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Bacterial leaf blight (BLB) is one of the major rice diseases in Malaysia. This disease causes substantial yield loss as high as 70%. Development of rice varieties which inherited BLB resistant traits is a crucial approach to promote and sustain rice industry in Malaysia. Hence, this study aims were to enhance BLB disease resistant characters of high yielding commercial variety MR219 through backcross breeding approach with supporting tool of marker-assisted selection (MAS). Broad spectrum BLB resistance gene, Xa7 from donor parent IRBB7 were introgressed into the susceptible MR219 (recurrent parent) using two flanking markers ID7 and ID15. At BC3F4, we managed to generate 19 introgressed lines with homozygous Xa7 gene and showed resistant characteristics as donor parent when it was challenged with Xanthomonas oryzae pv. oryzae through artificial inoculation. Recurrent parent MR219 and control variety, MR263 were found to be severely infected by the disease. The improved lines exhibited similar morphological and yield performance characters as to the elite variety, MR219. Two lines, PB-2-107 and PB-2-34 were chosen to be potential lines because of their outstanding performances compared to parent, MR219. This study demonstrates a success story of MAS application in development of improved disease resistance lines of rice against BLB disease. Resumo A mancha bacteriana das folhas (BLB) é uma das principais doenças do arroz na Malásia. Essa doença causa perdas substanciais de rendimento de até 70%. O desenvolvimento de variedades de arroz que herdaram características de resistência ao BLB é uma abordagem crucial para promover e sustentar a indústria do arroz na Malásia. Portanto, o objetivo deste estudo foi aumentar os caracteres BLB resistentes a doenças da variedade comercial MR219 de alto rendimento por meio de uma abordagem de cruzamento retrocruzamento com ferramenta de apoio de seleção assistida por marcador (MAS). O gene de resistência a BLB de amplo espectro, Xa7 do pai doador IRBB7, foi introgressado no MR219 suscetível (pai recorrente) usando dois marcadores flanqueadores ID7 e ID15. No BC3F4, conseguimos gerar 19 linhagens introgressadas com o gene Xa7 homozigoto e apresentamos características de resistência como genitor doador quando desafiado com Xanthomonas oryzae pv. oryzae por inoculação artificial. O pai recorrente MR219 e a variedade controle, MR263, estavam gravemente infectados pela doença. As linhas melhoradas exibiram características morfológicas e de desempenho de rendimento semelhantes às da variedade elite, MR219. Duas linhas, PB-2-107 e PB-2-34, foram escolhidas como linhas potenciais por causa de seus desempenhos excelentes em comparação com a mãe, MR219. Este estudo demonstra uma história de sucesso de aplicação de MAS no desenvolvimento de linhas de arroz melhoradas com resistência a doenças contra a doença BLB.

In the profitability of livestock farms, the reproductive efficiency of the herd and particularly of the bull is of vital importance, since it is framed as an important parameter within animal production, because they help improve the quality of the progeny and reach high levels. of productivity. The study of genes and the genetic-molecular characterization of species through the identification of sequences and genetic markers, as well as their correlation with said characteristics, has become a useful tool for marker-assisted selection, which allows choose specimens with high reproductive efficiency, at any stage of their development, accelerating the processes of genetic improvement. The existing relationships between genes and the reproductive traits of the bull have been little studied or the scientific advances to date are not known, for this reason a compilation of the investigations carried out to date was made, to identify the genes related to the reproductive efficiency of the bull. bull. It is estimated that 2000 genes are involved in spermatogenesis, most are expressed in the testis participating in the reproductive processes of the bull, as well as 65 genes expressed in embryos derived from high fertility bulls with a high conception rate. The most studied genes are: GnRHR, growth hormone, CATSPER, protamine 1 and 2, TSPY, glutathione-S-transferase (GST), glutathione-S-transferase M1 (GSTM1), PARK2, GALNT13, CYCS, TFB2M, MEPCE, NDUFA1 and SFXN4., En la rentabilidad de las explotaciones pecuarias, tiene vital importancia la eficiencia reproductiva del hato y particularmente del toro, ya que se enmarca como un parámetro importante dentro de la producción animal, debido a que ayudan a mejorar la calidad de la progenie y alcanzar altos niveles de productividad. El estudio de los genes y la caracterización genético-molecular de las especies a través de la identificación de secuencias y de marcadores genéticos, así como su correlación con dichas características se ha convertido en una herramienta útil para la selección asistida por marcadores, lo que permite elejir ejemplares con alta eficiencia reproductiva, en cualquier etapa de su desarrollo, acelerando los procesos de mejoramiento genético. Las relaciones existentes entre genes y los rasgos reproductivos del toro han sido poco estudiados o no se conoce los avances científicos hasta la fecha, por esto se hizo una recopilación de las investigaciones realizadas hasta el momento, para identificar los genes relacionados con la eficiencia reproductiva del toro. Se estima que 2000 genes, están involucrados en espermatogénesis, la mayoría se expresan en el testículo participando en los procesos reproductivos del toro, así también 65 genes se expresaron en embriones derivados de toros de alta fertilidad con alta tasa de concepción. Los genes más estudiados son: GnRHR, hormona de crecimiento, CATSPER, protamina 1 y 2, TSPY, glutatión-S-transferasa (GST), glutatión-S-transferasa M1 (GSTM1), PARK2, GALNT13, CYCS,TFB2M, MEPCE, NDUFA1 y SFXN4., Na rentabilidade das explorações pecuárias, a eficiência reprodutiva do rebanho e particularmente do touro é de vital importância, uma vez que se enquadra como um parâmetro importante dentro da produção animal, pois ajudam a melhorar a qualidade da prole e atingem níveis elevados. produtividade. O estudo de genes e a caracterização genético-molecular de espécies através da identificação de sequências e marcadores genéticos, bem como sua correlação com essas características, tornou-se uma ferramenta útil para a seleção assistida por marcadores, que permite escolher espécimes com alta eficiência reprodutiva, em qualquer fase de seu desenvolvimento, acelerando os processos de melhoramento genético. As relações existentes entre os genes e as características reprodutivas do touro têm sido pouco estudadas ou os avanços científicos até à data não são conhecidos, por isso foi feita uma compilação das investigações realizadas até à data, para identificar os genes relacionados com a eficiência reprodutiva do touro. touro. Estima-se que 2.000 genes estejam envolvidos na espermatogênese, a maioria expressos nos testículos que participam dos processos reprodutivos do touro, assim como 65 genes expressos em embriões derivados de touros de alta fertilidade com alta taxa de concepção. Os genes mais estudados são: GnRHR, hormônio do crescimento, CATSPER, protamina 1 e 2, TSPY, glutationa-S-transferase (GST), glutationa-S-transferase M1 (GSTM1), PARK2, GALNT13, CYCS, TFB2M, MEPCE, NDUFA1 e SFXN4.

Soybeans are among the world’s main crops because they are excellent sources of proteins, micronutrients, and oil. Considering that abiotic stress affects agribusiness, resulting in losses, the grain yield of the crop must be maintained even at high temperatures. In this context, the objective of this study was to select markers related to soybean yield assessed under high temperatures, using associative mapping. The mapping population included 80 soybean PIs and 15 controls. For phenotyping, genotypes were evaluated at high temperatures in an experiment conducted in Teresina (in the state of Piauí) and four characters of interest for agronomy were evaluated: height of the plant when mature, agronomic value, 100-seed weight, and grain yield. Genotyping was carried out using the Affymetrix Platform (180 K Axiom® Soybean Genotyping Array), and the imbalance in the connection between pairs of markers was calculated through the coefficient of determination using the fast permutation test. The analysis of the association between markers and the phenotype of interest was carried out using a generalized linear model approach, including phenotyping data, SNP markers, and information on population structure. The results revealed that 34.06% of loci showed a significant linkage disequilibrium (p < 0.001), and 16 significant associations were found for the four characters related to heat tolerance. These associations can aid breeders that aim to incorporate high temperature tolerance in programs of soybean genetic improvement via selection assisted by markers. RESUMO A soja está entre as principais culturas do mundo, pois é uma excelente fonte de proteínas, micronutrientes e óleo. Considerando que o estresse abiótico afeta o agronegócio, acarretando em perdas, a produtividade de grãos da cultura deve ser mantida mesmo sob altas temperaturas. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi selecionar marcadores relacionados à produtividade da soja, avaliada em altas temperaturas, por meio de mapeamento associativo. A população de mapeamento incluiu 80 PIs de soja e 15 controle. Para a fenotipagem, os genótipos foram avaliados em altas temperaturas em um experimento realizado em Teresina (estado do Piauí) e foram avaliados quatro caracteres de interesse agronômico: altura da planta na maturidade, valor agronômico, peso de 100 sementes e rendimento de grãos. A genotipagem foi realizada por meio da Affymetrix Platform (180 K Axiom® Soybean Genotyping Array) e o desequilíbrio de ligação entre pares de marcadores foi calculado por meio do coeficiente de determinação, por meio do teste de permutação rápida. A análise da associação entre os marcadores e o fenótipo de interesse foi realizada por meio de uma abordagem de modelo linear generalizado, incluindo dados de fenotipagem, marcadores SNP e informações sobre a estrutura populacional. Os resultados revelaram que 34,06% dos loci apresentaram desequilíbrio de ligação significativo (p < 0,001), sendo encontradas 16 associações significativas para os quatro caracteres relacionados à tolerância ao calor. Essas associações podem auxiliar os melhoristas que buscam incorporar a tolerância a altas temperaturas em programas de melhoramento genético da soja via seleção assistida por marcadores.

