Martina, Williamson, Michael, Stafflinger, Elisabeth, Hansen, Karina K., Grimmelikhuijzen, Cornelis J. P., Price, Daniel R. G., Caillaud, Marina, van Fleet, Eric, Ren, Qinghu, Gatehouse, John A., Brault, Veronique, Monsion, Baptiste, Diaz, Jason, Hunnicutt, Laura, Ju, Ho-Jong, Pechuan, Ximo, Aguilar, Jose, Cortes, Teresa, Ortiz-Rivas, Benjamin, Martinez-Torres, David, Dombrovsky, Aviv, Dale, Richard P., Davies, T. G. Emyr, Williamson, Martin S., Jones, Andrew, Sattelle, David, Williamson, Sally, Wolstenholme, Adrian, Cottret, Ludovic, Sagot, Marie France, Heckel, David G., Hunter, Wayne, Richards, Stephen, Gibbs, Richard A., Gerardo, Nicole M., Moran, Nancy, Nakabachi, Atsushi, Stern, David, Tagu, Denis, Wilson, Alex C. C., Muzny, Donna, Kovar, Christie, Cree, Andy, Chacko, Joseph, Chandrabose, Mimi N., Dao, Marvin Diep, Dinh, Huyen H., Gabisi, Ramatu Ayiesha, Hines, Sandra, Hume, Jennifer, Jhangian, Shalini N., Joshi, Vandita, Lewis, Lora R., Liu, Yih-shin, Lopez, John, Morgan, Margaret B., Nguyen, Ngoc Bich, Okwuonu, Geoffrey O., Ruiz, San Juana, Santibanez, Jireh, Wright, Rita A., Fowler, Gerald R., Hitchens, Matthew E., Lozado, Ryan J., Moen, Charles, Steffen, David, Warren, James T., Zhang, Jingkun, Nazareth, Lynne V., Chavez, Dean, Davis, Clay, Lee, Sandra L., Patel, Bella Mayurkumar, Pu, Ling-Ling, Bell, Stephanie N., Johnson, Angela Jolivet, Vattathil, Selina, Williams, Rex L., Jr., Shigenobu, Shuji, Dang, Phat M., Morioka, Mizue, Fukatsu, Takema, Kudo, Toshiaki, Miyagishima, Shin-ya, Jiang, Huaiyang, Worley, Kim C., Legeai, Fabrice, Gauthier, Jean-Pierre, Collin, Olivier, Zhang, Lan, Chen, Hsiu-Chuan, Ermolaeva, Olga, Hlavina, Wratko, Kapustin, Yuri, Kiryutin, Boris, Kitts, Paul, Maglott, Donna, Murphy, Terence, Pruitt, Kim, Sapojnikov, Victor, Souvorov, Alexandre, Thibaud-Nissen, Francoise, Camara, Francisco, Guigo, Roderic, Stanke, Mario, Solovyev, Victor, Kosarev, Peter, Gilbert, Don, Gabaldon, Toni, Huerta-Cepas, Jaime, Marcet-Houben, Marina, Pignatelli, Miguel, Moya, Andres, Rispe, Claude, Ollivier, Morgane, Quesneville, Hadi, Permal, Emmanuelle, Llorens, Carlos, Futami, Ricardo, Hedges, Dale, Robertson, Hugh M., Alioto, Tyler, Mariotti, Marco, Nikoh, Naruo, McCutcheon, John P., Burke, Gaelen, Kamins, Alexandra, Latorre, Amparo, Moran, Nancy A., Ashton, Peter, Calevro, Federica, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Douglas, Angela, Jander, Georg, Jones, Derek H., Febvay, Gerard, Kamphuis, Lars G., Kushlan, Philip F., Macdonald, Sandy, Ramsey, John, Schwartz, Julia, Seah, Stuart, Thomas, Gavin, Vellozo, Augusto, Cass, Bodil, Degnan, Patrick, Hurwitz, Bonnie, Leonardo, Teresa, Koga, Ryuichi, Altincicek, Boran, Anselme, Caroline, Atamian, Hagop, Barribeau, Seth M., de Vos, Martin, Duncan, Elizabeth J., Evans, Jay, Ghanim, Murad, Heddi, Abdelaziz, Kaloshian, Isgouhi, Vincent-Monegat, Carole, Parker, Ben J., Perez-Brocal, Vicente, Rahbe, Yvan, Spragg, Chelsea J., Tamames, Javier, Tamarit, Daniel, Tamborindeguy, Cecilia, Vilcinskas, Andreas, Bickel, Ryan D., Brisson, Jennifer A., Butts, Thomas, Chang, Chun-che, Christiaens, Olivier, Davis, Gregory K., Duncan, Elizabeth, Ferrier, David, Iga, Masatoshi, Janssen, Ralf, Lu, Hsiao-Ling, McGregor, Alistair, Miura, Toru, Smagghe, Guy, Smith, James, van der Zee, Maurijn, Velarde, Rodrigo, Wilson, Megan, Dearden, Peter, Edwards, Owain R., Gordon, Karl, Hilgarth, Roland S., Rider, Stanley Dean, Jr., Srinivasan, Dayalan, Walsh, Thomas K., Ishikawa, Asano, Jaubert-Possamai, Stephanie, Fenton, Brian, Huang, Wenting, Rizk, Guillaume, Lavenier, Dominique, Nicolas, Jacques, Smadja, Carole, Zhou, Jing-Jiang, Vieira, Filipe G., He, Xiao-Li, Liu, Renhu, Rozas, Julio, Field, Linda M., Ashton, Peter D., Campbell, Peter, Carolan, James C., Douglas, Angela E., Fitzroy, Carol I. J., Reardon, Karen T., Reeck, Gerald R., Singh, Karam, Wilkinson, Thomas L., Huybrechts, Jurgen, Abdel-latief, Mohatmed, Robichon, Alain, Veenstra, Jan A., Hauser, Frank, Cazzamali, Giuseppe, Schneider, Martina, Williamson, Michael, Stafflinger, Elisabeth, Hansen, Karina K., Grimmelikhuijzen, Cornelis J. P., Price, Daniel R. G., Caillaud, Marina, van Fleet, Eric, Ren, Qinghu, Gatehouse, John A., Brault, Veronique, Monsion, Baptiste, Diaz, Jason, Hunnicutt, Laura, Ju, Ho-Jong, Pechuan, Ximo, Aguilar, Jose, Cortes, Teresa, Ortiz-Rivas, Benjamin, Martinez-Torres, David, Dombrovsky, Aviv, Dale, Richard P., Davies, T. G. Emyr, Williamson, Martin S., Jones, Andrew, Sattelle, David, Williamson, Sally, Wolstenholme, Adrian, Cottret, Ludovic, Sagot, Marie France, Heckel, David G., and Hunter, Wayne

