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A global database for metacommunity ecology, integrating species, traits, environment and space

Authors :
Ramiro de Campos
Julia Ramos Miranda
Sandrine Pavoine
Sylvain Dolédec
Joshua Adam Drew
David Mouillot
Elizabeth C. Lowe
Robin J. Pakeman
Willem Renema
Heloise Gibb
Nicole J. de Voogd
Sen-Her Shieh
Triin Reitalu
Stéphane Chantepie
Jan Żarnowiec
Guillaume Fried
Roel van Klink
Núria Bonada
Sébastien Villéger
Daniel F. R. Cleary
Anthony Eallonardo
Damian Chmura
Bjorn J. M. Robroek
William K. Cornwell
Monika Staniaszek-Kik
Christoph F. J. Meyer
Martin J. Westgate
Valérie Raevel
Cédric Frenette-Dussault
Frank Dziock
Cajo J. F. ter Braak
Alienor Jeliazkov
Nadia Barsoum
Adrià López-Baucells
Philippe Choler
Darko Mijatovic
Anik Brind'Amour
Michal Stanko
Helena Castro
Mark C. Urban
Belinda Gallardo
Maxim Zolotarev
Francesco Pomati
Alessandro Ossola
Andrés Mellado-Díaz
Luc Barbaro
Raphaël Arlettaz
R.M.A. Wegman
Thiago Gonçalves-Souza
Melanie J. Edgar
Alena Bartonova
Francisco Leonardo Tejerina-Garro
Nigel R. Andrew
Burak K. Pekin
Myles H. M. Menz
Karen M. Chong-Seng
Joan Pino
Jonathan M. Chase
Elena Belskaya
Jean-Yves Humbert
Ignacio Ribera
Oliver Purschke
Koenraad Martens
Arnaud Pocheville
Jonas O. Wolff
Boris R. Krasnov
Peter Poschlod
Ricardo Rocha
Peter Meffert
Domingo Flores Hernandez
Rebecca Spake
A. Cormont
Janet Higuti
Rodrigo Assis de Carvalho
Eric Le Saux
Natalie Robinson
Zoë Lindo
Fábio Z. Farneda
Honor C. Prentice
Bryndís Marteinsdóttir
German Centre for Integrative Biodiversity Research
German Research Foundation
Fédération Île de France de Recherche en Environnement
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (Brasil)
Swiss National Science Foundation
Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO)
Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution
Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS)
Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)
Alice Holt Research Station
Forest Research [Great Britain]
University of South Bohemia
Grup de Recerca 'Freshwater Biology and Management' (FEM)
Universitat de Barcelona (UB)
Severtsov Institute of Ecology and Evolution
Biodiversité, Gènes et Communautés
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Forest Research
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Nantes (IFREMER Nantes)
Université de Nantes (UN)
Centre for Functional Ecology
University of Coimbra [Portugal] (UC)
Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Naturalis Biodiversity Center [Leiden]
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)
Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP)
Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Applied and Restoration Ecology Group
Pyrenean Institute of Ecology
Department of Ecology
State University of Maringá
Ramon Science Center and Mitrani Department of Desert Ecology
Ben-Gurion University of the Negev (BGU)
University of Western Ontario (UWO)
Aquatic and Terrestrial Ecology, Operational Directorate Natural Environment
Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS)
Ecosystèmes lagunaires : organisation biologique et fonctionnement (ECOLAG)
Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
The University of Sydney
Universität Regensburg (REGENSBURG)
Universität Regensburg
Lund University [Lund]
German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv)
Laboratoire des Sciences de l'Environnement
Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]
Institute of Zoology
Slovak Academy of Science [Bratislava] (SAS)
Université de Montpellier (UM)
Peace Research Institute Frankfurt (PRIF)
Hessische Stiftung Friedens- und Konfliktforschung
Martin-Luther-University Halle-Wittenberg
Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH)
University of New England (UNE)
Institute of Ecology and Evolution [Bern, Switzerland]
University of Bern
Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR)
École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Centre for Ecosystems, Society and Biosecurity
Forest Research, Alice Holt Lodge
Biology Centre of the Czech Academy of Sciences (BIOLOGY CENTRE CAS)
Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS)
Ural Branch of Russian Academy of Sciences (UB RAS)
Institute of Plant and Animal Ecology
Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain] (IRBio UB)
Department de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals
University of Barcelona
Écologie et Modèles pour l'Halieutique (IFREMER EMH)
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Atlantique (IFREMER Atlantique)
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)
Universidade Estadual de Goiás (UEG)
University of Bielsko-Biala
Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA )
Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)
ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies (CoralCoE)
James Cook University (JCU)
Centro de Estudos do Ambiante e do Mar (CESAM)
Universidade de Aveiro
National Penghu University of Science and Technology
Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR)
Wageningen Environmental Research
Evolution and Ecology Research Centre [UNSW Sydney]
School of Biological, Earth and Environmental Sciences [Sydney] (BEES)
University of New South Wales [Sydney] (UNSW)-University of New South Wales [Sydney] (UNSW)
Laboratorio de Ictiología
Instituto Nacional de Limnología [Santa Fe] (INALI)
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL)
Universidade Estadual de Maringà (UEM)
