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Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020
- Source :
- Alm, Erik Broberg, Eeva K. Connor, Thomas Hodcroft, Emma Komissarov, Andrey B. Maurer-Stroh, Sebastian Melidou, Angeliki Neher, Richard O'Toole, Áine Pereyaslov, Dmitriy Beerenwinkel, Niko Posada-Céspedes, Susana Philipp. Kim Jablonski Falé Ferreira, Pedro Topolsky, Iván Nowotny, Norbert Abdul-Wahab, Osama González Candelas, Fernando Andersen, Martín H Taylor, Sarah 2020 Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 Eurosurveillance 25 32 1 8, RODERIC. Repositorio Institucional de la Universitat de Valéncia, instname, Euro surveillance, 25(32):2001410. Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA, Eurosurveillance, Eurosurveillance : European communicable disease bulletin, Alm, E, Broberg, E K, Connor, T, Hodcroft, E B, Komissarov, A B, Maurer-Stroh, S, Melidou, A, Neher, R A, O’Toole, Á, Pereyaslov, D & The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group 2020, ' Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 ', Eurosurveillance, vol. 25, no. 32, 2001410 . https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410, RODERIC: Repositorio Institucional de la Universitat de Valéncia, Eurosurveillance, 25 (32), Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin, Eurosurveillance, 2020, 25 (32), pp.2001410. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410⟩, Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC, Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2020, 25 (32), pp.2001410. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410⟩, Euro surveillance 25 (2020): 2001410. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410, info:cnr-pdr/source/autori:Alm E.; Broberg E.K.; Connor T.; Hodcroft E.B.; Komissarov A.B.; Maurer-Stroh S.; Melidou A.; Neher R.A.; O'Toole A.; Pereyaslov D.; Beerenwinkel N.; Posada-Cespedes S.; Jablonski K.P.; Ferreira P.F.; Topolsky I.; Avsic-Zupanc T.; Korva M.; Poljak M.; Zakotnik S.; Zorec T.M.; Bragstad K.; Hungnes O.; Stene-Johansen K.; Reusken C.; Meijer A.; Vennema H.; Ruiz-Roldan L.; Bracho M.A.; Garcia-Gonzalez N.; Chiner-Oms A.; Cancino-Munoz I.; Comas I.; Goig G.A.; Torres-Puente M.; Lopez M.G.; Martinez-Priego L.; D'Auria G.; Ruiz-Hueso P.; Ferrus-Abad L.; de Marco G.; Galan-Vendrell I.; Carbo-Ramirez S.; Ruiz-Rodriguez P.; Coscolla M.; Polackova K.; Kramna L.; Cinek O.; Richter J.; Krashias G.; Tryfonos C.; Bashiardes S.; Koptides D.; Christodoulou C.; Bartolini B.; Gruber C.E.; Di Caro A.; Castilletti C.; Stefani F.; Rimoldi S.G.; Romeri F.; Salerno F.; Polesello S.; Nagy A.; Jirincova H.; Vecerova J.; Novakova L.; Cordey S.; Murtskhvaladze M.; Kotaria N.; Schar T.; Beisel C.; Vugrek O.; Rokic F.; Trgovec-Greif L.; Jurak I.; Rukavina T.; Sucic N.; Schonning K.; Karst S.M.; Kirkegaard R.H.; Michaelsen T.Y.; Sorensen E.A.; Knutson S.; Brandt J.; Le-Quy V.; Sorensen T.; Petersen C.; Pedersen M.S.; Larsen S.L.; Skov M.N.; Rasmussen