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Chez les Mammifères, la différenciation sexuelle résulte d’une cascade complexe dont le premier acteur est le gène SRY, porté par le chromosome Y, qui masculinise la gonade indifférenciée. Cependant, certains individus, en l’absence de SRY, présentent un développement testiculaire et une réversion du sexe. Chez la chèvre, par exemple, la réversion du sexe d’individus XX en l’absence du gène SRY ou d’autres séquences du chromosome Y est étroitement liée à l’absence de corne (mutation motte) puisqu’aucun recombinant n’a jamais été observé. Ce syndrome, nommé PIS pour Polled Intersex Syndrome, est causé par des mutations dans un ou deux gènes autosomiques que nous avons localisés dans un premier temps à proximité de deux marqueurs microsatellites d’origine bovine sur le chromosome 1 caprin. Les cartes génétique, cytogénétique et physique de la région ont ensuite été construites à l’aide, d’une part, de banques d’ADN issues de chromosome 1 trié, des bandes 1q42, 1q43 et 1q44 microdisséquées et de grands fragments (BAC) et, d’autre part, de la cartographie comparée avec les gènes ou EST (expressed sequence tags) localisés dans la région humaine homologue. Ces différentes approches ont permis de localiser le gène PIS au sein d’un contig de 1,5 Mb, dans une région de 100 kb autour d’un marqueur microsatellite.

One of challenges of the French dairy goat sector is to develop, promote and support the development of sustainable farming systems. French dairy goat farms are strong users of grass, used mainly in hay, butthe feeding self-sufficiency of these farms remains relatively low (on average 61%). Greater use of herb is a technical solution to respond this societal demand, reduce feeding costs and the environmental footprint. On the 2015-2020 period, a strong mobilization of Research and Development stakeholders in the PSDR4 Flèche to understand the grass use place and level in dairy goat farming systems, to determine its technical and sociological pros and obstacles, and to provide scientific and technicalknowledge. This project has made it possible to acquire new knowledge on the use of multi-species grasslands by dairy goats, their use level and the nutritional qualities of milks and cheeses. Associatedwith agricultural education, the agroecological transition of goat farms can take place to make them more sustainable, more competitive and more resilient to hazards, especially in a context of climate change; Un des enjeux de la filière caprine française est de mettre au point, promouvoir et accompagner le développement de systèmes de production plus durables. Cependant, malgré une forte utilisation del’herbe, principalement sous forme de foin, l’autonomie alimentaire des exploitations caprines françaises techniques pour répondre aux exigences sociétales en matière d’élevage, mais également pour réduirele coût alimentaire et l’empreinte environnementale. Sur la période 2015-2020, les acteurs de la recherche, du développement et de la formation se sont mobilisés dans le projet PSDR4 Flèche pourcomprendre la place et le niveau de valorisation de l’herbe dans les systèmes caprins, d’en déterminer les avantages et les freins techniques et sociologiques, et d’apporter des références scientifiques ettechniques sur son utilisation. Ce projet a ainsi permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur l’utilisation des prairies multi-espèces par les chèvres, leur niveau de valorisation et les qualitésnutritionnelles des laits et des fromages des systèmes herbagers. Associé à l’enseignement agricole, la transition agro-écologique des élevages caprins peut s’opérer pour les rendre plus durables, compétitifset résilients aux aléas, tout particulièrement dans un contexte de changement climatique.

