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L’exercice 2020 constitue la première année de la mise en œuvre des programmes de sixième génération qui couvre la période 2020 – 2023. Cette génération de Programmes conserve les vingts programmes de recherche. Concernant la mission de formation assignée au CNRA, nous signalons que deux cent quatorze étudiants ont été encadrés cette année dans le cadre de stages. On note parmi ceux-ci six nouveaux doctorants. La formation de producteurs ou du personnel d’encadrement aux bonnes pratiques agricoles a été faite. La participation du CNRA aux atéliers, conférences et reunions a été effective. Les nombreux séjours scientifiques hors de Côte d’Ivoire concourent également au renforcement des capacités des chercheurs. La production d’articles scientifiques et 31 000 téléchargements des fiches techniques disponibles sur le site internet du CNRA. La direction générale du CNRA renouvelle son engagement à satisfaire ses clients à travers des produits et services de qualité. La valorisation des resultats de recherche permet de financer en partie les activités que nous menons. Après la certification de notre du système de production et de commercialisation de semences de palmier à huile nous comptons engager la demarche qualité vers d’autres produits. Le CNRA maintient ses relations avec les principaux partenaires. Il participe aux fora internationaux sur la recherche agricole tropicale, et africaine en particulier, et aux instances décisionnelles de l’organisation régionale de la recherche agricole en Afrique de l’Ouest et du Centre (CORAF). Au niveau international, le CNRA a maintenu sa notoriété par sa participation active à tous les rendez-vous scientifiques régionaux et mondiaux. Nous souhaitons que chacun trouve dans ce document les informations dont il a besoin.

Intensified livestock production is considered as a promising pathway for smallholder farmers. Nevertheless, this pathway may entail prohibitive investment requirements of labour, capital or trade-offs at farm level that preclude sustainable intensification. We used fuzzy cognitive mapping (FCM) to assess farmers' perceptions of changes in the farm household system resulting from adding livestock to their mixed farms. Farmers identified trade-offs between the increased income and farmyard manure production versus increases in labour requirements for fodder imports. Furthermore, a sensitivity analysis performed on the FCMs showed that an increase in milk market demand could have strong positive effects on livestock production and income. We conclude that FCM is a good tool to rapidly identify trade-offs and analyse perceptions of farmers which revealed that although they consider intensification a promising strategy, the perceived deepening of labour constraints and increasing dependency on fodder import makes a concurrent (sustainable) intensification of these farm systems unlikely.

