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Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic[i] Brassica napus[/i] oilseed genome

Authors :
Patrick Wincker
Pascal Bento
Sahana Manoli
Agnieszka A. Golicz
G. Deniot
Shengyi Liu
Christine Sidebottom
Chu Shin Koh
Ian Bancroft
Christian Daviaud
David C. Tack
Rod J. Snowdon
Jörg Tost
Guangyi Fan
Hui Guo
Smahane Chalabi
Boulos Chalhoub
Xinfa Wang
Harry Belcram
Aurélie Chauveau
Gilles Lassalle
Jean-Marc Aury
Tae-Ho Lee
Houda Chelaifa
Jinling Meng
Christopher D. Town
Haibao Tang
Zhongsong Liu
Julien Chiquet
Andrew G. Sharpe
Salman Alamery
Chunyun Guan
Mathieu Charles
Qiong Hu
Xiyin Wang
Xiaowu Wang
Jianxin Ma
Régine Delourme
Mei Guan
Eric Lyons
Chaobo Tong
Margot Correa
Adriana Alberti
Keith L. Adams
Patrick P. Edger
Marie-Christine Le Paslier
Yunhai Lu
Corinne Da Silva
Christophe Battail
Andrew H. Paterson
Isabelle Le Clainche
Benjamin Noel
Jérémy Just
Jacqueline Batley
Jinxiong Shen
Fengming Sun
Kamel Jabbari
Karine Labadie
Michel Renard
Maria Bernard
Birgit Samans
Aurélie Canaguier
Isobel A. P. Parkin
Yong Pyo Lim
Vinh Ha Dinh Thi
Victor Renault
Meixia Zhao
David Edwards
Graham J.W. King
Nicolas Schnel
Dominique Brunel
Cyril Falentin
Reece Tollenaere
Aurélie Bérard
Yongming Zhou
Dominique Arnaud
Imen Mestiri
Philippe E. Bayer
Chuchuan Fan
Wei Hua
J. Chris Pires
Unité de recherche en génomique végétale (URGV)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Génomique métabolique (UMR 8030)
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE)
Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Oil Crops Research Institute, Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Oil Crops
Ministry of Agriculture-Chinese Academy of Agricultural Sciences (CAAS)
Agriculture and Agri-Food (AAFC)
J. Craig Venter Institute [La Jolla, USA] (JCVI)
Center for Genomics and Biotechnology
Fujian Agriculture and Forestry University (FAFU)
University of Georgia [USA]
School of Life Sciences, Center of Genomics and Computational Biology
Hebei United University
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LaMME)
Research Center for Biosystems, Land Use and Nutrition, Department of Plant Breeding
Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University (JLU)
Institut de Génomique d'Evry (IG)
Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
National Research Council of Canada (NRC)
Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Centre National de Genotypage
Plant Genome Mapping Laboratory
Laboratoire épigénétique et environnement
School of Agriculture and Food Sciences, Australian Centre for Plant Functional Genomics
University of Queensland [Brisbane]
Cologne Center for Genomics
University of Cologne
Department of Agronomy
Purdue University [West Lafayette]
Department of Plant and Microbial Biology
University of California (UC)
Department of Botany [Vancouver] (UBC Botany)
University of British Columbia (UBC)
National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement [China]
Huazhong Agricultural University [Wuhan] (HZAU)
Beijing Genome Institute
Fondation Jean Dausset - Centre d’Étude du Polymorphisme Humain
College of Agronomy
Hunan Agricultural University [Changsha]
Department of Horticulture, Molecular Genetics and Genomics Laboratory
Chungnam National University (CNU)
School of Plant Sciences, iPlant Collaborative
University of Arizona
Department of Biology
University of York [York, UK]
Institute of Vegetables and Flowers (IVF)
Chinese Academy of Agricultural Sciences (CAAS)
Division of Biological Sciences
University of Missouri [Columbia] (Mizzou)
University of Missouri System-University of Missouri System
Southern Cross Plant Science
Southern Cross University (SCU)
School of Plant Biology
The University of Western Australia (UWA)
Laboratory for Epigenetics and Environment
Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC)
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry
Justus-Liebig-Universität Gießen (JLU)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
University of California
Huazhong Agricultural University
Euralis Semences
Écologie et santé des écosystèmes (ESE)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST
Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
BIOGEMMA
Unité de Recherches Zootechniques (URZ)
De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (PACEA)
Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap)
Limagrain
J. Craig Venter Institute
Fujian Agriculture and Forestry University
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-ENSIIE-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Department of Botany
University of Missouri [Columbia]
Southern Cross University
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
UMR 1165 Unité de Recherche en Génomique Végétale
Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université d'Evry Val d'Essonne
Génomique métabolique ( UMR 8030 )
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université d'Évry-Val-d'Essonne ( UEVE ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Ministry of Agriculture-Chinese Academy of Agricultural Sciences ( CAAS )
Agriculture and Agri-Food [Ottawa] ( AAFC )
University of Georgia
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry ( LaMME )
Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université d'Évry-Val-d'Essonne ( UEVE ) -ENSIIE-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Unité de recherche en génomique végétale ( URGV )
Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université d'Évry-Val-d'Essonne ( UEVE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Justus Liebig University Giessen
Institut de Génomique d'Evry ( IG )
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP )
Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 )
Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST
National Research Council of Canada ( NRC )
Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux ( EPGV )
Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
University of British Columbia ( UBC )
National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement
Chungnam National University
Institute of Vegetables and Flowers ( IVF )
Chinese Academy of Agricultural Sciences ( CAAS )
University of Missouri ( Saisissez le sigle en majuscules sans points )
The University of Western Australia ( UWA )
AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Source :
Science, Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩, Science, American Association for the Advancement of Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩, Science, American Association for the Advancement of Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. 〈10.1126/science.1253435〉
Publication Year :
2014
Publisher :
HAL CCSD, 2014.

Abstract

Oilseed rape (Brassica napus L.) was formed ∼7500 years ago by hybridization between B. rapa and B. oleracea, followed by chromosome doubling, a process known as allopolyploidy. Together with more ancient polyploidizations, this conferred an aggregate 72x genome multiplication since the origin of angiosperms and high gene content.We examined the B. napus genome and the consequences of its recent duplication. The constituent An and Cn subgenomes are engaged in subtle structural, functional, and epigenetic cross-talk, with abundant homeologous exchanges. Incipient gene loss and expression divergence have begun. Selection in B. napus oilseed types has accelerated the loss of glucosinolate genes, while preserving expansion of oil biosynthesis genes. These processes provide insights into allopolyploid evolution and its relationship with crop domestication and improvement.<br />Erratum published in Vol 345, no. 6202 September 2014 DOI: 10.1126/science.1260782

Details

Language :
English
ISSN :
00368075 and 10959203
Database :
OpenAIRE
Journal :
Science, Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩, Science, American Association for the Advancement of Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩, Science, American Association for the Advancement of Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. 〈10.1126/science.1253435〉
Accession number :
edsair.doi.dedup.....d8434c62a527d3ca406a9f58809598ca
Full Text :
https://doi.org/10.1126/science.1253435⟩