The aim of the thesis is the study of the reconstitution of the high altitude lakes story in a changing environment since 10 000 years and the study of the present state of the lakes. The first part explains the story of lakes in high mountains. In the first chapter, the localisation of the lakes is studied at the end of the late-glacial (younger Dryas, about 10200 BP). The second chapter shows the environment changes with the retreat of the glaciers and with the timberline fluctuations during the Holocene period. The two following chapters 3 and 4 describe the interactions between lakes and glaciers (formation-disappearance) during the historic period (little ice age, Contemporary period).Two methods are used to study these environment modifications : geomorphology analysis and dendrochronology applied to subfossil woods well-preserved in peats and lakes, then compared with other palaeoecological approaches (palynology, palaeoentomology, macro-remain, pedoanthracology). The second part is a synthesis about the present state of the high altitude lakes from new measures. First, in chapter 1, the lakes are studied astheir place in mountain society (dangerous lakes, turism, water resources...). Then, in chapter 2, the structure of the database and the methods of measures are developed. Four following chapters describe the lake diversity in the French Alps : location, identification and inventory, morphometry and geomorphology (chapter 3), hydrology and thermic variations, snow cover and ice sheet, its duration (chapters 4 and 5), transparence, mineralisation, oxygenation (chapter 6) abstracted in a typology (multivariate analysis) which is developed in the chapter 7. An atlas gathers together the bathymetric maps and photographs of 43 lakes among the lakes which are studied by the author., L'objectif de cette thèse est de reconstituer l'histoire des lacs d'altitude dans un environnement marqué par des changements profonds depuis 10000 ans et de proposer une vue d'ensemble de l'état actuel des lacs d'altitude dans les Alpes françaises. La première partie est consacrée à l'histoire des lacs au sein des milieux de haute montagne en ayant recours à deux approches, l'analyse géomorphologique et la dendrochronologieappliquée aux bois subfossiles conservés dans les lacs et les tourbières. Les résultats sont confrontés aux données des autres disciplines paléoécologiques dans l'exemple du massif du Taillefer (palynologie, paléoentomologie, pédoanthracologie, étude des macro-restes).Un premier chapitre étudie la position des lacs par rapport à l'extension des glaciers à la fin du Tardiglaciaire (Dryas récent, vers 10200 BP). Le chapitre 2 montre les changements d'environnement des lacs, consécutifs au retrait des glaciers et aux fluctuations de la limite supérieure de la forêt, au cours de l'Holocène. Les deux chapitres suivants 3 et 4 mettent en évidence les interactions lacs-glaciers (création-disparition des lacs en fonction des variations des glaciers) pendant la période historique (petit âge glaciaire, période contemporaine). La deuxième partie étudie les lacs dans leur état actuel. Dans le chapitre 1, les lacs sont replacés dans le contexte de la société (risque de vidange lacustre, ressource en eau, tourisme...). Le deuxième chapitre présente la structure de la base de données relationnelle comprenant 530 lacs naturels situés à plus de 1400 md'altitude et de superficie supérieure ou égale à 0,5 ha et les méthodes d'acquisition des données, en particulier, des données terrain (bathymétrie, mesures physiques et chimiques).Les chapitres 3, 4, 5, 6 et 7 présentent les résultats des mesures, les analyses de toutes les données disponibles pour caractériser et donner une vue d'ensemble de la diversité des lacs d'altitude des Alpes françaises : localisation, identification et inventaire, morphométrie et morphologie des cuvettes lacustres (chapitre 3), étude hydrologique comprenant bassins versants, régimes hydrologiques et variations saisonnières du niveaudes lacs (chapitre 4), régimes thermiques, gel et couverture de glace (chapitre 5), minéralisation, transparence et oxygénation (chapitre 6). Enfin le chapitre 7 propose une classification des lacs d'altitude alpins à partir des informations recueillies et des typologies antérieures, typologies primaires en fonction des paramètres physiques et chimiques et des bassins versants (analyse multivariée). En annexe, un atlas rassemble les cartes bathymétriques de 43 des lacs étudiés par l'auteur, et des photographies de ces lacs.