Molecular epidemiology of rhinovirus strains circulating in Bel?m, Par? State, Brazil

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. O rinov?rus humano (HRV) ? o mais comum entre os agentes virais associados a infec??es no trato respirat?rio superior, sendo reconhecido como o principal pat?geno causador de resfriado comum. Com o objetivo de detectar e caracterizar cepas de HRV associadas a casos de s?ndrome respirat?ria aguda grave (SRAG) na Cidade de Bel?m, Estado do Par?, Brasil, foram analisadas 224 amostras de pacientes com SRAG atendidos em unidades hospitalares no per?odo de janeiro de 2013 a janeiro de 2014. A an?lise das amostras foi desenvolvida utilizando-se tr?s etapas principais: a) extra??o do RNA viral (RNAv); b) amplifica??o do RNAv pelas t?cnicas de rea??o em cadeia mediada pela polimerase precedida de transcri??o reversa (RT-PCR) em tempo real e RT-PCR convencional; e c) sequenciamento do genoma viral. Entre as 224 amostras analisadas, 59 (26,3%) foram positivas para HRV; dessas, em 22 foi poss?vel realizar a caracteriza??o das esp?cies de HRV por sequenciamento, sendo 13 (59%) classificadas como HRV-A, oito (36,3%) como HRV-C; uma foi classificada como enterov?rus humano D68 (EV-D68). A distribui??o por faixa et?ria evidenciou que os adultos foram os mais acometidos pelo HRV, representando 45,7% (n = 27) dos casos positivos. Notou-se ainda a grande concentra??o de casos positivos para o v?rus no grupo de 0?4 anos de idade durante o per?odo estudado (n = 23, 39%). Quanto ? distribui??o mensal do HRV em Bel?m, foi verificada a circula??o predominantemente no primeiro semestre do ano, a qual costuma estar associada ao per?odo de maior pluviosidade na regi?o. Os resultados obtidos expressam uma taxa de infec??o por HRV relevante, mostrando que esse v?rus ? um agente importante no que diz respeito ?s infec??es respirat?rias em Bel?m. Human rhinovirus (HRV) is the most common viral agent associated with infections of the upper respiratory tract and is the main causative agent of the common cold. This study aimed to detect and characterize HRV strains associated with severe acute respiratory syndrome (SARS) in Bel?m, Par? State, Brazil, by analyzing samples from 224 SARS patients admitted to hospitals between January 2013 and January 2014. Sample analysis was performed in three stages: (a) viral RNA isolation (vRNA); (b) amplification of vRNA using conventional and real-time reverse transcription polymerase chain reaction; and (c) viral genome sequencing. Among the 224 analyzed samples, 59 (26.3%) were HRV-positive, of which 22 HRV species could be characterized through sequencing. Thirteen (59%) were classified as HRV-A and eight (36.3%) as HRV-C; one sample was classified as human enterovirus D68 (EV-D68). Distribution by age revealed that adults were the most affected by HRV, accounting for 45.7% (n = 27) of total positive cases. There was an increased number of HRV-positive cases in the 0?4-year-old group (n = 23, 39%) during the study period. Relating to monthly HRV distribution in Bel?m, circulation was predominant during the first semester, which is typically associated with increased rainfall. The results indicate a high HRV infection rate; thus indicating that the pathogen is an important agent of respiratory infections in Bel?m.