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A genome scan for milk production traits in dairy goats reveals two new mutations in Dgat1 reducing milk fat content

Authors :
Gwenola Tosser-Klopp
Ines Racke
Philippe Bardou
Justine Bertrand-Michel
Isabelle Palhiere
Florent Woloszyn
Rachel Rupp
Hüseyin Besir
Julien Sarry
P. Martin
Kamila Canale-Tabet
Cyrielle Maroteau
Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE )
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]
Division of Molecular and Clinical Medecine
University of Dundee
SIGENAE
MetaToul-Lipidomic Core Facility, MetaboHUB
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Protein Expression and Purification Core Facility
European Molecular Biology Laboratory
PhénoFinLait, Région Midi-Pyrénées
École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics
Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC)
Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB
Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
ProdInra, Archive Ouverte
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Source :
Scientific Reports, Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0⟩, Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0;⟩, Scientific Reports, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0;⟩, Scientific Reports, Vol 7, Iss 1, Pp 1-13 (2017), Scientific Reports 1 (7), Non paginé. (2017)
Publication Year :
2017
Publisher :
HAL CCSD, 2017.

Abstract

Un corrigendum de cet article a été publié dans le vol.8, Article 4060 avec la clé UT (WOS) 000426355200007 et le DOI : 10.1038/s41598-018-22118-x; The quantity of milk and milk fat and proteins are particularly important traits in dairy livestock.However, little is known about the regions of the genome that influence these traits in goats. Weconducted a genome wide association study in French goats and identified 109 regions associatedwith dairy traits. For a major region on chromosome 14 closely associated with fat content, theDiacylglycerol O-Acyltransferase 1 (DGAT1) gene turned out to be a functional and positional candidategene. The caprine reference sequence of this gene was completed and 29 polymorphisms were found inthe gene sequence, including two novel exonic mutations: R251L and R396W, leading to substitutionsin the protein sequence. The R251L mutation was found in the Saanen breed at a frequency of 3.5% andthe R396W mutation both in the Saanen and Alpine breeds at a frequencies of 13% and 7% respectively.The R396W mutation explained 46% of the genetic variance of the trait, and the R251L mutation 6%.Both mutations were associated with a notable decrease in milk fat content. Their causality was thendemonstrated by a functional test. These results provide new knowledge on the genetic basis of milksynthesis and will help improve the management of the French dairy goat breeding program.

Details

Language :
English
ISSN :
20452322
Database :
OpenAIRE
Journal :
Scientific Reports, Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0⟩, Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0;⟩, Scientific Reports, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0;⟩, Scientific Reports, Vol 7, Iss 1, Pp 1-13 (2017), Scientific Reports 1 (7), Non paginé. (2017)
Accession number :
edsair.doi.dedup.....46e2fcbdfa16b5bd34b429cb1c53e5e5
Full Text :
https://doi.org/10.1038/s41598-017-02052-0⟩