M.; Fonager J.; Fomsgaard A.; Maksyutov R.A.; Gavrilova E.V.; Pyankov O.V.; Bodnev S.A.; Tregubchak T.V.; Shvalov A.N.; Antonets D.V.; Resende P.C.; Goya S.; Perrin A.; Lee R.T.; Yadahalli S.; Han A.X.; Russell C.A.; Schmutz S.; Zaheri M.; Kufner V.; Huber M.; Trkola A.; Antwerpen M.; Walter M.C.; van der Werf S.; Gambaro F.; Behillil S.; Enouf V.; Donati F.; Ustinova M.; Rovite V.; Klovins J.; Savicka O.; Wienecke-Baldacchino A.K.; Ragimbeau C.; Fournier G.; Mossong J.; Aberle S.W.; Haukland M.; Enkirch T.; Advani A.; Karlberg M.L.; Lindsjo O.K.; Broddesson S.; Slavikova M.; Lickova M.; Klempa B.; Staronova E.; Ticha E.; Szemes T.; Rusnakova D.; Stadler T.; Quer J.; Anton A.; Andres C.; Pinana M.; Garcia-Cehic D.; Pumarola T.; Izopet J.; Gioula G.; Exindari M.; Papa A.; Chatzidimitriou D.; Metallidis S.; Pappa S.; Macek M.; Geryk J.; Broz P.; Briksi A.; Hubacek P.; Drevinek P.; Zajac M.; Kvapil P.; Holub M.; Kvapilova K.; Novotny A.; Kasny M.; Klempt P.; Vapalahti O.; Smura T.; Sironen T.; Selhorst P.; Anthony C.; Arien K.; Simon-Loriere E.; Rabalski L.; Bienkowska-Szewczyk K.; Borges V.; Isidro J.; Gomes J.P.; Guiomar R.; Pechirra P.; Costa I.; Duarte S.; Vieira L.; Pyrc K.; Zuckerman N.S.; Turdikulova S.; Abdullaev A.; Dalimova D.; Abdurakhimov A.; Tagliabracci A.; Alessandrini F.; Melchionda F.; Onofri V.; Turchi C.; Bagnarelli P.; Menzo S.; Caucci S.; Di Sante L.; Popa A.; Genger J.-W.; Agerer B.; Lercher A.; Endler L.; Smyth M.; Penz T.; Schuster M.; Senekowitsch M.; Laine J.; Bock C.; Bergthaler A.; Shevtsov A.; Kalendar R.; Ramanculov Y.; Graf A.; Muenchhoff M.; Keppler O.T.; Krebs S.; Blum H.; Marcello A.; Licastro D.; D'Agaro P.; Laubscher F.; Vidanovic D.; Tesovic B.; Volkening J.; Clementi N.; Mancini N.; Rupnik M.; Mahnic A.; Walker A.; Houwaart T.; Wienemann T.; Vasconcelos M.K.; Strelow D.; Jensen B.-E.O.; Senff T.; Hulse L.; Adams O.; Andree M.; Hauka S.; Feldt T.; Keitel V.; Kindgen-Milles D.; Timm J.; Pfeffer K.; Dilthey A.T.; Moore C.; Ozdarendeli A.; Pavel S.T.I.; Yetiskin H.; Aydin G.; Holyavkin C.; Uygut M.A.; Cevik C.; Shchetinin A.; Gushchin V.; Dinler-Doganay G.; Doganay L.; Kizilboga-Akgun T.; Karacan I.; Pancer K.; Maes P.; Marti-Carreras J.; Wawina-Bokalanga T.; Vanmechelen B.; Thurmer A.; Wedde M.; Durrwald R.; von Kleist M.; Drechsel O.; Wolff T.; Fuchs S.; Kmiecinski R.; Michel J.; Nitsche A.; Casas I.; Caballero M.I.; Zaballos A.; Jimenez P.; Jimenez M.; Fernandez S.M.; Fernandez S.V.; de la Plaza I.C.; Fadeev A.; Ivanova A.; Sergeeva M.; Stefanelli P.; Estee Torok M.; Hall G.; da Silva Filipe A.; Turtle L.; Afifi S.; McCluggage K.; Beer R.; Ledesma J.; Maksimovic J.; Spellman K.; Hamilton W.L.; Marchbank A.; Southgate J.A.; Underwood A.; Taylor B.; Yeats C.; Abudahab K.; Gemmell M.R.; Eccles R.; Lucaci A.; Nelson C.A.; Rainbow L.; Whitehead M.; Gregory R.; Haldenby S.; Paterson S.; Hughes M.A.; Curran M.D.; Baker D.; Tucker R.; Green L.R.; Feltwell T.; Halstead F.D.; Wyles M.; Jahun A.S.; Ahmad S.S.Y.; Georgana I.; Goodfellow