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International audience; We propose a set of indicators to evaluate how grazing by livestock and grassland management can help preserve biodiversity in the insect communities of grassland ecosystems. These indicators can be calculated for any grassland for which management and botanical composition are known, and they do not require advanced knowledge on conservation biology and entomology. Based on the scientific literature and expert interviews, each indicator combines pressure (i.e., 16 management classes) and state variables (i.e., sward botanical composition and several of the plant functional characteristics) to assess the effects on butterfly, bumblebee, and grasshopper abundance and species richness. Each indicator was based on a multicriteria decision tree with fuzzy partitioning to account for uncertainty in the threshold values between different alternatives. The output validation of indicators was performed by comparing decision tree output with standardized measurements from 10 surveys across France, Germany, Switzerland, Wales, and Italy. The prediction of grassland suitability for butterflies was more accurate for butterfly species richness ( P < 0.05) than for butterfly abundance ( P = 0.10), as even under standardized transect counts, recorders will observe disproportionately more individuals when it is sunny and warm. The sensitivity of the butterfly species richness indicator was then tested using an independent dataset of 395 French grasslands. There were significant differences in predicted species richness (χ 2 15 = 121.16; P < 0.05) among the 16 management classes, and they were ranked consistently in spite of very parsimonious assumptions in the decision tree. The prediction of grassland suitability was good for bumblebee abundance ( P < 0.05) and species richness ( P < 0.01). This prediction was also successful for grasshopper abundance ( P < 0.05) and species richness ( P = 0.05), all outliers coming from a highly diverse grassland community located on shallow soil in the Italian survey. This set of indicators can thus provide a cost-effective evaluation of temperate grassland suitability as habitat for three insect taxa. These indicators have more relevance than general insect species richness, and their application does not require any entomological skill. The indicators can help stakeholders to make adequate decisions for insect conservation in grassland ecosystems, but do not have direct applicability to higher conservation value taxa or species.; Nous proposons un ensemble d'indicateurs pour évaluer comment le pâturage par le bétail etprairiela gestion peut aider à préserver la biodiversité dans leinsectecommunautés deprairieécosystèmes. Ces indicateurs peuvent être calculés pour toutprairiedont la gestion et la composition botanique sont connues et qui ne nécessitent pas de connaissances avancées en biologie de la conservation et en entomologie. Sur la base de la littérature scientifique et d'entretiens avec des experts, chaque indicateur combine des variables de pression (c'est-à-dire 16 classes de gestion) et d'état (c'est-à-dire la composition botanique du gazon et plusieurs des caractéristiques fonctionnelles de la plante) pour évaluer les effets sur l'abondance des papillons, des bourdons et des sauterelles et richesse en espèces. Chaque indicateur était basé sur un arbre décisionnel multicritères avec un partitionnement flou pour tenir compte de l'incertitude sur les valeurs seuils entre différentes alternatives. La validation des résultats des indicateurs a été effectuée en comparant les résultats de l'arbre décisionnel avec les mesures standardisées de 10 enquêtes en France, en Allemagne, en Suisse, au Pays de Galles et en Italie. La prédiction deprairie pertinencepour les papillons était plus précise pour la richesse spécifique des papillons (P < 0,05) que pour l'abondance des papillons (P = 0,10),commemême avec des comptages de transects standardisés, les enregistreurs observeront de manière disproportionnée plus d'individus lorsqu'il fait chaud et ensoleillé. La sensibilité de l'indicateur de richesse spécifique des papillons a ensuite été testée à l'aide d'un jeu de données indépendant de 395 prairies françaises. Il y avait des différences significatives dans la richesse spécifique prévue (χ 2 15 = 121,16 ; P < 0,05) parmi les 16 classes de gestion, et elles ont été classées de manière cohérente malgré des hypothèses très parcimonieuses dans l'arbre de décision. La prédiction deprairie pertinenceétait bon pour l'abondance des bourdons (P < 0,05) et la richesse spécifique (P < 0,01). Cette prédiction a également réussi pour l'abondance des sauterelles (P < 0,05) et la richesse spécifique (P = 0,05), toutes les valeurs aberrantes provenant d'un environnement très diversifié.prairiecommunauté située sur un sol peu profond dans l'enquête italienne. Cet ensemble d'indicateurs peut donc fournir une évaluation rentable detempéré prairie pertinence comme habitatpourTrois insecte taxons. Ces indicateurs sont plus pertinents que les indicateurs générauxinsecterichesse spécifique, et leur application ne nécessite aucune compétence entomologique. Les indicateurs peuvent aider les parties prenantes à prendre des décisions adéquates pourinsecteconservation dansprairieécosystèmes, mais n'ont pas d'applicabilité directe à une valeur de conservation plus élevéetaxonsou espèce. Copyright © 2022 Dumont, Rossignol, Huguenin-Elie, Jeanneret, Jerrentrup, Lüscher, Taugourdeau, Villerd et Plantureux.

The sterile insect technique is an environment friendly control tactic and is very species specific. It is not a stand-alone technique and has been used mostly in combination with other control tactics within an area-wide integrated pest management strategy. For a period of eight years, the direct impact of a campaign to eradicate a population of the tsetse fly Glossina palpalis gambiensis in Senegal was monitored using a set of fruit-feeding insect species (Cetoniinae and Nymphalidae) that served as ecological indicators of the health of the ecosystem. Here we show that the eradication campaign had very limited impacts on the apparent densities of the most frequent species as well as three diversity indexes during the reduction phase involving insecticides but reverted to pre-intervention levels as soon as the release of the sterile male insects started. These results greatly expand our understanding of the impact of vector eradication campaigns on non-target species.

Au cours du XXe siècle en France, les transformations techniques et réglementaires dans la production laitière (dont la loi Godefroy instaurant le nombre de germes totaux/ml comme un indicateur négatif de la qualité du lait) ont contribué à une diminution significative de la charge microbienne des laits. Dans les années 1990, ces laits dits « paucimicrobiens » se révèlent être un problème dans la production fromagère au lait cru. L’article suit une communauté épistémique proche des filières sous appellation d’origine, qui développe un regard nouveau sur les « flores des laits ». Ses membres partagent l’idée que les microorganismes sont ubiquistes dans l’environnement et qu’il reste possible, malgré les irréversibilités causées par la modernisation agricole, d’enrichir la microflore native des laits grâce à des pratiques d’« écologie microbienne dirigée ». Leur engagement savant se prolonge par un accompagnement des producteurs laitiers vers des pratiques attentives aux écosystèmes microbiens. La construction d’indicateurs et représentations des microorganismes concurrençant la simple métrique des germes totaux/ml y trouve une place centrale. During the 20th century in France, technical and legal transformations in the process of milk production (including the establishment of the amount of microorganism per ml as a negative indicator in quality-based milk payment) contributed to a significant decrease in milk microbial load. During the 1990s, these low-microbe milks came out to be a problem in raw-milk cheese production. The article gives a detailed account of the work of an epistemic community close to sector under denomination of origin, that is working on a new way of understanding “milk floras”. Its members share the idea that microorganisms are ubiquitous in the environment, and that it is still possible, in spite of the irrevocable changes brought about by agricultural modernization, to nurture milk native microflora by encouraging “directed microbial ecology” practices. Their epistemic commitment translates into action research for dairy farmers to develop microbial-ecosystem-friendly practices. At the heart of this research lies the will to produce new indicators and representations of microorganisms to go beyond the standard practice imposing a simplistic metric count of total microorganisms per ml. Durante el siglo XX en Francia, los cambios técnicos y normativos en la producción de leche (incluida la ley Godefroy que establecía el número de gérmenes totales/ml como indicador negativo de la calidad de la leche) contribuyeron a una importante disminución de la carga microbiana de la leche. En los años 90, estas leches llamadas «paucimicrobianas» resultaron ser un problema en la producción de queso de leche cruda. El artículo sigue a una comunidad epistémica cercana a los sectores con denominación de origen, que está desarrollando una nueva mirada sobre la «flora de las leches». Sus miembros comparten la idea de que los microorganismos son omnipresentes en el medio ambiente y que todavía es posible, a pesar de las irreversibilidades causadas por la modernización agrícola, enriquecer la microflora nativa de la leche mediante prácticas de «ecología microbiana dirigida». Su compromiso académico se extiende al acompañar a los productores de leche hacia prácticas atentas a los ecosistemas microbianos. La construcción de indicadores y representaciones de los microorganismos que compiten con la simple métrica del total de gérmenes/ml es fundamental para ello.

