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Identificación de Arbovirus circulantes en una cohorte de pacientes con síndrome febril en el municipio de Villa del Rosario, Norte de Santander

Identificación de Arbovirus circulantes en una cohorte de pacientes con síndrome febril en el municipio de Villa del Rosario, Norte de Santander

Authors :
Carrillo Hernández, Marlen Yelitza
Martínez Gutiérrez, Marlen
Ruiz Saenz, Julian
Source :
Repositorio Universidad de Santander, Universidad de Santander, instacron:Universidad de Santander
Publication Year :
2016
Publisher :
Bucaramanga : Universidad de Santander, 2016, 2016.

Abstract

89 p. Cd<br />Los Virus Dengue (DENV), el Virus del Chikungunya (CHIKV) y el Virus Zika (ZIKV) son trasmitidos por el mismo vector, lo que resulta en la co-circulación de estos tres virus en las mismas regiones geográficas, aumentando la posibilidad de coinfecciones. El objetivo de este estudio fue identificar las cepas circulantes y calcular la prevalencia de co-infecciones en el municipio Villa del Rosario (Norte de Santander). Para lograr esto, con previo aval de bioética y consentimiento informado, se recolectaron muestras de suero de pacientes que presentaban fiebre menor de 7 días y con diagnóstico clínico compatible con alguna de estas tres enfermedades virales. Se extrajo el ARN de los sueros, posteriormente se realizó la retrotranscripción (RT) para obtener el cDNA, el cual fue utilizado como plantilla para la identificación de DENV y CHIKV (por PCR convencional) y ZIKV (por Real Time PCR). Las muestras positivas para DENV fueron serotipificadas y algunas muestras positivas para DENV y CHIKV fueron secuenciadas. Los resultados demostraron que 82 pacientes fueron positivos para uno o más virus: 33 (21.02%) para DENV, 47 (29.94%) para CHIKV y 29 (18.47%) para ZIKV. Adicionalmente, se encontró co-infección entre ellos: la prevalencia de co-infección DENV/CHIKV, DENV/ZIKV y CHIKV/ZIKV fue del 7.64%, 6.37% y 5.10%, con tasas de ataque de 14.90, 12.42 y 9.93 casos por cada 100.000 habitantes, respectivamente. Por otro lado, se encontraron tres pacientes co-infectados con los tres virus (prevalencia del 1.91%) con una tasa de ataque de 4.96 casos por 100.000 habitantes. Este estudio demuestra la simultánea co-circulación de DENV, CHIKV y ZIKV y sus co-infecciones en la región nororiente de Colombia.<br />Dengue virus (DENV), Chikungunya virus (CHIKV) and Zika virus (ZIKV) are transmitted by the same vector, resulting in the co-circulation of these three viruses in the same geographic regions, increasing the possibility of co-infections. The objective of this study was to identify circulating strains and estimate the prevalence of co-infections in the municipality of Villa del Rosario (Norte de Santander). To achieve this, prior endorsement of bioethics and informed consent, serum samples from patients with fever less than 7 days and with clinical diagnosis compatible with any of these three viral diseases were collected. RNA was extracted from sera subsequently reverse transcription (RT) was performed to obtain cDNA, which was used as a template for identifying DENV and CHIKV (conventional PCR) and ZIKV (real-time PCR). DENV-positive samples were serotyped, and some of those positive for DENV and CHIKV were sequenced. The results showed that eighty-two patients were positive for one or more viruses: 33 (21.02%) for DENV, 47 (29.94%) for CHIKV and 29 (18.47%) for ZIKV. In addition, co-infection among them was found: the prevalence of DENV/CHIKV, DENV/ZIKV, and CHIKV/ZIKV co-infection was 7.64%, 6.37%, and 5.10%, with attack rates of 14.90, 12.42, and 9.93 cases per 100,000 inhabitants, respectively. Furthermore, three patients were found to be co-infected with all three viruses (prevalence of 1.91%), with an attack rate of 4.96 cases per 100,000 inhabitants. Our results demonstrate the simultaneous cocirculation of DENV, CHIKV, ZIKV and their co-infections in the northeastern region of Colombia.<br />Maestría<br />Magister en Investigación en enfermedades Infecciosas<br />TABLA DE CONTENIDO 1. INTRODUCCIÓN ................................................................................................. 1 1.1 DENGUE ............................................................................................... …… 1 1.1.2 Agente etiologico, DENV..........................................................................2 1.1.2 Ciclo de replicación viral .......................................................................... 4 1.1.3 Patogénesis ................................................................................................ 5 1.1.4 Manifestaciones clínicas del Dengue ........................................................ 6 1.2. FIEBRE DEL CHIKUNGUNYA ................................................................... 7 1.2.1 Agente etiologico, CHIKV.........................................................................8 1.2.2 Ciclo de replicación viral........................................................................... 9 1.2.3 Patogénesis..................................................................................................9 1.2.4 Manifestaciones clinicas de la fiebre del Chikungunya........................ ...10 1.3. FIEBRE ZIKA .............................................................................................. 10 1.3.1. Agente etiologico, ZIKV ........................................................................ 12 1.3.2. Ciclo de replicación viral ....................................................................... 13 1.3.3 Patogénesis .............................................................................................. 13 1.3.4 Manifestaciones clínicas de la fiebre del Zika ........................................ 13 1.4. CO-INFECCIONES ...................................................................................... 14 2. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA Y JUSTIFICACION………………...16 3. OBJETIVOS ........................................................................................................ 18 3.1 Objetivo general ......................................................................................... 18 3.2 Objetivos especificos ................................................................................. 18 4. MATERIALES Y MÉTODOS ............................................................................ 19 4.1. MATÉRIALES ............................................................................................. 19 4.1.1 Kit de extracción de ARN. ...................................................................... 19 4.1.2. Kit de sintesis de cDNA ......................................................................... 19 4.1.3. Master Mix ............................................................................................. 20 4.1.4.Taqman .................................................................................................... 20 4.1.5 Otros materiales ..................................................................................... 20 4.1.6. Equipos ................................................................................................... 21 4.2. MÉTODOS ................................................................................................... 22 4.2.1 Recolección de muestras ......................................................................... 22 4.2.1.1 Diseño del estudio ................................................................................ 22 4.2.1.2 Población y tamaño de la muestra ........................................................ 23 4.2.1.3 Criterios de inclusión ........................................................................... 23 4.2.1.4 Confidencialidad .................................................................................. 23 4.2.1.5 Toma de muestras sanguineas .............................................................. 24 4.2.2 Aislamiento de ARN de las muestras de suero ....................................... 24 4.2.3 Sintesis de cDNA .................................................................................... 25 4.2.4 Identificación molecular DENV ............................................................. 25 4.2.4.1 Serotipificación DENV ........................................................................ 25 4.2.5 Identificación molecular CHIKV ............................................................ 26 4.2.6 Identificación molecular ZIKV ............................................................... 27 4.2.7 Secuenciación .......................................................................................... 27 4.2.8 Construcción de arboles filogenéticos .................................................... 27 3.2.9 Análisis de datos ..................................................................................... 28 5. RESULTADOS .................................................................................................... 29 5.1 DESCRIPCIÓN GENERAL DE LA COHORTE ......................................... 29 5.2 DISTRIBUCIÓN TEMPORAL DE LA INFECCIÓN POR DENV, CHIKV y ZIKV ...............................27 5.3 CO-CIRCULACIÓN DE DENV, CHIKV Y ZIKV ...................................... 31 5.3.1 DENV ...................................................................................................... 31 5.3.2 CHIKV .................................................................................................... 32 5.3.3 ZIKV ....................................................................................................... 33 5.4 GENOTIPIFICACIÓN DE VIRUS CO-CIRCULANTES ............................ 34 5.4 CO-INFECCIONES ....................................................................................... 38 6. DISCUSIÓN ........................................................................................................ 41 7. CONCLUSIONES ............................................................................................... 45 8. RECOMENDACIONES………………………………………………………... 46 9.REFERENCIAS .................................................................................................... 47 ANEXOS ................................................................................................................. 54<br />Ej. 1

Details

Language :
Spanish; Castilian
Database :
OpenAIRE
Journal :
Repositorio Universidad de Santander, Universidad de Santander, instacron:Universidad de Santander
Accession number :
edsair.dedup.wf.001..a7ac2f2bda7b66e9d1a95cdec18f8ceb