I.; Yakovleva A.; Meredith L.W.; Gavriil A.; Awan A.R.; Fisher C.; Edgeworth J.; Lynch J.; Moore N.; Williams R.; Kidd S.P.; Cortes N.; Brunker K.; McCrone J.T.; Quick J.; Duckworth N.; Walsh S.; Sloan T.; Ludden C.; George R.P.; Eltringham G.; Brown J.R.; Aranday-Cortes E.; Shepherd J.G.; Hughes J.; Li K.K.; Williams T.C.; Johnson N.; Jesudason N.; Mair D.; Thomson E.; Shah R.; Parr Y.A.; Carmichael S.; Robertson D.L.; Nomikou K.; Broos A.; Niebel M.; Smollett K.; Tong L.; Miah S.; Wittner A.; Phillips N.; Payne B.; Dewar R.; Holmes A.; Bolt F.; Price J.R.; Mookerjee S.; Sethi D.K.; Potter W.; Stanley R.; Prakash R.; Dervisevic S.; Graham J.C.; Nelson A.; Smith D.; Young G.R.; Yew W.C.; Todd J.A.; Trebes A.; Andersson M.; Bull M.; Watkins J.; Birchley A.; Gatica-Wilcox B.; Gilbert L.; Kumziene-Summerhayes S.; Rey S.; Chauhan A.; Butcher E.; Bicknell K.; Elliott S.; Glaysher S.; Lackenby A.; Bibby D.; Platt S.; Mohamed H.; Machin N.W.; Mbisa J.L.; Evans J.; Perry M.; Pacchiarini N.; Corden S.; Adams A.G.; Gaskin A.; Coombs J.; Graham L.J.; Cottrell S.; Morgan M.; Gifford L.; Kolyva A.; Rudder S.J.; Trotter A.J.; Mather A.E.; Aydin A.; Page A.J.; Kay G.L.; de Oliveira Martins L.; Yasir M.; Alikhan N.-F.; Thomson N.M.; Gilroy R.; Kingsley R.A.; O'Grady J.; Gutierrez A.V.; Diaz M.; Viet T.L.; Tedim A.P.; Adriaenssens E.M.; Patrick Mcclure C.; Moore C.; Sang F.; Clark G.; Howson-Wells H.C.; Debebe J.; Ball J.; Chappell J.; Khakh M.; Carlile M.; Loose M.; Lister M.M.; Holmes N.; Tsoleridis T.; Fleming V.M.; Wright V.; Smith W.; Gallagher M.D.; Parker M.; Partridge D.G.; Evans C.; Baker P.; Essex S.; Liggett S.; Keeley A.J.; Bashton M.; Rooke S.; Dervisavic S.; Meader E.J.; Lopez C.E.B.; Angyal A.; Kristiansen M.; Tutill H.J.; Findlay J.; Mestek-Boukhibar L.; Forrest L.; Dyal P.; Williams R.J.; Panchbhaya Y.; Williams C.A.; Roy S.; Pandey S.; Stockton J.; Loman N.J.; Poplawski R.; Nicholls S.; Rowe W.P.M.; Khokhar F.; Pinckert M.L.; Hosmillo M.; Chaudhry Y.; Caller L.G.; Davidson R.K.; Griffith L.; Rambaut A.; Jackson B.; Colquhoun R.; Hill V.; Nichols J.; Asamaphan P.; Darby A.; Jackson K.A.; Iturriza-Gomara M.; Vamos E.E.; Green A.; Aanensen D.; Bonsall D.; Buck D.; Macintyre-Cockett G.; de Cesare M.; Pybus O.; Golubchik T.; Scarlett G.; Loveson K.F.; Robson S.C.; Beckett A.; Lindsey B.; Groves D.C.; Parsons P.J.; McHugh M.P.; Barnes J.D.; Manso C.F.; Grammatopoulos D.; Menger K.E.; Harrison E.; Gunson R.; Peacock S.J.; Gonzalez G.; Carr M.; Mihaela L.; Popovici O.; Brytting M.; Bresner C.; Fuller W.; Workman T.; Mentis A.F.; Kossyvakis A.; Karamitros T.; Pogka V.; Kalliaropoulos A.; Horefti E.; Kontou A.; Martinez-Gonzalez B.; Labropoulou V.; Voulgari-Kokota A.; Evangelidou M.; Bizta P.; Belimezi M.; Lambrechts L.; Doymaz M.Z.; Yazici M.K.; Cetin N.S.; Karaaslan E.; Kallio-Kokko H.; Virtanen J.; Suvanto M.; Nguyen P.T.; Ellonen P.; Hannula S.; Kangas H.; Sreenu V.B.; Burian K.; Terhes G.; Gombos K.; Gyenesei A.; Urban P.; Herczeg R.; Jakab