International audience; During the 20th century in France, technical and legal transformations in the process of milk production (including the establishment of the amount of microorganism per ml as a negative indicator in quality-based milk payment) contributed to a significant decrease in milk microbial load. During the 1990s, these low-microbe milks came out to be a problem in raw-milk cheese production. The article gives a detailed account of the work of an epistemic community close to sector under denomination of origin, that is working on a new way of understanding “milk floras”. Its members share the idea that microorganisms are ubiquitous in the environment, and that it is still possible, in spite of the irrevocable changes brought about by agricultural modernization, to nurture milk native microflora by encouraging “directed microbial ecology” practices. Their epistemic commitment translates into action research for dairy farmers to develop microbial-ecosystem-friendly practices. At the heart of this research lies the will to produce new indicators and representations of microorganisms to go beyond the standard practice imposing a simplistic metric count of total microorganisms per ml.; Durante el siglo XX en Francia, los cambios técnicos y normativos en la producción de leche (incluida la ley Godefroy que establecía el número de gérmenes totales/ml como indicador negativo de la calidad de la leche) contribuyeron a una importante disminución de la carga microbiana de la leche. En los años 90, estas leches llamadas «paucimicrobianas» resultaron ser un problema en la producción de queso de leche cruda. El artículo sigue a una comunidad epistémica cercana a los sectores con denominación de origen, que está desarrollando una nueva mirada sobre la «flora de las leches». Sus miembros comparten la idea de que los microorganismos son omnipresentes en el medio ambiente y que todavía es posible, a pesar de las irreversibilidades causadas por la modernización agrícola, enriquecer la microflora nativa de la leche mediante prácticas de «ecología microbiana dirigida». Su compromiso académico se extiende al acompañar a los productores de leche hacia prácticas atentas a los ecosistemas microbianos. La construcción de indicadores y representaciones de los microorganismos que compiten con la simple métrica del total de gérmenes/ml es fundamental para ello.; Au cours du XXe siècle en France, les transformations techniques et réglementaires dans la production laitière (dont la loi Godefroy instaurant le nombre de germes totaux/ml comme un indicateur négatif de la qualité du lait) ont contribué à une diminution significative de la charge microbienne des laits. Dans les années 1990, ces laits dits « paucimicrobiens » se révèlent être un problème dans la production fromagère au lait cru. L’article suit une communauté épistémique proche des filières sous appellation d’origine, qui développe un regard nouveau sur les « flores des laits ». Ses membres partagent l’idée que les microorganismes sont ubiquistes dans l’environnement et qu’il reste possible, malgré les irréversibilités causées par la modernisation agricole, d’enrichir la microflore native des laits grâce à des pratiques d’« écologie microbienne dirigée ». Leur engagement savant se prolonge par un accompagnement des producteurs laitiers vers des pratiques attentives aux écosystèmes microbiens. La construction d’indicateurs et représentations des microorganismes concurrençant la simple métrique des germes totaux/ml y trouve une place centrale.

International audience; Biodiversity surveys are a pre-requisite for efficient habitat conservation policies and actions, but surveys are mainly focusing on aboveground biodiversity whereas belowground biodiversity is a key component for aboveground functioning. The current study aims at identifying the belowground microbiota associated with major plant components of carob habitats sampled in the North and South Morocco. Actinobacteria, Proteobacteria and Ascomycota were the most predominant phyla, among which only a few microbial genera dominated, i.e. Rubrobacter, Microvirga (bacteria) and Alternaria, Mortierealla and Fusarium (fungi). Microbiota structure analyses revealed a significant North/South pattern for the bacterial and fungal communities, associated with specific subsets of soil properties (C/N ratio and N-P-K, CaCO3 contents, respectively). These difference are emphasized by microbial indicator taxa analysis showing contrasted significance at the kingdom level and functionality divergences characterized by fungal pathogens in the North and stress-tolerant plant beneficial bacteria in the South. Nevertheless, a core microbiota of 138 OTUs were revealed for the association Ceratonia-Pistacia, an indicator of Mediterranean thermophilous woodlands.

With the development of agroecology, soil plays an important role in the design of sustainable agricultural practices. The soils are the place of many processes operated by living organisms interacting with one another. They also provide much needed services provided by agrosystems and enable their sustainability. In the context of the agroecological transition, it becomes urgent to promote these ecological processes, to intensify them by appropriate practices considering the socio-economic constraints, and finally, to be able to measure them. First, we recall the ecological theories of the terrestrial ecosystem functioning to improve our consideration of the soil in the agroecological transition. Then, we describe the need to improve our knowledge of the relationships between biodiversity, processes, aggregated functions and agrosystem services in a global context where biodiversity, including the soil one, is highly threatened. This theoretical approach is illustrated by four studies conducted in the tropics demonstrating the possibility to intensify the soil processes and to solve an agronomic dysfunction. Finally, we highlight the need to define soil indicators based on ecological processes for an appropriate measurement of this intensification. In conclusion, we propose a methodological framework to optimize the ecological functions of the soil for a sustainable supply of services provided by agrosystems., Avec le développement de l'agroécologie, le sol prend une place importante dans la réflexion sur la mise en place de pratiques agricoles durables. Le sol est le siège de nombreux pro-cessus opérés par des organismes vivants agissant de façon interactive. Ces processus sont indispensables pour la durabilité des services rendus par les agrosystèmes. Dans le cadre de la transition agroécologique, il devient alors nécessaire et urgent de promouvoir ces processus écologiques, de les intensifier par des pratiques adaptées et partagées avec d'autres contraintes socio-économiques, et enfin, de pouvoir les évaluer. Dans un premier temps, nous rappelons les théories écologiques du fonctionnement des écosystèmes pour améliorer notre prise en compte du sol dans la transition agroécologique. Puis, nous décrivons le besoin d'améliorer notre connaissance de la relation entre biodiversité, processus, fonctions agrégées et services rendus par les agrosystèmes dans un contexte mondial où la biodiversité, y compris celle du sol, est menacée. Cette approche théorique est illustrée par quatre études menées en zone tropicale démontrant la possibilité d'intensifier les processus du sol pour résoudre un dysfonctionnement agronomique, suite à un examen scientifique rigoureux du fonctionnement de l'agrosystème. Enfin, nous rappelons le besoin de définir des indicateurs fonctionnels des sols basés sur les processus écologiques pour une évaluation appropriée de cette intensification. En conclusion, nous proposons un cadre méthodologique permettant d'optimiser les fonctions écologiques du sol pour une fourniture durable des services rendus par les agrosystèmes.

