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La caries es considerada todavía una de las enfermedades más prevalentes del mundo. Por este motivo, diversas estrategias de prevención se han desarrollado en los últimos años con el propósito de controlar esta enfermedad. Diferentes especies bacterianas de la microbiota normal de la cavidad oral producen sustancias antagónicas antibacterianas. Objetivo: El objetivo de este trabajo fue identificar alguna especie del género Lactobacillus productor de sustancias antagónicas contra Streptococcus mutans a partir de saliva de niños con y sin caries. Materiales y métodos: Se aislaron desde saliva de 60 niños con caries, sin caries activa (rehabilitados) y libres de caries, diferentes cepas de Lactobacillus a las cuales se les estudió su capacidad antagónica contra cepas de Streptococcus mutans , mediante ensayos en doble capa, test del pocillo y sobre crecimiento bacteriano. Resultados: Las cepas que elaboran sustancias con mayor capacidad antagónica fueron identificadas como Lactobacillus fermentum mediante Api test 50 CH. Conclusión: Se demostró que Lactobacillus fermentum está presente en mayor porcentaje en el grupo de niños sin caries, lo cual podría sugerir un efecto natural de control biológico en la cavidad oral de este grupo de niños.