Dentre as doenças que acometem o feijão-comum (Phaseolus vulgaris L.), as viroses merecem destaque, uma vez que são de difícil controle e causam perdas parcial ou total de produtividade e de qualidade dos grãos. No Brasil, as principais viroses do feijão são: o mosaico comum, causado pelo Bean common mosaic virus (BCMV), o mosaico-dourado, cujo agente causal é o Bean golden mosaic virus (BGMV) e o mosqueado-suave-do-caupi e necrose da haste da soja, causado pelo Cowpea mild mottle virus (CPMMV). Os sintomas de CPMMV emergiram no feijão-comum mais recentemente, em ensaios de campo com a cultivar transgênica BRS FC401 RMD, que apresenta resistência efetiva ao BGMV (evento Embrapa 5.1). Os sintomas de CPMMV são confundidos ou suplantados pelos sintomas mais severos de BGMV, e ambas as viroses ocorrem simultaneamente em condição natural no campo e são transmitias pela mosca-branca (Bemisia tabaci), sobretudo na região Central do Brasil. Assim, dois estudos foram realizados com os seguintes objetivos: i) desenvolver, avaliar e selecionar progênies transgênicas de feijão-comum, de segunda geração, com grãos no padrão comercial carioca, boa performance agronômica e com resistência múltipla às viroses BCMV, BGMV e CPMMV, e ii) investigar o controle genético da resistência ao CPMMV e mapear loco(s) de resistência ao CPMMV na cultivar de grãos carioca BRS Sublime. No primeiro estudo, progênies foram desenvolvidas do cruzamento das cultivares BRS Estilo e BRS Sublime (resistentes ao CPMMV e ao BCMV), com a linhagem transgênica CNFCT 16206 (evento Embrapa 5.1; resistente ao BGMV) e ao BCMV. A recuperação de progênies elite com maior proporção dos genitores foi realizada por meio da análise de retrocruzamento assistido por marcadores SSR e SNP. As 39 progênies e as testemunhas foram avaliadas em condição de campo, nas águas (2016) e seca (2017), e em casa de vegetação, livre de insetos. Foram avaliados os caracteres produtividade e massa de 100 grãos, arquitetura e acamamento de planta (ARQ), aspecto visual de grãos e severidade de viroses (SV). As progênies elite e as testemunhas foram mecanicamente inoculadas aos oito dias após plantio com o isolado (CPMMV:BR:GO:14 – GenBank MK202583) e foram avaliadas, aos 35 dias após inoculação, para severidade de CPMMV. Essas progênies e as testemunhas foram avaliadas, também, para a presença do evento Embrapa 5.1 (marcador Ahas) e gene I (marcador SCAR SW13). O resultado da análise conjunta mostrou variabilidade entre progênies para todos os caracteres avaliados, sobretudo SV, exceto para ARQ, considerando os dois ambientes, com interação P × E (P ≤ 0,01). Todas as progênies elite apresentaram resistência ao BCMV e ao BGMV, com exceção da progênie 336-3.1 (BGMV), sendo as testemunhas convencionais suscetíveis ao BGMV, e a testemunha transgênica (cv. BRS FC401 RMD) e as progênies, suscetíveis ao CPMMV. Desse modo, a severidade de CPMMV foi avaliada nas progênies e testemunhas transgênicas. Doze progênies elite apresentaram notas ≤ 3,0 para SV. Dentre elas, as progênies 184-12.1, 356-5.1, 398-3.1, 417-22.1 e 422-39.1 apresentaram resistência ao BCMV, ao BGMV e ao CPMMV. Assim, o uso de estratégias de melhoramento convencional e a seleção assistida por marcadores (SAM), possibilitou o desenvolvimento e a seleção de progênies elite transgênicas de feijão-comum, segunda geração, com grãos no padrão comercial carioca, porte ereto e adaptadas à colheita mecanizada, com resistência múltipla às viroses e com potencial de uso em futuras avaliação agronômicas. No segundo estudo, a genotipagem de marcadores SNP e SilicoDArT foi realizada por meio da tecnologia DArTseq, em uma população de mapeamento na geração F2 obtida através do cruzamento entre a cultivar BRS Sublime (resistente) e a linhagem transgênica CNFCT 16207 (suscetível). A natureza hibrida de F1 foi confirmada por meio de marcador molecular ligado ao evento Embrapa 5.1. As plantas foram conduzidas em casa de vegetação. Assim, um total de 180 plantas individuais (F2) e 180 progênies F2:3 (2160 plantas; 12 plantas/progênie), e os genitores, foram mecanicamente inoculadas aos oito dias após plantio, com o mesmo isolado de CPMMV. Aos 35 dias após inoculação, as plantas foram avaliadas para severidade de CPMMV. Os dados fenotípicos foram submetidos ao teste de qui-quadrado (ꭕ2) (P ≤ 0,05), considerando a taxa de segregação mendeliana esperada para cada geração. O mapa genético completo foi obtido com 1.695 marcadores segregando conforme a frequência esperada e distribuídos nos 11 cromossomos do feijão, com comprimento total de 2.864 cM e distância média entre marcas de 1,8 cM. Os resultados indicaram que um único gene dominante controla a herança da resistência ao CPMMV na cultivar BRS Sublime. O QTL – Gene de efeito principal (CPMMV. Pv08) foi identificado na região final do cromossomo 8, associado à resistência ao CPMMV e explicando ~77% da variação fenotípica. Este é o primeiro trabalho de estudo da herança genética e de mapeamento do loco de resistência ao CPMMV em BRS Sublime. A construção do mapa genético e a abordagem da análise de QTL, gera novas perspectivas para os programas de melhoramento genético do feijoeiro, com o potencial de desenvolvimento e a validação de marcadores moleculares a serem utilizados por meio de SAM para reação ao CPMMV em genótipos de feijão-comum. Among the diseases that affect the common bean (Phaseolus vulgaris L.), viruses deserve to be highlighted, since they are difficult to control and cause partial or total yield and grain quality losses. In Brazil, the main viruses of beans are: the common mosaic, caused by the Bean common mosaic virus (BCMV), the golden mosaic, whose causal agent is the Bean golden mosaic virus (BGMV) and the soybean stem necrosis disease, caused by Cowpea mild mottle virus (CPMMV). The symptoms of CPMMV emerged in common beans more recently in agronomic performance tests with the transgenic cultivar BRS FC 401 RMD, which presents effective resistance to BGMV (event Embrapa 5.1). The symptoms of CPMMV were confused or hidden by the more severe symptoms of BGMV, and both viruses occur simultaneously in the field and are transmitted by the whitefly (Bemisia tabaci), mainly in Central region Brazil. Thus, two studies were carried out with the objectives of: i) develop, evaluate and select transgenic common bean progenies, second generation, with carioca market class, good agronomic performance and with multiple resistance to viruses BCMV, BGMV and CPMMV, and ii) to investigate genetic inheritance of the CPMMV and to genetically map loci of resistance to CPMMV in the carioca seeded cultivar BRS Sublime. In the first study, elite progenies were developed from crosses using the carioca seeded cultivars BRS Estilo and BRS Sublime (both showing resistance to CPMMV and BCMV), with the transgenic line CNFCT 16206 (event Embrapa 5.1; effective resistance to BGMV) and resistant to BCMV. The recovery of elite progenies with a greater proportion of parents was performed through the analysis of backcrosses assisted by SSR and SNP markers. Thus, 39 elite progenies were evaluated in field condition, in the rainy (2016) and dry (2017) growing seasons, and in an insect-proof screenhouse. The evaluated traits were the seed yield and mass of 100 seeds, plant architecture and tolerance to lodging, seed appearance, and virus disease severity (VS). The elite progenies in addition to the controls were mechanical inoculated at eight days after planting with the strain (CPMMV: BR:GO:14 – GenBank MK202583), and were evaluated, at 35 days after inoculation, for severity of CPMMV. These progenies and the controls were also evaluated for the presence of the event Embrapa 5.1 (marker Ahas) and gene I (marker SCAR SW13). The result of the joint analysis showed variability between the progenies for all characters evaluated, especially SV, except for ARQ, considering the two environments, with P × E interaction (P ≤ 0.01). All elite progenies showed effective resistance to BCMV and BGMV, with the exception of progeny 336-3.1 (BGMV), whereas the conventional controls were susceptible to BGMV, and the transgenic control (cv. BRS FC401 RMD,) and the progenies were susceptible to CPMMV. Thus, the severity of CPMMV was assessed in progenies and transgenic controls. Twelve elite progenies showed mean scores ≤ 3.0 for VS. Of these, the progenies 184-12.1, 356-5.1, 398-3.1, 417-22.1 and 422-39.1 showed resistance to BCMV, BGMV and CPMMV. Therefore, the use of conventional breeding strategies and marker-assisted selection (SAM) enabled the development and selection of elite transgenic carioca-seeded cultivars, second-generation, with carioca-seeded market class, better plant architecture and allowing direct mechanical harvest, with multiple resistance to viruses and presenting potential to be evaluated in agronomic performance tests. In the second study, the genotyping of SNP and SilicoDArT markers was performed using the DArTseq technology, in a mapping population in the F2 generation obtained from the crossing between the cultivar BRS Sublime (resistant) e transgenic line CNFCT 16207 (susceptible). All F1 plants were tested with molecular marker linked to the event Embrapa 5.1 to confirm the hybrid nature. The plants were conducted in an insect-proof screenhouse. Thus, a total of 180 F2 individual plants and 180 F2:3 progenies (2160 seedlings; 12 seedlings/progeny), in addition to the parents, were mechanically inoculated with the same CPMMV isolate, at eight days after planting. At 35 days after inoculation, the plants were evaluated for severity of CPMMV. The phenotypic data were subjected to the chi-square test (ꭕ2) (P ≤ 0.05), considering the expected mendelian segregation ratio for each generation. The complete genetic map was obtained with 1.695 markers segregated according to the expected frequency and distributed in the 11 chromosomes of the bean, with total length of 2.864 cM and average distance between marks of 1.8 cM. The results indicated that a single dominant gene controls the inheritance of CPMMV resistance in the cultivar BRS Sublime. The QTL – single Gene (CPMMV. Pv08) was identified in the final region of chromosome 8, associated with resistance to CPMMV and explaining ~77% of the phenotypic variation. This is the first report to study genetic inheritance and genetically map locus to CPMMV resistance in BRS Sublime. The construction of the genetically map and the QTL analysis approach generates new perspectives for common bean breeding programs, with the potential for development and validation of molecular markers to be used through SAM for reaction to CPMMV in common bean genotypes.