International audience; Plant diversification through crop rotation or agroforestry is a promising way to improve sustainability of agroecosystems. Nonetheless, criteria to select the most suitable plant communities for agroecosystems diversification facing contrasting environmental constraints need to be refined. Here, we compared the impacts of 24 different plant communities on soil fertility across six tropical agroecosystems: either on highly weathered Ferralsols, with strong P limitation, or on partially weathered soils derived from volcanic material, with major N limitation. In each agroecosystem, we tested several plant communities for diversification, as compared to a matching low diversity management for their cropping system. Plant residue restitution, N, P and lignin contents were measured for each plant community. In parallel, the soil under each community was analyzed for organic C and N, inorganic N, Olsen P, soil pH and nematode community composition. Soil potential fertility was assessed with plant bioassays under greenhouse controlled climatic conditions. Overall, plant diversification had a positive effect on soil fertility across all sites, with contrasting effects depending on soil type and legumes presence in the community. Communities with legumes improved soil fertility indicators of volcanic soils, which was demonstrated through significantly higher plant biomass production in the bioassays (+18%) and soil inorganic N (+26%) compared to the low diversity management. Contrastingly, communities without legumes were the most beneficial in Ferralsols, with increases in plant biomass production in the bioassays (+39%), soil Olsen P (+46%), soil C (+26%), and pH (+5%). Piecewise structural equation models with Shipley's test revealed that plant diversification impacts on volcanic soil fertility were related to soil N availability, driven by litter N. Meanwhile, Ferralsols fertility was related to soil P availability, driven by litter P. These findings underline the importance of multifactorial and multi-sites experiments to inform trait-based frameworks used in designing optimal plant diversification in agroecological systems.Highlights:• We compared plant diversification impacts on soil fertility across 6 agroecosystems.• Benefits of plant diversification depended on both legume presence and soil type.• Legume-based diversification was mostly beneficial on the younger soils.• Ferralsols' fertility was improved with plant communities' litter P content.• Plant communities' traits were linked with diversification impacts on contrasting soils.

In the South Indian Ocean, French territories include Reunion (Mascarene archipelago), Mayotte (Comoros archipelago) and the remote Iles Eparses in the Mozambique Channel (Glorieuses, Juan de Nova, Bassas da India, Europa), and Tromelin, North-East of Madagascar. Their coral reefs are varied, from 18 km2 of fringing reefs in Reunion to 1500 km2 of fringing, barrier and double barrier reefs in Mayotte, caye reefs in Glorieuses and Tromelin to atolls in Juan de Nova, Bassas da India and Europa. Pressures on them vary from 850,000 inhabitants in Reunion to no permanent inhabitants in Iles Eparses. Annual monitoring of Reunion and Mayotte shows a gradual decrease in coral cover and fish biomass, due to overfishing. Yet an exceptional biodiversity is recorded in Mayotte, mainly due to its geographical position at the center of the WIO coral triangle, and the variety of reef habitats. In the remote Iles Eparses, more recent monitoring showed a remarkable state of coral reefs and their exceptional fish biomass. These coral reefs are under human threats mainly due to coastal development and land-based pollution, except for Iles Eparses. Climate change has an impact through coral bleaching whose effects are stronger for reefs in the North of the Mozambique Channel. The impact of the 2016 bleaching event was variable on islands but most corals showed signs of resistance with a good recovery of coral colonies. In order to limit degradation and overexploitation of reef resources, national marine protected areas (MPAs) have been made in all French islands: 2007 in Reunion, 2010 in Mayotte, and 2012 in Glorieuses while all Iles Eparses have been under protection for more than 20 years. Despite this, Iles Eparses are beginning to suffer from illegal fishing, including collection of holothurians and perhaps shells, particularly since 2012. Long-term monitoring is essential to describe trends in coral communities in the context of increasing human impact and climate change.

International audience

Le colloque de Génomique Environnementale (GE) est une manifestation nationale permettant aux chercheurs français et internationaux travaillant sur l’écologie, l’évolution de la biodiversité ou le fonctionnement des écosystèmes d’échanger sur l’utilisation des nouvelles technologies de séquençages (NTS) et des développements récents en bioinformatique. Il s’agit de la quatrième édition du colloque de Génomique Environnementale après Lyon (2011), Rennes (2013) et de Montpellier (2015) organisé sous l'égide du GDR "Génomique Environnementale" (http://gdr3692.wix.com/gdrge) dont les actions sont soutenues par le CNRS, l’INRA et le MNHN. Ce colloque représente une opportunité exceptionnelle pour échanger entre chercheurs/doctorants/post-doctorants et répondre aux défis posés en matière d’environnement, de réchauffement climatique et plus généralement de maîtrise des impacts globaux sur les écosystèmes. Le colloque GE est un lieu d’échanges privilégié permettant un dialogue efficace entre, d’une part, la communauté scientifique et, d’autre part, les acteurs gérant les systèmes d’observation et d’analyse des écosystèmes (zones ateliers, ORE, parcs naturels etc...) ou les demandes sociétales dont les entreprises sont souvent porteuses.

The high number of dimensions of ecological engineering and restoration projects contributes to their values but also to their assessment issues. The objective of the ASPIRE (Assessment of Ecological Engineering and Restoration Projects) framework is to provide a tool delivering a global project assessment, while also providing detailed scores for each of its dimensions. ASPIRE is composed of 3 levels: variables, objectives and the project. Variables are measured on the study site. Their values are normalized to range between 0 and 1. Objectives correspond to a variable list, and their score are the weighted mean of variables normalized values. The final project score is the weighted mean of the objectives scores. Scores attributed to variables are relative to references, therefore they can be compared to each other's, and objectives and scores can also be compared to each other's. While being calculated on the same study site measurements, variables and objectives weighting allows highlighting different visions of the project (for instance, from various stakeholders). ASPIRE is illustrated by its application on a mountain wetland restoration project.; Du fait de la multiplicité des dimensions des projets de restauration, peu de retours sont réalisés pour évaluer leur réussite. Ces retours sont pourtant nécessaires à l'élaboration de projets futurs plus efficaces. Le cadre méthodologique ASPIRE a pour but de permettre une appréciation globale du projet en s'appuyant notamment sur les variables (mesures prises sur le terrain), les objectifs de la réhabilitation et le projet en lui-même.

