Na bacia Amazônica existem muitos riachos, localmente denominados de igarapés, inseridos em paisagens heterogêneas, considerando as variações naturais das condições geomorfológicas, os períodos hidrológicos e a degradação promovida pelo desmatamento, principalmente na borda sul da bacia. Logo, o objetivo do presente estudo foi avaliar os impactos de alterações na cobertura florestal ripária sobre a estrutura do ecossistema em igarapés de cabeceira no baixo rio Teles Pires, norte de Mato Grosso. Foram selecionados dez locais na bacia do Rio Teles Pires, afluente do rio Tapajós, e em cada um deles foram selecionados dois igarapés de cabeceira (primeira ou segunda ordens), um igarapé localizado em área com a floresta ripária conservada (igarapé íntegro) e outro igarapé com a zona ripária antropizada, com alterações da cobertura florestal ripária (igarapé alterado). Foi considerada como alteração na zona ripária dos igarapés a remoção parcial ou total da floresta. Foram avaliadas variáveis indicadoras da integridade do habitat (proporção de floresta em zonas tampão, índice de integridade do habitat), variáveis hidromorfológicas dos igarapés, variáveis físico-químicas da água, e a produção primária autóctone (algas e herbáceas aquáticas) nos períodos hidrológicos de seca, início do período chuvoso e final do período chuvoso. Foi registrada a variação entre os períodos hidrológicos e a heterogeneidade espacial na estrutura dos igarapés de cabeceira íntegros. As alterações na cobertura florestal ripária afetaram a variabilidade na estrutura do habitat dos igarapés entre os períodos hidrológicos, tornando-os mais homogêneos, e contribuindo para uma menor disponibilidade de material orgânico no substrato bentônico. Além disso, a ausência de cobertura florestal na zona ripária contribuiu para o aumento da produção primária autóctone nos igarapés de cabeceira no sul da Amazônia, embora algas e herbáceas aquáticas tenham respondido de forma diferenciada aos períodos de seca e chuvoso. A partir da comparação entre igarapés íntegros e alterados foi possível estabelecer indicadores de alterações nos igarapés de cabeceira, os quais podem ser utilizados na avaliação de impactos ambientais nestes ambientes, assim como no monitoramento e em ações de reabilitação de igarapés degradados no sul da Amazônia. In the Amazon basin there are many streams, locally called streams, embedded in heterogeneous landscapes, considering the natural variations of geomorphological conditions, rainfall periods and degradation promoted by deforestation, mainly on the southern Amazon basin. Therefore, the aim of this study was to evaluate the impacts of the riparian forest cover changes on the structure streams in the lower Teles Pires River, north of Mato Grosso. Ten sites in the basin of the Teles Pires River, tributary of the Tapajos river, and each of them two headwater streams were selected; a stream located in area with riparian forest preserved (pristine stream) and another stream with the riparian zone disturbed with changes in the riparian forest cover (altered stream). As changes in the riparian zone of the streams, partial or total removal of the forest were considered. Indicator variables of habitat integrity (proportion of forest buffer zones, habitat integrity index), hydromorphological variables streams, physico-chemical parameters, and the autochthonous primary production (algae and aquatic herbaceous) were evaluated in drought, rain/begin and rain/end (hydrological periods). The variation between the hydrological periods and spatial heterogeneity in the structure of pristine headwater streams were recorded. Changes in riparian forest cover affected the variability in habitat structure of the streams between the hydrological periods, making them more homogeneous, and contributing to a lower availability of organic material in benthic substrate. In addition, the absence of forest cover in the riparian zone contributed to the rise of primary production allochthonous in headwater streams in southern Amazonia, although aquatic plants and algal biomass have responded differently to periods of drought and rainy. From the comparison between pristine and altered streams indicators of changes in the headwaters were identified, which can be used in the assessment of environmental impacts in these environments as well as in monitoring and rehabilitation of degraded streams actions in the southern Amazon.