The objective of this work was to identify and validate single-nucleotide polymorphism (SNP) markers related to grain yield in rice (Oryza sativa) core collection. The genome-wide association studies (GWAS) methodology was applied for genotyping of 541 rice accessions by 167,470 SNPs. The grain yield of these accessions was estimated through the joint analysis of nine field experiments carried out in six Brazilian states. Fifteen SNPs were significantly associated with grain yield, and out of the ten SNPs converted to TaqMan assays, four discriminated the most productive accessions. These markers were used for the screening of rice accessions with favorable alleles. The selected accessions were, then, evaluated in field experiments in target environments, in order to select the most productive ones. This screening reduces the number of accessions evaluated experimentally, making it possible to prioritize those with higher productive potential, which allows of the increase of the number of replicates and, consequently, of the experimental accuracy. Resumo: O objetivo deste trabalho foi identificar e validar marcadores de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) relacionados à produtividade de grãos em coleção nuclear de arroz (Oryza sativa). A metodologia de estudos de associação genômica ampla (GWAS) foi aplicada à genotipagem de 541 genótipos por 167.470 SNPs. A produtividade de grãos desses acessos foi estimada por meio da análise conjunta de nove experimentos de campo, realizados em seis estados brasileiros. Quinze SNPs foram significativamente associados à produtividade de grãos e, dos dez SNPs que foram convertidos em ensaios TaqMan, quatro discriminaram os acessos com maior produtividade. Esses marcadores foram utilizados para identificar aceessos de arroz com os alelos favoráveis. Em seguida, os acessos selecionados foram avaliados em experimentos de campo, em ambientes-alvo, para identificar os mais produtivos. Essa triagem reduz o número de acessos avaliados experimentalmente, pois torna possível priorizar aqueles com maior potencial produtivo, o que permite aumentar o número de repetições e, consequentemente, a precisão experimental.

O objetivo deste trabalho foi identificar o modelo com melhor ajuste aos dados de produção de leite, gordura, proteína e sólidos totais para cabras leiteiras, bem como associar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes para κ-caseína (κ-CSN3) e β-lactoglobulina (β-LG) aos parâmetros das curvas de produção e qualidade do leite. Foram avaliados 4.160 registros de produção de leite, gordura, proteína e sólidos totais de cabras das raças Alpina, Saanen e mestiça, no Estado de Antioquia, na Colômbia. Os modelos não lineares com melhor ajuste à estrutura dos dados foram os de Nelder, para produção de leite, e de Cappio-Borlino, para qualidade do leite. As análises de associação mostraram efeito significativo do SNP κ-CSN3 sobre o pico de produção, a produção inicial e a persistência das características qualitativas do leite. Já o SNP β-LG apresentou efeito significativo sobre os picos de produção de leite e gordura, e sobre o tempo necessário para atingir o pico de produção de proteína. A identificação e a estimação da influência dos marcadores SNP avaliados sobre as curvas de lactação e a qualidade do leite podem contribuir para a seleção de caprinos leiteiros. The objective of this work was to identify the model that best fits production data of milk, fat, protein, and total solids for dairy goats, as well as to associate single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genes for κ-casein (κ-CSN3) and β-lactoglobulin (β-LG) with parameters from lactation and milk-quality curves. A total of 4,160 production records of milk, fat, protein, and total solids from goats of the Alpine, Saanen, and crossbred breeds, in the state of Antioquia, Colombia, were evaluated. The nonlinear models with the best fit to data structure were Nelder's, for milk yield, and Cappio-Borlino's, for milk quality. Association analyzes showed significant effect of the SNP κ-CSN3 on production peak, initial production, and persistence of milk-quality traits. The SNP β-LG had significant effect on the peaks of milk and fat yield, and on the time required to reach the peak of protein yield. The identification and estimation of the influence of the evaluated SNP markers on lactation and milk-quality curves can contribute for dairy goat selection.

O oídio, causado pelo fungo ascomycete Erysiphe pisi Syd, é uma das doenças mais importantes que afectam a produção de ervilha (Pisum sativum L.) em Portugal e em países por todo o mundo (Sousa, 1999). Esta doença prospera em climas húmidos temperados causando perdas até 50% nas colheitas de ervilha, uma leguminosa muito importante e vastamente cultivada na Europa, sendo a quarta mais cultivada em todo o mundo (Rubiales et al., 2009; Warkentin et al., 1996). Powdery mildew caused by the biotrophic ascomycete fungus Erysiphe pisi Syd. is one the most devastating diseases of (Pisum sativum L.) with a considerable impact in seed production. So far, the most efficient genetic resistance to this disease identified is conferred by the naturally occurring or experimentally induced by chemical mutagenesis recessive state of the locus er1. Identified over 6 decades ago and genetically mapped to the Pisum sativum Linkage Group VI over 20 years ago, this gene was recently identified as a homolog of the barley (Hordeum sativum L.) powdery mildew resistance gene MLO, and renamed as PsMLO1. The broad spectrum resistance conferred by the er1/PsMLO1 locus was found to be a consequence of the loss of function of the encoded PsMLO1 protein. After the publication of the expressed sequence of this gene by another research group, we published the genomic sequence of this gene, which harbors a relatively long (TA) microsatellite sequence (SSR) in the fifth intron. SSR markers based on this highly polymorphic microsatellite can be used for marker-assisted selection in multiple pea powdery mildew resistance breeding programs involving the er1/ PsMLO1 resistance, except in the rare circumstances where the progenitor lines are monomorphic for the microsatellite sequence. The use of established SSR markers is an affordable and straightforward approach for identification and discrimination of alleles of progenitors in breeding programs, permiting the easy analysis of their inheritance among progenies

The objective of this work was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in resequencing data from MC1R, ASIP, and TYRP1 genes derived from Crioula sheep (Ovis aris) with different coat colors. Polymorphisms in the ASIP (agouti-signaling protein), MC1R (melanocortin 1 receptor), and TRYP1 (tyrosinase-related protein 1) genes were analyzed in 115 sheep from Embrapa’s conservation nucleus of crioula sheep, in Brazil. A total of 7,914 bp were sequenced per animal, and 14 SNPs were identified. Two additional assays were performed to detect duplications and deletions in the ASIP gene. Ninety-five percent of the coat color variation was explained by epistatic interactions observed between specific alleles in the MC1R and ASIP genes. Evidence suggests an important role of TYRP1 variants for wool color, despite their low frequencies. The marker panel was efficient enough in predicting coat color in the studied animals and, therefore, can be used to implement a marker-assisted selection program in the conservation nucleus of sheep of the crioula breed. Resumo: O objetivo deste trabalho foi identificar polimorfismo de nucleotídeo único (SNPs) em dados de ressequenciamento dos genes MC1R, ASIP e TYRP1, obtidos de ovelhas Crioulas (Ovis aries) com cores de pelagem distintas. Polimorfismos nos genes ASIP (agouti-signaling protein), MC1R (melanocortin 1 receptor) e TYRP1 (tyrosinase-related protein 1) foram analisados em 115 ovinos, provenientes do núcleo de conservação da ovelha Crioula, da Embrapa. No total, 7.914 pb foram sequenciados por animal, e 14 SNPs foram identificados. Dois ensaios adicionais foram realizados para detectar duplicações e deleções no gene ASIP. Noventa e cinco por cento da variação de cor da pelagem foi explicada pelas interações epistáticas entre alelos específicos dos genes MC1R e ASIP. Evidências sugerem um importante papel das variantes TYRP1 para cor da lã, apesar das suas baixas frequências. O painel de marcadores usado foi eficiente em detectar alelos associados à coloração da pelagem nos animais estudados e, portanto, pode ser usado na implementação de um programa de seleção assistida por marcadores, no núcleo de conservação de ovinos da raça Crioula.

O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio da análise de mapeamento associativo, os marcadores moleculares relacionados à produtividade do arroz de terras altas e aos seus caracteres componentes. Foram usadas 113 linhagens e cultivares de arroz de terras altas, da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa, com reduzido vínculo genético entre si. Os seguintes caracteres componentes da produtividade foram avaliados: número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos. Dos 115 marcadores utilizados, 25 (21,7%) associaram-se significativamente a um ou mais caracteres. Entre os 29 SSR ("simple sequence repeats") colocalizados em QTL ("quantitative trait loci") de produtividade de arroz, 12 foram associados aos caracteres avaliados e considerados como candidatos para uso na seleção assistida por marcadores. Os marcadores NP914540, Q6ZGD1 e Q69JE3, associados ao número de grãos por panícula, ainda não foram anotados no arroz e podem constituir o ponto de partida para estudos de genômica funcional. Entre os marcadores derivados de sequências transcritas, NP914526 e NP914533 destacam-se por pertencer a rotas metabólicas relacionadas ao aumento do potencial produtivo de arroz. The objective of this work was to identify, through analysis of associative mapping, the molecular markers related to upland rice yield and its component traits. One hundred thirteen lines and cultivars of upland rice, with reduced admixture, from the Rice Core Collection of Embrapa, were used. The following yield component traits were evaluated: number of panicles per meter, number of grains per panicle, and weight of 100 grains. Out of the 115 used markers, 25 (21.7%) were significantly associated with one or more traits. Among the 29 SSR (simple sequence repeats) co-located in yield QTL (quantitative trait loci) in rice, 12 were associated with the evaluated traits and considered candidates for use in marker-assisted selection. The markers NP914540, Q6ZGD1, and Q69JE3, associated with the number of grains per panicle, are not yet annotated in rice and should constitute the starting point for functional genomics studies. Among the markers derived from transcribed sequences, NP914526 and NP914533 stand out for belonging to metabolic pathways related to increased yield potential of rice.

A simulação tem contribuído para o avanço do melhoramento genético. Este estudo objetivou avaliar o acasalamento seletivo, utilizando a distribuição dos extremos para maximizar o incremento fenotípico e retardar o acréscimo da endogamia, por meio de abordagem multivariada. Dados simulados foram utilizados para avaliar estratégias de acasalamento, em diferentes tamanhos de família, no decorrer de 20 gerações. A análise de agrupamento possibilitou diferenciar o acasalamento seletivo das demais estratégias, em cada tamanho de família. Combinando-se estratégia de acasalamento e tamanho de família, a análise de agrupamento assinalou superioridade do acasalamento seletivo, na capacidade de otimizar o valor fenotípico e retardar o incremento da endogamia. Os métodos de agrupamento apresentaram equivalência na formação de grupos com estratégias homogêneas, para as estimativas dos valores fenotípicos médios e endogamia média. A análise multivariada corroborou incrementos fenotípicos superiores, para o acasalamento seletivo, bem como menores níveis endogâmicos, ao longo das gerações. Simulation has contributed to the advance of genetic improvement. This study aimed at evaluating selective mating by using the distribution of extremes to maximize the phenotypic increment and slow down the endogamy increment, under a multivariate approach. Simulated data were used to assess mating strategies in different family sizes, over 20 generations. The cluster analysis made possible to distinguish the selective mating from other strategies for each family size. By combining mating strategy and family size, the cluster analysis pointed out the superiority of the selective mating to optimize the phenotypic value and slow down the endogamy increment. The cluster methods showed equivalence in the formation of groups with homogeneous strategies for the estimates of phenotypic mean values and mean endogamy. The multivariate analysis corroborated superior phenotypic increments to the selective mating, as well as lower endogamy levels, over the generations.