International audience; In France, dairy sheep and goats have developed efficient breeding schemes, whose annual genetic gain ranges from 0.10 to 0.27 genetic standard deviation of the total merit index, according to the breeds. From 2015 to 2020, the 5 dairy sheep breeds and 2 main dairy goat breeds have shifted to full genomic programs, based on reference population constituted of AI progeny-tested males. Currently, the breeding goals are similar for almost all the selected breeds and may be per se qualified as balanced, since they include efficiency criteria (milk yield and content), resilience criteria (udder health, resistance to scrapie), and adaptation to mechanic milking in order to mitigate the workload of the farmer in the milking parlour (udder morphology). There are increasing expectations for improving sustainability, robustness and resilience while still increasing efficiency. These new objectives are emphasized by the different stakeholders: the farmers, the industry, but also the consumers, the citizens. Opportunities occur to cope with these requests: a larger efficiency of selection offered by genomic programs allowing to consider new traits to select, new technologies and methods to limit the phenotyping costs (eg. use of MIR spectra), awareness and consent of all stakeholders to bring new challenges at the agenda (climate change, growing resistance to antibiotics or anthelmintics). Various recent or on-going projects (eg. iSAGE, RUSTIC, ARDI, SMARTER) are addressing the topics of adaptation, sustainability, resilience in small ruminants. Through the French dairy sheep and goat illustration, we propose to explore the following ways, that are the core objectives of the on-going SMARTER project: breeding for new efficiency and resilience traits in a context of more agro-ecological systems and pursuit of self-sufficiency in the feeding systems; benefiting from international harmonization and cooperation; tackling the genotype x environment interactions; sharing the ideas and solutions across the wider range of stakeholders.; En France, les brebis et chèvres laitières bénéficient de schémas de sélection efficaces, dont le pro-grès génétique annuel varie, selon la race, entre 0.10 et 0.27 écart-type génétique. De 2015 à 2020, les 5 racesovines laitières et les 2 races caprines en sélection ont basculé vers des schémas de sélection génomiques,basés sur des populations de référence constituées de mâles d’IA testés sur descendance. Actuellement, lesobjectifs de sélection, assez similaires d’une race à l’autre, peuvent être qualifiés d’équilibrés, car ils incluentdes critères de production et d’efficience (quantité et richesse du lait), des critères de résilience (santé de lamamelle, résistance à la tremblante) et d’adaptation à la traite mécanique (morphologie de la mamelle). Desattentes, soutenues par l’ensemble des acteurs des filières, sont fortes pour améliorer la durabilité, la robus-tesse, la résilience tout en améliorant l’efficience des animaux. Des opportunités existent pour traiter ces de-mandes : plus grande efficacité de la sélection offerte par la génomique, nouvelles technologies ou méthodes,prise de conscience et consentement des acteurs pour mettre en avant ces nouveaux challenges (changementclimatique, résistance aux antibiotiques et aux anthelminthiques). Plusieurs projets, récents ou en cours (ex.iSAGE, RUSTIC, ARDI, SMARTER), abordent les questions d’adaptation, de durabilité et de résilience en pe-tits ruminants. Au travers de l’exemple des chèvres et brebis laitières françaises, nous proposons de balise les thèmes suivants, qui sont au cœur du projet SMARTER: la sélection de nouveaux caractères d’efficienceet de résilience dans une contexte d’intérêt croissant pour des systèmes plus agro-écologiques, recherchantplus d’autonomie alimentaire; l’intérêt de l’harmonisation et de la coopération internationale; les interactionsgénotypes x milieu ; la partage des idées et des solutions par un large réseau d’acteurs et d’utilisateurs de lagénétique et de la production de petits ruminant

Heat and water stress are rampant challenges in animal production as a result of climate change. Sixteen lactating goats of the Alpine and Saanen breeds were subjected to water restriction for 16 h on two consecutive days followed by rehydration, along with naturally rising temperature that culminated by the end of an experimental period of one week. Data were collected from the animals on four separate days representing their status under control conditions when temperature was still within their comfort zone, on the second day of the water restriction treatment, 24 h after rehydration and finally on the day when ambient temperature was above the normal average. Animals showed an increase in rectal temperature with time as ambient temperature increased. The heat stress was reflected by the decrease in pCO2 and HCO3 concentrations consistent with the onset of panting, while milk production was maintained but the concentration of major milk components decreased. Water stress, on the other hand, led to hemoconcentration with increased osmolality, Na+, urea, glucose and albumin concentrations and an increase in milk lactose. The changes in blood parameters were reversed 24 h after rehydration but were slightly lower than normal, indicating the need for more than 24 h to re-adjust water balance in these lactating animals. Finally, the latency between first feeding and the following drinking event after return from milking showed that the shortest latency was under the water restriction treatment indicating thirst, in addition, a trend for shorter latency before drinking over the experimental period was observed in response to the rise in temperature. This experiment showed the capacity of these highly productive breeds to withstand mild water and heat stress. However, subtle changes in physiology and milk composition warrant further research into their effect on milk quality and animal welfare.

