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The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments

Authors :
Eugene P. Duff
Gunnar Schaefer
R. Cameron Craddock
Xiangrui Li
Vince D. Calhoun
Tibor Auer
Michael Hanke
David Keator
Camille Maumet
Ariel Rokem
Thomas E. Nichols
Jean-Baptiste Poline
Daniel A. Handwerker
Guillaume Flandin
Yaroslav O. Halchenko
Vanessa Sochat
Samir Das
Satrajit S. Ghosh
Gaël Varoquaux
Zachary Michael
Russell A. Poldrack
Tristan Glatard
B. Nolan Nichols
John Pellman
William Triplett
Jessica A. Turner
Krzysztof J. Gorgolewski
Stanford University
University of Cambridge [UK] (CAM)
Department of Electrical and Computer Engineering [Albuquerque] (ECE Department)
The University of New Mexico [Albuquerque]
The Mind Research Network
Nathan S. Kline Institute for Psychiatric Research (NKI)
New York State Office of Mental Health
McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]
Oxford Centre for Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain (FMRIB)
University of Oxford
Wellcome Trust Centre for Neuroimaging
University College of London [London] (UCL)
Institut de Recherches sur les lois Fondamentales de l'Univers (IRFU)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Images et Modèles
Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS)
Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Department of Psychological and Brain Sciences
Dartmouth College [Hanover]
National Institute of Mental Health (NIMH)
Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg] (OVGU)
University of California [Irvine] (UC Irvine)
University of California (UC)
Shandong University
Squishymedia [Portland]
Warwick Manufacturing Group [Coventry] (WMG)
University of Warwick [Coventry]
Silsoe Research Institute (SRI)
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
Department of Statistics [Warwick]
Child Mind Institute
The Helen Wills Neuroscience Institute (HWNI)
University of California [Berkeley] (UC Berkeley)
University of California (UC)-University of California (UC)
Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL)
University of Washington [Seattle]
Georgia State University
University System of Georgia (USG)
Service NEUROSPIN (NEUROSPIN)
Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Modelling brain structure, function and variability based on high-field MRI data (PARIETAL)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Inria Saclay - Ile de France
Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
California Institute of Technology (CALTECH)
Maumet, Camille
University of Oxford [Oxford]
Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Otto-von-Guericke University [Magdeburg] (OVGU)
University of California [Irvine] (UCI)
University of California
Biotechnology and Biological Sciences Research Council
University of California [Berkeley]
University of California-University of California
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Inria Saclay - Ile de France
Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Service NEUROSPIN (NEUROSPIN)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Source :
Scientific Data, Scientific Data, 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩, Scientific data, vol 3, iss 1
Publication Year :
2018
Publisher :
Nature Publishing Group, 2018.

Abstract

The development of magnetic resonance imaging (MRI) techniques has defined modern neuroimaging. Since its inception, tens of thousands of studies using techniques such as functional MRI and diffusion weighted imaging have allowed for the non-invasive study of the brain. Despite the fact that MRI is routinely used to obtain data for neuroscience research, there has been no widely adopted standard for organizing and describing the data collected in an imaging experiment. This renders sharing and reusing data (within or between labs) difficult if not impossible and unnecessarily complicates the application of automatic pipelines and quality assurance protocols. To solve this problem, we have developed the Brain Imaging Data Structure (BIDS), a standard for organizing and describing MRI datasets. The BIDS standard uses file formats compatible with existing software, unifies the majority of practices already common in the field, and captures the metadata necessary for most common data processing operations.

Details

Language :
English
ISSN :
20524463
Database :
OpenAIRE
Journal :
Scientific Data, Scientific Data, 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩, Scientific Data, Nature Publishing Group, 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩, Scientific data, vol 3, iss 1
Accession number :
edsair.doi.dedup.....39d7e3b2fa9e58ab21373716877b18ef