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Vesselness Filters: A Survey with Benchmarks Applied to Liver Imaging

Authors :
Jonas Lamy
Antoine Vacavant
Nicolas Passat
Bertrand Kerautret
Odyssée Merveille
Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine)
Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS)
Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL)
Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)
Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD)
Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS)
Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication - EA 3804 (CRESTIC)
Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)
Institut Pascal (IP)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne)
Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA)
ANR-18-CE45-0018,R-VESSEL-X,Extraction et interprétation robustes des réseaux vasculaires dans les images biomédicales hépatiques(2018)
Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut Pascal - Clermont Auvergne (IP)
Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
ANR-18-CE45-0018,R-VESSEL-X,ROBUST VASCULAR NETWORK EXTRACTION AND UNDERSTANDING WITHIN HEPATIC BIOMEDICAL IMAGES(2018)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Passat, Nicolas
APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Extraction et interprétation robustes des réseaux vasculaires dans les images biomédicales hépatiques - - R-VESSEL-X2018 - ANR-18-CE45-0018 - AAPG2018 - VALID
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Source :
ICPR, International Conference on Pattern Recognition (ICPR), International Conference on Pattern Recognition (ICPR), 2020, Milan, Italy. pp.3528-3535, ⟨10.1109/ICPR48806.2021.9412362⟩, International Conference on Pattern Recognition (ICPR), 2020, Milan, Italy
Publication Year :
2021
Publisher :
IEEE, 2021.

Abstract

International audience; The accurate knowledge of vascular network geometry is crucial for many clinical applications such as cardiovascular disease diagnosis and surgery planning. Vessel enhancement algorithms are often a key step to improve the robustness of vessel segmentation. A wide variety of enhancement filters exists in the literature, but they are often difficult to compare as the applications and datasets differ from a paper to another and the code is rarely available. In this article, we compare seven vessel enhancement filters covering the last twenty years literature in a unique common framework. We focus our study on the liver vascular network which is under-represented in the literature. The evaluation is made from three points of view: in the whole liver, in the vessel neighborhood and near the bifurcations. The study is performed on two publicly available datasets: the Ircad dataset (CT images) and the VascuSynth dataset adapted for MRI simulation. We discuss the strengths and weaknesses of each method in the hepatic context. In addition, the benchmark framework including a C++ implementation of each compared method is provided. An online demonstration ensures the reproducibility of the results without requiring any additional software.

Details

Database :
OpenAIRE
Journal :
2020 25th International Conference on Pattern Recognition (ICPR)
Accession number :
edsair.doi.dedup.....ae0db1a80f3ff076c7f41f0a1c371117
Full Text :
https://doi.org/10.1109/icpr48806.2021.9412362