The ongoing COVID-19 crisis has emphasized more than ever the relevance of wildlife as a potential source of pathogens for other species, including humans, and the potential importance that interactions with wildlife can have on global health. Nevertheless, in the veterinary world, the concept of wildlife as a potential reservoir and source of pathogens detrimental to livestock production and health has been known for centuries. Well-known examples of livestock diseases in which the interface with wildlife plays, or has played, an important role include rinderpest, avian influenza, foot and mouth disease (FMD), and African swine fever (ASF). Rinderpest, caused by a morbillivirus of the family Paramyxoviridae, is one of only two diseases that have been globally eradicated (the other being smallpox in humans), after having caused major disease outbreaks in domestic and wild artiodactyl species for centuries. After a globally coordinated eradication campaign, the World Organisation for Animal Health (OIE) and the Food and Agriculture Organization (FAO) of the United Nations announced in 2011 that rinderpest virus had been eliminated from livestock, thus declaring global freedom from this disease (Hamilton et al., 2017). Circulation of rinderpest virus in endemic regions in wild susceptible species was an important consideration in the eradication campaign, and lack of recognition of wildlife reservoirs was one of the factors to which failure of initial campaigns in the 1960s and 70s was attributed (Morens et al., 2011). Other diseases, such as ASF and FMD, are still endemic and expanding across different regions of the world. FMD is estimated to be endemic in 77% of the global livestock population, in Africa, Asia, and some parts of South America (OIE, 2021a) and ASF is becoming endemic in Africa, Europe, Asia, and some parts of Oceania (OIE, 2021b). Efforts to control or eradicate these diseases are challenging, particularly in those areas where wild reservoir hosts contribute to their maintenance and spread. African swine fever virus (ASFV) has been known for more than a century to be maintained in the soft tick-warthog sylvatic cycle in natural savannah environments in East and Southern Africa. Occasional interactions between ASFV-infected ticks and domestic pigs have facilitated the dissemination of several ASFV genotypes into the domestic pig value-chain in Africa and subsequently into other parts of the world (Dixon et al., 2020). During the currently ongoing pandemic of ASF, the wild boar population in Europe has played a central role in the propagation of the virus into new areas. While most ASF spread appears to occur within domestic pig populations due to anthropogenic factors, incursions of ASFV into low biosecurity domestic pig farming systems from wild boar are also important (Brookes et al., 2021). Likewise, transboundary spread of FMD in susceptible domestic livestock such as cattle and pigs is commonly mediated by anthropogenic factors, such as movement of infected livestock, or the feeding of infected products to susceptible species (Di Nardo et al., 2011). However, in East and Southern Africa, the African buffalo interface plays an important role in maintaining FMD virus (FMDV) strains and disseminating them to adjacent susceptible livestock populations (Jori and Etter, 2016). These examples provide only a snapshot illustration of the potential role of wildlife on livestock disease and demonstrate the importance of the wildlife–livestock interface. At a planetary scale, several factors act as major drivers of increased wildlife–livestock interactions at these interfaces (Magouras et al., 2020). Critical drivers include the need to feed an ever-increasing world human population, which has altered the way in which livestock are farmed, the way in which we interact with the ecosystem, and climate change. These drivers not only increase the intensity and frequency of interactions between wildlife and potential spillover populations (e.g., humans and domesticated animals such as livestock) but also facilitate new transmission pathways for potential emerging pathogens. Some of the impacts of these interactions have been well-described in the literature, particularly those affecting livestock production and health. However, these interactions can also have very significant and devastating effects on wildlife populations and the environment. Importantly, circulation of undetected pathogens in the domestic and wild animal compartments also provides opportunity for the development of potentially dangerous emerging infectious diseases. In this review, we provide an overview of the drivers of wildlife–livestock interactions and their potential impacts on terrestrial livestock production. We define wildlife as any domesticated or non-domesticated species that is free-ranging and does not depend on mankind for food or reproduction. In addition, we present and discuss the major tools and methods to reduce wildlife–livestock contact and to mitigate its health implications, including biosecurity measures and the approaches and potential solutions for improved cohabitation between livestock and wildlife to encourage biodiversity and reduce negative impacts such as disease spillover.

Senegal is a country where millions of livelihoods directly depend on smallholder livestock production activities. Unfortunately, these farmers now face the effects of a changing climate and associated societal responses. In addition, the lack of understanding of the specific farmers’ problems in their respective production systems by assuming homogeneity has led to inappropriate planning of interventions and inefficient utilization of resources. The variations in individual farming systems and local contexts require to understand each system separately to inform decision-makers and relevant stakeholders about specific entries of intervention for farmers based on customized needs. Using a Fatick region case study, different statistical clustering techniques were adopted to develop a livestock typology that reflects the above realities. This typology confirmed the co-existence of three livestock production cluster systems with differences and similarities in their production targets and quantities, market access, animal breeds, and the livestock management system of the animals. The studied region represented a new format of smallholder livestock development, where the implementation of a dairy processor and its milk collection centre created a new dynamic in production activities. Farmers confirmed that the extension services and a consistent market opportunity provided by the dairy processor increased local productivity and offered an alternative source of income but they have also reiterated concerns like the dairy processor’s low milk buying prices which need to be addressed. To harness the growth and the regional opportunities, there is a need to establish robust and continuous collaboration structures between the Government, agro-industries, and producers. These public-private partnerships will help producers lower the cost of inputs and services and increase productivity while boosting local dairy production.