[Departement_IRSTEA]Eaux [TR1_IRSTEA]QUASARE; International audience; The management of lakes requires the definition of physico-chemical thresholds to be used for ecosystem preservation or restoration. According to the European Water Framework Directive, the limits between physico-chemical quality classes must be set consistently with biological quality elements. One wayto dothis consists in analyzing the response of aquatic communitiesto environmental gradients across monitoring sites and in identifying ecological community thresholds, i.e. zones in the gradients where the species turnover is the highest. In this study, fish data from 196 lakes in France were considered to derive ecological thresholds using the multivariate method of gradient forest. The analysis was performed on 25 species and 36 environmental parameters. The results revealed the highest importance of maximal water temperature in the distribution offish species. Otherimportant parametersincluded geographical factors, dissolved organic carbon concentration and watertransparency, while nutrients appearedto havelowinfluence. In spite ofthe diversity of species responses to the gradients, community thresholds were detected in the gradients of the most important physico-chemical parameters and of total phosphorus and nitrate concentrations as well. The thresholds identifiedin such macroecological studymay highlight new patterns of species natural distribution andimprove niche characterization. Moreover, when factors that may be influenced by human activities are involved, the thresholds could be used to set environmental standards for lake preservation.; La gestion des plans d'eau nécessite la définition de seuils physico-chimiques pour la préservation ou la restauration des écosystèmes. Selon la Directive Cadre européenne sur l'Eau, les limites de classes de qualité physico-chimiques doivent être fixées en cohérence avec les éléments de qualité biologique.Une façon de faire consiste à analyser les réponses des communautés aquatiques aux gradients environnementaux formés par les sites de monitoring et d'identifier des seuils écologiques de communautés, c'est-à-dire des zones dans les gradients où le turnover des espèces est le plus important. Dans cette étude, les données de pêches provenant de 196 plans d'eau ont été considérées pour rechercher des seuils écologiques avec la méthode de gradient forest. L'analyse a porté sur 25 espèces avec 36 paramètres environnementaux. Les résultats ont révélé que la température maximale était le facteur le plus important dans la distribution des espèces de poissons. Les autres paramètres importants étaient les facteurs géographiques, la concentration en carbone organique dissous et la transparence de l'eau alors que les nutriments semblaient avoir peu d'influence. Malgré la diversité de réponses des espèces aux gradients, des seuils de communautés ont été détectés dans les gradients des paramètres physico-chimiques les plus importants ainsi que dans ceux des concentrations en phosphore total et en nitrates. Les seuils identifiés dans une telle étude macroécologique peuvent faire apparaître de nouveaux patrons de distribution naturelle des poissons et améliorer la caractérisation des niches spécifiques. De plus, quand des facteurs influencés par les activités humaines sont impliqués, ces seuils pourraient être utilisés pour fixer des limites pour la protection des plans d'eau.

In many biological studies, statistical and data mining methods are extensively used to analyze the data and discover actionable knowledge. But, bad data quality causing incorrect analysis results and wrong interpretations may induce misleading conclusions and inadequate decisions. To ensure the validity of the results, avoid bias and data misuse, it is necessary to control not only the whole analytical pipeline, but most importantly the quality of the data with appropriate data preprocessing choices. Since various preprocessing techniques and alternative strategies may lead to dramatically different outputs, it is crucial to rely on a principled and rigorous method to select the optimal set of data preprocessing steps that depends both on the input data distributional characteristics and on the inherent characteristics of the targeted statistical or data mining methods. In this paper, we propose a method that selects, given a dataset, the optimal set of preprocessing tasks to apply to the data such that the overall data preprocessing output maximizes the quality of the analytical results for various techniques of clustering, regression, and classification. We present some promising results that validate our approach on biomonitoring data preparation.

Biodiversity indicators based on several taxons help identify the range of pressures on coastal dunes. Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences

article i nfo There is a critical need to document the long-term variability of the West African Monsoon (WAM) in the Sahel region. We present here a multidecadal proxy record of the past hydrology from AD 460 to 1090 in the Saloum Delta, Senegal. The Saloum Delta is a hypersaline estuary where the salinity and the water isoto- pic composition are highly sensitive to rainfall variations. The past hydrology was studied using the oxygen isotopic ratio of Anadara senilis fossil shells, since mollusk shell isotopic composition (δ 18

La multiplication des indicateurs écologiques et de leur usage dans l’action publique invite à mieux comprendre les cadrages normatifs qu’ils véhiculent. Cet article propose un cadre conceptuel pour étudier ces cadrages à partir des controverses qui ont émaillé la construction de ces indicateurs et leur usage. Il s’agit d’étudier les opérations de catégorisation et de quantification de l’environnement utilisées pour construire ces indicateurs. Comme d’autres représentations simplifiées du réel, ces indicateurs constituent des conventions sociales qui regroupent, mais aussi excluent, certaines réalités environnementales distribuées dans le temps et l’espace. De ce fait, elles peuvent s’aligner ou s’opposer à des processus politiques de construction territoriale ou de mobilisation autour d’une cause. Le cadrage écologique que ces représentations véhiculent peut alors servir un cadrage politique. La construction sociale de ces indicateurs doit également être analysée à la lumière des contraintes des financeurs et des utilisateurs de ces outils. Il importe alors de tenir compte des effets d’inertie induits par les données existantes et du type d’action qu’un indicateur permet de justifier en termes de relation causale et d’échelle de décision. Cet article introduit également l’ensemble des contributions de ce dossier en spécifiant comment chacune illustre l’appropriation politique des étapes de construction d’un indicateur écologique, la prime aux indicateurs existants et les effets de ces indicateurs en fonction des instruments d’action publique auxquels ils sont associés., Ecological indicators are widely used to support public action. Their proliferation requires critical appraisal of their normative framing. This article deploys a conceptual framework to reveal their underlying assumptions and worldviews through the critical exploration of the controversies raised during their making and use. It consists in focusing on processes of categorizing and quantifying the environment. Ecological indicators are simplified representations of reality. As such, they constitute social conventions which unite environmental realities existing in specific time and places, while excluding others. We study how they align or confront political constructions of territories or advocacy coalitions in relation to the causal relations they support and the scale at which they are built. We assess whether their ecological framing has become a resource for political framing. We question how far financial considerations and practical use have constrained the making and the use of indicators, with specific attention paid to path dependence from existing data. This article concludes by introducing the other contributions of this volume, by specifying how each one relates to the political appropriation of one or more designing steps of an ecological indicator, to the advantage of existing indicators, and to the effects of ecological indicators in policies.

La gouvernance de l’environnement dépend de la manière dont les acteurs se représentent l’évolution des milieux et des ressources naturelles. Dans ce contexte, l’information environnementale peut constituer un appui pour justifier ou remettre en cause des modes de gestion. Quand elle est produite dans ce but, l’information est un instrument d’action publique qui véhicule elle-même certains cadrages, plus ou moins favorables à des logiques de production ou de préservation. Cet article s’interroge sur le lien entre l’usage de certains indicateurs pour l’action publique et la logique de production ou de préservation qui motive cette action. En retraçant l’histoire de la régulation dans les secteurs hydrauliques et forestiers en France, nous montrons qu’il n’y a pas d’équivalence entre l’usage d’indicateurs écologiques et la logique de préservation. Dans le domaine forestier, l’information sur les milieux a plutôt servi les logiques sylvicoles et elle est principalement produite par les acteurs du secteur qui cherchent à mieux valoriser le bois. Dans le domaine de l’eau, l’information écologique a été un appui pour des acteurs qui dénonçaient les excès d’une logique productive centrée uniquement sur la ressource., Environmental governance is driven by social representations of natural resources and ecosystem conditions. Environmental knowledge is therefore a possible resource for stakeholders’ claims in favor of production or preservation policies. When produced for this purpose, environmental knowledge is a policy instrument. As such, it carries policy frames in favor of production or preservation. This article questions how the use of environmental indicators influences environmental policy. We trace back the history of forest and water regulation in France and we show that there is no one way relationship between the use of ecological indicators and preservation policies. In forests, ecosystem knowledge has rather supported forestry practices and is produced by production-oriented sectoral actors. In water, ecosystem knowledge empowered ecologists who opposed resource-centered productivist management.

