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El cacao es uno de los principales productos de exportación del Ecuador, siendo la variedad Nacional la que dio a conocer al país en el mercado mundial por su aroma. Sin embargo, el manejo agronómico actual del cultivo no ha permitido que se desarrolle adecuadamente y que se obtenga el rendimiento potencial de la variedad. La utilización de inóculo de hongos micorrízicos arbusculares (HMA) podría ayudar a la absorción de nutrientes indispensables para las plantas, a proporcionar mayor resistencia a plagas y a reducir la toxicidad de metales pesados. El presente estudio tuvo como objetivo probar dos cantidades de esporas de HMA (17 600 y 35 200) en diferentes momentos de aplicación (una sola aplicación, aplicaciones mensuales y aplicaciones trimestrales) sobre las plantas de cacao Nacional en etapa productiva en la provincia de Zamora Chinchipe, Ecuador. Se estableció un diseño completamente al azar, con 7 tratamientos (en la que se incluye un control) y 4 repeticiones por tratamiento. Se evaluó: número de flores y cuajado, frutos por planta, característica de frutos y semillas, sanidad del fruto, producción y rendimiento. No se encontró una influencia de los tratamientos en el número de flores por planta, porcentaje de cuajado del fruto, número de frutos e índice de mazorca, pero sí en el peso de frutos y semillas, longitud y diámetro de frutos, número de semillas por fruto, producción y rendimiento. Las aplicaciones mensuales de 17 600 esporas de HMA presentaron los valores más altos en todas las variables. Por lo tanto, la aplicación de HMA podría contribuir a mejorar la producción de cacao en la Amazonía ecuatoriana, y ser utilizada como estrategia de manejo orgánico del cultivo.