Calcul du nombre de sujets nécessaire dans le contexte d’analyse du microbiome

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, champignons, virus) vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte. Dans la majorité des essais portant sur ce sujet, l’objectif principal est d’identifier les micro-organismes dont l’abondance est modifiée selon une condition, comme par exemple la présence d’une pathologie ou la prise d’un traitement. La composition du microbiote est mesurée par le séquençage de l’expression du gène 16S, ce qui en fait des données compositionnelles de grande dimension. Ces spécificités sont à prendre en compte lors de l’analyse, ce qui nécessite l’utilisation de méthodes statistiques adaptées. Actuellement, il n’existe pas de méthode d’estimation de taille d’étude qui soit en adéquation avec les méthodes utilisées pour l’analyse de ce type de données. Notre objectif est de proposer une méthode d’estimation de taille d’étude cohérente avec la stratégie d’analyse pour l’étude du microbiote.