La prolifération des algues vertes échouées sur les plages est un problème inscrit à l’agenda public depuis les années 1980 en Bretagne (France). Passé d’un problème essentiellement local au départ à un problème d’envergure nationale depuis la fin des années 2000, ce cas offre une illustration particulièrement frappante de cette idée que les indicateurs écologiques sont des entités éminemment politiques. Nous analysons l’imbrication du politique et du scientifique en suivant l’élaboration de tels indicateurs. À cet effet, nous mettons en perspective le processus de construction scientifique des indicateurs écologiques et le processus de construction politique des problèmes publics auxquels ils peuvent être rapportés. L’expertise scientifique autour des « algues vertes » se caractérise par un climat de fortes controverses qui l’a accompagnée sur un temps relativement long et qui l’a empêchée d’acquérir une véritable légitimité jusqu’à une période récente. Nous montrons la relative inefficacité du travail de démarcation entrepris par les protagonistes de la controverse, et en revanche l’impact positif de l’adoption de nouvelles catégories d’intervention elles-mêmes validées par une expertise d’État qui se pose en arbitre pour stabiliser la controverse., The proliferation of green algae found on Brittany beaches (France) has been on the agenda since the 1980s, first as a local problem, then lately as a full-fledged national stake. This case study provides a striking illustration of the idea that ecological indicators are highly political entities. We follow the design of such indicators and analyze how intertwined political and scientific matters appear to be. To this effect, we put into perspective the process of scientifically elaborating ecological indicators and the political process of framing the public problems to which they can be related. The scientific expertise around green algae blooms has been characterized by strong controversies for a prolonged period of time, up until recently. We show the relative inefficiency of the demarcation work undertaken by the actors of the controversy. On the contrary, we underline the positive impact of adopting new intervention categories, validated by the State expertise that posits itself as a referee to stabilize the controversy.

Les écosystèmes subissent à la foi la pression humaine et climatique depuis des décennies, ainsi l’évaluation de l’état écologique des paysages agraires du Burkina Faso est nécessaire pour mettre en évidence l’action humaine sur l’environnement. Dans le cadre de cette étude, l’objectif est de caractériser quatre zones agro-sylvo-pastorales pour comprendre l’interaction entre le climat, l’action humaine et l’écosystème le long d’un gradient pluviométrique. L’étude a été réalisée sur des gradients anthropiques recoupant les aires protégées, les zones de cultures et les zones pâturées dans quatre zones agro-sylvo-pastorales du Burkina Faso. Des relevés floristiques ont été effectués au niveau des sites de suivis écologiques mis en place, selon la méthode d’inventaire itinérante. La richesse spécifique de la flore a été décroissante le long du gradient pluviométrique et du gradient anthropique. L’analyse factorielle des correspondances des relevés floristiques a permis de séparer le domaine sahélien de la savane. Elle a permis également de représenter 3 types de paysages (aires protégées, zones de cultures et zones pâturées) dans chaque zone agro-sylvo-pastorale. La répartition paysagère s’est faite en fonction de l’occupation du sol, mettant ainsi en évidence l’action humaine. Les zones pâturées se présentent comme des zones à écologie intermédiaire entre les zones de cultures et les aires protégées., Evaluation of the ecological state of Burkina Faso landscapes is necessary to understand human action on environment. This study aimed at characterizing the study sites to understand interactions between climate, humans and ecosystems along a rainfall gradient. The study was carried out along anthropic gradients overlapping protected areas, cropping areas and grazing areas in four agro-sylvo-pastoral areas of Burkina Faso. Floristic inventories were conducted at ecological surveys sites, according to an itinerant inventory method. The floristic richness is decreasing along the rainfall gradient and anthropic gradients. Correspondence analysis of floristic surveys allowed us separating the sahelian to savannah area and representing three types of landscapes (protected, cropping and grazing areas) in each zone based on land use, thus proving human impacts on ecosystem. Human action and climate aridity seems to have the same effect on vegetation. Grazing areas appear as intermediate ecology zones between cropping areas and protected areas.

International audience; For decades, global climate change has directly and indirectly affected the structure and function of ecosystems. Abrupt changes in biodiversity have been observed in response to linear or sudden modifications to the environment. These abrupt shifts can cause long-term reorganizations within ecosystems, with communities exhibiting new functional responses to environmental factors. Over the last 3 decades, the Gironde estuary in southwest France has experienced 2 abrupt shifts in both the physical and chemical environments and the pelagic community. Rather than describing these shifts and their origins, we focused on the 3 inter-shift periods, describing the structure of the fish community and its relationship with the environment during these periods. We described fish biodiversity using a limited set of descriptors, taking into account both species composition and relative species abundances. Inter-shift ecosystem states were defined based on the relationship between this description and the hydro-physico-chemical variables and climatic indices defining the main features of the environment. This relationship was described using generalized linear mixed models on the entire time series and for each inter-shift period. Our results indicate that (1) the fish community structure has been significantly modified, (2) environmental drivers influencing fish diversity have changed during these 3 periods, and (3) the fish-environment relationships have been modified over time. From this, we conclude a regime shift has occurred in the Gironde estuary. We also highlight that anthropogenic influences have increased, which re-emphasizes the importance of local management in maintaining fish diversity and associated goods and services within the context of climate change.

International audience; Environmental governance is driven by social representations of natural resources and ecosystem conditions. Environmental knowledge is therefore a possible resource for stakeholders' claims in favor of production or preservation policies. When produced for this purpose, environmental knowledge is a policy instrument. As such, it carries policy frames in favor of production or preservation. This article questions how the use of environmental indicators influences environmental policy. We trace back the history of forest and water regulation in France and we show that there is no one way relationship between the use of ecological indicators and preservation policies. In forests, ecosystem knowledge has rather supported forestry practices and is produced by production-oriented sectoral actors. In water, ecosystem knowledge empowered ecologists who opposed resource-centered productivist management.; La gouvernance de l'environnement dépend de la manière dont les acteurs se représentent l'évolution des milieux et des ressources naturelles. Dans ce contexte, l'information environnementale peut constituer un appui pour justifier ou remettre en cause des modes de gestion. Quand elle est produite dans ce but, l'information est un instrument d'action publique qui véhicule elle-même certains cadrages, plus ou moins favorables à des logiques de production ou de préservation. Cet article s'interroge sur le lien entre l'usage de certains indicateurs pour l'action publique et la logique de production ou de préservation qui motive cette action. En retraçant l'histoire de la régulation dans les secteurs hydrauliques et forestiers en France, nous montrons qu'il n'y a pas d'équivalence entre l'usage d'indicateurs écologiques et la logique de préservation. Dans le domaine forestier, l'information sur les milieux a plutôt servi les logiques sylvicoles et elle est principalement produite par les acteurs du secteur qui cherchent à mieux valoriser le bois. Dans le domaine de l'eau, l'information écologique a été un appui pour des acteurs qui dénonçaient les excès d'une logique productive centrée uniquement sur la ressource.

International audience; For decades, global climate change has directly and indirectly affected the structure and function of ecosystems. Abrupt changes in biodiversity have been observed in response to linear or sudden modifications to the environment. These abrupt shifts can cause long-term reorganizations within ecosystems, with communities exhibiting new functional responses to environmental factors. Over the last 3 decades, the Gironde estuary in southwest France has experienced 2 abrupt shifts in both the physical and chemical environments and the pelagic community. Rather than describing these shifts and their origins, we focused on the 3 inter-shift periods, describing the structure of the fish community and its relationship with the environment during these periods. We described fish biodiversity using a limited set of descriptors, taking into account both species composition and relative species abundances. Inter-shift ecosystem states were defined based on the relationship between this description and the hydro-physico-chemical variables and climatic indices defining the main features of the environment. This relationship was described using generalized linear mixed models on the entire time series and for each inter-shift period. Our results indicate that (1) the fish community structure has been significantly modified, (2) environmental drivers influencing fish diversity have changed during these 3 periods, and (3) the fish-environment relationships have been modified over time. From this, we conclude a regime shift has occurred in the Gironde estuary. We also highlight that anthropogenic influences have increased, which re-emphasizes the importance of local management in maintaining fish diversity and associated goods and services within the context of climate change.