International audience; Through participatory work and by mobilizing breeders, advisors and scientists, the objective of the CASDAR CAPHerb project was to support breeders in the agroecology transition of their food systems, towards more use of grass with better quality. To do this, the project responded to recurrent technical questions around the ingestion and fiber content of grass, and the obstacles, motivations and know-how linked to the production and use of grass. Tests showed that the milk production of goats is only reduced for limited access times to pasture (less than 6 hours). Recommendations were provided to breeders and technicians, in order to better control diets based on ventilated hay, wrapping or semi-complete mixed rations. Finally, 130 surveys highlighted the obstacles and motivations for the use of grass, as well as the needs (tools, training, communication materials) of breeders and advisers to initiate the change towards more grass.; Par un travail participatif et en mobilisant éleveurs, techniciens et chercheurs, l’objectif du projet CASDAR CAPHerb est d’accompagner les éleveurs dans la transition agroécologique de leurs systèmes alimentaires, vers une plus forte valorisation d’herbe de meilleure qualité. Pour cela, ce projet répondra à des interrogations techniques récurrentes autour de l’ingestion et de la fibrosité de l’herbe, et des freins, motivations et savoir-faire liés à la production et l’utilisation de l’herbe. Des essais ont permis de montrer que la production laitière des chèvres n’est réduite que pour des temps d’accès au pâturage inférieurs à 6h. Des préconisations ont été fournies aux éleveurs et techniciens, afin de maîtriser au mieux des rations à base de foin ventilé, d’enrubannage ou les rations mélangées semi-complètes. Enfin, 130 enquêtes ont permis de mettre en avant les freins et motivations à l’utilisation de l’herbe, ainsi que les besoins (outils, formations, supports de communication) des éleveurs et conseillers pour engager le changement vers plus d’herbe.

Lactation provides essential nutrients and immune cells to the newborn. It also results in the passage of xenobiotics, such as drugs or environmental pollutants, into the milk. Although the passage of xenobiotics in milk is known, both in human medicine (monitoring of nursing mothers) and in veterinary medicine (study of residues and withdrawal time), this complex phenomenon is poorly studied. The work of the thesis focused on a comparative kinetic study of antibiotics in milk of three production animal species (cow, goat, ewe). Four antibiotics (spiramycin, oxytetracycline, marbofloxacin and amoxicillin) were selected because of their distinct physicochemical characteristics and pharmacokinetic properties, thus representing a panel of different kinetic profiles in milk. The objective of the thesis was to study the passage of these different molecules in the milk of three animal species. To achieve this objective, the thesis was carried out in three main steps:(i) Generation of new experimental data. For this purpose, each antibiotic was administered intramuscularly to the three species and individual blood and milk samples were taken for several days after administration. (ii) The development and validation of specific analytical methods for each antibiotic and each matrix (plasma and milk), followed by the determination of the samples. The use of the global approach, based on the accuracy profile, was illustrated by taking the example of spiramycin. Using this approach, a single assay method was developed for the determination of spiramycin and its active metabolite in milk from cows, goats and ewes, thus simplifying and accelerating routine assays in all three milks. (iii) The development of a generic physiologically based pharmacokinetic (PBPK) model to describe the passage of molecules in the milk of production animals. An extensive review of the literature allowed to collect the knowledge on the physiology of the three animal species, the secretion and composition of milk as well as the physicochemical and pharmacokinetic data of the four molecules, necessary for the construction of the model. In vitro experiments on the diffusion of the molecules through a physiological membrane were carried out in collaboration with the University of Utrecht in order to provide information on the membrane permeability parameters. Finally, the PBPK model was applied to the kinetics of oxytetracycline in cow and goat milk and explored the distribution of the antibiotic in the mammary gland and milk, its ionization state as well as its binding to tissue and milk components and its partitioning between the fat and the water phase of the milk. Non-compartmental analyses were performed on the other three antibiotics, allowing comparison of their excretion in milk of the three species, according to their lipophilicity, their ionization and their plasma pharmacokinetic characteristics.Thus, beyond the evaluation of the passage of these four antibiotics in milk, this project aims, thanks