Institute of Environmental Sciences [Leiden] (CML)
Leiden University
Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
SUNY College of Environmental Science and Forestry (SUNY-ESF)
State University of New York (SUNY)
Dresden University of Applied Sciences
OBG, Part of Ramboll
The Natural History Museum [London] (NHM)
State University of Rio de Janeiro
Smithsonian Tropical Research Institute
Centre for Ecology - Evolution and Environmental Changes (cE3c)
Universidade de Lisboa (ULISBOA)
Universidad Autónoma de Campeche
Institut de Recherches en Biologie Végétale [Montréal] (IRBV)
Université de Montréal (UdeM)
Unité entomologie et plantes invasives
Laboratoire de la Santé des Végétaux
Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Pyrenean Institute of Ecology (IPE)
Spanish National Research Council (CSIC)
La Trobe University [Melbourne]
Rural Federal University of Pernambuco
The Jacob Blaustein Institutes for Desert Research (BIDR)
Mitrani Department of Desert Ecology
Jacob Blaustein Institute for Desert Research
Museu de Ciencies Naturals de Granollers
Macquarie University [Sydney]
The soil conservation service of Iceland (SCSI)
Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT)
Imprint
Universidad de Murcia
Departamento de Ecología e Hidrología. Facultad de Biología. Universidad de Murcia. 30100 Murcia. Spain
Max Planck Institute for Ornithology
Max-Planck-Gesellschaft
University of Salford
School of Environmental and Life Sciences
MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
The James Hutton Institute
Istanbul Technical University (ITÜ)
Avrasya Yer Bilimleri Enstitüsü = Eurasia Institute of Earth Sciences [Istanbul] (AYBE)
CREAF - Centre for Ecological Research and Applied Forestries
Evolution et Diversité Biologique (EDB)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Swiss Federal Insitute of Aquatic Science and Technology [Dübendorf] (EAWAG)
University of Regensburg
Department of Ecology and Conservation Biology
Department of Physical Geography and Ecosystem Science [Lund]
Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)
Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Tallinn University of Technology (TTÜ)
Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)
Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC), CEXS-UPF-PRBB
National ecological observatory network
University of Colorado [Boulder]
Department of Ecology and Evolutionary Biology [Boulder]
University of Southampton
Providence University
School of Geography and Environmental Sciences
University of Lódź
Institute of Parasitology [České Budějovice] (BIOLOGY CENTRE CAS)
Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS)-Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS)
Institute of Zoology Slovak Academy of Sciences
Centro de Biologia Aquática, Escola de Ciências Agrárias e Biológicas, Pontifícia Universidade Católica de Goiás
Biometris
University of Connecticut (UCONN)
Fenner School of Environment and Society
Australian National University (ANU)
This work was funded by the German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig (funded by the German Research Foundation
DFG FZT 118). We thank Jitendra Gaikwad for his precious help with the technical aspects of the database storage and management through the iDiv Biodiversity Portal (https://idata.idiv.de/, https://doi.org/10.25829/idiv.286-21-2695) and the iDiv IT Support for their help in the CESTES website development (https://icestes.github.io/).The datasets provided by A. Jeliazkov were collected with financial support from the Federation d'Ile-de-France pour la Recherche en Environnement (FIRE FR-3020). The dataset provided by R. Carvalho and F.L. Tejerina-Garro had financial support from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq No. 471283/2006-1) granted to FLTG. The datasets provided by R. van Klink, J.-Y. Humbert, R. Arlettaz and M.H. M. Menz were collected with financial support from the Swiss National Science Foundation (grants 31003A_125398/2 and 31003A_149656) awarded to RA.
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT)
Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Écologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH)
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)
Centre for Functional ecology
Universiteit Leiden
Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA)
Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier)
Laboratoire de la santé des végétaux (LSV)
Instituto Pirenaico de Ecologìa = Pyrenean Institute of Ecology [Zaragoza] (IPE - CSIC)
Universiteit Gent = Ghent University (UGENT)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Source :
SCIENTIFIC DATA, Dipòsit Digital de la UB, Universidad de Barcelona, Scientific Data 7 (2020) 1, Scientific Data, 7(1), Scientific Data, 7 (1), Scientific Data, Vol 7, Iss 1, Pp 1-15 (2020), Dipòsit Digital de Documents de la UAB, Universitat Autònoma de Barcelona, Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC, instname, Scientific Data, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), pp.317790. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩, Scientific Data (2052-4463) (Springer Science and Business Media LLC), 2020-01, Vol. 7, N. 1, P. 6 (15p.), Scientific data, vol 7, iss 1, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), pp.6. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩, Scientific Data, 2020, 7 (1), pp.6. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩
Publication Year :
2020