Abstract

Aphids are important agricultural pests and also biological models for studies of insect-plant interactions, symbiosis, virus vectoring, and the developmental causes of extreme phenotypic plasticity. Here we present the 464 Mb draft genome assembly of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. This first published whole genome sequence of a basal hemimetabolous insect provides an outgroup to the multiple published genomes of holometabolous insects. Pea aphids are host-plant specialists, they can reproduce both sexually and asexually, and they have coevolved with an obligate bacterial symbiont. Here we highlight findings from whole genome analysis that may be related to these unusual biological features. These findings include discovery of extensive gene duplication in more than 2000 gene families as well as loss of evolutionarily conserved genes. Gene family expansions relative to other published genomes include genes involved in chromatin modification, miRNA synthesis, and sugar transport. Gene losses include genes central to the IMD immune pathway, selenoprotein utilization, purine salvage, and the entire urea cycle. The pea aphid genome reveals that only a limited number of genes have been acquired from bacteria; thus the reduced gene count of Buchnera does not reflect gene transfer to the host genome. The inventory of metabolic genes in the pea aphid genome suggests that there is extensive metabolite exchange between the aphid and Buchnera, including sharing of amino acid biosynthesis between the aphid and Buchnera. The pea aphid genome provides a foundation for post-genomic studies of fundamental biological questions and applied agricultural problems.

Published
2010
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15. Alignment with Non-overlapping Inversions in O(n3)-Time.

Author

Bücher, Philipp, Moret, Bernard M. E., Vellozo, Augusto F., Alves, Carlos E. R., and Lago, Alair Pereira do

Abstract

Alignments of sequences are widely used for biological sequence comparisons. Only biological events like mutations, insertions and deletions are usually modeled and other biological events like inversions are not automatically detected by the usual alignment algorithms. Alignment with inversions does not have a known polynomial algorithm and a simplification to the problem that considers only non-overlapping inversions were proposed by Schöniger and Waterman [20] in 1992 as well as a corresponding O(n6) solutionIn this case, n denotes the maximal length of the two aligned sequences.. An improvement to an algorithm with O(n3 logn)-time complexity was announced in an extended abstract [1] and, in this present paper, we give an algorithm that solves this simplified problem in O(n3)-time and O(n2)-space in the more general framework of an edit graph. Inversions have recently [4,7,13,17] been discovered to be very important in Comparative Genomics and Scherer et al. in 2005 [11] experimentally verified inversions that were found to be polymorphic in the human genome. Moreover, 10% of the 1,576 putative inversions reported overlap RefSeq genes in the human genome. We believe our new algorithms may open the possibility to more detailed studies of inversions on DNA sequences using exact optimization algorithms and we hope this may be particularly interesting if applied to regions around known rearrangements boundaries. Scherer report 29 such cases and prioritize them as candidates for biological and evolutionary studies. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2006
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17. CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Author