to the generic PBPK model, to help predict the pharmacokinetic of xenobiotics in the milk of animals and even lactating women., La lactation permet l’apport de nutriments et de cellules immunitaires essentielles au nouveau-né. Elle entraîne également le passage de xénobiotiques, tels que des médicaments ou des polluants de l’environnement, dans le lait. Bien que le passage des xénobiotiques dans le lait soit connu, aussi bien en médecine humaine (monitoring des femmes allaitantes) qu’en médecine vétérinaire (étude des résidus et du temps d’attente), ce phénomène complexe est peu étudié. Les travaux de la thèse se sont focalisés sur une étude cinétique comparative d’antibiotiques dans le lait de trois espèces animales de production (vache, chèvre, brebis). Quatre antibiotiques (spiramycine, oxytétracycline, marbofloxacine et amoxicilline) ont été sélectionnés en raison de leurs caractéristiques physico-chimiques et propriétés pharmacocinétiques distinctes, représentant ainsi un panel de différents profils cinétiques dans le lait. L’objectif de la thèse était d’étudier le passage de ces différentes molécules dans le lait de trois espèces animales. Pour répondre à cet objectif, la thèse s’est déroulée en trois grandes étapes :(i) La génération de nouvelles données expérimentales. Pour cela, chaque antibiotique a été administré par voie intramusculaire aux trois espèces et des prélèvements sanguins et laitiers individuels ont été réalisés pendant plusieurs jours suivant l’administration. (ii) Le développement et la validation de méthodes analytiques spécifiques à chaque antibiotique et chaque matrice (plasma et lait), suivi du dosage des prélèvements. L’utilisation de l’approche globale, basée sur le profil d’exactitude, a été illustrée en prenant l’exemple de la spiramycine. Grâce à cette approche, une seule et unique méthode de dosage a été développée pour le dosage de la spiramycine et de son métabolite actif dans le lait des vaches, chèvres et brebis, permettant ainsi de simplifier et d’accélérer les dosages en routine dans les trois laits. (iii) Le développement d’un modèle pharmacocinétique basé sur la physiologie (PBPK) générique pour décrire le passage de molécules dans le lait d’animaux de production. Une revue approfondie de la littérature a permis de regrouper les connaissances sur la physiologie des trois espèces animales, la sécrétion et la composition du lait ainsi que sur les données physico-chimiques et pharmacocinétiques des quatre molécules, nécessaires pour la construction du modèle. Des expérimentations in vitro sur la diffusion des molécules à travers une membrane physiologique ont été réalisées en collaboration avec l’Université d’Utrecht afin de renseigner les paramètres de perméabilité membranaire. Enfin, le modèle PBPK a été appliqué à la cinétique de l’oxytétracycline dans le lait de vache et de chèvre et a permis d’explorer la distribution de l’antibiotique dans la glande mammaire et le lait, son état d’ionisation ainsi que sa fixation aux composants du tissu et du lait et sa répartition entre la matière grasse et la phase aqueuse du lait. Des analyses non compartimentales ont été réalisées sur les trois autres antibiotiques, permettant de comparer leur excrétion dans le lait des trois espèces, en fonction de leur lipophilie, leur ionisation et leurs caractéristiques pharmacocinétiques plasmatiques.Ainsi, au-delà de l’évaluation du passage de ces quatre antibiotiques dans le lait, ce projet a pour ambition, grâce au modèle PBPK générique, d’aider à prédire la pharmacocinétique des xénobiotiques dans le lait des animaux, voire même des femmes allaitantes

À partir d’une ethnographie réalisée dans la ville de Chefchaouen (nord-ouest du Maroc), cet article rend compte de la diversité des usages de l’espace du cimetière de Sidi Abdelahmid. Si ce site est d’ordre religieux, il s’apparente égale­ment à un espace vert public en ce qu’il est le lieu de diverses pratiques et activités non funéraires, faisant presque des rituels funéraires et des visites aux défunts un usage marginal du cimetière. À la croisée entre géographie sociale des cimetières et géographie des marges, l’article interroge, entre « marge sociale » et « marge spatiale », le rapport des individus à la norme (et ses limites) quant aux formes d’occupation et modes d’appropriation au sein de cet espace de la mort. En privilégiant l’étude des éleveuses de chèvres installées quotidienne­ment dans le cimetière, l’article met l’accent sur les processus d’appropriation du cimetière, soit spatialement à la marge du cimetière ou soit socialement en marge, qui interrogent les pratiques et leurs ajustements en relation avec les normes sociales et reli­gieuses. En cela, le site de Sidi Abdelahmid est une belle illustration de la plasticité des territoires et des marges, tout autant que des dynamiques sociales et spatiales à l’œuvre dans l’espace des morts. Based on an ethnography carried out in the town of Chefchaouen (North-West Morocco), this article highlights the diversity of uses of the space in