Abstract

The use of functional information in the form of species traits plays an important role in explaining biodiversity patterns and responses to environmental changes. Although relationships between species composition, their traits, and the environment have been extensively studied on a case-by-case basis, results are variable, and it remains unclear how generalizable these relationships are across ecosystems, taxa and spatial scales. To address this gap, we collated 80 datasets from trait-based studies into a global database for metaCommunity Ecology: Species, Traits, Environment and Space; “CESTES”. Each dataset includes four matrices: species community abundances or presences/absences across multiple sites, species trait information, environmental variables and spatial coordinates of the sampling sites. The CESTES database is a live database: it will be maintained and expanded in the future as new datasets become available. By its harmonized structure, and the diversity of ecosystem types, taxonomic groups, and spatial scales it covers, the CESTES database provides an important opportunity for synthetic trait-based research in community ecology.<br />This work was funded by the German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig (funded by the German Research Foundation; DFG FZT 118). We thank Jitendra Gaikwad for his precious help with the technical aspects of the database storage and management through the iDiv Biodiversity Portal (https://idata.idiv.de/, https://doi.org/10.25829/idiv.286-21-2695) and the iDiv IT Support for their help in the CESTES website development (https://icestes.github.io/). The datasets provided by A. Jeliazkov were collected with financial support from the Fédération d’Ile-de-France pour la Recherche en Environnement (FIRE FR-3020). The dataset provided by R. Carvalho and F.L. Tejerina-Garro had financial support from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq No. 471283/2006-1) granted to FLTG. The datasets provided by R. van Klink, J.-Y. Humbert, R. Arlettaz and M.H.M. Menz were collected with financial support from the Swiss National Science Foundation (grants 31003A_125398/2 and 31003A_149656) awarded to RA.

Details

Language :
English
ISSN :
20524463
Database :
OpenAIRE
Journal :
SCIENTIFIC DATA, Dipòsit Digital de la UB, Universidad de Barcelona, Scientific Data 7 (2020) 1, Scientific Data, 7(1), Scientific Data, 7 (1), Scientific Data, Vol 7, Iss 1, Pp 1-15 (2020), Dipòsit Digital de Documents de la UAB, Universitat Autònoma de Barcelona, Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC, instname, Scientific Data, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), pp.317790. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩, Scientific Data (2052-4463) (Springer Science and Business Media LLC), 2020-01, Vol. 7, N. 1, P. 6 (15p.), Scientific data, vol 7, iss 1, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), pp.6. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩, Scientific Data, 2020, 7 (1), pp.6. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....24fc66745eb44a9e2eb2fd7734a3e34a
Full Text :
https://doi.org/10.1038/s41597-019-0344-7⟩