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Isolation, characterization and cross-species amplification of polymorphic microsatellite markers for Oxytenanthera abyssinica (A. Rich.) Munro (Poaceae)

Authors :
Thierry Legavre
Yaye Kène Gassama
Dominique Brunel
Ronan Rivallan
A.R. Ndiaye
Ange-Marie Risterucci
Maurice Sagna
Dept Biol Vegetale, Fac Sci & Tech
Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP)
Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)
Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Ctr Natl Genotypage
Inst Genom
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Agence Universitaire de la Francophonie (AUF)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Source :
Conservation Genetics Resources, Conservation Genetics Resources, Springer, 2013, 5 (3), pp.799-802. ⟨10.1007/s12686-013-9911-y⟩, Conservation Genetics Resources, 2013, 5 (3), pp.799-802. ⟨10.1007/s12686-013-9911-y⟩
Publication Year :
2013
Publisher :
HAL CCSD, 2013.

Abstract

We developed microsatellite to investigate genetic diversity of Oxytenanthera abyssinica (Bindura bamboo) a bamboo species endemic to Senegal. Using the microsatellite-enriched library method, we identified 14 primer pairs. The primers amplified 10 di-nucleotide repeats and 4 composite motifs, the number of alleles ranged from 5 to 28 with an average of 11.9. The results indicate that these primer pairs offer an appropriate amount of variation to address issues of germplasm characterization, patterns of gene flow and conservation studies. Cross amplification has been tested in other bamboo species.

Details

Language :
English
ISSN :
18777252 and 18777260
Database :
OpenAIRE
Journal :
Conservation Genetics Resources, Conservation Genetics Resources, Springer, 2013, 5 (3), pp.799-802. ⟨10.1007/s12686-013-9911-y⟩, Conservation Genetics Resources, 2013, 5 (3), pp.799-802. ⟨10.1007/s12686-013-9911-y⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....d0ff48f64dc91b89e6636a0db394c300
Full Text :
https://doi.org/10.1007/s12686-013-9911-y⟩