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The environmental damage suffered by urban water bodies and the need for public water supply result in a greater interest in techniques that enable water treatment in an efficient and ecological way, such as River Bank Filtration (RBF). This technique uses the soil as a filtering medium, as well as the biological activities of organisms that dwell in the Hyporheic Zone (HZ), the zone of interaction between the surface water body and its underlying aquifer. Knowledge of sediments and hyporheic organisms is indispensable to study RBF. The present paper aimed to characterize the HZ of the middle section of Beberibe river (Pernambuco State, Brazil) in its sedimentological and biological aspects, with sampling druing the rainy and dry seasons, in two distinct sampling sites, one in a conserved area and the other in a highly urbanized area. Biological characterization was performed at the level of large taxonomic groups of meiofauna, accounting for 982 individuals, with the three most abundant taxa being Nematoda, Annelida, and Rotifera. Permutational Analysis of Variance (PERMANOVA) statistical tests were performed, showing significant differences for the season and point factors (p < 0.05) in relation to abundance. The highest concentration of individuals and total organic matter were seen in the rainy season, especially at the point located in the urbanized area. With sedimentological characterization by grain size tests of the hyporheic sediments, the predominance of silt was observed during the rainy season, and sandy during the dry season. It was concluded that the main factor that influenced the structure of the meiofauna community was the release of domestic effluents. The information obtained by the present work helps to understand some features of the HZ, which is essential for RBF or other techniques that use the interstitial matrix., Os danos ambientais sofridos pelos corpos hídricos urbanos e a necessidade de suprir o abastecimento público das cidades resultam em um maior interesse por técnicas que possibilitem o tratamento de água de maneira eficiente e ecológica, como a Filtração em Margem (FM). Essa técnica utiliza o próprio solo como meio filtrante, além das atividades biológicas dos organismos que ocupam a Zona Hiporreica (ZH), zona de interação entre o manancial superficial e o aquífero subjacente. É indispensável o conhecimento acerca dos sedimentos e dos organismos hiporreicos para o estudo da FM. Este artigo objetivou caracterizar a ZH do trecho médio do rio Beberibe (Pernambuco, Brasil) em seus aspectos sedimentológicos e biológicos, com coletas nos períodos chuvoso e seco, em dois pontos distintos, um em uma área conservada, e o outro em área altamente urbanizada. A caracterização biológica foi realizada em nível de grandes grupos taxonômicos da meiofauna, contabilizando-se 982 indivíduos, sendo os três táxons mais abundantes o Nematoda, a Annelida e a Rotifera. Realizaram-se testes estatísticos de Análise Permutacional de Variância (PERMANOVA), constatando-se diferenças significativas para os fatores período e ponto (p < 0,05) em relação à abundância. A maior concentração de indivíduos e de matéria orgânica total ocorreu no período chuvoso, sobretudo no ponto localizado na área urbanizada. Por meio da caracterização por ensaios granulométricos dos sedimentos hiporreicos, observou-se a predominância arenosa no período seco, e de silte durante o período chuvoso. Concluiu-se que o principal fator que influenciou na estrutura da comunidade da meiofauna foi o lançamento de efluentes domésticos. As informações obtidas com o presente trabalho auxiliam a compreensão de algumas características da ZH, a qual é essencial para a FM ou outras técnicas ambientais que utilizem a matriz intersticial.