Aiming to incorporate resistance to the anthracnose and angular leaf spot pathogens in the common bean lines BRSMG Talismã, VC8 and VC9, crosses were made between these lines and the line Rudá-R, donor of the alleles Phg1, Co-4, Co-10, which confer resistance to Pseudocercospora griseola and Colletotrichum lindemuthianum. After the crosses, the backcross populations were obtained, and the RC1F1 plants were inoculated with race 65 of C. lindemuthianum. The resistant plants were genotyped with the markers SCARH13, SCARY20 and SCARF10, linked to the alleles Phg1, Co-4 and Co-10, respectively. Based on the molecular data, 44 plants were selected. The progenies originating from multiplication of these plants were evaluated over three seasons for grain yield, plant architecture and grain aspects. Based on these considerations and molecular data, 13 promising progenies were selected for developing inbreds. Visando incorporar resistência aos patógenos da antracnose e da mancha-angular nas linhagens VC8 e VC9 e na cultivar BRSMG Talismã, foram realizados cruzamentos destas com a linhagem Rudá-R, doadora dos alelos Phg1, Co-4, Co-10, que conferem resistência à Pseudocercospora griseola e Colletotrichum lindemuthianum. Após a realização dos cruzamentos e obtenção das populações de retrocruzamentos, as plantas RC1F1 foram inoculadas com a raça 65 de C. lindemuthianum. As resistentes foram genotipadas com os marcadores SCARH13, SCARY20 e SCARF10, ligados aos alelos Phg1, Co-4 e Co-10, respectivamente. Com base nos dados moleculares foram selecionadas 44 plantas. As progênies provenientes da multiplicação destas plantas foram avaliadas em três safras quanto à produtividade de grãos, arquitetura de planta e aspecto dos grãos. Levando-se em conta estas avaliações e os dados moleculares, foram selecionadas 13 progênies promissoras para a extração de linhagens.

O arroz cultivado (Oryza sativa L.) é um dos cereais mais importantes para a alimentação humana. Estima-se que a demanda por grãos de arroz aumentará de forma considerável em um cenário de redução da área cultivável e escassez de recursos hídricos, o que demandará um aumento na produção em relação aos níveis atuais. Para solucionar esse problema, uma alternativa viável é a exploração da diversidade genética disponível em bancos de germoplasma de arroz. Os programas de melhoramento de arroz devem, portanto, priorizar a busca por novas estratégias que visem o aumento da produtividade em diversos tipos de condições ambientais. A exploração da diversidade genética permitiria a identificação de alelos favoráveis ainda não presentes no germoplasma das variedades de arroz utilizadas nos programas de melhoramento, assim como a obtenção de novas combinações alélicas de genes relacionados a caracteres de importância agronômica e que poderiam contribuir significativamente para a obtenção de cultivares mais produtivas. Nesse contexto, estudos de associação genômica ampla (GWAS) têm por finalidade analisar variações na sequência do DNA em todo o genoma, em um esforço para identificar associações a caracteres fenotípicos de interesse. Espera-se, assim, que os resultados das análises GWAS, juntamente com os aprimoramentos obtidos com as tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) na busca por um grande número de SNPs, como é o caso da genotipagem por sequenciamento (GBS), sejam utilizados para investigar o controle genético dos caracteres relacionados à produtividade. Esse trabalho objetivou identificar regiões genômicas do arroz relacionadas à produtividade a partir da metodologia GWAS utilizando os genótipos da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa (CNAE). A análise GWAS foi conduzida a partir de um painel composto por 550 acessos da CNAE, sendo que após a imputação dos dados brutos, foram contabilizados 445.589 SNPs distribuídos ao longo dos 12 cromossomos do arroz. As informações moleculares foram integradas aos dados fenotípicos derivados dos experimentos de avaliação de produtividade conduzidos em nove ensaios, divididos em dois sistemas de cultivo (irrigado e sequeiro) e por três anos agrícolas (2004/2005, 2005/2006 e 2006/2007). A partir da análise conjunta em todos os experimentos, 31 SNPs foram associados de forma significativa à produtividade, com apenas três apresentarando o alelo de menor frequência com efeito positivo. Nas análises conjuntas dos experimentos irrigados foram identificados três SNPs associados à produtividade, um dos quais com alelo de menor frequência com efeito positivo, enquanto que nos experimentos em sequeiro foi identificado apenas um SNP, com alelo de menor frequência associado ao efeito positivo. Posteriormente foi realizada uma análise de regressão stepwise para se manter no modelo apenas os SNPs sem efeitos de sobreposição, sendo então selecionados 15 marcadores SNP. Após uma análise in silico, constatou-se que os acessos mais produtivos apresentaram 80 a 100% dos alelos favoráveis, enquanto os menos produtivos apresentaram 27 a 33% dos alelos favoráveis. Para que esse conjunto de marcadores seja utilizado em uma rotina de seleção assistida, ainda deverão ser validados em laboratório. Na análise conjunta total, entre os 44 genes identificados, 14 não apresentavam função determinada, enquanto a partir da análise conjunta dos experimentos irrigados e em sequeiro, entre os seis genes, apenas um não apresentava função determinada. A busca por homólogos em Arabidopsis nos 15 genes de arroz de função desconhecida resultou em quatro genes com função conhecida. Os produtos expressos do conjunto de genes estavam relacionados a processos metabólicos, resposta a estímulos bióticos, abióticos, endógenos e externos, desenvolvimento multicelular pós-embrionário, crescimento e morfogênese, que influenciam no número, peso de grãos, e capacidade fotossintética, todos relacionados com a produtividade em arroz, sendo útil na indicação de genes candidatos à clonagem e transformação, possibilitando o desenvolvimento de cultivares de arroz geneticamente superiores. Dentre os genes identificados como associados a produtividade, nove foram descritos previamente na literatura, e destes, seis foram relacionados a proteínas que influenciam no número e peso de grãos, e capacidade fotossintética: LOC_Os02g44290.1, LOC_Os04g35370.1, LOC_Os02g44260.1, LOC_Os02g44280.1, LOC_Os09g36230.1 e LOC_Os01g66160.1. Esses são considerados genes candidatos à clonagem e transformação do arroz, a fim de, por meio de sua superexpressão, possibilitar o desenvolvimento de cultivares de arroz mais produtivas. Cultivated rice (Oryza sativa L.) is one of the most important cereal for feeding. It is estimated that the demand for rice grains increases considerably in a reduction scenario of cultivable area and scarcity of water resources, which will require an increase in production compared to current levels. To solve this problem, a viable alternative would be the exploitation of genetic diversity available in rice germplasm banks. Rice breeding programs should prioritize the search for new strategies to increase yield in a variety of environmental conditions. The exploitation of genetic diversity allowed the identification of favorable alleles not present in the germplasm of rice varieties used in breeding programs, as well as obtaining new allelic combinations of genes related to important agronomic traits and that could significantly contribute to the achievement of more productive cultivars. In this context, genome-wide association studies (GWAS) are designed to analyze variations in the DNA sequence of the entire genome in an effort to identify associations with phenotypic traits of interest. It is expected, therefore, that the results of the GWAS analysis, together with the improvements obtained with the next generation sequencing technologies (NGS) in search of a large number of SNPs, such as genotyping by sequencing (GBS), be used to investigate the genetic control of traits related to yield. This study aimed to identify genomic regions of rice related to yield from the GWAS methodology using genotypes of Embrapa Rice Core Collection (ERiCC). The GWAS analysis was conducted from a panel of 550 accessions of the ERiCC, and after the imputation of raw data, were accounted 445,589 SNPs distributed along the 12 rice chromosomes. The molecular information was integrated with phenotypic data derived from yield evaluation experiments conducted in nine essays, divided into two cultivation systems (irrigated and rainfed) and three agricultural years (2004/2005, 2005/2006 and 2006/2007). From the joint analysis in all experiments, 31 SNPs were significantly associated with yield, but only three had the lowest frequency allele with positive effect. The joint analysis of irrigated experiments identified three SNPs associated with yield, of which one with lower frequency allele with a positive effect, whereas in the rainfed experiments was identified only one SNP with lower frequency allele associated to positive effect. Subsequently, a stepwise regression analysis was performed to keep in the model only SNPs without overlapping effects, so being selected 15 SNPs markers. After in silico analysis, it was found that the most productive accessions showed 80 to 100% of favorable alleles while the less productive showed 27 to 33% of favorable alleles. For this set of markers to be used in an assisted selection routine, they should also be validated in the laboratory. In the total joint analysis, from 44 genes identified, 14 had no particular function, while from the joint analysis of experiments irrigated and rainfed, from the six genes, only one had no particular function. The search for Arabidopsis homologues genes in the 15 unknown function rice genes resulted in four genes with known function. The expressed products of the set of genes were related to metabolic processes, response to biotic, abiotic, endogenous and external stimulus, post- embryonic multicellular development, growth and morphogenesis, which influence the number of grains, grains weight and photosynthetic capacity, all related to rice yield and be useful in indicating candidate genes to cloning and transformation, enabling the development of genetically superior rice cultivars. Among the genes identified as associated to productivity, nine were previously described in the literature, and of these, six were related proteins that influence the number and seed weight, and photosynthetic capacity: LOC_Os02g44290.1, LOC_Os04g35370.1, LOC_Os02g44260.1, LOC_Os02g44280 .1 LOC_Os09g36230.1 and LOC_Os01g66160.1. These genes are considered as candidates for cloning and transformation of rice, in order, through its overexpression, enable the development of higher yielding rice cultivars. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Os objetivos deste trabalho foram verificar a acurácia do método da Seleção Genômica Ampla (GWS) no melhoramento de milho nas condições de estresse nutricional e propor novos métodos de melhoramento baseados em GWS. Foram estimados os dois componentes da eficiência no uso de nitrogênio e de fósforo (eficiência de absorção e de utilização) em 41 combinações híbridas, em dois experimentos, sob baixa e alta disponibilidades de N e P. Para a genotipagem da população de estimação, foram utilizados 80 marcadores microssatélites. As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas via REML/BLUP, e a predição dos valores genéticos genômicos, via regressão aleatória (Random Regression - RR) aplicada à seleção genômica ampla (RR-BLUP/GWS). Para os caracteres em que a GWS apresentou altos valores de acurácia, essa foi comparada com os métodos de Seleção Recorrente Intra e Interpopulacional. Com o uso da GWS houve aumento significativo na acurácia seletiva e nos ganhos genéticos por unidade de tempo. The objectives of this work were to verify the accuracy of the Genome Wide Selection method (GWS) in the maize breeding for nutritional stress conditions and propose new breeding methods based on GWS. The efficiency of two components of use of nitrogen and phosphorus (absorption and utilization) was estimated in 41 single-cross hybrids assessed in two experiments under low and high availability of N and P. Eighty microsatellite markers were used to genotype the base population. The estimates of genetic parameters were obtained by REML/BLUP and the predictions of genetic genomic values were obtained by random regression (RR), applied to genome wide selection (RR-BLUP/GWS). GWS showed high values of accuracy for the traits; it was comparable to the methods of Recurrent Intra and Interpopulational Selection. It was concluded that there is a significant increase in selective accuracy and in the genetic gains per unit of time with use of GWS.