the Sidi Abdelahmid cemetery. While this site is religious in nature, it is also similar to a public green space, as it is the site of various non-funeral practices and activities, which makes funeral rituals and visits to the deceased almost a marginal use of the cemetery. At the crossroads between the social geography of cemeteries and the geography of margins, this article examines, between “social margin” and “spatial margin”, the relationship of individuals to the norm (and its limits) in terms of forms of occupation and modes of appropriation within this space of death. Focusing on the study of female goat breeders installed daily in the ceme­tery, the article emphasizes the processes of appropriation of the cemetery, either spatially at the margin of the cemetery or socially at the margin, questioning practices and their adjustments in relation to social and religious norms. In this sense, the Sidi Abdelahmid site illustrates the plasticity of territories and margins, as well as of the social and spatial dynamics at work in the space of the dead.

La filière caprine française a intégré l’ère de la génomique avec le récent développement et la valorisation d’une puce à ADN dans les années 2010-2020 pour la recherche de QTL et l’évaluation génétique. La démocratisation des données de séquençage tout génome pour les animaux de rente ouvre de nouvelles perspectives. Le projet VarGoats, a pour but de mettre à disposition d’un consortium international, un jeu de données de plus de 1000 séquences pour l’espèce Capra hircus. L’étude de la qualité d’imputation vers la séquence dans la filière caprine est un préalable nécessaire à l’utilisation de cette dernière dans les analyses d’association pour la détection de QTL ainsi que dans les évaluations génomiques. L’objectif principal de ces travaux est d’étudier l’intégration potentielle des données de séquence dans les programmes d’amélioration génétique de la filière laitière caprine française. La mise en place d’un contrôle de la qualité des données de séquence a représenté un travail majeur dans ma thèse. Il s’est appuyé sur une recherche bibliographique ainsi que sur la comparaison des génotypes 50k disponibles avec les séquences filtrées. Finalement, sur les 97 889 899 SNP et 12 304 043 indels initiaux, nous avons retenu 23 338 436 variants dont 40 491 appartenaient au set de SNP de la puce Illumina GoatSNP50 BeadChip. Une étude préalable de l’imputation depuis la puce 50k vers la séquence a ensuite été menée dans le but d’obtenir un nombre suffisant de séquences imputées de bonne qualité. Plusieurs méthodes d’imputation (imputation populationnelle ou familiale) et plusieurs logiciels ont été testés en utilisant les données de séquence disponibles (829 séquences des différences races caprines internationales). En intra-race, les taux de concordances génotypiques et alléliques ont été estimées à 0,74 et 0,86 en Saanen et 0,76 et 0,87 en Alpine respectivement. Les corrélations étaient alors de 0,26 et 0,24 en Alpine et Saanen respectivement. Les séquences imputées des mâles ont permis la confirmation de QTL précédemment observés sur les génotypes 50k ainsi que la détection de nouvelles régions d’intérêt. L’exhaustivité des données de séquence représentait une opportunité sans précédent d’approfondir une région QTL du chromosome 19 en Saanen qui est associée à la fois à des caractères de production mais aussi à des caractères de morphologie et santé de la mamelle ainsi qu’à des caractères de production de semence. Cette analyse n’a pas abouti à l’identification de mutations candidates. Néanmoins, nous avons pu proposer un moyen simple d’identifier des profils génomiques et phénotypiques particuliers en race Saanen à partir d’un génotype 50k. Cette méthode pourra s’avérer utile en terme de prédiction précoce tant en France qu’à l’international. Enfin, en réunissant l’ensemble des travaux effectués précédemment, nous avons étudié l’impact de l’intégration de données de séquence imputées sur le chromosome 19 sur la précision des évaluations en race Saanen françaises. Plusieurs modèles d’évaluations ont été mis en oeuvre et comparés : single-step GBLUP (ssGBLUP), single-step GBLUP pondéré (WssGBLUP) en utilisant différents panels de variants imputés. Les meilleurs résultats ont été obtenus en utilisant un ssGBLUP incluant les génotypages 50k et les variants imputés de la région du QTL du chromosome 19 (entre 24,72 et 28,38 Mb) avec des gains de +6,2% de précision en moyenne sur les caractères évalués. La mise à jour de la puce caprine à laquelle j’ai participé représente une perspective d’amélioration de la précision des évaluations. Elle permet d’améliorer significativement la qualité des évaluations génomiques (entre 3,1 et 6,4% en fonction du scenario considéré) tout en limitant les temps de calculs liés à l’imputation notamment. Ces travaux confortent l’intérêt de l’utilisation de données de séquence dans les programmes de sélection caprins français et ouvrent la perspective de leur intégration dans la routine des évaluations.

