Back to Search Start Over

Interlaboratory evaluation of Mucorales PCR assays for testing serum specimens: a study by the fungal PCR Initiative and the Modimucor study group

Authors :
Rosemary Ann Barnes
J.P. Donnelly
Valérie Letscher-Bru
S Fuchs
Emeline Scherer
Maud Gits-Muselli
Birgit Willinger
Boualem Sendid
Massimo Cogliati
Ferry Hagen
R Hare
Stéphane Bretagne
Carlo Mengoli
Steffi Rocchi
Martina Lengerová
Michaela Lackner
Julie Denis
J. Loeffler
Alexandre Alanio
Wilfried Posch
P. L. White
Jan Springer
Laurence Millon
Françoise Botterel
Frédéric Dalle
Marie-Elisabeth Bougnoux
Xavier Iriart
C Klaassen
Céline Nourrisson
Céline Damiani
Florent Morio
Marjorie Cornu
Catriona Halliday
Mario Cruciani
Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon]
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)
Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)
Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF)
Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon)
Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)
Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS)
Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM)
Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM)
Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens]
CHU Amiens-Picardie
Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR )
Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie
Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg]
Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)
Service de Parasitologie et Mycologie
CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan
Hôpital Purpan [Toulouse]
CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse]
CHU Toulouse [Toulouse]
Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP)
Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Medical Microbiology & Infectious Diseases
University of Padova Medical School
Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000)
Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
CHU Henri Mondor
Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie [Hôpital Necker-Enfants-Malades, Paris]
Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA)
Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité)
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Saint Louis, Paris]
Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Westerdijk Fungal Biodiversity Institute
Westerdijk Fungal Biodiversity Institute - Medical Mycology
Source :
Medical Mycology, Medical Mycology, Oxford University Press, 2021, 59 (2), pp.126-138. ⟨10.1093/mmy/myaa036⟩, Medical Mycology, 59(2), 126-138. Oxford University Press, Medical Mycology. Informa Healthcare
Publication Year :
2021
Publisher :
Oxford University Press, 2021.

Abstract

Interlaboratory evaluations of Mucorales qPCR assays were developed to assess the reproducibility and performance of methods currently used. The participants comprised 12 laboratories from French university hospitals (nine of them participating in the Modimucor study) and 11 laboratories participating in the Fungal PCR Initiative. For panel 1, three sera were each spiked with DNA from three different species (Rhizomucor pusillus, Lichtheimia corymbifera, Rhizopus oryzae). For panel 2, six sera with three concentrations of R. pusillus and L. corymbifera (1, 10, and 100 genomes/ml) were prepared. Each panel included a blind negative-control serum. A form was distributed with each panel to collect results and required technical information, including DNA extraction method, sample volume used, DNA elution volume, qPCR method, qPCR template input volume, qPCR total reaction volume, qPCR platform, and qPCR reagents used. For panel 1, assessing 18 different protocols, qualitative results (positive or negative) were correct in 97% of cases (70/72). A very low interlaboratory variability in Cq values (SD = 1.89 cycles) were observed. For panel 2 assessing 26 different protocols, the detection rates were high (77–100%) for 5/6 of spiked serum. There was a significant association between the qPCR platform and performance. However, certain technical steps and optimal combinations of factors may also impact performance. The good reproducibility and performance demonstrated in this study support the use of Mucorales qPCR as part of the diagnostic strategy for mucormycosis.

Details

Language :
English
ISSN :
13693786 and 1365280X
Database :
OpenAIRE
Journal :
Medical Mycology, Medical Mycology, Oxford University Press, 2021, 59 (2), pp.126-138. ⟨10.1093/mmy/myaa036⟩, Medical Mycology, 59(2), 126-138. Oxford University Press, Medical Mycology. Informa Healthcare
Accession number :
edsair.doi.dedup.....1a06ca21255b146c5969c0c81159c5c1
Full Text :
https://doi.org/10.1093/mmy/myaa036⟩