Il y a actuellement une pression mondiale pour revoir les pratiques d'utilisation des antimicrobiens (UAM) en production animale afin de limiter la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques. Conséquemment, les Producteurs de Poulet du Canada examinent la possibilité de réduire leur UAM en supprimant les antibiotiques médicalement importants en médecine humaine (AIM) des programmes préventifs avec la mise en place de leur stratégie de réduction de l’UAM. Cependant, les informations sont rares sur les conséquences de telles approches dans un contexte canadien. L'objectif de cette thèse était d'étudier les impacts sur les performances zootechniques, le contrôle des maladies intestinales et le microbiote cécal de deux stratégies de réduction de l'UAM dans des troupeaux commerciaux de poulets de chair par rapport à une UAM conventionnelle. Sur sept fermes commerciales de poulets de chair, un poulailler a été attribué aux traitements de réduction des antibiotiques pour six troupeaux consécutifs, tandis qu'un poulailler similaire sur le même site a été alloué à l'UAM conventionnelle (CONV) pour six troupeaux consécutifs (n = 84). Les stratégies de réduction des antibiotiques consistaient en l'utilisation continue d'ionophores dans l'alimentation sans (TX1) ou avec de l'acide butyrique (TX2). Aucune différence statistique (p > 0.05) n’a été notée entre TX1, TX2 et CONV sur les performances zootechniques et la santé intestinale. Les comptes d’oocystes d’Eimeria spp. étaient significativement (p < 0.05) inférieurs entre 22 et 34 jours d'âge dans les troupeaux CONV comparé aux TX1 et TX2. Le type de programme antibiotique a eu un impact relativement mineur (valeur R = 0.039), mais statistiquement significatif (p = 0.002), sur le microbiote cécal, tandis que les facteurs environnementaux ont montré les corrélations significatives (p = 0.001) les plus fortes avec le microbiote. Parmi les composantes du microbiote cécal associées à la croissance, le gain quotidien moyen (GMQ) était significativement associé à la Richesse bactérienne (p < 0.05). L’abondance relative de la famille bactérienne Lachnospiraceae fut la mesure la plus fortement corrélée à un GMQ augmenté, tandis que l’abondance relative de nombreuses familles bactériennes, incluant les Porphyromonadaceae, les Planococcaceae et les Veillonellaceae, fut corrélée à un faible GMQ. Ces taxons défavorables formaient un vaste réseau de corrélations positives entre elles, et négativement corrélées aux Lachnospiraceae. En conclusion, ces travaux ont contribué à améliorer la résilience de l'industrie avicole en fournissant des stratégies alternatives aux AIM pour prévenir les maladies intestinales. Des connaissances importantes sur le microbiote cécal des poulets de chair furent générées et pourront considérablement influencer les directions futures de la manipulation du microbiote pour favoriser la croissance. Par exemple, un paradigme important a été remis en question en illustrant que les additifs médicamenteux dans l'alimentation n’influencent que marginalement le microbiote cécal et que ce sont plutôt des facteurs environnementaux qui sont fortement impliqués dans la formation des communautés bactériennes cécales. La clé pour développer un microbiote cécal idéal chez les poulets de chair pourrait résider dans la capacité d'influencer ces facteurs, plus particulièrement l'exposition précoce à des communautés bactériennes bénéfiques et le contrôle de la flore résidente spécifique à la ferme., There is a global pressure to review current antimicrobial use (AMU) practices in animal production and limit large-scale propagation of antibiotic resistant microorganisms. Consequently, the Chicken Farmers of Canada are examining the possibility to responsibly reduce AMU by discontinuing medically important antibiotics (MIAs) for humans from disease prevention programs of broiler chicken flocks through the implementation of their Antimicrobial Use Reduction Strategy. However, information is sparse on the consequences of such approaches in a Canadian commercial poultry production context. The general objective of this thesis was to investigate the impacts of two strategies reducing AMU in commercial broiler chicken flocks on zootechnical performance, control of intestinal diseases and the cecal microbiota compared to conventional AMU. On seven commercial broiler chicken farms, a house was allocated to the antibiotic reduction treatments for six consecutive flocks, while a similar house on the same premises was assigned to the conventional AMU (CONV) for six consecutive flocks (n = 84). The antibiotic reduction strategies consisted of continuous in-feed ionophores without (TX1) or with butyric acid (TX2). There were no statistical differences (p > 0.05) between TX1, TX2 and CONV for zootechnical performance and intestinal health. Predicted Eimeria spp. oocysts were significantly lower (p < 0.05) between 22 to 34 days of age in CONV flocks compared to TX1 and TX2. The type of antibiotic program had a relatively minor impact (R-value = 0.039), but statistically significant (p = 0.002), on the cecal microbiota composition, while environmental factors such as the farm and flock cycle showed the strongest statistically significant (p = 0.001) correlations with the microbiota composition (R-values of 0.239 and 0.374, respectively). Amongst the cecal microbiota components associated with weight gain, the average daily gain (ADG) was significantly associated with bacterial Richness (p < 0.05). The relative abundance of the bacterial family Lachnospiraceae was the most important measure correlated with ADG, while the relative abundance of numerous bacterial families, including Porphyromonadaceae, Planococcaceae and Veillonellaceae, were correlated with decreased growth rate. These unfavourable taxa formed a large network of positive correlations, indicating potential co-occurring synergies between these undesirable taxa. This network was also negatively correlated to Lachnospiraceae. In conclusion, the findings in this work contributed to improve the sustainability of the modern poultry industry by providing feasible alternatives to the practice of using MIAs for the prevention of intestinal diseases in broiler chickens. This project also generated important knowledge on the cecal microbiota of broiler chickens that could considerably influence future directions of microbiota manipulation in a perspective of improving zootechnical performance. For instance, an important paradigm was challenged by the indication that in-feed antibiotics and prebiotics may only influence marginally the microbiota during grow-out. Rather, this work suggests environmental factors are strongly involved in shaping the bacterial communities residing in the ceca of broiler chickens. Hence, the key to successfully develop an ideal cecal microbiota in broiler chickens may reside in the ability to influence such factors, more specifically the early exposure to beneficial bacterial communities and the control of farm-specific resident flora.

