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Développement de modèles spécifiques aux séquences génomique virales
- Source :
- Autre [cs.OH]. Université de Bordeaux, 2017. Français. ⟨NNT : 2017BORD0649⟩
- Publication Year :
- 2017
- Publisher :
- HAL CCSD, 2017.
-
Abstract
- DNA sequencing of complex samples containing various living species is a choice approach to study the viral landscape of a given environment. Viral genomes are hard to identify due to their extreme variability and the tight relationship they have with their hosts. We hereby provide new leads for the development of a virusesspecific solution to the need for accurate identification that hasn't found a satisfactory solution in the existing universal software so far.<br />Le séquençage ADN d'échantillons complexes contenant plusieurs espèces est une technique de choix pour étudier le paysage viral d'un milieu donné. Or les génomes viraux sont difficiles à identifier, de par leur extrême variabilité et la relation étroite qu'ils entretiennent avec leurs hôtes. Nous proposons de nouvelles pistes de recherche pour apporter une solution spécifique aux séquences virales afin de répondre au besoin d'identification pour lequel les solutions génériques existantes n'apportent pas de réponse satisfaisante.
- Subjects :
- Phylogénie
Virologie
Assignation taxonomique
[INFO.INFO-OH]Computer Science [cs]/Other [cs.OH]
Environment
Signature
Environnement
[INFO.INFO-OH] Computer Science [cs]/Other [cs.OH]
Taxonomic assignment
Virology
Classification supervisée
Machine learning
Supervised classification
Metagenomics
K-mers
Apprentissage machine
Phylogeny
Métagénomique
Subjects
Details
- Language :
- French
- Database :
- OpenAIRE
- Journal :
- Autre [cs.OH]. Université de Bordeaux, 2017. Français. ⟨NNT : 2017BORD0649⟩
- Accession number :
- edsair.dedup.wf.001..1f81640a82d5fe63f11bb1739b284235