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Genome-wide characterization of mammalian promoters with distal enhancer functions

Authors :
Nicolas Fernandez
Charbel Souaid
Jacques van Helden
Alejandra Medina-Rivera
Charlotte Andrieu-Soler
Aurélien Griffon
Eric Soler
Ariel O. Galindo-Albarrán
Lan T.M. Dao
Denis Puthier
Jaafar Alomairi
Salvatore Spicuglia
David Martin
Guillaume Charbonnier
Magali Torres
Tharshana Stephen
Laurent Vanhille
Jaime A. Castro-Mondragon
Centre de Recherche des Cordeliers (CRC)
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Technologies avancées pour le génôme et la clinique (TAGC)
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Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Source :
Nature Genetics, Nature Genetics, 2017, 49 (7), pp.1073--1081. ⟨10.1038/ng.3884⟩, Nat. Genet., Nat. Genet., 2017, 49 (7), pp.1073--1081. ⟨10.1038/ng.3884⟩, Nat. Genet., 2017, 49 (7), pp.1073--1081. 〈10.1038/ng.3884〉, Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2017, 49 (7), pp.1073--1081. ⟨10.1038/ng.3884⟩
Publication Year :
2017
Publisher :
HAL CCSD, 2017.

Abstract

International audience; Gene expression in mammals is precisely regulated by the combination of promoters and gene-distal regulatory regions, known as enhancers. Several studies have suggested that some promoters might have enhancer functions. However, the extent of this type of promoters and whether they actually function to regulate the expression of distal genes have remained elusive. Here, by exploiting a high-throughput enhancer reporter assay, we unravel a set of mammalian promoters displaying enhancer activity. These promoters have distinct genomic and epigenomic features and frequently interact with other gene promoters. Extensive CRISPR-Cas9 genomic manipulation demonstrated the involvement of these promoters in the cis regulation of expression of distal genes in their natural loci. Our results have important implications for the understanding of complex gene regulation in normal development and disease.

Details

Language :
English
ISSN :
10614036 and 15461718
Database :
OpenAIRE
Journal :
Nature Genetics, Nature Genetics, 2017, 49 (7), pp.1073--1081. ⟨10.1038/ng.3884⟩, Nat. Genet., Nat. Genet., 2017, 49 (7), pp.1073--1081. ⟨10.1038/ng.3884⟩, Nat. Genet., 2017, 49 (7), pp.1073--1081. 〈10.1038/ng.3884〉, Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2017, 49 (7), pp.1073--1081. ⟨10.1038/ng.3884⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....7b31319c55af2aa81a685e66dda43681