Efficient use of by-products is essential as natural ressources are increasingly scarce. Industrial strategies to adress this issue are more efficient when they are developed on a system-based level, such as with regional industrial symbioses,rather then with individual or isolated approaches.Regional industrial symbiosis projects involve different industrial activities based on a territory and that are to be engaged collectively in order to make structural changes within the regional metabolism. This kind of project might be promoted by individuals or organisations legitimated by the whole of industrial symbiosis'actors. A facilitator group initiates the project, catalysing changes, based on a plausible promise of benefits. Those considered changes are gradually adapted and refined by the involved actors. In such a way, plausible benefits must match to their model of choice that comprises environmental, among others, dimensions.While methods and tools dedicated to environmental assessment of product were developped under strong research effort, the issue of environmental assessment fo regional industrial symbioses so far as has been weakly studied. For that purpose Life-cycle assessment (LCA) is presented as an ultimate environmental assessment method. However, LCA was not elaborated in oder to account for individual environmental perspective, nor to address structural system changes induced consequently to the implementation of a regional industrial sysbiosis nore its temporal effects on the environment, but instead LCA addresses global environmental issues related to a product. Starting from this analysis, and dealing with outcomes from social sciences, we propose to adopt an anthropocentric conception of the environment, as a system of complex subject-object relationships, for which we identify key elements of the perception of environemental consequences. Those key elements enable to build a logical basis composed of three environments that enable to cover, and thus to consider, actors' perception of environmental consequences related to the project. We present a participatory method that embeds this logical basis and suggests successively to 1) identify the environmental phenomena of interest related to the project, 2) design corresponding indicators considering concomitantly available data about the biophysical characteristics and scientific knowledge about the impact chains, 3) assess the environmental consequences. We illustrate the method and its epistemological foundations with a case study: a project that aims to recycle organic residues in agriculture in Réunion Island., L'usage efficient de matières résiduaires devient essentiel lorsque les ressources se raréfient. Afin de répondre à cette problématique par une approche industrielle, des stratégies à adopter sont plus efficientes lorsqu'elles sont développées à des échelles systémiques, notamment par des symbioses industrielles territoriales (SIT), plutôt qu'à un niveau individuel ou isolé. Un projet de SIT invite ainsi différentes activités économiques présentes sur un territoire à s'engager de manière collective afin de modifier structurellement le métabolisme territorial. Ce type de projet peut être impulsé par des organisations ou individus légitimés par le réseau d'acteurs de la SIT en devenir. Une équipe facilitatrice peut initier la démarche en se basant sur la formulation d'une promesse plausible de bénéfices, progressivement adaptée avec la participation des acteurs qui concourent à la conception, puis l'implémentation des scénarios, dépendamment de leurs "modèles de décision", lesquels incluent entre autres des dimensions environnementales. Alors que l'évaluation environnementale de produits a fait l'objet d'intenses efforts de développements, la considération concrète de conséquences environnementales de projets de SIT reste très vaguement explorée et l'Analyse du cycle de vie (ACV) est présentée comme une méthode de choix pour l'évaluation environnementale de SIT. L'ACV n'intègre cependant ni le caractère subjectif de l'environnement pour appréhender le modèle de décision des acteurs, ni les changements structurels industriels pluriannuels induits par une SIT et leur effets sur l'environnement dans le temps. Partant de ces constats, et nous basant sur des recherches en sciences sociales, nous proposons une approche de conception anthropocentrée de l'environnement invitant à conceptualiser l'environnement comme un système de relations complexes sujet-objet, et pour lequel nous identifions des éléments clés de représentation de conséquences environnementales. L'identification de ces éléments clés nous a permis de constituer une base logique composée de trois environnements, permettant donc de couvrir la perception de --et donc de considérer conséquences sur-- l'environnement du point de vue des acteurs. Nous présentons une méthode participative qui intègre cette base logique et permet successivement 1) d'identifier les phénomènes environnementaux d'intérêt du projet de SIT, 2) de concevoir des indicateurs afférents au regard des connaissances relatives au territoire dans sa dimension biophysique et des mécanismes biophysiques mis en jeux, 3) d'estimer les conséquences environnementales du projet. Nous illustrons l'application de ces propositions méthodologiques pour un projet de gestion territorialisée de résidus organiques valorisés en agriculture à la Réunion.

International audience; Ecological indicators are widely used to support public action. Their proliferation requires critical appraisal of their normative framing. This article deploys a conceptual framework to reveal their underlying assumptions and worldviews through the critical exploration of the controversies raised during their making and use. It consists in focusing on processes of categorizing and quantifying the environment. Ecological indicators are simplified representations of reality. As such, they constitute social conventions which unite environmental realities existing in specific time and places, while excluding others. We study how they align or confront political constructions of territories or advocacy coalitions in relation to the causal relations they support and the scale at which they are built. We assess whether their ecological framing has become a resource for political framing. We question how far financial considerations and practical use have constrained the making and the use of indicators, with specific attention paid to path dependence from existing data. This article concludes by introducing the other contributions of this volume, by specifying how each one relates to the political appropriation of one or more designing steps of an ecological indicator, to the advantage of existing indicators, and to the effects of ecological indicators in policies.; La multiplication des indicateurs écologiques et de leur usage dans l'action publique invite à mieux comprendre les cadrages normatifs qu'ils véhiculent. Cet article propose un cadre conceptuel pour étudier ces cadrages à partir des controverses qui ont émaillé la construction de ces indicateurs et leur usage. Il s'agit d'étudier les opérations de catégorisation et de quantification de l'environnement utilisées pour construire ces indicateurs. Comme d'autres représentations simplifiées du réel, ces indicateurs constituent des conventions sociales qui regroupent, mais aussi excluent, certaines réalités environnementales distribuées dans le temps et l'espace. De ce fait, elles peuvent s'aligner ou s'opposer à des processus politiques de construction territoriale ou de mobilisation autour d'une cause. Le cadrage écologique que ces représentations véhiculent peut alors servir un cadrage politique. La construction sociale de ces indicateurs doit également être analysée à la lumière des contraintes des financeurs et des utilisateurs de ces outils. Il importe alors de tenir compte des effets d'inertie induits par les données existantes et du type d'action qu'un indicateur permet de justifier en termes de relation causale et d'échelle de décision. Cet article introduit également l'ensemble des contributions de ce dossier en spécifiant comment chacune illustre l'appropriation politique des étapes de construction d'un indicateur écologique, la prime aux indicateurs existants et les effets de ces indicateurs en fonction des instruments d'action publique auxquels ils sont associés.

