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Selon de nombreuses prévisions, les rivières méditerranéennes devraient être soumises dans les années à venir à de fortes pressions environnementales liées aux changements climatiques, ce qui laisse entrevoir des conséquences certaines pour la faune qu'elles hébergent. Pour tenter de percevoir ces conséquences, la faune invertébrée de l'une de ces rivières, la Cèze, a été étudiée en période d'étiage. La biodiversité des assemblages de la Cèze a été estimée en tenant compte de l'hétérogénéité des échanges entre la rivière et sa nappe. Ainsi trois habitats ont été échantillonnés : le fond de la rivière (habitat benthique), la zone d'interface entre la rivière et l'aquifère poreux (zone hyporhéique) et celle d'interface avec l'aquifère karstique (sources). Les résultats montrent que la composition des assemblages d'espèces récoltées est différente dans les trois habitats, avec seulement 11 % de taxons communs. L'habitat benthique se révèle plus riche en Éphéméroptères et en Trichoptères, l'habitat hyporhéique en Oligochètes, Crustacés et Plécoptères, et les sources en Diptères. Les espèces stygobies (spécialisées à la vie en milieu souterrain) sont totalement absentes de l'habitat benthique, alors qu'elles sont bien représentées dans les sources et la zone hyporhéique. Les deux habitats situés à l'interface entre le cours d'eau et les systèmes souterrains produisent un enrichissement considérable de la biodiversité du cours d'eau, qui se traduit par un doublement du nombre de taxons par rapport à l'habitat benthique. Ce travail montre que l'intégration des zones situées à l'interface entre la rivière et les eaux souterraines est cruciale pour l'obtention d'une estimation aussi complète que possible de la biodiversité des hydrosystèmes. In a close future, Mediterranean rivers will support strong disturbances due to climate changes, with inexorable consequences for their fauna. The invertebrate biodiversity of the Cèze River (South of France) was studied in a karstic area. The benthic layer (river bottom), the hyporheic layer (interface with the groundwater inside river sediment) and the lateral springs (interface with the karstic systems) were sampled in early summer. Only 11 % of the taxa were sampled simultaneously in the three habitats. Ephemeroptera and Trichoptera were more species rich in the benthic zone; Oligochaetes, crustaceans and Plecoptera in the hyporheic zone and Diptera in the lateral springs. Stygobite species lack in the benthic layer, they were more diversified in the springs and in the hyporheic zone. When all habitats are considered together, the total taxonomic richness is twice of the benthic one. The habitats located at the interface between river and groundwater thus must be included in the river biodiversity estimations.