Recurrent somatic chromosomal abnormalities in relapsed extraocular retinoblastoma

Most reports about copy number alterations (CNA) in retinoblastoma relate to patients with intraocular disease and features of children with extraocular relapse remain unknown, so we aimed to describe the CNA in this population. We evaluated 23 patients and 27 specimens from 4 centers. Seventeen cases had extraocular relapse after initial enucleation and six cases after an initial preservation attempt. We performed an analysis of CNA and BCOR gene alteration by SNP array (Single Nucleotide Polymorfism array), whole-exome sequencing, IMPACT panel and CGH array (Array-based comparative genomic hybridization). All cases presented CNA at a higher prevalence than those reported in previously published studies for intraocular cases. CNA previously reported for intraocular retinoblastoma were found at a high frequency in our cohort: gains in 1q (69.5%), 2p (60.9%) and 6p (86.9%), and 16q loss (78.2%). Other, previously less-recognized, CNA were found including loss of 11q (34.8%), gain of 17q (56.5%), loss of 19q (30.4%) and BCOR alterations were present in 72.7% of our cases. A high number of CNA including 11q deletions, 17q gains, 19q loss, and BCOR alterations, are more common in extraocular retinoblastoma. Identification of these features may be correlated with a more aggressive tumor warranting consideration for patient management. Fil: Aschero, María del Rosario. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Francis, Jasmine H.. Memorial Sloan-Kettering Cancer Center; Estados Unidos Fil: Ganiewich, Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Gomez Gonzalez, Soledad. Hospital Sant Joan de Deu Barcelona; España Fil: Sampor, Claudia. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina Fil: Zugbi, Santiago. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Ottaviani, Daniela. Universite de Paris; Francia. Institute Curie; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Lemelle, Lauriane. Universite de Paris; Francia. Institute Curie; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Mena, Marcela Daniela C. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina Fil: Winter, Ursula Andrea. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Correa Llano, Genoveva. Hospital Sant Joan de Deu Barcelona; España Fil: Lamas, Gabriela. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina Fil: Lubieniecki, Fabiana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina Fil: Szijan, Irene. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; Argentina Fil: Mora, Jaume. Hospital Sant Joan de Deu Barcelona; España Fil: Podhajcer, Osvaldo Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Doz, François. Universite de Paris; Francia. Institute Curie; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Radvanyi, François. Universite de Paris; Francia. Institute Curie; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Abramson, David H.. Memorial Sloan-Kettering Cancer Center; Estados Unidos Fil: Llera, Andrea Sabina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Schaiquevich, Paula Susana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Lavarino, Cinzia. Hospital Sant Joan de Deu Barcelona; España Fil: Chantada, Guillermo Luis. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Hospital Sant Joan de Deu Barcelona; España. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina