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Les mutations du paysage de l’information scientifique ces dernières décennies dues à Internet ont provoqué un changement de paradigme dans la gestion des références bibliographiques. En effet, si autrefois, le chercheur doit chaque fois noter, le cas échéant, repenser aux derniers documents consultés afin de réécrire manuellement avec précision les références bibliographiques selon la norme à lui imposée, il lui est possible depuis quelques années de rentabiliser le temps consacré à cette tâche contraignante par l’utilisation des logiciels capables d’automatiser la gestion des mêmes références bibliographiques.Ces logiciels, à l’instar des autres familles de logiciels sont soit commerciaux, soit gratuits. Les outils gratuits étant prisés par les milieux universitaires, il est retenu au cours de notre recherche d’en comparer deux (02) à savoir : Zotero, logiciel libre et Mendeley, logiciel propriétaire. Le choix de comparer ces deux logiciels tire son essence de la notoriété dont ils jouissent parmi les outils gratuits. Afin de savoir lequel est plus adapté aux besoins des utilisateurs des "Pays du sud" d’expression française, nous avons entrepris cette étude en retenant des critères jugés essentiels selon lesquels nous avons établi la comparaison. Cette comparaison s’est limitée aux aspects techniques et fonctionnels et ne prend donc pas en compte les aspects quantitatifs en matière d’usage réel de l’un ou de l’autre logiciel.À l’issu de nos recherches, Zotero est jugé plus convenable à plusieurs égards : d’abord, son statut de logiciel libre mobilise une communauté active qui assure son développement de façon permanente. Ensuite, son modèle économique est en parfaite adéquation avec le libre accès aux données de la recherche scientifique. Par ailleurs, il est compatible avec beaucoup plus de formats et d’environnements de travail. Enfin, il dégage une certaine robustesse au niveau de ses fonctionnalités de détection et d’import de ressources ; de capture de page web d’ailleurs inexistant chez Mendeley.Toutefois, nonobstant son statut, sa robustesse et sa stabilité, Zotero a des limites et ses développeurs doivent prendre en considération l’évolution des besoins afin d’ajouter certaines fonctionnalités telles que la connexion directe aux bases de données par le biais des translators ; la lecture intégrée et l’annotation des fichiers PDF ; l’intégration automatique aux compilateurs de texte à l’instar de l’intégration aux outils graphiques de traitement de texte, etc. Ces fonctionnalités apporteraient à coup sûr une valeur ajoutée à ce logiciel.