Functional exploration of the impact of fermented milk consumption withor withoutviable LAB on the composition and activityof the gutmicrobiotaby metaomic approaches

Objectifs Le microbiote intestinal humain est un écosystème complexe et dynamique. Il exerce de nombreuses fonctions biologiques et métaboliques. Le maintien de son équilibre (composition, activité) est important pour la santé et le bien-être de l’hôte et peut être influencé par de nombreux facteurs, comme l’alimentation. Les produits laitiers fermentés, qui contiennent une grande quantité de bactéries lactiques vivantes, peuvent contribuer à cet équilibre mais la compréhension de leur impact reste encore limitée. Ce travail a pour objectif de mieux comprendre, à partir de l’utilisation d’outils métaomiques, l’impact de la consommation de lait fermenté et de bactéries lactiques vivantes sur la composition et l’activité du microbiote intestinal. De plus, il vise à évaluer l’état physiologique et métabolique des bactéries lactiques en transit dans le tractus digestif. Matériels et Méthodes Trois groupes de 8 souris à flore humanisée (ie transplantation d’un microbiote fécal d’un individu sain à des souris axéniques) ont été alimentées avec (i) un régime contrôle sans lait (alimentation traditionnelle des souris + tampon PBS), (ii) un régime avec lait fermenté (alimentation traditionnelle des souris + un lait fermenté par les 2 bactéries du yaourt, Streptococcus thermophilus et Lactobacillus bulgaricus), ou (iii) un régime avec lait fermenté thermisé (alimentation traditionnelle des souris + un lait fermenté par les 2 bactéries du yaourt puis thermisé à 95°C pendant 25 min). La composition et l’activité du microbiote humain transplanté chez les souris ont été évaluées respectivement par métagénomique shotgun et métatranscriptomique à partir d’échantillons fécaux. Résultats principaux L’analyse quantitative et le suivi de l’activité du microbiote intestinal de souris à flore humanisée est réalisable grâce à des approches métaomiques. La consommation de lait fermenté (thermisé ou pas) ne modifie pas la composition du microbiote intestinal humain chez la souris mais a un impact significatif sur son activité. L’expression des gènes est modifiée pour la plupart des genres bactériens dominants, et modulant par conséquent leurs fonctions. Cet impact est d’autant plus important que la consommation de lait fermenté est régulière et prolongée dans le temps. En revanche, il n’a pas été possible de suivre l’activité des bactéries lactiques en transit qui sont minoritaires. Conclusion Ce travail met en évidence l’intérêt des méthodes métaomiques pour suivre l’impact de l’alimentation et ouvre des perspectives sur l’exploration des effets bénéfiques potentiels des laits fermentés sur le microbiote intestinal humain.