Many countries in sub-Saharan Africa have recently gone through agricultural transformations towards increased production of commercial crops, primarily for export, to promote national economic growth. Rural populations are often at the center of such transformations as intended targets of State policies, though their roles in strategies for rural development and poverty alleviation are contested. We approach these changes not as a simple opportunity for accumulation, but rather as an instance of ‘rupture’, through which opportunities, risks and impacts are experienced differentially by the targeted farmers. With an example from Rwanda, we ask how the State’s policy strategy and attempts to construct "ideal agricultural subjects" resonate with the actual changes experienced by farmers themselves. We present three different empirical examples to show that a) when opportunities from agricultural transformation initially arise, only the wealthiest can capture them, and even then the government is seen as the main beneficiary; b) some priority crop growers experience an increase in income and savings due to higher productivity and better prices, while those who do not grow priority crops face land scarcity and lack of employment opportunities; c) requirements to upscale livestock production do not align with the strategies or capacities of many smallholders. We show that only endowed farmers with sufficient land and ability to engage in priority crops or livestock production can take advantage of the opportunities presented by agricultural transformation, while smallholders with constraints to their adoption of promoted changes face vulnerability to dispossession and poverty. We relate these findings to our broader conceptual frame, and encourage further research to explore the integration, modification, resistance to and impacts of idealized policies in Rwanda and across sub-Saharan Africa.

L’étude a caractérisé les différents segments de la filière porcine des villes de Pala et Moundou en zone des savanes au Tchad. Des enquêtes transversales et rétrospectives, associées à des observations directes, ont été menées auprès de producteurs, de transformateurs et de consommateurs répartis dans ces deux villes. Au total, 1318 porcs ont été dénombrés dont 354 femelles en âge de reproduction. Le nombre de mises bas moyen par an a été de 1,8 et la taille de la portée de 7,2 porcelets. La productivité numérique annuelle par femelle a été de 11 porcelets. Pour l’ensemble des carcasses transformées annuellement, plus de la moitié était traitée à Moundou, la seconde ville du Tchad. A Pala, les consommateurs ont préféré la viande grillée. A Moundou, les préférences ont été partagées entre la viande en friture, et la viande au four ou grillée. Les résultats ont aussi montré que l’élevage de porcs visait l’amélioration des revenus de la famille grâce à la vente d’animaux, et la production d’animaux autoconsommés. Par la diversité des produits transformés, les activités de transformation et de préparation alimentaire, les acteurs de la filière ont mis à la disposition des consommateurs des aliments carnés à un coût relativement modéré. Les innovations majeures observées dans la filière étaient une porcherie améliorée, un abattoir privé, une société d’élevage et de commercialisation des viandes, et une boucherie-charcuterie pour la transformation et la distribution. La production, la transformation et la commercialisation de la viande porcine ont généré des emplois et amélioré le revenu des différents acteurs de la filière.

