Search

Submitted by Roberto Carlos Burbano Villavicencio (rburbano@espol.edu.ec) on 2019-09-19T15:24:21Z No. of bitstreams: 1 Tese Roberto Burbano Version FINAL.pdf: 2349712 bytes, checksum: dd2144b5b5a1d69257371ed8a1be35eb (MD5) Approved for entry into archive by Laudicélia Martins Arantes (lm.arantes@unesp.br) on 2019-09-19T18:56:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 villavicencio_rcb_dr_jabo.pdf: 2349712 bytes, checksum: dd2144b5b5a1d69257371ed8a1be35eb (MD5) Made available in DSpace on 2019-09-19T18:56:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 villavicencio_rcb_dr_jabo.pdf: 2349712 bytes, checksum: dd2144b5b5a1d69257371ed8a1be35eb (MD5) Previous issue date: 2019-03-29 Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (AIUP) RESUMO – O vírus do amarelinho (Sugarcane yellow leaf virus, SCYLV) e o vírus do mosaico (Sugarcane mosaic virus, SCMV) são duas importantes viroses que afetam os canaviais dos países produtores de cana-de-açúcar no mundo. As principais características da resistência a essas viroses, as metodologias de avaliação em campo, quantificação viral e as fontes de resistência foram estudadas neste trabalho. Para atingir esse objetivo foi estabelecido um painel com 98 genótipos do gênero Saccharum spp. provenientes do banco ativo de germoplasma do Centro de Cana - IAC (Instituto Agronômico de Campinas). A resposta dos genótipos ao SCYLV e SCMV foi avaliada em campo utilizando uma escala diagramática de notas de sintomas e a concentração viral do SCYLV foi determinada mediante DAS-ELISA e RT-qPCR. Os genótipos do painel susceptíveis ao SCMV foram amostrados e uma análise de sequenciamento da sequência parcial do gene que codifica a capa proteica foi feita para determinar a estirpe predominante no ensaio. Adicionalmente, e com o intuito de identificar marcadores moleculares associados com resistência ao SCYLV e SCMV, foi realizado um estudo de análise de associação entre marcas moleculares e notas de severidade de sintomas. O painel foi genotipado com 955 marcas polimórficas usando AFLP e SSR e submetido a análise de regressão linear simples. Um total de 29 genótipos foram categorizados como resistentes para o SCYLV e 72 para SCMV, considerando que a estirpe predominante causadora dos sintomas de mosaico é a SCMV-RIB1. A principal fonte de resistência aos vírus estudados, provavelmente, é composta de acessos de Saccharum spontaneum e, em menor proporção, de Saccharum robustum. Para o amarelinho, houve uma baixa correspondência entre sintomas expressos e concentração de vírus presente nos tecidos amostrados, principalmente nos genótipos categorizados como moderadamente resistentes e moderadamente suscetíveis. Quatro marcas (AFLP289, AFLP703, AFLP424 e AFLP384) foram identificadas como associadas à susceptibilidade à doença (p

O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio da análise de mapeamento associativo, os marcadores moleculares relacionados à produtividade do arroz de terras altas e aos seus caracteres componentes. Foram usadas 113 linhagens e cultivares de arroz de terras altas, da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa, com reduzido vínculo genético entre si. Os seguintes caracteres componentes da produtividade foram avaliados: número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos. Dos 115 marcadores utilizados, 25 (21,7%) associaram-se significativamente a um ou mais caracteres. Entre os 29 SSR ("simple sequence repeats") colocalizados em QTL ("quantitative trait loci") de produtividade de arroz, 12 foram associados aos caracteres avaliados e considerados como candidatos para uso na seleção assistida por marcadores. Os marcadores NP914540, Q6ZGD1 e Q69JE3, associados ao número de grãos por panícula, ainda não foram anotados no arroz e podem constituir o ponto de partida para estudos de genômica funcional. Entre os marcadores derivados de sequências transcritas, NP914526 e NP914533 destacam-se por pertencer a rotas metabólicas relacionadas ao aumento do potencial produtivo de arroz. The objective of this work was to identify, through analysis of associative mapping, the molecular markers related to upland rice yield and its component traits. One hundred thirteen lines and cultivars of upland rice, with reduced admixture, from the Rice Core Collection of Embrapa, were used. The following yield component traits were evaluated: number of panicles per meter, number of grains per panicle, and weight of 100 grains. Out of the 115 used markers, 25 (21.7%) were significantly associated with one or more traits. Among the 29 SSR (simple sequence repeats) co-located in yield QTL (quantitative trait loci) in rice, 12 were associated with the evaluated traits and considered candidates for use in marker-assisted selection. The markers NP914540, Q6ZGD1, and Q69JE3, associated with the number of grains per panicle, are not yet annotated in rice and should constitute the starting point for functional genomics studies. Among the markers derived from transcribed sequences, NP914526 and NP914533 stand out for belonging to metabolic pathways related to increased yield potential of rice.

O arroz é consumido por mais da metade da população mundial. As expectativas de aumento substancial da população, e consequentemente aumento do consumo, têm demonstrado que a produção atual da cultura não suprirá a demanda. A produção de grãos do arroz é uma característica complexa determinada pelos seus três componentes: número de panículas, número de grãos por panícula e peso de grãos, os quais são típicos caracteres quantitativos. A evolução no mapeamento do genoma, o sequenciamento e as pesquisas em genômica funcional têm fornecido ferramentas poderosas para estudar as bases genética e molecular desses caracteres quantitativos. Buscando identificar regiões genômicas responsáveis pela produtividade e componentes de produção (número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos), foi realizada a análise de mapeamento associativo. O mapeamento associativo foi realizado com dois tipos de marcadores SSR: a) marcadores fluorescentes, e b) marcadores desenvolvidos a partir de transcritos de regiões genômicas ancoradas por marcadores previamente relacionados à produção e seus componentes por 27 análises de QTLs publicadas na literatura. Dessa forma, nesse trabalho foi utilizada uma metodologia híbrida de mapeamento associativo incluindo as técnicas de whole genome scanning e de genes candidatos. A caracterização molecular foi realizada em 186 acessos da coleção nuclear de arroz da embrapa (CNAE), sendo 76 acessos do sistema de cultivo irrigado e 113 do sistema de cultivo de sequeiro, selecionados por não apresentarem vínculo genético. Destes três acessos foram utilizados como testemunha em ambos experimentos, sendo BR Irga 409, Metica 1 e BRS Caiapó. Os acessos foram avaliados em dois experimentos de campo, um para os genótipos do sistema de cultivo irrigado, e outro para os do sistema de cultivo de sequeiro, no delineamento de blocos casualizados com 4 repetições. Foram avaliados os seguintes caracteres: Número de panículas por metro (NPM), Número de grãos por panícula (NGP), Peso de 100 grãos (PCG) e Produtividade em kg.ha-1 (Prod). Para a análise de associação foram utilizados 29 marcadores SSR derivados de transcritos e 86 marcadores SSR derivados de sequências do DNA estrutural. Em relação as análises fenotípicas, os coeficientes de variação obtidos foram consistentes de acordo com o sistema de cultivo. Para os acessos de arroz irrigado foi verificada correlação positiva para NPM e Prod (0,2424; p