The identification of quantitative trait loci (QTL) and marker-assisted selection with a view to breeding programs have aroused great interest, including for cashew improvement. This study identified QTL for yield-related traits: nut weight, male and hermaphrodite flowers. The traits were evaluated in 71 F1 genotypes of the cross CCP 1001 x CP 96. The methods of interval mapping and multiple QTL mapping were applied to identify QTL. Eleven QTL were detected: three for nut weight, four for male flowers and four for hermaphrodite flowers. The QTL accounted for 3.79 to 12.98 % of the total phenotypic variance and had phenotypic effects of -31.81 to 34.25 %. The potential for marker-assisted selection of the QTL hf-2f and hf-3m is great and the phenotypic effects and percentage of phenotypic variation higher than of the others. A identificação de locos de caráter quantitativo (QTLs) e a seleção assistida por marcadores têm despertado grande interesse em programas de melhoramento, inclusive para o cajueiro. Esta pesquisa objetivou identificar QTLs relacionados a características de componentes de produção: peso da castanha, flores masculinas e hermafroditas. Avaliaram- se 71 plantas F1 originadas do cruzamento CCP 1001 x CP 96. Para a detecção de QTLs foram utilizadas as metodologias de mapeamento de intervalo e mapeamento de QTLs múltiplos. Onze QTLs foram identificados: três para peso da castanha, quatro para flores masculinas e quatro para flores hermafroditas. Os QTLs explicaram entre 3,79 e 12,98 % da variação fenotípica total e apresentaram efeito fenotípico variando entre -31,81 e 34,25 %. Os QTLs fh-2f e fh- 3m têm grande potencial para seleção assistida por marcadores, apresentando os maiores efeitos fenotípicos e as maiores explicações da variação fenotípica.

The objective of this work was to identify major and minor-effect quantitative trait loci (QTL) for resistance to races 3, 9, and 14 of soybean cyst nematode (SCN) in Hartwig cultivar; to map new resistance QTLs for these races; and to check for the existence of epistatic interactions between QTLs. Cultivar Hartwig is an important resistance source to SCN. Recombinant inbred lines (RIL) obtained from a cross between 'Hartwig' (resistant) and Y23 (susceptible) were evaluated regarding resistance to the three races. New genomic regions for resistance to SCN were identified by microsatellites. Four QTLs, which explained between 12 and 34% of phenotypic variance, were detected for resistance to race 3 in linkage groups (LG) A2, G, J, and M. The QTL in LG G is also important for resistance to race 9. Epistatic interactions were detected between loci, which indicate resistance to races 9 and 14. There are high and low-effect resistance QTLs to SCN. O objetivo deste trabalho foi identificar locos associados a características quantitativas (QTL) de efeito maior e menor para a resistência às raças 3, 9 e 14 do nematoide do cisto da soja (NCS) na cultivar Hartwig, mapear novos QTLs de resistência para estas raças e verificar a existência de interações epistáticas entre QTLs. A cultivar Hartwig é uma importante fonte de resistência ao NCS. Linhagens endogâmicas recombinantes (LER) obtidas do cruzamento entre 'Hartwig' (resistente) e Y23 (suscetível) foram avaliadas quanto à resistência às três raças. Novas regiões genômicas de resistência ao NCS foram identificadas por microssatélites. Quatro QTLs, que explicaram entre 12 e 34% da variância fenotípica, foram detectados para a resistência à raça 3 nos grupos de ligação (GL) A2, G, J e M. O QTL no GL G também é importante para a resistência à raça 9. Interações epistáticas foram detectadas entre loci, o que indica resistência às raças 9 e 14. Há QTLs de maior e menor efeito para a resistência ao NCS. Fil: Ferreira, Marcia Flores da Silva. Universidade Federal do Espírito Santo; Brasil Fil: Cervigni, Gerardo Domingo Lucio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos (i); Argentina. Universidad Nacional de Rosario; Argentina Fil: Ferreira, Adésio. Universidade Federal do Espírito Santo; Brasil Fil: Schuster, Iván. Cooperativa Central de Pesquisa Agrícola; Brasil Fil: Santana, Fernanda Abreu. Universidade Federal de Viçosa; Brasil Fil: Pereira, Waldir Dias. Embrapa Soja; Brasil Fil: Barros, Everaldo Gonçalves de. Universidade Federal de Viçosa; Brasil Fil: Moreira, Maurilio Alves. Universidade Federal de Viçosa; Brasil

Backcrossing has been little used in cacao breeding, particularly due to the long time required to transfer genes and recover the genetic background of the recurrent parent. The objective of this study was to select individuals, resulting from the backcross CEPEC-42 x SIC-19, genetically related to the recurrent parent SIC-19 by using RAPD molecular markers, among those with resistance to witches' broom. Of the 31 plants that clustered with SIC-19, 18 from the replanted material remained free of the disease in the field, with good vegetative aspect and, therefore can be used for backcross to reach the desired objective. O retrocruzamento tem sido pouco usado no melhoramento do cacaueiro, particularmente devido ao longo tempo requerido para transferir genes e recuperar o genoma do pai recorrente. O objetivo deste estudo foi selecionar indivíduos resultantes do retrocruzamento de CEPEC-42 x SIC-19, geneticamente relacionado ao pai recorrente SIC 19 por meio do uso de marcador molecular RAPD, dentre aqueles com resistência à vassoura-de-bruxa. Das 31 plantas que agruparam com SIC-19, 18 das replantadas permanecem sem a vassoura-de-bruxa no campo, com bom aspecto vegetativo. Essas 18 plantas podem ser usadas em retrocruzamento para alcançar o objetivo desejado.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:47:03Z No. of bitstreams: 1 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T18:47:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) Previous issue date: 2008-11-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T17:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) S0100-204X2008001100011.pdf.txt: 32015 bytes, checksum: 65b2ca63bff38e9194aa0918d1476e20 (MD5) Previous issue date: 2008-11-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T13:16:53Z No. of bitstreams: 2 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) S0100-204X2008001100011.pdf.txt: 32015 bytes, checksum: 65b2ca63bff38e9194aa0918d1476e20 (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T13:16:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) S0100-204X2008001100011.pdf.txt: 32015 bytes, checksum: 65b2ca63bff38e9194aa0918d1476e20 (MD5) Previous issue date: 2008-11-01 O objetivo deste trabalho foi identificar novos marcadores microssatélites, ligados ao gene Rpp5 de resistência à ferrugem-da-soja, e validar os marcadores previamente mapeados, para que possam ser utilizados em programas de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Para tanto, uma população F2 com 100 indivíduos, derivada do cruzamento entre a PI 200526 e a cultivar Coodetec 208, suscetível à ferrugem, foi artificialmente infectada e avaliada quanto à sua reação de resistência à ferrugem. Marcadores microssatélites foram testados nos genitores e em dois bulks contrastantes, para a identificação de marcadores ligados. Dois novos marcadores, potencialmente associados à resistência, foram testados em plantas individuais, e se constatou que eles estão ligados ao gene Rpp5 e estão presentes no grupo de ligação N da soja. A eficiência de seleção foi determinada em relação a todos os marcadores ligados ao gene Rpp5, e a combinação entre os marcadores Sat_275+Sat_280 foi de 100%. The main objective of this work was to identify new microsatellite markers, linked to the Rpp5 resistance gene to Asian soybean rust, and to validate previously mapped markers for use in marker-assisted selection (MAS) programs. To this end, a F2 population with 100 individuals, derived from crossing between PI 200526 and cultivar Coodetec 208, susceptible to rust, was artificially infected and evaluated for its reaction of resistance to rust. Microsatellite markers were tested on parents and in the two contrasting bulks to identifying linked markers. Two new markers, potentially associated with resistance, were tested in individual plants, and they were found to be linked to gene Rpp5 and to be present in the N linkage group of soybean. The selection efficiencies were determined for all markers linked to gene Rpp5, and the combination of the markers Sat_275+Sat_280 was 100%. Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Produção Vegetal Faculdade de Tecnologia de Jaboticabal Tropical Melhoramento e Genética Ltda. Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Produção Vegetal

