Genome-wide SSR marker development and application in genetic diversity analysis of the red swamp crayfish, Procambarus clarkii (Girard, 1852) in China.

The red swamp crayfish, Procambarus clarkii (Girard, 1852), is currently an economically important aquaculture animal. Its genetic basis has been scarcely reported, however, partly due to the absence of abundant molecular markers in the genome. In this study, Simple Sequence Repeat (SSR) loci were mined, based on genome survey sequencing via the next generation sequence of the red swamp crayfish. A total of 4897 SSR loci were identified, with the most abundant type being the di-nucleotide repeat motifs (75.2%), followed by tri- (20.4%), tetra- (3.8%), penta- (0.5%), and hexanucleotide (0.2%) repeats. In total, 1546 SSR markers were validated to be amplified, and 721 of these were identified as polymorphic SSR markers. Fifty polymorphic SSR markers were randomly selected for the identification of the genetic diversity of the 14 red swamp crayfish populations in China. The expected and observed heterozygosity and polymorphism information content were 0.39, 0.30, and 0.29, respectively, on average. The results indicated a medium genetic diversity among the 14 investigated populations. These probably cluster into three genetic populations. The current study provides abundant genetic markers and information on the 14 populations, which can be helpful for genetic diversity estimation and molecular breeding of the red swamp crayfish. Résumé: L'écrevisse rouge de Louisiane, Procambarus clarkii (Girard, 1852), est une espèce d'aquaculture importante économiquement. Sa base génétique est peu connue, due en partie à l'absence de marqueurs moléculaires abondants dans son génome. Dans cette étude, l'analyse des microsatellites (SSR) de l'écrevisse rouge a été effectuée, sur la base d'un séquençage du génome par séquençage nouvelle génération (NGS). Un total de 4897 loci SSR ont été identifiés, le type le plus abondant de motifs répétés étant les di-nucléotides (75,2%), suivi par les répétitions à tri- (20,4%), tétra- (3,8%), penta- (0,5%), et hexa-nucléotides (0,2%). Au total, 1546 marqueurs ont été validés pour être amplifiés, et 721 d'entre eux ont été identifiés comme marqueurs SSR polymorphiques. 50 marqueurs SSR polymorphiques ont été sélectionnés au hasard pour l'identification de la diversité génétique des 14 populations d'écrevisse rouge de Louisiane en Chine. L'hétérozygotie attendue et observée et l'indice de polymorphisme ont été, en moyenne, respectivement de 0,39, 0,30, et 0,29. Les résultats montrent une diversité génétique moyenne parmi les 14 populations étudiées, qui se regroupent probablement dans trois populations génétiques. Cette étude fournit des marqueurs génétiques abondants et des informations sur les 14 populations, qui peuvent être utiles pour l'estimation de la diversité génétique et la sélection moléculaire de l'écrevisse rouge de Louisiane. [ABSTRACT FROM AUTHOR]