F.; Kemenesi G.; Toth G.E.; Somogyi B.; Zana B.; Zeghbib S.; Kuczmog A.; Foldes F.; Lanszki Z.; Madai M.; Papp H.; Nagy A.; Pereszlenyi C.I.; Babinszky G.C.; Dudas G.; Csoma E.; Abou Tayoun A.N.; Alsheikh-Ali A.A.; Loney T.; Nowotny N.; Abdul-Wahab O.; Gonzalez-Candelas F.; Andersen M.H.; Taylor S./titolo:Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020/doi:10.2807%2F1560-7917.ES.2020.25.32.2001410/rivista:Euro surveillance/anno:2020/pagina_da:2001410/pagina_a:/intervallo_pagine:2001410/volume:25, The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group, Robson, S, Scarlett, G, Loveson, K & Beckett, A H 2020, ' Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 ', Eurosurveillance, vol. 25, no. 32 . https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410
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Abstract
- 8 páginas, 3 figuras<br />We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.<br />We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GISAID’s EpiCoV Database used in the phylogenetic analysis. We gratefully acknowledge all the staff working with sample collection, sample preparation, sequencing, data analysis and data sharing in all laboratories in the WHO European Region for making this work possible.
- Subjects :
- Infecções Respiratórias
0301 basic medicine
MESH: Coronavirus Infections
Epidemiology
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Distribution (economics)
Wastewater
MESH: Base Sequence
Severe Acute Respiratory Syndrome
MESH: World Health Organization
Pandemic
MESH: Coronavirus
MESH: COVID-19
Sequencing
Viral
Clade
Nomenclature
Genome
biology
COVID-19
Europe
NGS
SARS-CoV-2
WGS
nomenclature
sequencing
Base Sequence
Betacoronavirus
Coronavirus
Coronavirus Infections
Genome, Viral
Humans
Phylogeography
Pneumonia, Viral
RNA, Viral
RNA-Dependent RNA Polymerase
Spatio-Temporal Analysis
World Health Organization
Pandemics
C500
European region
3. Good health
Geography
MESH: Phylogeography
MESH: RNA-Dependent RNA Polymerase
MESH: RNA, Viral
MESH: Betacoronavirus
Spatio-Temporal Analysi
MESH: Genome, Viral
Cartography
Human
Bioquímica
MESH: Pandemics
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Coronaviru
030106 microbiology
03 medical and health sciences
MESH: Spatio-Temporal Analysis
MESH: Severe Acute Respiratory Syndrome
Virology
MESH: SARS-CoV-2
Whole genome sequencing
MESH: Humans
Whole Genome Sequencing
Betacoronaviru
Coronavirus Infection
business.industry
Public Health, Environmental and Occupational Health
Pneumonia
biology.organism_classification
B900
030104 developmental biology
MESH: Pneumonia, Viral
RNA
SARS_CoV-2
3111 Biomedicine
MESH: Europe
Human medicine
business
Subjects
Details
- Language :
- English
- ISSN :
- 15607917 and 1025496X
- Volume :
- 25
- Issue :
- 32
- Database :
- OpenAIRE
- Journal :
- Eurosurveillance
- Accession number :
- edsair.doi.dedup.....557ebebdb0cefb4d4ba374e9de79ca6f
- Full Text :
- https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410