Dissertação de Mestrado em Genética Molecular Comparativa e Tecnológica O morango (Fragaria L.) pertence à família Rosaceae, juntamente com outros frutos de elevada importância económica, como a maçã, o pêssego ou a cereja. Fragaria vesca (2n=2x=14) é uma espécie diploide cujo genoma já foi sequenciado (240Mb), sendo considerado um organismo modelo para o morango cultivado (Fragaria x ananassa), espécie octoploide (2n=8x=56). Os frutos silvestres em geral, e os morangos em particular, é conhecido pelo se perfil nutricional muito rico, especialmente em polifenois, o que lhes confere uma elevada capacidade antioxidante. Perceber as bases genéticas que controlam a produção destes compostos fenólicos é extremamente importante para a selecção de novas variedades com uma composição nutricional ainda mais rica. Neste trabalho, através da técnica LC-MS, foi possível analisar os metabolitos fenólicos de frutos maduros de uma população F2 de morango resultante do cruzamento das variedades Camarosa x Dover, o que permitiu quantificar 22 metabolitos diferentes e mapear posteriormente 146 QTLs ao longo do mapa genético desta população. O mapa genético de ligamento CxD foi melhorado e possui actualmente 192 loci distribuídos ao longo dos 28 grupos de ligamento esperados, representando cada grupo homeólogo uma elevada cobertura (> 70%) quando comparado com a espécie F. vesca. Os níveis de expressão dos frutos maduros foram também avaliados com recurso a microarrays contendo os 35000 genes descritos para o genoma de F. vesca, hibridando-os com RNA de indivíduos da população F2. Os genes cujos níveis de expressão variaram significativamente foram seleccionados para uma análise de QTLs de expressão (e-QTLs) que permitiu detectar e mapear 333 e-QTLs. A co-localização entre QTL metabólicos e QTLs de expressão indica uma possível implicação directa do gene candidato na produção do metabolito acumulado. Todas as co-localizações foram detectadas e os melhores resultados foram depois seleccionados para um estudo mais aprofundado, principalmente para tentar perceber o contexto biológico dessas co-localizações. Os marcadores que se encontravam perto da (ou até mesmo coincidindo com a) posição onde QTLs e e-QTLs se co-localizavam foram considerados como bons candidatos para a selecção assistida por marcadores (MAS) Strawberries (Fragaria L.) belong to the Rosaceae family together with other economically important fruits like apple, peach or cherry. Fragaria vesca (2n=2x=14) is a diploid specie which genome has already been sequenced (240Mb) and is considered a model organism for cultivated strawberry (Fragaria x ananassa), an octoploid specie (2n=8x=56). In general all berries, including strawberries, are known for their rich nutritional profile, mainly for the high content in polyphenols which confers a greater antioxidant capacity. Understanding the genetic bases controlling the production of these phenolic compounds is extremely important for the selection of new varieties with a greater nutritional profile. In this work, the LC-MS analysis for polyphenol metabolites in full ripen fruits from an F2 population of cultivated strawberry (Camarosa x Dover) allowed the quantification of 22 different metabolites and a further mapping of 146 QTLs in the genetic linkage map of this F2 population. CxD genetic linkage map has been improved, possessing now 192 loci distributed along the 28 expected linkage groups, representing each homeologous group a high coverage (>70%) when compared with the genome of Fragaria vesca. Similarly, the expression levels in the full ripen fruit were also analyzed with a microarray containing the 35000 genes described for the genome F. vesca hybridizing with RNA of the individuals of the population. Those genes which expression levels vary significantly have been selected for an analysis of expression QTLs (e-QTLs), which allowed the detection of 333 e-QTLs. The co-localization between metabolomic QTLs and expression QTLs indicate a possible direct implication of the candidate gene and the accumulated metabolite. All co-localization were detected and the best results were then selected for a deeper analysis for trying to understand the biological context of those co-localizations. Target markers close to (or coinciding with) the position of QTLs and e-QTLs co-localization were considered as great candidates for marker assisted selection (MAS).

A obtenção de cultivares de feijoeiro-comum de grãos carioca que associem escurecimento lento dos grãos, arquitetura ereta e alta produtividade é uma demanda cres-cente para os melhoristas. O escurecimento lento de grãos permitirá aumentar o tempo de armazenamento, proporcionando aos produtores flexibilidade no momento de venda e, consequentemente, maior lucratividade. Estudos têm demostrado a existência de variabili-dade genética para este caráter, possibilitando a seleção de linhagens com escurecimento lento de grãos. Os objetivos do presente trabalho foram i) estimar os parâmetros genéticos e fenotípicos de linhagens obtidas de quatro populações segregantes de feijoeiro-comum; ii) selecionar linhagens que associem escurecimento lento dos grãos, arquitetura de plantas ereta e alta produtividade; iii) verificar a existência de associação entre o escurecimento lento e o tempo de cocção dos grãos, após o armazenamento, iv) avaliar dois métodos de indução do escurecimento dos grãos; e v) validar os marcadores SSR Pvsd-1158 e PVM02TC116, associados ao escurecimento dos grãos. As linhagens avaliadas foram ori-undas de quatro populações segregantes, derivadas do cruzamento entre a cultivar de escu-recimento lento dos grãos BRSMG Madrepérola e os genitores BRS Estilo, BRS Cometa, BRS Notável e CNFC 10429. Foram instalados três ensaios com 220 linhagens, sendo 55 de cada população, e os cinco genitores, em delineamento experimental látice 15x15, com parcelas de duas linhas de três metros em três locais. Os experimentos foram realizados na safra de inverno/2012, sendo um em Santo Antônio de Goiás e outros dois em Brasília. Os caracteres avaliados foram produtividade de grãos, arquitetura de plantas, escurecimento de grãos, massa de cem grãos e tempo de cocção. Foram estimados componentes de vari-ância, parâmetros genéticos e fenotípicos e coeficientes de correlação fenotípica, genética e ambiental entre o escurecimento de grãos e tempo de cocção aos 90 e aos 180 dias após a colheita. Foi realizada a comparação entre os métodos de indução de escurecimento acele-rado e prolongado. A partir dos marcadores Pvsd-1158 e PVM02TC116, identificados co-mo previamente ligados ao gene que controla o escurecimento dos grãos, estimou-se a fre-quência de recombinação e a eficiência de seleção dos marcadores para cada população em cada ambiente. Para escurecimento lento dos grãos as estimativas de herdabilidade, variân-cia genética e ganho esperado com a seleção foram elevadas, indicando boa possibilidade de sucesso com a seleção. Para produtividade, arquitetura de plantas e tamanho comercial dos grãos, as estimativas de herdabilidade e variância genética foram elevadas, no entanto, não evidenciou altos ganhos com a seleção simultânea. As quatro populações possibilitaram a obtenção de linhagens com escurecimento lento dos grãos, sendo BRSMG Madrepé-rola x BRS Estilo e BRSMG Madrepérola x BRS Cometa as que forneceram maior número de linhagens que associaram o escurecimento lento com arquitetura ereta, alta produtivida-de e tamanho comercial de grãos. Não foi identificada correlação genética importante entre o escurecimento e tempo de cocção dos grãos, portanto, grãos claros não são indicativo de baixo tempo de cocção. Os métodos de indução ao escurecimento, prolongado e acelerado, permitem discriminar as linhagens que possuem escurecimento lento e normal e fornecem informações semelhantes. As estimativas de frequência de recombinação para o marcador Pvsd- 1158 foram sempre baixas, indicando que o marcador é intimamente ligado ao gene que controla escurecimento lento, sendo estável nos diferentes ambientes e populações. Já o marcador PVM02TC116 não se mostrou polimórfico em três das quatro populações, para a população polimórfica, apresentou elevada frequência de recombinação, sendo, pois, inadequado para utilização da seleção assistida para escurecimento dos grãos. The breeding of common bean cultivars with Carioca grain, slow grain darken-ing, upright plant architecture, and high yield has become a growing challenge. Slow grain darkening will increase the storage time, providing flexibility for producers for the time of sale, and consequently increasing profitability. Studies have demonstrated the existence of genetic variability for this trait, allowing the selection of lines with slow grain darkening. The objectives of this study were i) to estimate genetic and phenotypic parameters of lines of four segregating common bean populations; ii) select those with slow grain darkening, upright plant architecture and high yield; iii) seek an association between slow darkening and cooking time of grains after storage; iv) evaluate two induction methods of grain dark-ening and v) validate the markers Pvsd-1158 and PVM02TC116, associated with grain darkening. The tested lines were derived from four segregating populations resulting from crosses between the cultivar BRSMG Madrepérola with slow grain darkening and the par-ents BRS Estilo, BRS Cometa, BRS Notável, and CNFC 10429. Three trials were installed with 220 lines (55 per population), and 5 parents in a 5x15 triple lattice design, with plots of two 3-m rows, at three locations. The experiments were conducted in the winter grow-ing season 2012, one in Santo Antônio de Goiás and two in Brasilia. The traits grain yield, plant architecture, grain darkening, 100-grain weight, and cooking time were evaluated. The variance components and genetic and phenotypic parameters were estimated, and the phenotypic, genetic and environmental correlation coefficients between grain darkening and cooking time, 90 and 180 days after harvest. Induction methods of accelerated and slow darkening were compared. From the markers Pvsd- 1158 and PVM02TC116, identi-fied as previously linked to the gene that controls grain darkening, the frequency of recom-bination and selection efficiency of the markers was estimated for each population and environment and in the mean of the environments. For slow grain darkening, the estimates of heritability, genetic variance and expected gain with selection were high, indicating good chances of successful selection. For yield, plant architecture and commercial grain size, the estimates of heritability and genetic variance were high, but indicated no high gains with simultaneous selection. Lines with slow grain darkening were obtained from the four populations; the highest number of lines that combined slow darkening with upright plant architecture, high yield, and commercial grain size were derived from the crosses BRSMG Madrepérola x BRS Estilo and BRSMG Madrepérola x BRS Cometa. No im-portant genetic correlation between grain darkening and cooking time was identified, there-fore, light-colored grains do not indicate a short cooking time. The induction methods of slow and accelerated darkening, provide similar information in the discrimination of lines with slow and regular darkening. The estimates of the recombination frequency for marker Pvsd-1158 were always low, indicating the close linkage of this marker to the gene that controls slow darkening, and were stable in the different environments and populations. Marker PVM02TC116 however was not polymorphic in three of the four populations. The recombination frequency of this marker in the polymorphic population was high, showing that it is unsuitable for marker-assisted selection for grain darkening. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8342_Dissertação Final José Dias de Souza Neto.pdf: 1396230 bytes, checksum: 701b1997aab5b8ff0ee100b5b072e158 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 A soja é uma das culturas de maior importância mundial devido ao óleo e proteína extraídos de suas sementes. Devido a esta importância, tivemos como objetivo a avaliação de linhagens do programa de Melhoramento Genético da Qualidade da soja na UFV no estado de Minas Gerais, quanto aos caracteres conteúdos de óleo e proteína, assim como para adaptabilidade e estabilidade das linhagens em três ambientes, sendo as últimas avaliadas pelas metodologias de Eberhart e Russell e Centróides. Juntamente a este, também se objetivou selecionar marcadores microssatélites associados à QTLs para conteúdo de óleo e proteína nestas linhagens. Para tal, um total de 56 locus de marcadores SSR, associados a conteúdo de óleo e proteína, foram utilizados. Assim, com relação as análises de adaptabilidade e estabilidade, foram selecionadas as linhagens 13, 18, 90, 148, 152, 172, 204, 206, 174 e 120 , para o caráter conteúdos de óleo, e as linhagens 124, 158 e 143, para proteína. Assim, na análise de agrupamento formou-se 21 grupos das 208 linhagens, com as 92, 184, Msoy 6101 e 192 apresentando maior dissimilaridade genotípica. Já para as análises de associação, não foi verificada associação a 1 e 5% de significância por meio da correção de Bonferroni. Todavia, foram selecionados os alelos 3 do marcador Satt 239 e 1 e 2 do Satt 539, para conteúdo de óleo, enquanto o alelo 1 do Satt 263, e o 3 do Satt 463, para conteúdo de proteína. Soy is one of the most important crops worldwide due to the oil and extracted protein from its seeds. Due to this importance, our objective was the evaluation of strains of soybean, from Quality Breeding program at UFV in the state of Minas Gerais, from oil and protein content as well as adaptability and stability of the lines in three environments, the latter being evaluated by the methods of Eberhart and Russell and Centróides. Also, we aimed to select SSR markers associated with QTLs for oil content and protein in these strains. A total of 56 locus of SSR markers, were used. Regarding the analysis of adaptability and stability, the strains 13, 18, 90, 148, 152, 172, 204, 206, 174 and 120. We selected for oil content, and the lines 124, 158 and 143, for protein. The grouping analysisformed 21 groups of 208 limhagens, with 92, 184, 6101 and 192 Msoy showing greater dissimilarity genotype. The association analyzes did not reveal any association at 1 and 5% significance level using the Bonferroni correction. However, allele 3 was selected alleles in marker 239, and alleles 1 and 2 at Satt 539, for oil, while allele 1 at Satt 263, and allele 3 at Satt 463 for protein content.