The aim of the international "4 per 1 000" initiative is to support States and non-governmental actors in their efforts towards a better management of carbon (C) stocks in soils. These stocks depend on the inputs and outputs of C in soils. Stocks are the result of intercon¬nected mechanisms acting at fine spatial scales, leading to stabilisation/destabilisation of the C present in organic matter (OM). The need to federate research on these mechanisms and their effects on C stocks in a context of local and global changes (land uses, agricultural practices, climatic and soil conditions, etc.) led to the creation in 2015 of a group of french researchers, CarboSMS. This is the synthesis of the seminar dedicated to this issue. In the first part, we present recent advances in the understanding of soil C stabilisation mechanisms. Biotic mechanisms correspond to the effects of plants (main source of C through litter and root systems), microorganisms (fungi and bacteria) and ecosystem engineers (earthworms, termites, ants) on organic C stocks in soils. Abiotic processes are related to the physical structure of soils, to the organization of their porosity and to their mineral fraction : inclusion of the OM in aggregates, association with minerals, etc. These biotic and abiotic mechanisms take place concomitantly and interact. In the second part, we discuss the effects of agricultural practices on soil C stocks. By acting on biotic as well as abiotic mechanisms, land use and management specificities (choice of plant species and density, plant residue exports, amendments, fertilization, tillage, etc.) drive not only the spatial and temporal organic inputs into soils, but also the OM sensitivity to mineralisation. The complexity of the interactions between the different mechanisms and their effects on C stocks are evidenced by meta-analyses and long-term field studies. Organic C stabilisation mechanisms in soils are studied at fine spatial scales (mm-μm) under controlled conditions. The third part of this article addresses the issues of upscaling (up to the plot and to global scale) and validating the action of specific mechanisms in different soil and climatic contexts, before taking them into account in large scale models to improve predictions of the changes in soil C stocks. Finally, this literature review highlights some perspectives for future research aiming at preserving or even increasing C stocks. These perspectives focus on the mechanisms, the effects of agricultural practices on these mechanisms, and on predictive models of C stocks.; La iniciativa internacional "4 por 1 000" tiene como ambición sostener Estados y actores no gubernamentales en sus esfuerzos hacia una mejor gestión de los stocks de carbono (C) de los suelos. Estos stocks dependen de las entradas y salidas de C en los suelos. Los stocks son la consecuencia de mecanismos interconectados, que actúan a una escala espacial fina, que conducen al almacenaje o al desalmacenaje del C presente en las materias orgánicas (MO). Aparece necesario federar los investigadores sobre estos mecanismos y su acción sobre los stocks de C en un contexto de cambio local o global (uso de los suelos, prácticas agrícolas, condiciones climáticas o edáficas, etc.), lo que lleva a la creación del colectivo de investigadores CarboSMS. Este artículo es la síntesis del seminario dedicado a esta cuestión. La primera parte presenta los avances recientes sobre la compren¬sión de los mecanismos de estabilización. Los mecanismos bióticos corresponden a los efectos de las plantas (principal fuente de C, en particular a través de sus sistemas radiculares), de los microorganismos (hongos y bacterias) y de los ingenieros del ecosistema (lombrices, termitas, hormigas) sobre los stocks de C orgánico del suelo. Los procesos abióticos son ligados a la estructura física del suelo, a la organización de su porosidad y a su fracción mineral : inclusión de la MO en los agregados, asociación a los minerales, etc. Estos mecanismos bióticos y abióticos se desarrollan de manera concomitante y en interacción. La segunda parte discute de los efectos de las prácticas agrícolas sobre los stocks de C de los suelos. La elección de las especies vegetales y de su densidad de plantación, la intensidad de la extracción de los vegetales, la enmienda, la fertilización y el trabajo del suelo, etc. condicionan no solamente los aportes de MO al suelo en el tiempo y en el espacio, pero también la sensibilidad de estas MO a la mineralización, actuando sobre los mecanismos bióticos y abióticos. La complexidad de las interacciones entre los mecanismos y sus efectos en el tiempo sobre los stocks de C se constata por los meta-análisis y los estudios de terreno de larga duración. Se estudian los mecanismos de estabilización del C orgánico en los suelos a escala espacial fina (mm-μm), en condiciones especificas. La tercera parte de este artículo discuta proposiciones concretas para abordar las cuestiones del cambio de escala (hasta la parcela y al nivel global) y de la validación de la acción de un mecanismo en diferentes contextos pedo-climáticos antes de tomarlo en cuenta en los modelos a larga escala para mejorar las previsiones de evolución de los stocks de C de los suelos. En fin, en una óptica de preservar mejor los stocks de C, incluso de aumentarlos, esta revisión bibliográfica nos permite hacer proposi¬ciones para los ejes de investigaciones futuras sobre los mecanismos, los efectos de las prácticas agrícolas sobre estos mecanismos, y los modelos de predicción de los stocks de C.; L’initiative internationale "4 pour 1 000" a pour ambition de soutenir États et acteurs non gouvernementaux dans leurs efforts vers une meilleure gestion des stocks de carbone (C) des sols. Ces stocks dépendent des entrées et sorties de C dans les sols. Ils sont la consé¬quence de mécanismes interconnectés, agissant à une échelle spatiale fine, qui conduisent au stockage ou déstockage du C présent dans les matières organiques (MO). Il apparaît nécessaire de fédérer les recherches sur ces mécanismes et leur action sur les stocks de C dans un contexte de changement local ou global (usage des sols, pratiques agricoles, conditions climatiques ou édaphiques, etc.), ce qui a conduit à la création du collectif de chercheurs CarboSMS. Cet article est la synthèse d'un séminaire dédié à cet enjeu. La première partie présente les avancées récentes sur la compréhension des mécanismes de stabilisation. Les mécanismes biotiques correspondent aux effets des plantes (principale source de C, notamment à travers leurs systèmes racinaires), des micro-organismes (champignons et bactéries) et des ingénieurs de l’écosystème (vers de terre, termites, fourmis) sur les stocks de C organique du sol. Les processus abiotiques sont liés à la structure physique du sol, à l’organisation de sa porosité et à sa fraction minérale : inclusion de la MO dans les agrégats, association aux minéraux, etc. Ces mécanismes biotiques et abiotiques se déroulent de façon concomitante et en interaction. La deuxième partie discute des effets des pratiques agricoles sur les stocks de C des sols. Le choix des espèces végétales et de leur densité de plantation, l’intensité du prélèvement des végétaux, l’amendement, la fertilisation et le travail du sol, etc. conditionnent non seulement les apports de MO au sol dans le temps et l’espace, mais aussi la sensibilité de ces MO à la minéralisation, en agissant sur les mécanismes, biotiques comme abiotiques. La complexité des interactions entre les mécanismes et leurs effets dans le temps sur les stocks de C sont mis en évidence par les méta-analyses et les études de terrain de longue durée. Les mécanismes de stabilisation du C organique dans les sols sont étudiés à fine échelle spatiale (mm-μm), dans des conditions spéci¬fiques. La troisième partie de cet article discute de propositions concrètes pour aborder les questions du changement d’échelle (jusqu’à la parcelle et au niveau global) et de la validation de l’action d’un mécanisme dans différents contextes pédo-climatiques avant de le prendre en compte dans des modèles à large échelle pour améliorer les prévisions d’évolution des stocks de C des sols. Enfin, dans une optique de mieux préserver les stocks de C, voire de les augmenter, cette revue bibliographique nous permet de faire des propositions pour les axes de recherches futures sur les mécanismes, les effets des pratiques agricoles sur ces mécanismes, et les modèles de prédiction des stocks de C.

