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Development of an Implicit Membrane Model for Brownian Dynamics Simulation
- Source :
- Journal of Computer Chemistry, Japan. 6:253-262
- Publication Year :
- 2007
- Publisher :
- Society of Computer Chemistry Japan, 2007.
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Abstract
- ブラウン動力学(Brownian Dynamics;BD)法は溶媒を明示的に扱わないため計算を高速化することができる。従来のBD法は水環境でのタンパク質シミュレーションを対象にしていたため、膜タンパク質には適用できなかった。本研究では膜環境をも非明示的に再現することによってBD法を膜タンパク質のシミュレーションに適用できるように拡張した。αヘリックス構造のポリアラニンペプチドやパピロマーウイルス由来のE5タンパク質、蜂毒のメリチンをモデルとしてシミュレーションした結果、疎水性であるポリアラニンとE5膜タンパク質は膜中で安定に存在した。また、両親媒性であるメリチンペプチドは膜表面に安定に結合していた。これらの結果から、本膜モデルを用いたBD法は膜タンパク質のシミュレーションに有効であると考えられる。
Details
- ISSN :
- 13473824 and 13471767
- Volume :
- 6
- Database :
- OpenAIRE
- Journal :
- Journal of Computer Chemistry, Japan
- Accession number :
- edsair.doi...........b508c47f15e10ad4dfd6ec65922c825c