The genetic diversity of three microsatellites (ILSTS027, MBO22, BM4325) mapped on the bovine chromosome 15 and linked to the follicle-stimulating hormone beta gene (FSHß) was investigated in cows of a Brangus Ibagé herd and the efficiency of these markers for individual identification and parentage control was estimated. Possible associations between each molecular marker and cow reproductive performance were also analyzed. Six alleles were detected in BM4325 and ILSTS027 and 12 in MB022, the most frequent being BM4325*101, BM4325*103, ILSTS027*169 and MB022*229. Polymorphic information content ranged from 0.58 to 0.88 while expected heterozygosity ranged from 65% to 89%, with an average mean value of 77%. Although only three markers were studied, the combined values indicate a high power of exclusion of a false parentage (94%) and of individual identification (3.8 x 10-4). The association analyses based on statistics parameters [MB022 (n=104, CI=545.3±127.0, WFC=349.9±53.4), BM4325 (n=106, CI=542.2±124.9, WFC=350.5±54.4) and ILSTS027 (n =105, CI=543.4 ± 124.5, WFC=350.1±54.5)] indicated no positive association between each microsatellite and weight at first calving. Calving interval (CI) also seemed not to be influenced by the ILSTS027 or MB022 system. However, carriers of at least one BM4325*101 allele presented a CI about 54 days shorter than the other animals (P=0.04; n=106). This marker could be useful for marker-assisted selection, allowing the improvement of reproductive performance, at least in the Brangus Ibagé herd. A diversidade genética de três microssatélites (ILSTS027, MBO22, BM4325) mapeados no cromossomo bovino 15 e ligados ao gene do hormônio folículo estimulante, cadeia b (FSHbeta) foi investigada em fêmeas de um rebanho bovino Brangus Ibagé. Além de estimar a variabilidade genética do rebanho, avaliou-se a eficiência destes marcadores para a identificação individual e controle de paternidade. Verificaram-se também possíveis associações entre os marcadores e o desempenho reprodutivo. Seis alelos foram detectados em BM4325 e ILSTS027 e 12 foram observados em MB022, os mais freqüentes sendo, BM4325*101, BM4325*103, ILSTS027*169 e MB022*229. O conteúdo de informação polimórfica variou entre 0,58 a 0,88 enquanto a heterozigosidade esperada oscilou entre 65% e 89%, sendo o valor médio de 77%. Embora apenas três marcadores tenham sido investigados, os valores combinados indicam alto poder de exclusão de um falso progenitor (94%) e de identificação individual (3,8 x 10-4). As análises de associação baseadas nos parâmetros estatísticos [MB022 (n=104, CI=545,3±127,0, WFC=349,9±53,4), BM4325(n=106, CI=542,2±124,9, WFC=350,5±54,4) e ILSTS027(n=105, CI=543,4±124,5, WFC=350,1±54,5)] não indicaram associação positiva entre os microssatélites e o peso da vaca ao parto. O intervalo entre partos também não parece ser influenciado pelos marcadores ILSTS027 ou MB022. No entanto, portadores de pelo menos um alelo BM4325*101 apresentaram intervalo entre partos 54 dias mais curto que os demais animais (p=0,04; n=106). Este marcador pode ser útil para seleção assistida por marcadores, permitindo a melhoria do desempenho reprodutivo, pelo menos no rebanho Brangus Ibagé.

The genetic diversity of three microsatellites (ILSTS027, MBO22, BM4325) mapped on the bovine chromosome 15 and linked to the follicle-stimulating hormone beta gene (FSHß) was investigated in cows of a Brangus Ibagé herd and the efficiency of these markers for individual identification and parentage control was estimated. Possible associations between each molecular marker and cow reproductive performance were also analyzed. Six alleles were detected in BM4325 and ILSTS027 and 12 in MB022, the most frequent being BM4325*101, BM4325*103, ILSTS027*169 and MB022*229. Polymorphic information content ranged from 0.58 to 0.88 while expected heterozygosity ranged from 65% to 89%, with an average mean value of 77%. Although only three markers were studied, the combined values indicate a high power of exclusion of a false parentage (94%) and of individual identification (3.8 x 10-4). The association analyses based on statistics parameters [MB022 (n=104, CI=545.3±127.0, WFC=349.9±53.4), BM4325 (n=106, CI=542.2±124.9, WFC=350.5±54.4) and ILSTS027 (n =105, CI=543.4 ± 124.5, WFC=350.1±54.5)] indicated no positive association between each microsatellite and weight at first calving. Calving interval (CI) also seemed not to be influenced by the ILSTS027 or MB022 system. However, carriers of at least one BM4325*101 allele presented a CI about 54 days shorter than the other animals (P=0.04; n=106). This marker could be useful for marker-assisted selection, allowing the improvement of reproductive performance, at least in the Brangus Ibagé herd.A diversidade genética de três microssatélites (ILSTS027, MBO22, BM4325) mapeados no cromossomo bovino 15 e ligados ao gene do hormônio folículo estimulante, cadeia b (FSHbeta) foi investigada em fêmeas de um rebanho bovino Brangus Ibagé. Além de estimar a variabilidade genética do rebanho, avaliou-se a eficiência destes marcadores para a identificação individual e controle de paternidade. Verificaram-se também possíveis associações entre os marcadores e o desempenho reprodutivo. Seis alelos foram detectados em BM4325 e ILSTS027 e 12 foram observados em MB022, os mais freqüentes sendo, BM4325*101, BM4325*103, ILSTS027*169 e MB022*229. O conteúdo de informação polimórfica variou entre 0,58 a 0,88 enquanto a heterozigosidade esperada oscilou entre 65% e 89%, sendo o valor médio de 77%. Embora apenas três marcadores tenham sido investigados, os valores combinados indicam alto poder de exclusão de um falso progenitor (94%) e de identificação individual (3,8 x 10-4). As análises de associação baseadas nos parâmetros estatísticos [MB022 (n=104, CI=545,3±127,0, WFC=349,9±53,4), BM4325(n=106, CI=542,2±124,9, WFC=350,5±54,4) e ILSTS027(n=105, CI=543,4±124,5, WFC=350,1±54,5)] não indicaram associação positiva entre os microssatélites e o peso da vaca ao parto. O intervalo entre partos também não parece ser influenciado pelos marcadores ILSTS027 ou MB022. No entanto, portadores de pelo menos um alelo BM4325*101 apresentaram intervalo entre partos 54 dias mais curto que os demais animais (p=0,04; n=106). Este marcador pode ser útil para seleção assistida por marcadores, permitindo a melhoria do desempenho reprodutivo, pelo menos no rebanho Brangus Ibagé.