International audience; The lumpy skin disease (LSD) virus belongs to the genus Capripoxvirus and causes a disease in cattle with economic impacts. In November 2014, the disease was first reported in Europe (in Cyprus); it was then reported in Greece (in August 2015) and has spread through different Balkan countries since 2016. Although vector transmission is predominant in at-risk areas, long-distance transmission usually occurs through movements of infected cattle. In order to estimate the threat for France, a quantitative import risk analysis (QIRA) model was developed to assess the risk of LSD being introduced into France by imports of cattle. Based on available information and using a stochastic model, the probability of a first outbreak of LSD in France following the import of batches of infected live cattle for breeding or fattening was estimated to be 5.4 x 10(-4) (95% probability interval [PI]: 0.4 x 10(-4); 28.7 x 10(-4)) in summer months (during high vector activity) and 1.8 x 10(-4) (95% PI: 0.14 x 10(-4); 15 x 10(-4)) in winter months. The development of a stochastic QIRA made it possible to quantify the risk of LSD being introduced into France through imports of live cattle. This tool is of prime importance because the LSD situation in the Balkans is continuously changing. Indeed, this model can be updated to process new information on the changing health situation in addition to new data from the TRAde Control and Expert System (TRACES, EU database). This model is easy to adapt to different countries and to other diseases.

The exposure of adult, female, Mediterranean goats during anoestrus to males with induced sexual activity via photostimulation, induces a very high percentage of ovulations. The present work examines the ability of photostimulated bucks to improve the male effect-induced reproductive response of young does over that induced by non-stimulated bucks. A 2×2 factorial experiment was designed, consisting of doe age and buck photoperiod treatments. During seasonal anoestrus, 41 does aged 7 (n=19) or 10 (n=22) months were subjected to the male effect on 10 April; half of each group was exposed to males rendered sexually active by prior exposure to 3 months of long days (16 h of light/day) from 31 October (PHOTO bucks), and half to males maintained under the natural photoperiod (CONTROL bucks). Oestrous activity was recorded daily by direct visual observation of the marks left by male-worn marking harnesses over the 32 days following the bringing of the sexes together (introduction). Doe body weight and body condition were determined weekly. Ovulation was detected by measuring plasma progesterone concentrations twice per week over the 3 weeks after introduction. The ovulation rate was assessed by transrectal ultrasonography. Fecundity, fertility, prolificacy and productivity were also determined. The interaction doe age × buck photoperiod treatment had no effect on any outcome. The percentage of females showing ovulation or oestrus was higher in the does exposed to PHOTO bucks (85% v. 43% for those exposed to CONTROL bucks) they also showed higher fertility (75% v. 43%) and productivity (1.05±0.17 v. 0.57±0.16 kids born per doe serviced) (all P values at least P, This study was funded by Grant AGL2016-75848-R from MINECO-AEI-FEDER (Spain). Thanks are also owed to CEICamBio for their support.This study was funded by Grant AGL2016-75848-R from MINECO-AEI-FEDER (Spain). Thanks are also owed to CEI CamBio for their support.

