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Reliable Detection and Smart Deletion of Malassez Counting Chamber Grid in Microscopic White Light Images for Microbiological Applications

Authors :
Emmanuel Denimal
Stéphane Guyot
Ambroise Marin
Ludovic Journaux
Paul Molin
Service Systèmes d’Information - AgroSup Dijon
AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Groupe Modélisation Numérique en Agronomie et AgroAlimentaire - AgroSup Dijon ( Gmn3a )
Laboratoire Electronique, Informatique et Image ( Le2i )
Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM )
Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Service d’Appui à la Recherche - AgroSup Dijon
Groupe Modélisation Numérique en Agronomie et AgroAlimentaire - AgroSup Dijon (Gmn3a)
Laboratoire Electronique, Informatique et Image [UMR6306] (Le2i)
Université de Bourgogne (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM)
Arts et Métiers Sciences et Technologies
HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies
HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM)
Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Source :
Microscopy and Microanalysis, Microscopy and Microanalysis, Cambridge University Press (CUP), 2015, pp.1-7. 〈10.1017/S1431927615000665〉, Microscopy and Microanalysis, Cambridge University Press (CUP), 2015, pp.1-7. ⟨10.1017/S1431927615000665⟩
Publication Year :
2015
Publisher :
HAL CCSD, 2015.

Abstract

In biology, hemocytometers such as Malassez slides are widely used and are effective tools for counting cells manually. In a previous work, a robust algorithm was developed for grid extraction in Malassez slide images. This algorithm was evaluated on a set of 135 images and grids were accurately detected in most cases, but there remained failures for the most difficult images. In this work, we present an optimization of this algorithm that allows for 100% grid detection and a 25% improvement in grid positioning accuracy. These improvements make the algorithm fully reliable for grid detection. This optimization also allows complete erasing of the grid without altering the cells, which eases their segmentation.

Details

Language :
English
ISSN :
14319276 and 14358115
Database :
OpenAIRE
Journal :
Microscopy and Microanalysis, Microscopy and Microanalysis, Cambridge University Press (CUP), 2015, pp.1-7. 〈10.1017/S1431927615000665〉, Microscopy and Microanalysis, Cambridge University Press (CUP), 2015, pp.1-7. ⟨10.1017/S1431927615000665⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....e7575e10b0a9cfdce896dfd637ad06ca
Full Text :
https://doi.org/10.1017/S1431927615000665〉