Introduction Ce chapitre décrit les liens interdépendants entre la santé humaine et animale en tenant compte de la sécurité alimentaire et nutritionnelle. Les aspects phytosanitaires apparaissent aussi clairement comme indissociables (chap. 22). Une étude de cas récente et des recherches en cours sont présentées pour illustrer la valeur ajoutée d’une coopération plus étroite entre les différents secteurs en lien avec la santé et...

Introduction Ce chapitre traite du rôle des sciences sociales dans la compréhension des perspectives individuelles et communautaires de la santé et de la maladie chez les animaux et les humains. Les sciences sociales sont « l’étude de la société et la manière dont les gens se comportent et influent sur le monde qui les entoure » (International Health Group, 2007). Elles englobent un éventail de disciplines savantes ou scientifiq...

Introduction L’épidémiologie est « l’étude de la fréquence, de la distribution et des déterminants de la santé et des maladies au sein des populations » (Martin et al., 1987). La philosophie est une approche systématique de « la nature fondamentale de la connaissance, de la réalité et de l’existence ; la base théorique de la connaissance ou de l’expérience ; l’exploration systématique des concepts, des vérités, des états de croy...

Introduction Plus de 60 % des maladies infectieuses humaines sont imputables à des agents pathogènes communs avec les animaux (Karesh et al., 2012). Bien qu’un vaste corpus de connaissances existe sur la transmission intraspécifique des maladies infectieuses, nous en savons étonnamment peu sur la dynamique de transmission d’agents pathogènes zoonotiques entre espèces (Lloyd-Smith et al., 2009). Toutefois, pour comprendre...

Introduction Dans le chapitre 2, nous avons proposé une définition pratique de One Health comme valeur ajoutée en termes de santé humaine et animale, d’économies financières ou de services environnementaux, ce qui est possible en faisant coopérer les médecines humaine et vétérinaire comme deux médecines fonctionnant de façon unique (chap. 2). La coopération entre les différentes disciplines devrait conduire à une valeur ajoutée ...

Introduction Ce chapitre décrit les approches intégrées de la surveillance démographique humaine et animale. Une étude de cas illustre la façon dont une méthode combinée innovante a permis de renforcer le succès en termes d’acceptabilité et de précision, et de rapport coût-efficacité. L’information démographique est essentielle à l’expansion des concepts de développement social et à la planification des politiques d’aménagement ...

Introduction Alors que notre planète est de plus en plus dominée par les activités humaines et leurs conséquences, nous nous retrouvons à vivre dans un monde où les zones naturelles sont de plus en plus réduites. D’un autre côté, les avancées technologiques nous conduisent vers une connectivité accrue et créent de nouveaux liens entre les personnes, les écosystèmes et les paysages à travers le globe (Helping, 2013). Les conséque...

Introduction Au cours de la dernière décennie, la recherche a prouvé l’existence d’une multitude d’effets positifs des interactions entre les êtres humains et les animaux sur la santé et le bien-être chez l’homme. Elle a mis en avant les mécanismes sous-jacents qui expliquent pourquoi l’utilisation des animaux peut parfois être plus efficace que les seules interventions humaines. Ces effets constituent un aspect important de One...

Introduction Tout au long de l’histoire des États-Unis, la collaboration entre les secteurs humains, animaux et environnementaux a fluctué selon la demande conjoncturelle de fonctionnement interdisciplinaire. Plusieurs événements du début du xxie siècle ont ravivé l’intérêt pour le concept One Health, défini au sens large comme l’interconnectivité des secteurs de la santé humaine, animale et environnementale. En 1992, l’...

Introduction Évaluations des risques dans les maladies d’origine alimentaire : un bref historique Le concept One Health tel qu’il est actuellement défini est issu de plusieurs courants principaux de recherche et de pratique. L’un des domaines qui ont enrichi ce concept One Health est le large domaine de l’analyse des risques associés aux infections et aux intoxications d’origine alimentaire. Les maladies ...