Gastrointestinal nematode (GIN) infections are one of the major constrains for sheep and goat production worldwide. One of the promising control strategies is the genetic selection for resistant animals as there are no issues due to anthelmintic resistance and it aligns to demands for chemical-free food. Exploring possible phenotypic and genomic markers that could be used in breeding scheme besides understanding the mechanisms responsible for resistance were the main goals of this thesis. Thesis consists of General introduction, a brief description of GIN biology and methods to control GIN with focus on phenotypic and genomic markers, four papersand General discussion. In paper , a systematic review and meta-analysis were conducted to re-analyse and summarize the findings on immunoglobulins response to GIN in the literature and discuss the potential to use immunoglobulins as biomarkers of the host resistance. A conceptual model summarizing the role of immunoglobulins in resistance to GIN is proposed. In paper , transcriptome profiling of the abomasal mucosa and lymph node tissues were compared between non-infected, resistant and susceptible Creole goats experimentally infected with Haemonchus contortus. Results indicated that the maintenance of the integrity of the mucosa has probably the priority for the host at late infection stage. In , the dynamics of the response of the abomasal mucosa of resistant and susceptible Creole goats experimentally infected with H. contortus were compared. The immune response was activated through many relevant pathways including the Th1 immune response at different time post-infection. Interestingly, the results showed a simultaneous time series activation of Th2 related genes in resistant compared to susceptible kids. In paper , the genomic variants of Creole goats resistant and susceptible to H. contortus were discovered from RNAsequencing data at four different times post-infection. Single nucleotide polymorphisms, insertions and deletions that distinguish the resistant and the susceptible groups were identified and characterized through functional analysis. The Tcell receptor signalling pathway was one of the top significant pathways that distinguish the resistant from the susceptible group with genomic variants in 78% of genes in this pathway.; Les infections par les nématodes gastro-intestinaux (NGI) constituent l’une des contraintes principales de production chez les ovins et les caprins dans le monde. Une des solutions prometteuse est la sélection génétique d’animaux résistants aux NGI. Cette sélection permettrait de réduire l’utilisation des anthelminthiques et donc l’apparition de souches de NGI résistants à ces molécules, et de répondre à la demande sociétale de produits animaux sans résidus. Les principaux objectifs de cette thèse étaient de caractériser des marqueurs phénotypiques et génomiques qui pourraient être utilisés dans des schémas de sélection et de comprendre les mécanismes physiologiques sous-jacents.Ce manuscrit de thèse est structuré de la manière suivante : une introduction générale suivie d’une brève description de la biologie des NGI et des méthodes de contrôle en mettant l’accent sur les marqueurs phénotypiques et génomiques, puis les quatre articles scientifiques et la discussion générale. Dans l’article I, une revue systématique et une méta-analyse ont été réalisées pour ré-analyser et résumer les résultats de la littérature sur la réponse humorale contre les NGI et discuter de la possibilité d’utiliser les immunoglobulines comme biomarqueurs de la résistance de l’hôte. Un modèle conceptuel résumant le rôle des immunoglobulines dansla résistance au GIN est proposée. Dans l’article II, les transcriptomes de la muqueuse abomasale et des ganglions drainants d’animaux résistants et sensibles infestés par Haemonchus contortus et non-infestés ont été comparés. Les résultats ont montré qu’à un stade tardif de l'infestation le maintien de l'intégrité de la muqueuse est probablement la priorité pour l'hôte. Dans l’article III, les dynamiques de la réponse de l’hôte au niveau de la muqueuse abomasale ont été comparées entre animaux résistants et sensibles infestés par H. contortus. Nous avons montré l’activation de nombreuses voies de signalisation, notamment la voies Th1 et Th2 de manière concomitante. Dans l’article IV, des variants génomiques (SNP : insertions et délétions) de la résistance aux NGI ont été mis en évidence à partir des données de séquençage des ARN et caractérisés par une analyse fonctionnelle. L’une des voies de signalisation qui distinguent le mieux les deux génotypes est celle des récepteurs de lymphocytes T, près de 78% des gènes de cette voie de signalisation présentent des variants génomiques.

