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ChloroKB, a cell metabolism reconstruction of the model plant Arabidopsis thaliana
- Source :
- Comptes Rendus Biologies, Comptes Rendus Biologies, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩, Comptes Rendus Biologies, Elsevier, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩, Comptes Rendus. Biologies, Comptes Rendus. Biologies, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩
- Publication Year :
- 2021
- Publisher :
- HAL CCSD, 2021.
-
Abstract
- Can we understand how plant cell metabolism really works? An integrated large-scale modelling of plant metabolism predictive model would make possible to analyse the impact of disturbances in environmental conditions on cellular functioning and diversity of plant-made molecules of interest. ChloroKB, a Web application initially developed for exploration of Arabidopsis chloroplast metabolic network now covers Arabidopsis mesophyll cell metabolism. Interconnected metabolic maps show subcellular compartments, metabolites, proteins, complexes, reactions, and transport. Data in ChloroKB have been structured to allow for mathematical modelling and will be used as a reference for modelling work dedicated to a particular issue.<br />Peut-on comprendre comment fonctionne réellement le métabolisme des cellules végétales ? Un modèle prédictif intégré à grande échelle du métabolisme des plantes permettrait d’analyser l’impact des perturbations des conditions environnementales sur le fonctionnement cellulaire et la diversité des molécules d’intérêt fabriquées par les plantes. ChloroKB, une application Web initialement développée pour l’exploration du réseau métabolique du chloroplaste d’Arabidopsis, couvre désormais le métabolisme des cellules du mésophylle d’Arabidopsis. Des cartes métaboliques interconnectées décrivent les compartiments subcellulaires, les métabolites, les protéines, les complexes, les réactions et le transport. Les données de ChloroKB ont été structurées pour permettre la modélisation mathématique et seront utilisées comme référence pour les travaux de modélisation consacrés à une question particulière.
- Subjects :
- 0106 biological sciences
Chloroplasts
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Arabidopsis
Metabolic network
Computational biology
MESH: Arabidopsis Proteins
01 natural sciences
Mesophyll Cell
Chloroplast
Modelling
[SDV.BV.BOT] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics
Knowledge base
Plant cell
03 medical and health sciences
[SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology
Arabidopsis thaliana
MESH: Arabidopsis
[SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology
Plant metabolism
030304 developmental biology
2. Zero hunger
0303 health sciences
MESH: Chloroplasts
biology
Arabidopsis Proteins
food and beverages
General Medicine
[SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics
biology.organism_classification
Cell metabolism
Metabolism
MESH: Metabolic Networks and Pathways
Metabolic Networks and Pathways
010606 plant biology & botany
Subjects
Details
- Language :
- English
- ISSN :
- 16310691 and 17683238
- Database :
- OpenAIRE
- Journal :
- Comptes Rendus Biologies, Comptes Rendus Biologies, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩, Comptes Rendus Biologies, Elsevier, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩, Comptes Rendus. Biologies, Comptes Rendus. Biologies, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩
- Accession number :
- edsair.doi.dedup.....95fa8aa7a1dfa5fc13d173d4e8dc2c17