Introduction Le domaine de l’éco-santé a trait, largement, à « la recherche, la pratique et l’intégration des connaissances à l’interface de l’écologie et de la santé » (International Association for Ecology and Health, 2013). Cette expression, tirée des objectifs et de la portée de la revue EcoHealth, est complétée par quelques dizaines d’exemples dans les rubriques « One Health et la médecine de conservation », « Approches éco...

Introduction Les réalisations spectaculaires du concept One Health ne seront visibles que lorsque ses avantages et sa valeur ajoutée auront été déconstruits et illustrés avec succès, en partant du niveau stratégique (mondial) jusqu’aux projets et processus opérationnels pouvant être mis en œuvre localement. Plusieurs exemples figurent dans cet ouvrage (chap. 23). Ce chapitre détaille les manières dont One Health peut être introd...

Qu’est-ce qu’une étude One Health ? Les études épidémiologiques sur la santé humaine et animale utilisent des enquêtes sur le terrain ou des analyses de données secondaires. La collecte et l’interprétation des données se font traditionnellement dans les secteurs de la santé animale et humaine et à des périodes différentes, mais aussi lorsque le même sujet de santé est abordé, ce qui entraîne une duplication inutile des études su...

Introduction En posant le principe d’une collaboration plus étroite entre les médecines humaine et vétérinaire, One Health va au-delà de la relation générale dominante humain-animal au regard du droit. Parallèlement au développement historique de la santé humaine et de la santé animale dans des disciplines distinctes en termes d’études, de gouvernance et d’application (Zinsstag et al., 2012), le droit n’applique pas une compréhe...

Introduction Améliorer l’état de la santé et préserver les ressources naturelles pour un développement durable font partie des Objectifs du millénaire pour le développement (OMD) (Nations unies, 2006). L’assainissement environnemental est un facteur important de l’état de la santé humaine. Avec 2,4 milliards de personnes dans le monde qui manquent des moyens d’assainissement adaptés et 1,1 milliard de personnes qui vivent sans u...

Introduction Confrontés à la richesse fascinante des connaissances, des preuves et des orientations potentielles à suivre afin de donner corps au concept One Health, on peut se sentir dépassé, c’est pourquoi ce dernier chapitre a pour objectif de fournir une vue d’ensemble complète des implications de One Health, allant des racines au positionnement actuel sur la scène mondiale de la santé, tout en fournissant des éléments histo...

Introduction Les maladies émergentes et réémergentes continuent de représenter une menace pour la santé humaine et animale en Afrique. En parallèle, les exigences croisées de la croissance démographique, du développement économique, de la sécurité alimentaire et de la conservation de la biodiversité posent d’importants défis à la santé humaine, animale et écosystémique. Ces pressions sont plus intenses en Afrique que dans la plu...

Introduction Une majorité (60 %) de maladies infectieuses est de nature zoonotique et parmi celles-ci plus des deux tiers disposent d’une espèce réservoir dans la faune sauvage (Jones et al., 2008). Les maladies qui affectent le bétail provoquent la perte de plus de 40 % de l’approvisionnement alimentaire mondial. Tout en menaçant l’économie des nations en voie de développement et la sécurité alimentaire, les maladies qui affect...

Introduction Il existe depuis longtemps un lien entre la santé humaine et la santé animale. Après tout, les humains et le bétail, les chevaux, les chats et les chiens — pour ne citer que quelques exemples d’animaux en contact régulier avec les êtres humains — sont tous des mammifères, liés par la biologie et les comportements et affectés par les mêmes maladies. Les procédures et processus médicaux et vétérinaires ont naturelleme...

Introduction L’architecture mondiale de la santé, les changements environnementaux, le développement économique rapide et d’autres changements planétaires sans précédent compliquent le développement présent et futur. C’est ce que démontre la Journée mondiale de l’eau des Nations unies (UNW, 2014), le thème « eau et énergie » et les politiques, programmes et outils de développement sont à la traîne de ces changements planétaires ...

Introduction Le rôle des organisations non gouvernementales (ONG) dans la création et la fourniture de solutions alternatives aux programmes de développement internationaux classiques ont été décrits et analysés de manière assez détaillée (Bebbington et Farrington, 1993 ; Banque mondiale, 1998 ; Bebbington et al., 2008). Leur capacité à faciliter et à tester des approches alternatives, complexes et systémiques, visant à améliore...