Cartographie fine d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier

Depuis une dizaine d'années, les peupleraies cultivées en Europe ont un problème récurrent dû à Melampsora larici-populina (Mlp), agent d’une rouille foliaire. Les méthodes de culture "intensives" des peupleraies, les effets de mode des cultivars couplés à une sélection basée sur des résistances qualitatives ont provoqué l'apparition de races de Mlp qui contournent toutes ces résistances. Les sélectionneurs se tournent à présent sur la recherche de gènes ayant une pression de sélection moindre sur l'agent pathogène ; les gènes de résistance quantitative sont une bonne alternative. La recherche des déterminants génétiques de la résistance quantitative a mis en évidence un facteur génétique majeur hérité de Populus trichocarpa (RUS) qui contrôle la taille des urédosores de Mlp. Pour permettre le clonage positionnel de ce facteur génétique il faut déterminer la localisation précise de ce facteur contrôlant la résistance quantitative à Mlp chez le peuplier.[br/] Pour ce faire, nous avons densifié la zone du génome contenant RUS par un criblage d'amorces AFLP1 en utilisant la technique BSA2. Les marqueurs les plus intéressants ont été clonés et séquencés. Les séquences nucléotidiques obtenues ont ensuite été ancrées sur la séquence du génome de P. trichocarpa Nisqually-1. En parallèle, nous avons construit des amorces spécifiques STS3 pour cartographier finement la région de RUS.[br/] Huit bandes s'avèrent discriminantes sur 62 couples d'amorces testées. L'ancrage de 9 marqueurs sur la séquence de Nisqually-1 confirme que le facteur RUS se situe sur le groupe de liaison XIX. Nous avons réussi à développer 3 marqueurs STS valides pour la cartographie fine du locus de RUS. Nous avons cartographié à l’aide de 1429 individus les marqueurs STS E1M4-1S, E6M5-1S et E21M18-1S respectivement à 8.1, 30.3 et 9.3 cM de RUS. Cependant il reste encore à améliorer les amorces STS des autres marqueurs qui ne ségrègeaient pas sur les descendants. Cela permettra d’améliorer la précision de la carte génétique à cet endroit précis et d’obtenir des marqueurs suffisamment proches pour faciliter le criblage d’une banque BAC développée par ailleurs.
Since ten years, poplars cultivated in Europe have a recurring problem due to Melampsora larici-populina (Mlp), agent of a leaf rust. The "intensive" methods of poplars cultivation, the fashion effects of cultivars coupled with a selection based on qualitative resistances provoked the appearance of races of Mlp which by-pass all resistances. Breeders turn toward the research for genes having a lesser selection pressure on the pathogenic agent: the quantitative resistance genes are a good alternative. The research for genetic factors of quantitative resistance put in evidence a major genetic factor inherited from Populus trichocarpa (RUS) which controls the size of Mlp uredinia. To allow positionnal cloning of RUS it is necessary to determine the precise localization of this factor controlling the quantitative resistance to Mlp to the poplar.[br/] To do it, we have densified the zone of the genome containing RUS by a screening of AFLP primers using the BSA technique. The most interesting markers were cloned and sequenced. Nucleotidic sequences obtained were then anchored on the sequence of the genome of P. trichocarpa Nisqually-1. In parallel, we built specific STS primers in order to map finely the region of RUS.[br/] Eight bands were discriminating on 62 primers combinations. The anchoring of 9 markers on the sequence of Nisqually-1 confirms that the factor RUS is located on the linkage group XIX. We managed to develop 3 valid STS markers for fine mapping of the locus RUS. We mapped, with 1429 individuals, our STS markers, E1M4-1S, E6M5-1S and E21M18- 1S respectively at 8.1, 30.3 and 9.3 cM of RUS. However, it still necessary to improve the other STS markers which not segregate in the progenies. It will allow to improve the precision of the genetic map in this place and to obtain markers enough close to facilitate the screening of a BAC library developed elsewhere