Gastrointestinal nematode (GIN) infections are one of the major constrains for sheep and goat production worldwide. One of the promising control strategies is the genetic selection for resistant animals as there are no issues due to anthelmintic resistance and it aligns to demands for chemical-free food. Exploring possible phenotypic and genomic markers that could be used in breeding scheme besides understanding the mechanisms responsible for resistance were the main goals of this thesis. Thesis consists of General introduction, a brief description of GIN biology and methods to control GIN with focus on phenotypic and genomic markers, four papersand General discussion. In paper , a systematic review and meta-analysis were conducted to re-analyse and summarize the findings on immunoglobulins response to GIN in the literature and discuss the potential to use immunoglobulins as biomarkers of the host resistance. A conceptual model summarizing the role of immunoglobulins in resistance to GIN is proposed. In paper , transcriptome profiling of the abomasal mucosa and lymph node tissues were compared between non-infected, resistant and susceptible Creole goats experimentally infected with Haemonchus contortus. Results indicated that the maintenance of the integrity of the mucosa has probably the priority for the host at late infection stage. In , the dynamics of the response of the abomasal mucosa of resistant and susceptible Creole goats experimentally infected with H. contortus were compared. The immune response was activated through many relevant pathways including the Th1 immune response at different time post-infection. Interestingly, the results showed a simultaneous time series activation of Th2 related genes in resistant compared to susceptible kids. In paper , the genomic variants of Creole goats resistant and susceptible to H. contortus were discovered from RNAsequencing data at four different times post-infection. Single nucleotide polymorphisms, insertions and deletions that distinguish the resistant and the susceptible groups were identified and characterized through functional analysis. The Tcell receptor signalling pathway was one of the top significant pathways that distinguish the resistant from the susceptible group with genomic variants in 78% of genes in this pathway.; Les infections par les nématodes gastro-intestinaux (NGI) constituent l’une des contraintes principales de production chez les ovins et les caprins dans le monde. Une des solutions prometteuse est la sélection génétique d’animaux résistants aux NGI. Cette sélection permettrait de réduire l’utilisation des anthelminthiques et donc l’apparition de souches de NGI résistants à ces molécules, et de répondre à la demande sociétale de produits animaux sans résidus. Les principaux objectifs de cette thèse étaient de caractériser des marqueurs phénotypiques et génomiques qui pourraient être utilisés dans des schémas de sélection et de comprendre les mécanismes physiologiques sous-jacents.Ce manuscrit de thèse est structuré de la manière suivante : une introduction générale suivie d’une brève description de la biologie des NGI et des méthodes de contrôle en mettant l’accent sur les marqueurs phénotypiques et génomiques, puis les quatre articles scientifiques et la discussion générale. Dans l’article I, une revue systématique et une méta-analyse ont été réalisées pour ré-analyser et résumer les résultats de la littérature sur la réponse humorale contre les NGI et discuter de la possibilité d’utiliser les immunoglobulines comme biomarqueurs de la résistance de l’hôte. Un modèle conceptuel résumant le rôle des immunoglobulines dansla résistance au GIN est proposée. Dans l’article II, les transcriptomes de la muqueuse abomasale et des ganglions drainants d’animaux résistants et sensibles infestés par Haemonchus contortus et non-infestés ont été comparés. Les résultats ont montré qu’à un stade tardif de l'infestation le maintien de l'intégrité de la muqueuse est probablement la priorité pour l'hôte. Dans l’article III, les dynamiques de la réponse de l’hôte au niveau de la muqueuse abomasale ont été comparées entre animaux résistants et sensibles infestés par H. contortus. Nous avons montré l’activation de nombreuses voies de signalisation, notamment la voies Th1 et Th2 de manière concomitante. Dans l’article IV, des variants génomiques (SNP : insertions et délétions) de la résistance aux NGI ont été mis en évidence à partir des données de séquençage des ARN et caractérisés par une analyse fonctionnelle. L’une des voies de signalisation qui distinguent le mieux les deux génotypes est celle des récepteurs de lymphocytes T, près de 78% des gènes de cette voie de signalisation présentent des variants génomiques.