French regulations increasingly require that offset compensate not only wetland surfaces but also wetland functions when impact related to development occurs on these ecosystems. In recognition for the need of a reliable method that could be used to assess wetland functions in a reasonable time and with simple equipment, a prototype of rapid assessment method (half a day in office, half a day in the field) was developed (Gayet et al., 2016). Based on an important bibliographic work, this method (called MEFZH in this article) allows to calculate a large set of indicators related to hydrological, biogeochemical and environmental functions. In order to validate this method for the country of Isère, we checked it's reproducibility and compared the results obtained on a given site with more detailed data from the wetlands' monitoring program RhoMéO.The reproductibility of MEFZH was good for 38 out of 41 indicators. Also, we showed that there was a significant relationship between several MEFZH indicators and the RhoMéO data. It was not the case, however, for two indicators related to environmental function. These results were taken into account in the final version of the method. As a conclusion, we discuss the limits of our approach. Because RhoMéO program provided few data related to biogeochemical processes, we recommend to constitute a network of wetlands for which exhaustive data exist, especially concerning those processes, in order to validate with field data the indicators of MEFZH that were based exclusively on bibliographical work.; Certains SDAGE demandent la compensation des fonctions des zones humides en cas d'impact sur ces milieux par des aménagements. Afin de répondre à cette demande, un prototype de méthode d'évaluation rapide (½ journée au bureau, ½ journée sur le terrain) des fonctions des zones humides (MEFZH) a été développé (MNHN et al., 2016). Basé sur un important travail bibliographique, il repose sur le calcul d'indicateurs associés aux fonctions hydrologiques, biogéochimiques et d'accomplissement du cycle biologique des espèces (« habitat » pour simplifier). Durant une démarche de validation de la méthode dans le département de l'Isère, nous avons étudié sa reproductibilité et comparé les résultats obtenus avec des données plus approfondies issues du programme de suivi des zones humides RhoMéO. La reproductibilité de la méthode a pu être validée pour 38 indicateurs sur 41. En outre, une relation significative a été démontrée entre plusieurs indicateurs de la méthode rapide et les données issues du programme RhoMéO. Ce n'était cependant pas le cas pour deux indicateurs de la fonction « habitat » dans le site, qui se sont avérés peu pertinents. Ces résultats ont été pris en compte dans la version finale de la méthode. En conclusion, nous discutons de l'intérêt et des limites de notre approche et recommandons une mise en réseau de zones humides disposant de données approfondies en particulier sur les processus biogéochimiques, peu disponibles en Isère avec RhoMéO, afin de conforter la validation des indicateurs de la méthode rapide obtenus sur la base de la bibliographie par des données de terrain plus larges.

International audience; Cet article étudie les dynamiques de débat dans le champ institutionnel global des politiques de protection de la biodiversité. Il analyse les processus d’alliances et d’enrôlements qui s’y jouent entre organisations non gouvernementales de conservation, acteurs académiques (écologues puis économistes) et organisations internationales publiques. Il montre ainsi combien le débat est conditionné et spécifiquement orienté par la construction de bases de données, métriques et indicateurs sur la biodiversité. Initialement construit autour de l’idée de conservation d’espaces et d’espèces remarquables, le débat s’est élargi et enrichi dans les dernières décennies à partir de la notion de services écosystémiques. Pour autant, les politiques publiques globales restent organisées autour d’un instrument central : les aires protégées.

1. While fish-based Indices of Biotic Integrity (IBIs) have been developed for a wide array of lotic systems, equivalent tools have seldom been adapted to the monitoring and assessment of lakes. Major difficulties arise in such work: (i) collecting data that allow statistically robust analyses, (ii) choosing the relevant variables to describe the biotic, environmental and anthropogenic data sets and (iii) assessing the relative importance of the latter two in explaining the former. The aim of the present paper is to produce such an assessment for the fish communities of the lakes of north-east USA. 2. Fish surveys, environmental features and catchment-scale descriptors of human stresses (agricultural and urban land-uses) were collected for 112 natural lakes. 3. Fish metrics, i.e. species richness and percentages of species belonging to reproductive, trophic, and tolerance guilds, were regressed against anthropogenic variables, then against anthropogenic variables and the natural environmental conditions. 4. It was shown that failing to control for the natural environmental conditions in the IBI construction led to selecting metrics (percentage of intolerant species and percentage of omnivorous species) that did not display response to stresses when the environment was controlled for. Moreover, controlling for natural variability of the metrics allowed identifying the impact of agricultural land-use on the percentage of diadromous species. 5. Fish communities appear valuable for the bioassessment of lakes. Appropriate statistical methods have proved that the natural variability in the bioassessment tools could be accounted for, thereby allowing assessments at the scale of multiple basins and ecoregions. This opens new perspectives for the development of IBIs for lentic systems in lake-poor regions, such as southern Europe, and therefore represents a significant contribution to the implementation of the European Water Framework Directive. Copyright © 2007 John Wiley & Sons, Ltd.

International audience; Understanding how external pressures impact ecosystem structure and functioning is essential for ecosystem-based approaches to fisheries management. We quantified the relative effects of fisheries exploitation and environmental conditions on ecological indicators derived from two different data sources, fisheries catch data (catch-based) and fisheries independent survey data (survey-based) for 12 marine ecosystems using a partial least squares path modeling approach (PLS-PM). We linked these ecological indicators to the total biomass of the ecosystem. Although the effects of exploitation and environmental conditions differed across the ecosystems, some general results can be drawn from the comparative approach. Interestingly, the PLS-PM analyses showed that survey-based indicators were less tightly associated with each other than the catch-based ones. The analyses also showed that the effects of environmental conditions on the ecological indicators were predominantly significant, and tended to be negative, suggesting that in the recent period, indicators accounted for changes in environmental conditions and the changes were more likely to be adverse. Total biomass was associated with fisheries exploitation and environmental conditions; however its association with the ecological indicators was weak across the ecosystems. Knowledge of the relative influence of exploitation and environmental pressures on the dynamics within exploited ecosystems will help us to move towards ecosystem-based approaches to fisheries management. PLS-PM proved to be a useful approach to quantify the relative effects of fisheries exploitation and environmental conditions and suggest it could be used more widely in fisheries oceanography.

17 pages, 7 figures, 6 tables, supplementary material http://dx.doi.org/10.1016/j.jmarsys.2015.03.006, We developed an ecological model to characterize the structure and functioning of the marine continental shelf and slope area of the northwestern Mediterranean Sea, from Toulon to Cape La Nao (NWM model), in the early 2000s. The model included previously modeled areas in the NW Mediterranean (the Gulf of Lions and the Southern Catalan Sea) and expanded their ranges, covering 45,547 km2, with depths from 0 to 1000 m. The study area was chosen to specifically account for the connectivity between the areas and shared fish stocks and fleets. Input data were based on local scientific surveys and fishing statistics, published data on stomach content analyses, and the application of empirical equations to estimate consumption and production rates. The model was composed of 54 functional groups, from primary producers to top predators, and Spanish and French fishing fleets were considered. Results were analyzed using ecological indicators and compared with outputs from ecosystem models developed in the Mediterranean Sea and the Gulf of Cadiz prior to this study. Results showed that the main trophic flows were associated with detritus, phytoplankton, zooplankton and benthic invertebrates. Several high trophic level organisms (such as dolphins, benthopelagic cephalopods, large demersal fishes from the continental shelf, and other large pelagic fishes), and the herbivorous salema fish, were identified as keystone groups within the ecosystem. Results confirmed that fishing impact was high and widespread throughout the food web. The comparative approach highlighted that, despite productivity differences, the ecosystems shared common features in structure and functioning traits such as the important role of detritus, the dominance of the pelagic fraction in terms of flows and the importance of benthic–pelagic coupling, Xavier Corraleswas partially supported by an IOLR scholarship.Marta Collwas partially supported by the EC Marie Curie CIG grant to BIOWEB and the Spanish Research Program Ramon y Cajal. This is a contribution to ECOTRANS Spanish PN project and to DESSIM Israeli project