Monoclonal antibody production for coiled-coil domain containing-124 (CCDC-124) and its molecular characterization

Sarılı-sarmal-bölge-içeren-124 (Coiled-coil domain containing-124; CCDC-124) henüz fonksiyonu belirlenmemiş olan yeni bir gendir. Bu gen ökaryotlar arasında korunmuştur ve genin 223 amino asitten oluşan bir protein kodladığı düşünülmektedir. Geçmişte Tazebay grup projeleri kapsamında yapılan maya ikili hibrid deneyleri, CCDC-124 proteinin RasGEF1B guanine değiştirme faktörü ile etkileşim halinde olduğunu göstermiştir. RasGEF1B'nin ise Rap2'ye özgü bir guanine değiştirme faktörü olduğu araştırmalarda gösterilmiştir. CCDC-124 proteinin hücre içindeki fonksiyonunu ortaya çıkarmak için, Western Blotlama ve hücre içindeki yer taramalarını da içeren çeşitli biyokimyasal deneyler yapılmıştır. Bu deneylerde, CCDC-124 proteininin N-uç bölgesini tanıyan, bir poliklonal antikor kullanılmıştır. Fakat, antikorun poliklonal doğası doğrultusunda, bir çok, spesifik olmayan bağlanma da görülmüştür. Yapılan deneylerde, genin 33 kDa'lık bir proteini kodladığı ve proteinin hücre içinde dağınık, sitoplazmik bir yerleşim izlediği gözlemlenmiştir. Fakat, spesifik olmayan bağlanmalar da göz önüne alındığında, bu sonuçlar kesin değildir. Proteinin daha hassas bir şekilde algılanabilmesi için, CCDC-124 proteinine karşı monoclonal antikorlar üretilmiştir. Bu proje süresince farelere His işaretli CCDC-124 proteini enjekte edilmiştir. Antikorlar hibridoma teknolojisi ile üretilmiş ve daha sonra, bağlanma kapasiteleri doğrultusunda seçilmişlerdir. Proje neticesinde 3 adet hibridoma klonu elde edilmiştir. Bunlar 7F7, 15C11 ve 4B3 klonlarıdır. Üretilen antikorları karakterize etmek amacıyla Western Blotlama deneyleri yapılmış ve antikorların bağlanma özellikleri poliklonal antikor ile karşılaştırılmıştır. 3 antikor içinde, 33 kDa'da, en net sonucu veren 4B3 klonu olmuştur. Üretilen antikorlar, ileride, proteinin hücre içindeki yerinin belirlenmesinde ve bu yerin dışarıdan gelen sinyaller doğrultusunda değişip değişmemesinin araştırılmasında kullanılacaktır. Bu tür deneyler, CCDC-124 proteininin hücre içindeki fonksiyonunun araştırılmasına ışık tutacaktır. Coiled-coil-domain-containing-124 (CCDC-124) is a novel protein of unknown function. The Ccdc-124 gene is highly conserved among eukaryotic species and is predicted to encode a 223 amino acids long protein. Yeast-two-hybrid assays had shown that CCDC-124 interacts with RasGEF1B guanine exchange factor, which was previously identified as a specific guanine exchange factor for Rap2, a member of the Rap subfamily of Ras-like G-proteins. In order to reveal the cellular function of CCDC-124 protein, different biochemical experiments, including Western Blotting and Sub-cellular localization studies were performed. In those experiments, a polyclonal antibody against an N-terminal peptide of CCDC-124 was used. Nevertheless, due to its polyclonal nature this antibody exhibited non-specific binding. Although it was determined that the gene encodes a 33 kDa protein and that the protein has diffused cytoplasmic localization, the results were not precise. In order to detect the protein more accurately, monoclonal antibodies were generated against CCDC-124. Throughout the project, mice were injected with pure His-Tagged CCDC-124 protein. Via hybridoma technology antibodies were generated and selected for their recognition capacities. At the end, 3 positive hybridoma clones were produced: 7F7, 15C11 and 4B3. To characterize the produced monoclonal antibodies, Western Blot experiments were performed and their binding properties were compared to the polyclonal antibody. Among the three monoclones, 4B3 gave the most promising results at 33 kDa, in Western Blotting. The antibodies will be used in the determination of the protein's sub-cellular localization and in the analysis of its response to extracellular signals. These in turn will aid further analyses related to the protein's role within the cell. 73