Έρευνα στη μεταγραφή των βακτηρίων με τη χρήση βάσεων δεδομένων από αλληλουxίες RNA

Τα Synechococcus και Synechocystis είναι Κυανοβακτήρια που χρησιμοποιούνται για τη συλλογή συμπερασμάτων σχετικά με τον εγκλιματισμό των μικροοργανισμών και τη διερεύνηση του μεταβολισμού τους. Χρησιμοποιώντας αξιόπιστα RNAseq δεδομένα, προσδιορίστηκε η μεταγραφική συμπεριφορά των κυττάρων που υποβλήθηκαν σε συνθήκες καταπόνησης (μειωμένου ανόργανου άνθρακα, αυξημένης αλατότητας, μειωμένης θερμοκρασίας, αυξημένου pH και μειωμένου φωτισμού) για διάρκεια μίας ώρας και για διάρκεια εικοσιτεσσάρων ωρών. Για την κατανόηση της μεταγραφικής διαδικασίας των κυττάρων εφαρμόστηκε η στατιστική μέθοδος της διαφορικής έκφρασης γονιδίων, εντοπίστηκαν νέα γονίδια και τέλος διερευνήθηκε η μεταλλαξιγένεση στα μετάγραφα καθώς και οι παραλλαγές τους. Διαπιστώθηκε ότι οι αποκρίσεις των κυττάρων ποικίλουν ανάλογα με τις συνθήκες καταπόνησης και δεν ήταν ταυτόσημες μεταξύ των κυανοβακτηρίων που μελετήθηκαν. Επίσης, βρέθηκαν μηχανισμοί που πιθανόν ενισχύουν τον εγκλιματισμό τους σε νέα περιβάλλοντα.