Apport du séquençage nouvelle génération au typage MLST de Pneumocysits jirovecii , dans le cadre d’une épidémie chez des patients transplantés d’organe solide

Le typage par multilocus sequence typing (MLST) permet une caracterisation genotypique precise et reproductible des souches, mais les performances du sequencage Sanger (Sseq) pour la detection de souches minoritaires sont limitees. Or, les infections a differentes souches (infections mixtes) sont frequentes au cours des pneumonies a Pneumocystis jirovecii (PCP). Le sequencage nouvelle generation (NGS) permet la mise en evidence a la fois des populations minoritaires et majoritaires. Dans ce travail, nous avons etudie l’apport du NGS pour le typage MLST des souches issues de cas groupes (cluster) de PCP chez des patients transplantes d’organe solide (TOS). Trente-deux patients presentant une PCP au CHU Grenoble-Alpes entre 2012 et 2015 ont ete inclus. Parmi eux, 12 TOS (rein, cœur, foie, poumons) appartenaient a un cluster observe entre mai 2014 et aout 2015 et 20 patients, epidemiologiquement non relies entre eux, representaient le groupe controle. Une strategie MSLT a trois loci ( mtLSU , CYTB , SOD ) a ete adoptee, comprenant, pour des contraintes techniques liees au sequencage NGS, de nouvelles amorces permettant l’obtention d’amplicons d’environ 750 pb. Les souches de 12 des 32 patients ont egalement ete analysees par Sseq en parallele. Les genotypes obtenus ont ete nommes arbitrairement car il n’existait pas d’etudes prealables utilisant des amplicons etendus de 750 pb. Parmi les 12 TOS, 5 partageaient un meme genotype majoritaire (C2a), regroupant 3 patients transplantes renaux, un patient transplante cardiaque et un patient double transplante renal et cardiaque. Ce genotype C2a n’a pas ete retrouve dans le groupe controle. Toutes populations confondues, la proportion d’infections mixtes etait plus elevee avec le NGS (65 %) qu’avec le Sseq (25 %). Si seule la population controle (hors cluster) etait consideree, cette proportion d’infection mixtes augmentait a 85 %. Le NGS a revele des infections avec plus de deux souches (53 %), et la presence de souches minoritaires, parmi lesquelles le genotype C2a. Une carte de transmission a confirme la probable acquisition nosocomiale de PCP. Un sixieme patient qui presentait la souche C2a sous forme minoritaire a ete inclus dans la carte de transmission. Les sequences etendues de mtLSU ont revele 4 nouveaux polymorphismes augmentant significativement le pouvoir discriminant de ce locus. En conclusion, et comme attendu dans ce contexte de PCP, le NGS surpasse les capacites du Sseq pour la detection d’infections mixtes et permet de preciser la carte de transmission. L’utilisation d’un amplicon etendu a 750 bp pour le locus mtLSU est interessante pour augmenter le pouvoir discriminant du schema MLST. Ce travail ouvre de nouvelles perspectives pour les futures etudes epidemiologiques de ce champignon non cultivable.