Vellozo, Augusto F., Véron, Amélie S., Baa-Puyoulet, Patrice, Huerta-Cepas, Jaime, Cottret, Ludovic, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Rahbé, Yvan, Douglas, Angela E., Gabaldón, Toni, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, and Colella, Stefano

Abstract

In recent years, genomes from an increasing number of organisms have been sequenced, but their annotation remains a time-consuming process. The BioCyc databases offer a framework for the integrated analysis of metabolic networks. The Pathway tool software suite allows the automated construction of a database starting from an annotated genome, but it requires prior integration of all annotations into a specific summary file or into a GenBank file. To allow the easy creation and update of a BioCyc database starting from the multiple genome annotation resources available over time, we have developed an ad hoc data management system that we called Cyc Annotation Database System (CycADS). CycADS is centred on a specific database model and on a set of Java programs to import, filter and export relevant information. Data from GenBank and other annotation sources (including for example: KAAS, PRIAM, Blast2GO and PhylomeDB) are collected into a database to be subsequently filtered and extracted to generate a complete annotation file. This file is then used to build an enriched BioCyc database using the PathoLogic program of Pathway Tools. The CycADS pipeline for annotation management was used to build the AcypiCyc database for the pea aphid (Acyrthosiphon pisum) whose genome was recently sequenced. The AcypiCyc database webpage includes also, for comparative analyses, two other metabolic reconstruction BioCyc databases generated using CycADS: TricaCyc for Tribolium castaneum and DromeCyc for Drosophila melanogaster. Linked to its flexible design, CycADS offers a powerful software tool for the generation and regular updating of enriched BioCyc databases. The CycADS system is particularly suited for metabolic gene annotation and network reconstruction in newly sequenced genomes. Because of the uniform annotation used for metabolic network reconstruction, CycADS is particularly useful for comparative analysis of the metabolism of different organisms.Database URL: http://www.cycadsys.org [ABSTRACT FROM PUBLISHER]

Published
2011

18. CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Author

Vellozo AF, Véron AS, Baa-Puyoulet P, Huerta-Cepas J, Cottret L, Febvay G, Calevro F, Rahbé Y, Douglas AE, Gabaldón T, Sagot MF, Charles H, and Colella S

Subjects
Algorithms, Animals, Genomics methods, Humans, Internet, Molecular Sequence Annotation methods, Software, Databases, Genetic, Genomics statistics & numerical data, Metabolic Networks and Pathways, Molecular Sequence Annotation statistics & numerical data
Abstract

In recent years, genomes from an increasing number of organisms have been sequenced, but their annotation remains a time-consuming process. The BioCyc databases offer a framework for the integrated analysis of metabolic networks. The Pathway tool software suite allows the automated construction of a database starting from an annotated genome, but it requires prior integration of all annotations into a specific summary file or into a GenBank file. To allow the easy creation and update of a BioCyc database starting from the multiple genome annotation resources available over time, we have developed an ad hoc data management system that we called Cyc Annotation Database System (CycADS). CycADS is centred on a specific database model and on a set of Java programs to import, filter and export relevant information. Data from GenBank and other annotation sources (including for example: KAAS, PRIAM, Blast2GO and PhylomeDB) are collected into a database to be subsequently filtered and extracted to generate a complete annotation file. This file is then used to build an enriched BioCyc database using the PathoLogic program of Pathway Tools. The CycADS pipeline for annotation management was used to build the AcypiCyc database for the pea aphid (Acyrthosiphon pisum) whose genome was recently sequenced. The AcypiCyc database webpage includes also, for comparative analyses, two other metabolic reconstruction BioCyc databases generated using CycADS: TricaCyc for Tribolium castaneum and DromeCyc for Drosophila melanogaster. Linked to its flexible design, CycADS offers a powerful software tool for the generation and regular updating of enriched BioCyc databases. The CycADS system is particularly suited for metabolic gene annotation and network reconstruction in newly sequenced genomes. Because of the uniform annotation used for metabolic network reconstruction, CycADS is particularly useful for comparative analysis of the metabolism of different organisms. Database URL: http://www.cycadsys.org.

Published
2011
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