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Objetivou-se neste trabalho, acompanhar pela microscopia eletrônica de varredura, os processos de infecção, colonização e reprodução de diferentes isolados de Colletotrichum spp. em plântulas de cafeeiro. Plântulas da cultivar Rubi produzidas por cultura de embrião foram inoculadas com 5µL de suspensão de esporos ajustada para 10(6) conídios mL-1, na região do hipocótilo e folhas, após ferimento com agulha entomológica. Os isolados avaliados foram Colletotrichum gloeosporioides (IH), obtido de ramos e (IF) de folhas de planta de café com sintomas de mancha manteigosa, C. dematium (ID) de cafeeiro sadio e C. gloeosporioides (IM) de casca de manga com sintomas de antracnose. Duas horas após as inoculações (HAI), fragmentos de folhas e hipocótilos foram transferidos para microtubos de 1,5mL contendo solução fixadora de Karnovsky modificado. As demais amostras foram coletadas 3, 5, 12, 16, 24, 48, 72, 96, 114 e 144 HAI. Os conídios de todos os isolados aderiram preferencialmente nas depressões dos órgãos inoculados, formando um septo e germinando cinco HAI (C. gloeosporioides) e doze HAI (C. dematium) emitindo tubos germinativos, tanto nas extremidades como lateralmente. Apressórios globosos, trilobulados, em forma de pé e de vírgula foram produzidos apenas por C. dematium (ID), 12 HAI; enquanto que C. gloeosporioides (IF), produziu apressórios globosos 24 HAI; os demais isolados não produziram apressórios. C. gloeosporioides isolados IH, IF e IM produziram células conidiogênicas 48 HAI. Acérvulos foram produzidos 72 HAI, por C. gloeosporioides (IH) e 96 horas por C. dematium. O isolado IM colonizou tecidos de plantas de cafeeiro, produzindo conidióforos, no entanto, sem produção de acérvulo. Os isolados mais agressivos foram IH e IF. The objective of this work was to follow the process of infection, colonization and reproduction of different isolates of Colletotrichum spp. in coffee plantlets, obtained by embryo culture, using scanning electron microscopy. The embryo explants were obtained from coffee seeds cv. Rubi. Plants produced in vitro were inoculated with 5µL of a 10(6) conidia.mL-1 spore suspension, on the hypocotyl region and leaves, wounding with an entomological needle. Isolates of Colletotrichum gloesporioides were obtained from stem (IS) and leaves (IL) from plants with symptoms of greasy leaf spot, and from mangos with symptoms of anthracnose (IM). Isolates of Colletotrichum dematium were obtained from healthy coffee plants. Three hours after inoculation (h.a.i.), leaves and hypocotyl fragments were transferred to 1.5mL-microtubes containing modified Karnovsky's fixative solution. Further samples were collected at 3, 5, 12, 16, 24, 48, 72, 96, 114 and 144 h.a.i. Conidia of all isolates adhered more frequently in the depressions of hypocotyls and guard-cells, forming a septum 5 h.a.i. Germ tubes were observed 12 h.a.i. starting from the extremities as well as laterally in the conidia. Appressoria were produced by C. dematium (globoses, trilobullated and foot and comma-shaped), and C. gloeosporioides, respectively globoses, 24 h.a.i. C. gloeosporioides (IH and IF) produced conidiogenic cells 48 h.a.i. Acervuli were produced 72 h.a.i. by C. gloeosporioides (IH), 96 h.a.i. by C. dematium. C. gloeosporioides isolated from mango colonized coffee plant tissues, producing conidiogenic cells without production of acervuli. The most aggressive isolates were IS and IL.