Background: molecular markers for genetic resistance can be used to control mastitis in dairy cattle. The Major Histocompatibility Complex and the Toll-like receptor 4 (TLR4) are two promising genes that warrant investigation. Objective: to identify associations between genotypes of BoLA-DRB3 locus and T4CRBR2 fragment and subclinical mastitis (SM). Methods: 996 lactating cows from 32 herds comprising Holstein (80%), Holstein x Jersey cross (12.5%), and other crosses (7.5%) were evaluated monthly during two years, diagnosed for SM and genotyped for the second exon of BoLA DRB3 and the TLR4 coreceptor-binding region 2 (T4CRBR2) using a Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism technique (PCRRFLP). The association between candidate alleles and subclinical mastitis was measured by logistic regression. Results: the most frequently observed alleles for BoLA-DRB3 were DRB3.2 *8, *22, *24, *16, *10, *23, *gba, *11, *2, *mbb, *jba, *3, and *15, accounting for 58.9% of the population. Frequencies for T4CRBR2 alleles A and B were 0.352 and 0.647, respectively. Based on 57,408 observations during the period, the mean SM prevalence was 16.2% (95% CI 13.0 and 19.4) per udder quarter and 37.6% (95% CI 32.1 and 43.2) per cow. The predominant microorganisms isolated from SM quarters were Streptococcus agalactiae and Coagulase-Negative Staphylococci (CNS). Allele DRB3.2 *23 was associated with SM occurrence and CNS infection. No alleles were associated with Streptococcus agalactiae infection. Allele *mbb was associated with occurrence of CNS infection and alleles *jba and *15 were associated with resistance to CNS infection. No significant relationship between T4CRBR2 and SM was observed. Conclusion: DRB3.2 gen may play an important role in the occurrence of SM and certain alleles may confer resistance to specific pathogens. Antecedentes: los marcadores moleculares genéticos de resistencia para mastitis bovina son una herramienta para el control de la enfermedad en rebaños lecheros. Los genes del Complejo Mayor de Histocompatibilidad y el Receptor tipo Toll 4 (TLR4) son dos genes candidatos promisorios que justifica investigar. Objetivo: identificar asociaciones entre los genotipos del locus BoLA-DRB3 y del fragmento T4CRBR2 con la ocurrencia de mastitis subclínica. Métodos: 996 vacas lactantes de 32 hatos de las razas Holstein (80%), Holstein x Jersey (12,5%) y otros cruces (7,5%), fueron visitadas mensualmente por dos años, diagnosticadas para mastitis subclínica y genotipificadas para el segundo exón del DRB3 y para la región 2 de unión al correceptor del TLR4 (T4CRBR2) por medio de las técnicas de Reacción en cadena de la polimerasa y de Longitud del polimorfismo del fragmento de restricción (PCR-RFLP). La asociación entre los alelos candidatos y la mastitis subclínica se midió por regresión logística. Resultados: los alelos más frecuentes para el DRB3.2 fueron *8, *22, *24, *16, *10, *23, *gba, *11, *2, *mbb, *jba, *3 y *15, que suman el 58,9% del total en la población. Las frecuencias para los alelos A y B del T4CRBR2 fueron de 0,352 y 0,647, respectivamente. Basados en 57.408 observaciones, la prevalencia de MS a nivel de cuarto fue 16,2% (95% IC 13,0 y 19,4) y a nivel de vaca fue de 37,6% (95% IC 32,1 y 43,2). Los microorganismos más frecuentes fueron Streptococcus agalactiae y Estafilococo Coagulasa Negativo (ECN). El alelo DRB3.2 *23 fue el más asociado con la ocurrencia de MS y con la infección por ECN. No se hallaron alelos asociados a infección con mastitis por Streptococcus agalactiae. Con respecto a la infección por ECN, el *mbb se asoció con la ocurrencia y los alelos *jba y *15 se asociaron con resistencia. No se observó asociación entre T4CRBR2 y MS. Conclusión: el gen DRB3.2 puede jugar un papel importante en la presencia de MS y ciertos alelos pueden conferir resistencia a patógenos específicos. Antecedentes: o uso de marcadores moleculares de resistência para mastites permite controlar esta doença em rebanhos leiteiros. Os genes Toll Like Receptor 4 (TLR4) e o Complexo Mayor de Histocompatibilidade são dois genes candidatos promissórios que justifica pesquisar. Objetivo: identificar associações entre genótipos do locus BoLA-DRB3 e do fragmento T4CRBR2 com a ocorrência de mastite subclínica. Método: 996 vacas em lactação de 32 rebanhos da raça Holandesa (80%), Holandesa x Jersey (12,5%) e outras cruzas (7,5%) foram visitadas mensalmente por dois anos, diagnosticadas para mastites subclínica e genotipadas para o exon segunda BoLA DRB3 e região 2 da ligação co-receptor TLR4 (T4CRBR2) através das técnicas de Reação em Cadeia da Polimerase e do Polimorfismo de Comprimento do Fragmento de Restrição (PCRRFLP). A associação entre alelos candidatos e mastite subclínica foi realizada por meio de regressão logística. Resultados: os alelos mais frequentes *8, *22, *24, *16, *10, *23, *gba, *11, *2, *mbb, *jba, *3 e *15, com um 58,9% do total da população. As frequências dos alelos A e B do T4CRBR2 foram 0,352 e 0,647, respectivamente. Com base em 57.408 observações, a prevalência da SM em quartos mamários foi de 16,2% ((IC 95% 13,0 e 19,4) e ao nível de vaca foi de 37,6% (IC 95% 32,1 e 43,2). Os microrganismos mais comuns foram: Streptococcus agalactiae e Estafilococos Coagulase-negativo, ECN. O alelo DRB3.2 *23 foi o mais associado com a ocorrência de SM e com a infecção por ECN. Não foram encontrados alelos associados à infecção por Streptococcus agalactiae. Em relação à infecção por ECN, o *mbb esteve associado com ocorrência e os alelos *jba e *15 estiveram associados com resistência. Não existiu associação entre MS e os alelos do T4CRBR2. Conclusão: o gene DRB3.2 bovino pode desempenhar um papel importante na presencia de MS e alguns alelos podem conferir resistência à patógenos específicos.

Está faltando um autor a ser cadastrado. O objetivo deste trabalho foi identificar SNPs em genes associados ao conteúdo de ácidos graxos em soja e implementar a metodologia "high resolution melting" (HRM) para genotipagem desses SNPs. Os iniciadores HRM foram desenhados para discriminar os alelos SNPs em duas populações de mapeamento (RILs e F2) e seguiram o padrão esperado de segregação. Os SNPs do gene ABI associaram-se significativamente ao conteúdo de ácido esteárico (R2 = 12,14), e os do gene FAD3B, aos conteúdos de ácido oleico (R2 = 14,69) e linolênico (R2 = 10,62). A técnica de genotipagem dos SNPs por HRM é eficiente na discriminação das classes genotípicas. The objective of this work was to identify SNPs in genes associated with fatty acid content in soybean and to implement the high resolution melting (HRM) technique for SNP genotyping. HRM primers were designed to discriminate SNP alleles in two mapping populations (RILs and F2) and followed the expected pattern of segregation. The ABI gene SNPs were significantly associated with stearic acid content (R2 = 12.14), and the ones from the FAD3B gene, with oleic (R2 = 14.69) and linolenic acid (R2 = 10.62) contents. The technique of genotyping SNPs by HRM is efficient to discriminate genotype classes.

The objectives of this study were to verify the use of LW7 marker in identifying maintainer lines (B-lines) and restorer lines (R-lines) in grain sorghum and sweet sorghum, and to identify B-lines in the F2, BC1F2 and BC2F2 generations. Twenty five accessions of sorghum were evaluated, and LW7 marker correctly identified accessions which presented male sterility gene (rf4) in Suphan Buri1 and 03B cultivars; moreover, these genotypes did not show 779 bp band. The cross between Suphan Buri1 and a male-sterile line (A-line) 03A resulted in a sterilized male, confirming the usefulness of the marker in breeding programs. B-lines in the F2, BC1F2 and BC2F2 generations were identified by LW7 marker. The segregation ratio of 3:1 for male fertility and male sterility in the progenies of the three generations supported the one-gene model of Mendelian segregation. The use of marker assisted selection was successful for line development of sweet sorghum with male sterility. Verificou-se o uso do marcador LW7 para identificação de linhas mantenedoras B e restauradoras R em sorgo granífero e doce e para identificação de linhas mantenedoras B nas gerações F2, RC1F2 e RC2F2. Vinte e cinco acessos de sorgo foram avaliados e o marcador LW7 identificou corretamente aqueles que possuem o gene de macho-esterilidade (rf4) como Suphan Buril e 03B, os quais não mostraram a banda de 779 pb. O cruzamento entre Suphan Buri1 e uma linha macho-estéril (A) 03A resultou macho-estéril, confirmando a utilidade do marcador em programas de melhoramento. Linhas B em gerações F2, RC1F2 e RC2F2 foram identificadas pelo marcador LW7 e a taxa de segregação de 3:1 para fertilidade e macho-esterilidade nas progênies das três gerações apoiaram o modelo de segregação Mendeliana de um gene. O uso da seleção assistida por marcador foi bem sucedido para o desenvolvimento de linhas de sorgo sacarino com macho-estéreis.

O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância "identical‑by‑descent" associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve efeito de QTL, ou nulo, quando não. A comparação entre os modelos foi feita nas posições dos marcadores (seis marcadores microssatélites) e nas intermediárias, entre os marcadores. O MRA detectou QTL significativo na posição 65 cM do cromossomo 7 e, portanto, foi mais eficiente que a metodologia tradicional, que não detectou QTL significativo em nenhum dos fenótipos avaliados. A metodologia proposta possibilitou a detecção de QTL com efeito sobre toda a trajetória de crescimento, dentro da amplitude de idade considerada (do nascimento aos 150 dias). The objective of this work was to evaluate the efficiency of random regression models (RRM) to detect quantitative trait loci (QTL) for growth traits in pigs. An outbreed F2 Piau x Commercial population was used. The efficiency of the proposed methodology for QTL detection was compared to the traditional methodology of regression interval mapping. In order to do that, RRM with random polygenic effects of permanent environment and of QTL were used with the approach of the covariance matrix identical‑by‑descent, associated to the QTL effects. The significance of QTL effects was tested by the likelihood ratio, considering the described model as being complete when there was significant QTL effect, and null, when there was not. Comparison between models was made at the positions of the markers (six microsatellite markers) and at the intermediate positions between them. The RRM allowed the detection of a significant QTL at the position 65 cM of chromosome 7 and, therefore, it was considered more efficient than traditional method, which did not identify any significant QTL in any of the evaluated phenotypes. The proposed methodology enabled the detection of QTL affecting all growth trajectory within the considered age range (from birth to 150 days).

O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância ?identical‑by‑descent? associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve efeito de QTL, ou nulo, quando não. A comparação entre os modelos foi feita nas posições dos marcadores (seis marcadores microssatélites) e nas intermediárias, entre os marcadores. O MRA detectou QTL significativo na posição 65 cM do cromossomo 7 e, portanto, foi mais eficiente que a metodologia tradicional, que não detectou QTL significativo em nenhum dos fenótipos avaliados. A metodologia proposta possibilitou a detecção de QTL com efeito sobre toda a trajetória de crescimento, dentro da amplitude de idade considerada (do nascimento aos 150 dias). Made available in DSpace on 2014-03-19T23:24:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013ResendeMapeamentoQLT.pdf: 642387 bytes, checksum: 163f261e8a020ff29deae67afa4a39e8 (MD5) Previous issue date: 2013-09-18