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LncRNAs in domesticated animals: from dog to livestock species

Authors :
Sandrine Lagarrigue
Matthias Lorthiois
Thomas Derrien
David Gilot
Fabien Degalez
Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE)
AGROCAMPUS OUEST
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR)
Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)
Chemistry, Oncogenesis, Stress and Signaling (COSS)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Université de Rennes 1 (UR1)
Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Université de Rennes (UR)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Jonchère, Laurent
Source :
Mammalian Genome, Mammalian Genome, Springer Verlag, 2021, ⟨10.1007/s00335-021-09928-7⟩, Mammalian Genome, 2022, 33 (2), pp.248-270. ⟨10.1007/s00335-021-09928-7⟩
Publication Year :
2021
Publisher :
Springer Science and Business Media LLC, 2021.

Abstract

Animal genomes are pervasively transcribed into multiple RNA molecules, of which many will not be translated into proteins. One major component of this transcribed non-coding genome is the long non-coding RNAs (lncRNAs), which are defined as transcripts longer than 200 nucleotides with low coding-potential capabilities. Domestic animals constitute a unique resource for studying the genetic and epigenetic basis of phenotypic variations involving protein-coding and non-coding RNAs, such as lncRNAs. This review presents the current knowledge regarding transcriptome-based catalogues of lncRNAs in major domesticated animals (pets and livestock species), covering a broad phylogenetic scale (from dogs to chicken), and in comparison with human and mouse lncRNA catalogues. Furthermore, we describe different methods to extract known or discover novel lncRNAs and explore comparative genomics approaches to strengthen the annotation of lncRNAs. We then detail different strategies contributing to a better understanding of lncRNA functions, from genetic studies such as GWAS to molecular biology experiments and give some case examples in domestic animals. Finally, we discuss the limitations of current lncRNA annotations and suggest research directions to improve them and their functional characterisation.

Details

ISSN :
14321777 and 09388990
Volume :
33
Database :
OpenAIRE
Journal :
Mammalian Genome
Accession number :
edsair.doi.dedup.....1520e29081d6c4af87ca7ecf7835e168
Full Text :
https://doi.org/10.1007/s00335-021-09928-7