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The new science of metagenomics and the challenges of its use in both developed and developing countries

Authors :
Prifti, Edi
Zucker, Jean-Daniel
MetaGenoPolis (MGP (US 1367))
Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Centre de Recherche des Cordeliers (CRC)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
MSI
Institut de la francophonie pour l'informatique (IFI)
Agence universitaire de la francophonie-Agence universitaire de la francophonie
Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)
MetaQuant
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE)
Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire ( MICA )
Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC )
Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Institut de la francophonie pour l'informatique ( IFI )
Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] ( UMMISCO )
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop ( UCAD ) -Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-University Cadi Ayyad ( UCA )
Publication Year :
2013
Publisher :
HAL CCSD, 2013.

Abstract

Our view of the microbial world and its impact on human health is changing radically with the ability to sequence uncultured or unculturable microbes sampled directly from their habitats, ability made possible by fast and cheap next generation sequencing technologies. Such recent developments represents a paradigmatic shift in the analysis of habitat biodiversity, be it the human, soil or ocean microbiome. We review here some research examples and results that indicate the importance of the microbiome in our lives and then discus some of the challenges faced by metagenomic experiments and the subsequent analysis of the generated data. We then analyze the economic and social impact on genomic-medicine and research in both developing and developed countries. We support the idea that there are significant benefits in building capacities for developing high-level scientific research in metagenomics in developing countries. Indeed, the notion that developing countries should wait for developed countries to make advances in science and technology that they later import at great cost has recently been challenged.

Details

Language :
English
Database :
OpenAIRE
Accession number :
edsair.doi.dedup.....001db9a13191d92a8d56ea27d60076a2